オックスフォードジャーナルの著者向けガイド
オックスフォード大学出版局に記事を準備する作家のための包括的ガイド。
― 1 分で読む
このガイドは、作家がオックスフォード大学出版局のジャーナルのスタイルに従った記事を作成するのを助けるよ。原稿を準備している著者にとって便利なツールだね。記事を準備するために必要な重要なルールや情報が提供されているよ。
始めに
著者はこのテンプレートを使うために必要なソフトウェアをダウンロードしてインストールするべきだよ。オンラインサービスを使って記事を書かない場合は、コンピューターに正しいバージョンのソフトウェアがインストールされているか確認してね。テンプレートファイルの名前は「oup-authoring-template.cls」で、原稿ファイルと一緒に保存しておいてね。
必要なツールについて詳しく知りたい場合は、インストールや要件に関するオンラインリソースをチェックしてみて。
記事の準備
始める前に、必要なソフトウェアの基本的な使い方については知っている前提だよ。セットアップが終わったら、サンプルファイル「oup-authoring-template.tex」を原稿のガイドとして使ってね。
編集を始める前にテンプレートファイルのバックアップを保存しておくのを忘れないで。サンプルには、記事に必要なさまざまなセクションや要素についての説明が含まれているよ。例の内容は自分のものに置き換えてね。
記事の構成
あなたの記事は、前文、本文、後文の3つの主要部分で構成されるよ。これを分けて説明するね。
前文
このセクションは主な内容の前に出て、通常はタイトル、著者、関連する連絡先情報が含まれるよ。提出するジャーナルの特定の要件を確認しておいてね。
- タイトル: あなたの記事のタイトル
- 著者: すべての著者をリストアップし、対応著者の連絡先情報を含めてね。
- 所属: 著者が働いている場所の詳細を含めて。
本文
ここにはあなたの記事の主な内容が入るよ。セクションを整理するためにいくつかの見出しのレベルがあるよ:
- セクション: 各主要なアイデアやトピックはセクションの見出しで始めるべきだよ。
- サブセクション: セクションをさらに小さな部分に分けるためにサブセクションを使ってね。
- サブサブセクション: サブセクションの下にさらに詳細を追加するために使えるよ。
- 段落: セクション内の短い区分のために。
明確な見出しを使って、読者が記事を追いやすくすることが大事だよ。
後文
この部分は主な内容の後に来て、付録、参考文献、または著者の経歴が含まれている場合があるよ。
- 付録: あなたの記事を支えるが、主なテキストの一部ではない追加資料はこちらに置くべきだよ。
- 参考文献: 研究で使ったすべてのソースを引用してね。特定のスタイルに従うべきだよ。
- 著者経歴: 要求があれば、記事の最後に著者についての簡単な説明を含めてね。
図や表
画像やチャートを含めるときは、ドキュメント内で正しく配置されるように正しいコマンドを使ってね。
- 図: 画像は図としてラベル付けし、適切なキャプションを付けるべきだよ。
- 表: 表にも同様のルールが適用されるよ;適切に番号を付け、タイトルを付ける必要があるよ。
グラフィックがテキストエリアにうまく収まるようにし、大きい場合は正しく回転されているか確認してね。
リスト
テキスト内でリストを作りたい場合があるよ。いくつかのタイプがあるよ:
- 番号付きリスト: ステップや順序あるアイテムに使ってね。
- 番号なしリスト: 特定の順序が必要ないアイテムに。
- カスタムリスト: 特殊なフォーマットが必要な場合に。
ネストされたリストも許可されていて、必要に応じてリスト内にリストを置くことができるよ。
数学的内容
数学のテーマについて書くときは、式や数式に適切なコマンドを使ってね。数学コンテンツを表示するために設計されたパッケージを使うことで、明確なフォーマットが可能になるよ。
ハイパーリンクと参考文献
引用やテキスト内のセクションをリンクする場合は、クリック可能なリンクを作成するための特定のコマンドを使ってね。これで読者が参照されている資料を見つけやすくなるよ。
最後のヒント
このテンプレートは、あなたの執筆プロセスをスムーズにするために設計されていることを忘れないで。構造に従って、提出する前に記事を見直すことを忘れないでね。提出するジャーナルの特定のガイドラインに従うことも忘れずに。
利用可能なツールを賢く使って、クリーンでプロフェッショナルな記事を作成してね。良い執筆習慣が、あなたの作品の可読性と影響力を高めるよ。
結論
このマニュアルに示されたガイドラインに従うことで、オックスフォード大学出版局のジャーナルに提出するための、よく構成された洗練された記事を作成できるよ。整理整頓を心がけて、常にジャーナルの要件に対して自分の作業をダブルチェックしてね。
楽しい執筆を!
タイトル: PyamilySeq: A Python Tool for Interpretable Gene (Re)Clustering and Pangenomic Inference Across Species and Genera
概要: PyamilySeq is a Python-based tool designed for interpretable gene clustering and pangenomic inference, supporting analyses at both species and genus levels. It facilitates the clustering of gene sequences into families based on sequence similarity using CD-HIT, and can take the output of tried-and-tested sequence clustering tools such as CD-HIT, BLAST, DIAMOND, and MMseqs2. PyamilySeq is distinctive in its ability to integrate new sequences into existing clusters, providing a robust framework for iterative analysis while preserving the original clusters, useful when reannotating genomes. In addition to the standard Species mode which as with other tools performs core-gene analysis across a species range, PyamilySeq can be run in Genus mode where it detects the presence of gene families shared across multiple genera. These features enhance the tools applicability for ongoing and past genomic studies and comparative analyses. PyamilySeq generates comprehensive outputs, including gene presence-absence matrices and aligned sequence data, enabling downstream analysis and interpretation of the identified gene groups and pangenomic data.
最終更新: 2024-07-27 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://arxiv.org/abs/2407.19328
ソースPDF: https://arxiv.org/pdf/2407.19328
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた arxiv に感謝します。
参照リンク
- https://www.latex-project.org/lppl.txt
- https://pypi.org/project/PyamilySeq/
- https://github.com/NickJD/PyamilySeq
- https://tug.ctan.org/
- https://miktex.org/download
- https://miktex.org/kb/prerequisites-2-9
- https://users.dickinson.edu/~richesod/latex/latexcheatsheet.pdf
- https://wch.github.io/latexsheet/latexsheet.pdf
- https://www.overleaf.com/learn
- https://www.bibtex.org