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# 生物学 # システム生物学

細胞ダイナミクスにおける細胞外マトリックスの役割

細胞外マトリックスが細胞の動きや行動にどう影響するかを調べる。

Paul Macklin, J. Metzcar, B. S. Duggan, B. Fischer, M. Murphy, R. Heiland

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ECMが細胞の動きに与える ECMが細胞の動きに与える 影響 に形成するか。 細胞外マトリックスが細胞の動態をどのよう
目次

細胞外マトリックス(ECM)は、私たちの体の細胞を取り囲んでいる物質だよ。細胞同士のコミュニケーションや組織の発達、構造の組織化など、いろんな生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たしてるんだ。ECMは主にタンパク質からできていて、プロテオグリカンやラミニン、フィブロネクチン、線維状タンパク質といった大きなファミリーに分けられるんだ。線維状タンパク質にはコラーゲンやエラスチンが含まれてて、組織に強度と柔軟性を与えてるんだ。

ECMの構造や特性は、さまざまな繊維の相互作用によって作られて、化学結合で結びついていることが多いんだ。ECMにはシグナル分子も含まれていて、細胞がそれと相互作用するための多くの接着点を提供してる。ECMは体の部位によって組成や力学的特性が大きく異なることがあるから、各組織の特定のニーズに合わせて適応するんだ。

さらに、ECMは動的で、線維芽細胞のような細胞によって積極的に維持され、変化するんだ。傷の治癒や癌の浸潤といったプロセスの間に、細胞がECMを生成し、維持する一方で、ECMも細胞の振る舞いに影響を与えるから、フィードバックループができるんだ。例えば、ECMの密度は異なる細胞がどれだけ簡単に移動できるかに影響を与えるんだ。

ECMの細胞移動における役割

細胞はECMを使って移動を誘導するんだ。ECM内の繊維の方向性が方向指示を提供して、細胞がより効率的に移動できるようにするんだ。もし繊維が特定の方向に整列していたら、細胞はその経路に沿ってより簡単に移動できるんだ。ECM内の繊維の整列具合は細胞の移動に対して助けにもなれば、妨げにもなるんだ、特定の細胞タイプによってね。

細胞が移動すると、その周りのECMも変化するんだ。細胞が移動するにつれて、ECMの繊維を再整列させたり、密度を増やしたりすることができるんだ。このECMのリモデリングによって、他の細胞が追従できる新しい経路が生まれるんだ。研究によると、細胞が移動する際にECMの構造や組成に影響を与え始めることがあるんだ。だから、ECMは単なる物理的なバリアだけじゃなくて、細胞間の信号伝達やコミュニケーションの媒体としても機能するんだ。

ECMと細胞相互作用のモデル

ECMがさまざまな生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たすことから、科学者たちはECMと細胞の相互作用を研究するためにいろんなモデルを開発してきたんだ。これらのモデルは主に4つのカテゴリに分けられるよ:離散力ベースモデル、連続力ベースモデル、ECM密度モデル、そして多成分モデル。

離散力ベースモデルは、細胞とECM繊維を個別のエージェントとして扱って、力に基づいて相互作用するんだ。例えば、いくつかのモデルでは移動する細胞と個々のマトリックス繊維を、特定の振る舞いを持つエージェントとして扱うから、研究者はこれらの相互作用が移動や繊維の再整列にどのように影響するかを観察できるんだ。

連続力ベースモデルは、ECMを連続的に変形可能な材料として見るんだ。これらのモデルは、ECMの硬さや柔軟性が細胞移動にどのように影響するかを探るためによく使われるんだ。研究者たちは、細胞がECMのさまざまな密度や力学的特性を通過する様子をシミュレートするためにこれらのモデルを使用してるよ。

ECM密度モデルは、通常、時間の経過に伴うECMの密度を更新するために方程式を使用するんだ。これらのモデルは、血管形成や細胞のさまざまな活動に応じたECMの変化を研究するのに役立つんだ。

最後に、多成分モデルは、ECMの密度と繊維の方向性の両方を考慮に入れて、細胞が複雑な環境を移動する方法についてより包括的な理解を可能にするんだ。

ECMと細胞相互作用モデル

異なるモデルは、細胞とECMの相互作用をさまざまな方法で表現してるよ。一つの一般的なアプローチは、細胞をエージェントベースモデルで表現し、ECMには連続モデルを使うことだね。これにより、研究者はECMの変化が細胞の振る舞いにどう影響するか、その逆も理解できるんだ。

これらのモデルでは、細胞の動きやECMの生成など、細胞の行動によってECMの要素が修正されるんだ。細胞の動きはECMの特性を変えることができるし、ECMの特性も細胞の移動に影響を与えるんだ。

ECMは細胞の移動に対するバリアとして機能することがあるけど、同時に細胞間のコミュニケーションや移動のための必要な指示を提供してるんだ。細胞はECMを修正して、他の細胞が読み取れる信号を作り出して、自らの存在を伝えたり、他の細胞を誘導したりするんだ。

ECMモデルの簡略化

ECMは、特定の特性を持つ小さな単位に簡略化することができるんだ。これらの特性には、繊維の平均方向、繊維間の整列具合、単位内のECMの量が含まれることがあるんだ。これらの特性を小さなスケールで調べることで、研究者はECM全体の挙動をよりよく理解できるんだ。

各ECMの単位は、繊維の方向性、繊維の整列、繊維の密度の3つの主な特徴を持つと考えられるんだ。これらの特徴を研究することで、科学者たちはECMの構造や機能、そしてそれが隣接する細胞の移動にどのように影響するかを学んでるんだ。

細胞ベースのモデリングフレームワーク

細胞とECMの相互作用を研究するために、研究者はよくモデリングシステムを使うんだ。人気のあるフレームワークは、中心ベースのオフラティス表現を持つ細胞とECMの連続モデルを組み合わせているんだ。このフレームワークを使うと、細胞がECMとどのように相互作用するかを観察するためのさまざまなシナリオをシミュレートできるんだ。

このモデリングシステムでは、細胞がECMの変化に敏感で、環境から受け取る信号に基づいて振る舞いを適応させることができるんだ。細胞とECMの相互作用は、移動速度の変更や化学信号への反応、さらには細胞の分裂や死に方に至るまで、さまざまな行動をプログラムできるようになってるんだ。

細胞とECMの相互作用のハイライト

これらのモデルを通じて、科学者たちは細胞-ECM相互作用のさまざまな側面を観察することができるんだ。例えば、細胞は移動中にECM繊維によって敷かれた経路をたどることができるんだ。このECMの指示に従う能力は、細胞が環境を効果的にナビゲートするのを助けてるんだ。

細胞がECMをリモデリングすると、自分たちや他の細胞がたどる経路を作り出すことができるんだ。ECM内の繊維を整列させることで、1つの細胞が後続の細胞の動きに影響を与え、細胞が多く集まる場所で連携した行動を促進するんだ。

ECMが細胞移動に与える影響

細胞はECM内の繊維の整列に従って経路をたどることができるんだ。例えば、細胞が円形のECM構造に沿って移動する実験では、細胞がランダムな動きをしているように見えても、ECMによって設定された経路に従っていることがあるんだ。ECMは指導力として機能し、細胞が移動中の方向性を維持するのを助けるんだ。

化学的な勾配のような追加の指示がECMのシグナルと一緒に導入されると、細胞はこれらの信号を統合して効率的に移動することができるんだ。この統合により、細胞は勾配の方向に移動しつつ、ECMによって敷かれた経路にも従って、全体的な移動行動を向上させることができるんだ。

ECMと細胞相互作用モデルの応用

ECMと細胞の相互作用のモデリングは、多くの生物学的プロセスを理解するために応用できるんだ。例えば、研究者たちはこれらのモデルを使って、組織が傷の後にどう回復するか、癌細胞が周囲の組織にどう侵入するか、さまざまな病気がどう進行するかを探求してるんだ。

このモデルを使うことで、科学者たちは異なる細胞タイプの役割や、それらがECMのリモデリングにどのように寄与するかを特定できるんだ。例えば、傷の治癒では、特定の細胞が傷を封じ込めるためのECM成分を生成し、他の細胞は損傷した組織を除去するんだ。この相互作用は、癒しと組織修復にとって重要なんだ。

さらに、癌研究では、癌細胞がECMとどのように相互作用するかを学ぶことで、腫瘍が成長し、広がるメカニズムを理解できるんだ。これらの相互作用を理解することで、癌をより効果的に標的にする新しい治療法につながる可能性があるんだ。

具体的なモデルの実例

ECMと細胞相互作用のフレームワークの効果を示すために、研究者たちはさまざまなモデルシナリオを作成することができるんだ。例えば、傷の治癒に焦点を当てたモデルでは、細胞が傷のある場所に集まって、損傷した組織を修復する様子をシミュレートすることができるんだ。

別のモデルでは、癌細胞が密なECM層を破壊して周囲の組織に侵入する方法を調査するかもしれない。細胞の活動を通じてECMがどのように修正されるかを観察することで、研究者たちは腫瘍侵入がどのように発生するかをよりよく理解し、介入のポイントを特定できるんだ。

最後に、集団移動のモデルは、異なる細胞タイプが協力して調和のとれた方法で移動する様子を示すことができるんだ。リーダー-フォローダイナミクスのような特徴を含めることで、これらのモデルは実際の生物学的システムで見られる複雑な行動を再現できるんだ。

結論

ECMと細胞との相互作用の研究は、多くの生物学的プロセスを理解するために重要だよ。これらの複雑な相互作用を表現するモデルを開発することで、研究者たちはいろんな文脈で細胞の行動を支配するメカニズムを解き明かし始めるんだ。

これらのモデルは、正常な生物学的機能の理解を深めるだけでなく、傷の治癒や癌治療のような医学研究の進展にもつながるんだ。ECMの細胞行動における役割のさらなる探索は、間違いなく新しい発見や応用をもたらすだろうね。

オリジナルソース

タイトル: A simple framework for agent-based modeling with extracellular matrix

概要: Extracellular matrix (ECM) is a key component of the cellular microenvironment and critical in multiple disease and developmental processes. Representing ECM and cell-ECM interactions is a challenging multiscale problem as they span molecular-level details to tissue-level dynamics. While several computational frameworks exist for ECM modeling, they often focus on very detailed modeling of individual ECM fibers or represent only a single aspect of the ECM. Using the PhysiCell agent-based modeling platform, we developed a framework of intermediate detail with the ability to capture bidirectional cell-ECM interactions. We represent a small region of ECM, an ECM element, with three variables describing its local microstructure: anisotropy, density, and overall fiber orientation. To spatially model the ECM, we use an array of ECM elements. Cells remodel local ECM microstructure and in turn, local microstructure impacts cellular motility. We demonstrate the utility of this framework and reusability of its core cell-ECM interaction model through examples in cellular invasion, wound healing, basement membrane degradation, and leader-follower collective migration. Despite the relative simplicity of the framework, it is able to capture a broad range of cell-ECM interactions of interest to the modeling community. Furthermore, variables representing the ECM microstructure are accessible through simple programming interfaces. This allows them to impact cell behaviors, such as proliferation and death, without requiring custom code for each interaction, particularly through PhysiCell's modeling grammar, enabling rapid modeling of a diverse range of cell-matrix biology. We make this framework available as a free and open source software package at https://github.com/PhysiCell-Models/collective-invasion.

著者: Paul Macklin, J. Metzcar, B. S. Duggan, B. Fischer, M. Murphy, R. Heiland

最終更新: 2024-12-21 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.21.514608

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.21.514608.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

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