遺伝学と神経精神疾患:複雑さの解明
神経精神障害の背後にある遺伝学とその複雑なつながりに飛び込もう。
Qiuman Liang, Yi Jiang, Annie W. Shieh, Dan Zhou, Rui Chen, Feiran Wang, Meng Xu, Mingming Niu, Xusheng Wang, Dalila Pinto, Yue Wang, Lijun Cheng, Ramu Vadukapuram, Chunling Zhang, Kay Grennan, Gina Giase, Kevin P White, Junmin Peng, Bingshan Li, Chunyu Liu, Chao Chen, Sidney H. Wang
― 1 分で読む
目次
神経精神疾患は、脳と行動の両方に関わる複雑な病気のグループだよ。これには統合失調症や双極性障害、自閉症スペクトラム障害などが含まれるんだ。これらの疾患の原因を理解するのは難しいけど、遺伝や環境、社会的要因など、いろんな要素が関わってるんだ。例えば、特別な味のスチューがあるとしたら、その味の秘密を探るのは難しいよね。
遺伝の役割
大きなピースのひとつは遺伝だね。科学者たちは長い間、遺伝が神経精神疾患のリスクに影響を与えることを知ってた。実際、家族にその病気の人がいると、自分もかかる可能性が高いって多くの研究が示してるんだ。これは家族のレシピみたいなもので、家族に受け継がれて美味しい味がするんだ。遺伝子研究では、さまざまな疾患に関連する特定のDNAの部分、つまりローカスが特定されてきたんだ。最近では、技術の進歩のおかげで、これらの研究が大きな分野に成長してきたよ。
GWAS)
ゲノムワイド関連研究 (ゲノムワイド関連研究、略してGWASは、研究者が人間のゲノム全体を調べて病気に関連する遺伝的変異を探すような宝探しみたいなものだね。様々な神経精神疾患のリスクを高める遺伝的変異が何千も見つかってる。でも、これらの変異を持ってるからって、必ずしも病気になるわけじゃないんだ。これは宝くじのチケットを持ってるようなもので、持ってるからってジャンボが当たるわけじゃないからね。
非コーディング領域の謎
研究者たちがGWASの結果を深く掘り下げていくと、疾患に関連する多くの遺伝的変異がDNAの非コーディング領域に位置していることが分かったんだ。非コーディング領域は、細胞にタンパク質を作る方法を直接指示する部分ではなく、コーディングDNAの仕事なんだ。これで研究者たちは頭を抱えてるよ、これらの領域が病気にどう影響するのかは簡単じゃないからね。
規制変異の重要性
これらの非コーディング領域の規制変異は、病気のリスクに影響を与える強い候補と見なされているよ。これらの変異は、遺伝子がオンまたはオフになる方法に影響を与えることができて、まるで調光スイッチがライトの明るさを調整するみたいだね。ここで遺伝子発現が関わってくる。遺伝子発現の情報と遺伝データを統合することで、研究者は因果変異を特定したり、神経精神疾患のリスクに関与する遺伝子を特定し始めることができる。
マルチオミクスアプローチ
最近、科学者たちはマルチオミクスアプローチを使って遺伝子研究からもっと情報を引き出すようになったんだ。映画を理解するために、ただ見るだけで本を読んだり監督と話したりしないようなもんだよ。マルチオミクスは、遺伝子、遺伝子発現、タンパク質のレベルなど、さまざまな生物学的データを統合して全体像を作るんだ。
脳に関連する疾患では、RNAシーケンシング(遺伝子発現について教えてくれる)、リボソームプロファイリング(タンパク質の作り方の手がかりをくれる)、プロテオミクス(タンパク質の量を測る)などのデータを統合することで、これらの遺伝的変異が病気リスクにどう影響するかの理解を深められるよ。このデータの組み合わせは、同じイベントのさまざまな角度をキャッチするための複数のカメラを持っているようなもんだね。
転写と翻訳の課題
遺伝子調節を理解する過程で、研究者たちは遺伝子が発現してるからって、期待通りの量のタンパク質が作られるわけじゃないことを発見したんだ。これはケーキを焼くのにも似ていて、レシピ通りにやっても、時々ケーキが思ったより膨らまないことがあるんだ。ここで翻訳的および翻訳後調節の考え方が関わってくる。
翻訳的調節はRNAをタンパク質に変換する効率を制御し、翻訳後調節はタンパク質が作られた後の挙動に影響を与える。この制御の層によって、遺伝子発現に影響を与える変異が翻訳で見失われることがあるんだ。
脳の研究
脳を研究する際、科学者たちは脳の組織を調べて遺伝的変異が遺伝子発現や翻訳、最終的にはタンパク質のレベルにどう影響するかを理解しようとするんだ。最近の死後脳サンプルの研究では、研究者たちは膨大なデータを集めて、遺伝的変異が前頭前野のタンパク質合成にどう影響するかを理解しようとしたんだ。前頭前野は複雑な行動に関わる脳のエリアだよ。
リボソームプロファイリングを使うことで、リボソーム(タンパク質を生産する機械)がどれだけ効率的に働いているかを見ることができる。200以上の脳サンプルを使って、約620億のデータポイントをキャッチできたんだ。すごい情報量だね!
遺伝的信号の発見
研究者たちはどの遺伝的変異が本当に重要かを探るために、シス-QTLマッピングという手法を使ったよ。この技術は遺伝子発現に影響を与える変異を特定するのに役立つんだ。彼らは何千ものこれらの変異を見つけて、遺伝的変異にはそれぞれ違った強さがあり、様々な方法で遺伝子発現に影響を与えることが分かったんだ。
研究者たちは、遺伝子発現からタンパク質へと下流に移動するにつれて、重要な信号の数が劇的に減少することに気づいたよ。タンパク質合成に影響を与える変異を見つけるのは、遺伝子発現に影響を与える変異を見つけるよりもずっと難しいんだ。これは、遺伝子からタンパク質に進むにつれて、つながりが不明瞭になる、まるで電話ゲームのように、元のメッセージが歪んでしまうみたいだね。
特定の変異の役割
この研究では、さまざまなタイプのQTLが特定されたんだ。eQTL(発現QTL)、rQTL(リボソーム占有QTL)、pQTL(タンパク質QTL)など、それぞれが異なる調節の層を表している。研究者たちは、タンパク質QTLは発現やリボソーム占有QTLに比べてコーディング変異が多い傾向があることを観察したよ。
また、これらのQTLの多くが神経精神疾患に関連する遺伝子と類似点を共有していることも分かったんだ。これは、特定の遺伝的変異がこれらの条件のリスクを高める可能性があることを示しているね。
脳疾患との共定位
この研究の重要な部分は、QTL信号と統合失調症などの脳疾患に関連する既知の遺伝的信号との共定位を探すことだったよ。実際、多くのQTL信号がこれらの脳疾患の信号と重なっていて、これらの疾患のリスクに関与しているかもしれないことを示唆しているんだ。
新しいリスク遺伝子の発見
研究者たちは、以前に報告されていなかった新しいリスク遺伝子も特定したよ。これは、マルチオミクスデータのアプローチと特定の遺伝的変異の重要性の組み合わせのおかげなんだ。まるで、他の人が見逃した宝物を見つけるようなもんだね!
新しく発見された遺伝子の中には、脳の重要な機能に関連するものもあって、特定の神経精神疾患が発症しやすくなる理由を説明する手がかりになるかもしれないんだ。
翻訳的効果の実際
研究者たちは、多くの遺伝的変異が遺伝子発現に大きな影響を与えたけど、タンパク質レベルへの影響はあまり目立たなかったことを観察したよ。これが、これらの変異がタンパク質合成にどう影響するのか、タンパク質レベルに影響を与えずにどうやって影響するのかについて興味深い疑問を投げかけているんだ。
異なる研究からの独立したデータセットを比較することで、研究者たちは彼らの結論を強化することができたよ。翻訳的調節が、効果の大きさのより大きな減少に寄与しているように見えたんだ。
将来の研究への影響
これらの複雑なデータセットを組み合わせることで、研究者たちは遺伝子、タンパク質合成、神経精神疾患が交差する様子をより明確に理解し始めているよ。彼らの発見は新しい研究の道を開き、分子メカニズムを理解することで、これらの疾患に対するより良い治療法や介入法につながることを示唆しているんだ。
さらに、彼らは遺伝的信号を現実の影響に翻訳する可能性を強調していて、遺伝子が行動やメンタルヘルスのリスクにどう影響するかを理解する重要性を強調しているよ。
結論
要するに、神経精神疾患の背後にある遺伝子は、さまざまな要素の相互作用の複雑な網なんだ。まだまだ解明すべきことがたくさんあって、旅は続いているんだ。研究者たちはより深く探求し、革新的な方法を利用することで、これらの状態の理解をさらに明らかにしたいと考えているよ。
遺伝子がこんなに絡まっているなんて、まるでスパゲッティみたいだよね?でも、決意と適切なツールがあれば、研究者たちはこの科学のパスタを一歩ずつ解きほぐしているんだ。
オリジナルソース
タイトル: The impact of common variants on gene expression in the human brain: from RNA to protein to schizophrenia risk
概要: BackgroundThe impact of genetic variants on gene expression has been intensely studied at the transcription level, yielding invaluable insights into the association between genes and the risk of complex disorders, such as schizophrenia (SCZ). However, the downstream impact of these variants and the molecular mechanisms connecting transcription variation to disease risk are not well understood. ResultsWe quantitated ribosome occupancy in prefrontal cortex samples of the BrainGVEX cohort. Together with transcriptomics and proteomics data from the same cohort, we performed cis- Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and identified 3,253 expression QTLs (eQTLs), 1,344 ribosome occupancy QTLs (rQTLs), and 657 protein QTLs (pQTLs) out of 7,458 genes from 185 samples. Of the eQTLs identified, only 34% have their effects propagated to the protein level. Further analysis on the effect size of prefrontal cortex eQTLs identified from an independent dataset clearly replicated the post-transcriptional attenuation of eQTL effects. We identified omics-specific QTLs and investigated their potential in driving disease risks. Using a variant based approach, we found expression-specific QTLs (esQTLs) for 1,553 genes, ribosome- occupancy-specific QTLs (rsQTLs) for 155 genes, and protein-specific QTLs (psQTLs) for 161 genes. Among these omics-specific QTL, 38 showed strong colocalization with brain associated disorder GWAS signals, 29 of them are esQTLs. Because a gene could contain multiple QTL signals, each could either be shared across omics or omics-specific, we aggregated QTL signals from each omics for each gene and found 11 brain associated disorder risk genes that are driven predominantly by omics-specific QTL, all of them are driven by variants impacting transcriptional regulation. This gene-based approach also enabled us to categorize risk genes containing both omics-specific and shared QTL signals. The limited number of GWAS colocalization discoveries from gene-based omics-specific mapping, however, prompted us to take a complementary approach to investigate the functional relevance of genes driven predominantly by attenuated eQTL signals. Using S-PrediXcan we identified 74 SCZ risk genes across the three omics, 30% of which were novel, and 67% of these risk genes were confirmed to be causal in a MR-Egger test using data from the corresponding omics. Notably, 52 out of the 74 risk genes were identified using eQTL data and 68% of these SCZ-risk-gene-driving eQTLs show little to no evidence of driving corresponding variations at the protein level. ConclusionThe effect of eQTLs on gene expression in the prefrontal cortex is commonly attenuated post- transcriptionally. Many of the attenuated eQTLs still correlate with GWAS signals of brain associated complex disorders, indicating the possibility that these eQTL variants drive disease risk through mechanisms other than regulating protein expression level. Further investigation is needed to elucidate the mechanistic link between attenuated eQTLs and brain associated complex disorders.
著者: Qiuman Liang, Yi Jiang, Annie W. Shieh, Dan Zhou, Rui Chen, Feiran Wang, Meng Xu, Mingming Niu, Xusheng Wang, Dalila Pinto, Yue Wang, Lijun Cheng, Ramu Vadukapuram, Chunling Zhang, Kay Grennan, Gina Giase, Kevin P White, Junmin Peng, Bingshan Li, Chunyu Liu, Chao Chen, Sidney H. Wang
最終更新: 2024-12-24 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.04.543603
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.04.543603.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。