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Avanzare nella Valutazione dei Semi con la Tecnologia

Nuovi metodi migliorano l'analisi dei semi di pisello secchi usando immagini avanzate e machine learning.

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I piselli secchi, conosciuti anche come Pisum sativum, appartengono alla famiglia delle leguminose e sono il secondo legume più importante al mondo, subito dopo i fagioli. Questi piselli vengono coltivati in diverse regioni temperate del pianeta. Oltre a essere una fonte di cibo per le persone, servono anche come mangime per il bestiame e gli animali domestici. Una delle loro capacità speciali è quella di assorbire l'azoto dall'aria, grazie a una partnership con alcune batteri del suolo. Questa abilità aiuta a ridurre il bisogno di fertilizzanti chimici, rendendoli un'opzione più sostenibile.

I piselli secchi sono pieni di nutrimento, offrendo proteine, minerali, amidi complessi e fibre. La loro nutrizione si completa con quella dei cereali, utile per una dieta equilibrata. È importante notare che i piselli secchi non sono stati geneticamente modificati, il che attrae sempre di più i consumatori che preferiscono prodotti naturali. Questo fattore ha fatto sì che i piselli secchi diventassero una scelta popolare nel mercato delle proteine vegetali, con marchi come Beyond Meat e Ripple che promuovono prodotti a base di proteine di piselli.

Con l’aumento della popolarità dei prodotti a base di piselli secchi, diventa essenziale migliorare la qualità e la quantità dei semi prodotti per soddisfare la domanda crescente. La qualità dei semi è cruciale poiché influisce direttamente sulla commerciabilità e sul valore di questa coltura. Fattori come dimensione, forma e colore dei semi sono importanti quando arriva il momento di vendere. Semi di buona qualità non solo hanno un bell'aspetto, ma mostrano anche una migliore vigoria di crescita, il che può portare a rese più elevate.

Metodi Attuali di Valutazione dei Semi

Tradizionalmente, per valutare la qualità dei semi, la gente li ispeziona visivamente e ne misura la dimensione utilizzando strumenti come setacci e bilance. Tuttavia, questo metodo può essere lento e soggettivo, spesso richiedendo mesi per valutare un numero significativo di piante. Con migliaia di nuove linee di breeding da esaminare, affidarsi ai metodi manuali può creare ritardi nel processo di breeding. Qui emerge chiaramente la necessità di un metodo più veloce e preciso.

Il Ruolo della Tecnologia nella Valutazione dei Semi

I recenti progressi tecnologici, in particolare nella visione artificiale, hanno creato nuove opportunità per migliorare la valutazione dei semi. I ricercatori hanno iniziato a utilizzare l'Analisi delle immagini e l'apprendimento automatico per comprendere meglio le caratteristiche dei semi. Tuttavia, molti metodi esistenti richiedono molta preparazione e calibrazione per funzionare correttamente, il che può essere costoso e dispendioso in termini di tempo.

Per affrontare queste sfide, abbiamo deciso di costruire un sistema user-friendly e ad alta velocità per analizzare le caratteristiche dei semi. Questo sistema integra l'elaborazione delle immagini con tecniche di deep learning, consentendo una valutazione efficiente e su larga scala dei semi. Stabilendo condizioni costanti per catturare le immagini e utilizzando il deep learning per identificare e misurare le caratteristiche dei semi, il nostro metodo migliora notevolmente la velocità e l'accuratezza delle valutazioni dei semi.

Materiali Vegetali Utilizzati nella Ricerca

Nella nostra ricerca, abbiamo raccolto 287 campioni di piselli secchi dall’USDA. Questi campioni provenivano da diverse regioni, mostrando la varietà all'interno della specie. Sono stati raccolti da molti luoghi, riflettendo la diversità di aspetto dei piselli secchi.

Coltivare i Semi

I semi sono stati piantati in appezzamenti appositamente progettati con uno spazio specifico durante le stagioni di crescita del 2021 e del 2022. Ogni appezzamento conteneva 30 semi, e ci siamo assicurati di trattarli con prodotti protettivi prima di piantarli. Quando le piante sono maturate, gli appezzamenti sono stati raccolti e asciugati per preparare i semi all'analisi.

Costruire il Setup per la Cattura delle Immagini

Per catturare le immagini dei semi, abbiamo costruito una light box economica, una struttura semplice che aiuta a scattare foto coerenti. Usando una normale scatola di cartone, abbiamo creato uno spazio chiuso dove i semi potevano essere fotografati con illuminazione controllata. Abbiamo usato materiali di uso quotidiano, rendendo il tutto accessibile a chiunque voglia ricrearlo. Il nostro setup includeva una moneta di riferimento per garantire che le immagini rimanessero di dimensioni costanti durante l'analisi.

Preparare le Immagini per l'Analisi

Una volta catturati i semi con la nostra light box, ci siamo assicurati di preparare le immagini correttamente per l'analisi. Abbiamo utilizzato uno strumento che aiuta a trovare la moneta nelle immagini e a correggere eventuali differenze causate dalla fotocamera. Questo assicura che ogni immagine sia coerente e possa essere facilmente confrontata.

All'inizio del 2023, abbiamo iniziato a usare uno strumento potente chiamato Segment Anything Model (SAM). Questo strumento può identificare automaticamente diversi oggetti in un'immagine, inclusi i semi. Separa ogni seme dallo sfondo, rendendo molto più semplice analizzarli. Dopo, abbiamo addestrato un altro modello, YOLOv8, che può rilevare e classificare i semi in nuove immagini.

Segmentare i Semi con SAM

Prima di addestrare il nostro modello YOLOv8, dovevamo preparare il nostro set di dati definendo accuratamente la posizione di ogni seme all'interno delle immagini. Questo è stato realizzato utilizzando SAM, che separa rapidamente e con precisione i semi dai loro sfondi. SAM elabora le immagini per disegnare un riquadro attorno a ogni seme, fornendoci le informazioni necessarie per addestrare il nostro modello di rilevamento.

Rilevare i Semi con YOLOv8

Una volta che avevamo le nostre immagini correttamente etichettate, siamo passati all'addestramento di YOLOv8. Questo modello è noto per rilevare rapidamente e con precisione gli oggetti all'interno delle immagini. Durante l'addestramento, YOLOv8 esamina l'intera immagine contemporaneamente e la divide in sezioni più piccole, facilitando la ricerca e l'identificazione dei semi.

Abbiamo condotto due serie di esperimenti per vedere quanto bene il modello avesse appreso dalle nostre immagini. I risultati hanno mostrato che anche con un numero ridotto di cicli di addestramento, il modello era in grado di riconoscere bene diversi oggetti, compresi i semi.

Prestazioni dei Modelli

La nostra ricerca ha indicato che SAM ha ottenuto risultati eccezionali nel segmentare e identificare accuratamente i semi, raggiungendo oltre il 96% di accuratezza. Anche YOLOv8 ha mostrato risultati impressionanti con un tasso di precisione di 0.977, suggerendo che potrebbe essere uno strumento utile per l'analisi automatizzata dei semi in agricoltura.

Validazione dei Risultati

Per assicurarci che il nostro modello misurasse accuratamente le dimensioni dei semi, abbiamo confrontato le misurazioni del nostro modello con misurazioni manuali effettuate con strumenti di precisione. Abbiamo trovato una forte correlazione tra i due metodi, confermando che il nostro modello è efficace nell'analizzare le caratteristiche dei semi.

Abbiamo anche effettuato un controllo visivo dei colori estratti dalle nostre immagini. Confrontando le immagini originali dei semi con quelle elaborate, ci siamo assicurati che il nostro metodo di estrazione dei colori fosse affidabile.

Vantaggi dell'Analisi Automatizzata

Lo sviluppo di un sistema automatizzato per analizzare le caratteristiche dei semi offre numerosi vantaggi. Permette risultati più rapidi, maggiore accuratezza e una migliore integrazione dei dati rispetto ai metodi tradizionali. I processi automatizzati riducono gli errori umani e i pregiudizi, garantendo che i dati raccolti siano coerenti e affidabili. Man mano che i set di dati crescono, l'analisi automatizzata può facilmente adattarsi senza richiedere più tempo o lavoro.

In un ambiente controllato dove le influenze esterne sono limitate, il nostro sistema fornisce informazioni accurate sulle vere caratteristiche dei semi. Anche se il nostro setup attuale non dispone di un sistema di codici a barre per tracciare i campioni, che migliorerebbe la gestione dei dati, la base generale è solida per futuri sviluppi.

Conclusione

In sintesi, il nostro approccio all'utilizzo di tecnologie avanzate per valutare i semi di piselli secchi mostra grande potenziale. La combinazione di modelli di deep learning e un processo sistematico di imaging consente un'estrazione efficiente e precisa delle caratteristiche. Miglioramenti e adeguamenti continui ai nostri metodi aumenteranno ulteriormente la loro efficacia nella ricerca agricola e nell'analisi dei semi. Il nostro lavoro getta le basi per futuri studi, che potrebbero sfruttare questa tecnologia per esplorare la diversità dei semi e migliorare la qualità delle colture.

Fonte originale

Titolo: High-Throughput Phenotyping of Seed Quality Traits Using Imaging and Deep Learning in Dry Pea

Estratto: Seed traits, such as seed color and seed size, directly impact seed quality, affecting the marketability and value of dry peas [1]. Assessing seed quality is integral to a plant breeding programs to ensure optimal seed standards. This research introduced a phenotyping tool to assess seed quality traits specifically tailored for pulse crops, which integrates image processing with cutting-edge deep learning models. The proposed method is designed for automation, seamlessly processing a sequence of images while minimizing human intervention. The pipeline standardized red-green-blue (RGB) images captured from a color light box and used deep learning models to segment and detect seed features. Our method extracted up to 86 distinct seed characteristics, ranging from basic size metrics to intricate texture details and color nuances. Compared to traditional methods, our pipeline demonstrated a 95 percent similarity in seed quality assessment and increased time efficiency (from 2 weeks to 30 minutes for processing time). Specifically, we observed an improvement in the accuracy of seed trait identification by simply using an RGB value instead of a categorical, non-standard description, which allowed for an increase in the range of detectable seed quality characteristics. By integrating conventional image processing techniques with foundational deep learning models, this approach emerges as a pivotal instrument in pulse breeding programs, guaranteeing the maintenance of superior seed quality standards.

Autori: Nonoy Bandillo, M. Morales, H. Worral, L. Piche, S. A. Atanda, F. Dariva, C. Ramos, K. Hoang, C. Yan, P. Flores

Ultimo aggiornamento: 2024-03-06 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.05.583564

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.05.583564.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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