Usare l'inferenza del linguaggio naturale nei trial clinici
Sfruttare l'NLI per migliorare l'analisi dei report sulle sperimentazioni cliniche per una cura personalizzata dei pazienti.
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Indice
- Gli Obiettivi dell'Iniziativa
- Risultati dei Compiti
- Importanza dei Trial Clinici
- Compiti di NLI4CT
- La Sfida del Ragionamento Multi-Hop
- Osservazioni dagli Invii
- Approfondimenti Tecnici
- Il Ruolo dell'Aumento dei Dati
- Pre-Addestramento Biomedico
- L'Impatto della Selezione delle Prove
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Negli ultimi anni, il campo della medicina ha fatto molto affidamento sui trial clinici per testare nuovi trattamenti e garantire la loro sicurezza ed efficacia. Tuttavia, ci sono oltre 400.000 rapporti di trial clinici disponibili, e ogni anno ne vengono pubblicati di nuovi. Questo grande volume rende difficile esaminare e analizzare tutte le informazioni necessarie quando si creano nuovi piani di trattamento.
Per affrontare questo problema, i ricercatori si sono rivolti all'Inferenza del Linguaggio Naturale (NLI), un metodo in cui i computer possono capire e interpretare il linguaggio umano. Questo metodo può aiutare a esaminare la vasta quantità di prove mediche e rendere più facile per i professionisti della salute fornire cure personalizzate basate su informazioni affidabili.
Questo articolo parla di un'iniziativa specifica che si è concentrata sull'uso della NLI per i dati dei trial clinici. Questo sforzo ha comportato la creazione di compiti in cui i computer avrebbero preso delle affermazioni e determinato la loro relazione con i rapporti dei trial clinici, estraendo anche prove rilevanti da questi rapporti.
Gli Obiettivi dell'Iniziativa
I principali obiettivi erano due. Il primo obiettivo era vedere se un computer potesse prevedere se un'affermazione su un trial clinico corrispondeva o contraddiceva le informazioni nel rapporto del trial. Il secondo obiettivo era identificare parti specifiche di prova nel rapporto che supportassero la risposta al primo obiettivo.
L'iniziativa ha prodotto un dataset specificamente legato ai rapporti dei trial clinici sul cancro al seno. I ricercatori miravano a valutare quanto bene riuscissero a eseguire questi compiti, che spesso richiedevano ragionamento attraverso più informazioni e gestione di dati numerici.
Risultati dei Compiti
Il primo compito, che prevedeva di determinare se un'affermazione si allineava con il rapporto del trial, ha ricevuto 643 invii da 40 partecipanti. Il secondo compito, focalizzato sulla Selezione delle prove, ha raccolto 364 invii da 23 partecipanti. Molti dei sistemi hanno faticato a performare meglio di una regola base che assumeva la risposta più comune, soprattutto durante il primo compito. Tuttavia, c'è stata generalmente una migliore performance nel secondo compito, che è stato considerato meno impegnativo.
Una delle scoperte è stata che aumentare il numero di parametri nei modelli utilizzati ha portato a risultati migliori. Questo si è rivelato più efficace che semplicemente allenare i modelli con Dati Biomedici in anticipo. Le ricerche future potrebbero esaminare le sfide che rimangono nell'uso di modelli grandi per trarre conclusioni e come migliorare i dataset clinici per test migliori.
Importanza dei Trial Clinici
I trial clinici sono cruciali perché aiutano a verificare se i nuovi trattamenti sono sicuri e funzionano come previsto. Tuttavia, data l'enorme quantità di rapporti pubblicati, esaminare manualmente per trovare le informazioni necessarie non è fattibile.
L'Inferenza del Linguaggio Naturale offre una soluzione potenziale, permettendo l'interpretazione di questi rapporti su una scala più ampia. Questo porterebbe a cure basate sull'evidenza più efficaci per i pazienti, assicurando che ricevano i migliori trattamenti disponibili basati su prove solide.
Compiti di NLI4CT
I compiti in questo sforzo richiedevano ai computer di analizzare il linguaggio naturale e trarre conclusioni. Comportavano il controllo se un'affermazione (come "un trattamento mostra un risultato positivo") riflettesse accuratamente i contenuti di un rapporto di trial clinico. Inoltre, i ricercatori volevano che i sistemi trovassero prove a sostegno nel rapporto che giustificassero la previsione fatta sull'affermazione.
Per raggiungere questo, i ricercatori hanno preparato un dataset speciale basato sui rapporti dei trial clinici sul cancro al seno. Ogni rapporto conteneva varie sezioni e le affermazioni dovevano connettersi in modo efficace con le informazioni in queste sezioni.
La Sfida del Ragionamento Multi-Hop
Una delle principali sfide identificate era il ragionamento multi-hop. Questo significa che il sistema doveva combinare informazioni da diverse sezioni di un rapporto per giungere a una conclusione. Ricerche precedenti indicavano che mentre questi sistemi potevano gestire compiti più grandi, la performance spesso calava quando dovevano connettere più pezzi di informazione.
Inoltre, il ragionamento quantitativo era essenziale, specialmente quando si trattava di dati numerici nei rapporti. Molti sistemi non gestivano costantemente questi numeri in modo efficace, spesso ricorrendo a metodi più semplici.
Osservazioni dagli Invii
Gli invii hanno rivelato che diversi sistemi non erano in grado di performare significativamente meglio di una regola di maggioranza base durante il primo compito. Tuttavia, la maggior parte dei partecipanti ha avuto un successo migliore nel secondo compito, concentrandosi sulla selezione delle prove.
I sistemi tendevano a fornire un tasso di richiamo più alto che di precisione, il che significa che erano bravi a identificare informazioni rilevanti ma a volte includevano dettagli non correlati. Questa scoperta ha evidenziato l'importanza di massimizzare il richiamo per garantire che nessuna informazione cruciale fosse persa, anche se questo significava accettare alcuni dati irrilevanti.
Approfondimenti Tecnici
Sono stati utilizzati diversi approcci all'interno degli invii. Alcuni sistemi si basavano su modelli generativi che prevedevano risultati basati su informazioni date, mentre altri usavano modelli discriminativi che si concentravano sul distinguere tra diverse classi. Molti partecipanti hanno utilizzato modelli addestrati specificamente su dati biomedici per migliorare le performance dei loro sistemi.
È interessante notare che i modelli più grandi hanno costantemente performato meglio, sottolineando la relazione tra la dimensione del modello e l'efficienza in questi compiti. D'altro canto, i sistemi basati su regole non hanno performato competitivamente rispetto ai modelli più grandi ma hanno presentato un'opportunità per una maggiore trasparenza e interpretazione.
Il Ruolo dell'Aumento dei Dati
L'aumento dei dati è stato menzionato come una tecnica per migliorare le performance, dove dati aggiuntivi sarebbero stati aggiunti al set di addestramento. Tuttavia, non ha fornito benefici significativi in questo contesto. Alcuni sistemi hanno provato a introdurre varie tecniche per migliorare i loro dati di addestramento ma non hanno ottenuto grandi miglioramenti.
Questo suggerisce che semplicemente aumentare la dimensione del dataset non è sempre efficace senza una selezione attenta di compiti e annotazioni adatte al dominio target.
Pre-Addestramento Biomedico
Sebbene molti sistemi utilizzassero modelli pre-addestrati su dati biomedici, non c'era una strategia chiara che producesse costantemente performance superiori. Alcuni sistemi tra i migliori non usavano alcun pre-addestramento, dimostrando che semplicemente avere dati di addestramento biomedici non garantisce risultati migliori.
Questa osservazione supporta l'idea che ci sia molto spazio per miglioramenti, possibilmente attraverso il potenziamento dei dati o l'incorporazione di conoscenze pregresse nei sistemi.
L'Impatto della Selezione delle Prove
Selezionare prove rilevanti è cruciale per questi compiti. Se i modelli riescono a identificare accuratamente informazioni essenziali da lunghi rapporti clinici, possono evitare di perdere dati preziosi a causa di troncamenti. Tuttavia, i modelli che prima estraevano prove non hanno superato quelli che usavano l'intero contesto per l'inferenza.
Questo indica l'importanza di un recupero approfondito delle prove per garantire che nessuna informazione rilevante venga trascurata.
Conclusione
In sintesi, l'iniziativa focalizzata sull'Inferenza del Linguaggio Naturale Multi-Evidenza per i Dati dei Trial Clinici ha affrontato sfide significative. Molti sistemi hanno faticato a superare regole base durante il compito di inferenza, mentre la selezione delle prove si è rivelata più gestibile.
Trovare modi per migliorare il ragionamento delle macchine sui rapporti dei trial clinici rimane essenziale per migliorare le cure basate sull'evidenza. Le ricerche future potrebbero concentrarsi su interpretazioni migliori dei dati, perfezionando i modelli e assicurando che tutti i pezzi rilevanti di informazione vengano catturati in modo efficace, contribuendo infine allo sforzo continuo di fornire cure mediche di alta qualità e personalizzate.
Titolo: SemEval-2023 Task 7: Multi-Evidence Natural Language Inference for Clinical Trial Data
Estratto: This paper describes the results of SemEval 2023 task 7 -- Multi-Evidence Natural Language Inference for Clinical Trial Data (NLI4CT) -- consisting of 2 tasks, a Natural Language Inference (NLI) task, and an evidence selection task on clinical trial data. The proposed challenges require multi-hop biomedical and numerical reasoning, which are of significant importance to the development of systems capable of large-scale interpretation and retrieval of medical evidence, to provide personalized evidence-based care. Task 1, the entailment task, received 643 submissions from 40 participants, and Task 2, the evidence selection task, received 364 submissions from 23 participants. The tasks are challenging, with the majority of submitted systems failing to significantly outperform the majority class baseline on the entailment task, and we observe significantly better performance on the evidence selection task than on the entailment task. Increasing the number of model parameters leads to a direct increase in performance, far more significant than the effect of biomedical pre-training. Future works could explore the limitations of large models for generalization and numerical inference, and investigate methods to augment clinical datasets to allow for more rigorous testing and to facilitate fine-tuning. We envisage that the dataset, models, and results of this task will be useful to the biomedical NLI and evidence retrieval communities. The dataset, competition leaderboard, and website are publicly available.
Autori: Maël Jullien, Marco Valentino, Hannah Frost, Paul O'Regan, Donal Landers, André Freitas
Ultimo aggiornamento: 2023-05-11 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2305.02993
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2305.02993
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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