MDace: Un Nuovo Dataset per la Codifica Medica delle Evidenze
MDace offre una risorsa fondamentale per migliorare l'accuratezza della codifica medica grazie al supporto delle evidenze.
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Indice
- L'importanza delle evidenze nella codifica
- Il ruolo della Codifica Assistita da Computer (CAC)
- La necessità di un dataset di evidenze per i codici
- Presentiamo MDace: il Dataset di Evidenze per i Codici
- Struttura del Dataset MDace
- Importanza dei metodi di estrazione delle evidenze
- Le sfide della classificazione multi-etichetta nella codifica medica
- Analisi dei dataset MIMIC-III e MIMIC-IV
- Il processo di annotazione per MDace
- Accordo tra annotatori e controllo qualità
- Esplorando le statistiche di MDace
- I benefici di MDace per la ricerca sulla codifica medica
- Metodi di estrazione delle evidenze in pratica
- Direzioni future per MDace
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
La Codifica Medica è fondamentale nella sanità. Consiste nell'assegnare codici a diagnosi e procedure in base alle visite dei pazienti nelle strutture mediche. Una codifica corretta è necessaria per la fatturazione e le richieste di rimborso assicurativo. Tuttavia, la codifica può essere complicata a causa dell'enorme numero di codici disponibili, delle linee guida specifiche e dell'interpretazione del codificatore.
L'importanza delle evidenze nella codifica
Nella codifica medica, è fondamentale fornire evidenze che supportino i codici selezionati. Queste evidenze provengono dalle note cliniche scritte dai fornitori di assistenza sanitaria. Quando un codificatore assegna un codice per una diagnosi o un trattamento di un paziente, deve essere in grado di indicare un testo specifico nella cartella clinica che giustifichi quel codice. Questo stabilisce un chiaro legame tra il codice assegnato e le informazioni documentate nelle cartelle del paziente.
Il ruolo della Codifica Assistita da Computer (CAC)
La Codifica Assistita da Computer (CAC) è una tecnologia progettata per aiutare i codificatori medici nel loro lavoro. Utilizza l'elaborazione del linguaggio naturale per analizzare i testi medici e suggerire codici basati sulla documentazione. Anche se la CAC può semplificare il processo di codifica, deve comunque fornire le evidenze testuali a supporto dei codici suggeriti. Questo significa che i sistemi CAC devono dimostrare non solo l'accuratezza dei codici, ma anche l'affidabilità delle evidenze utilizzate per sostenerli.
La necessità di un dataset di evidenze per i codici
Creare un dataset che contenga evidenze a supporto dei codici nelle cartelle cliniche è un compito complesso. Richiede conoscenze specializzate in pratiche di codifica e terminologia medica. Di conseguenza, non c'è mai stato un dataset pubblico che contenesse questo tipo di evidenza sui codici, rendendo difficile per i ricercatori e i programmatori valutare e migliorare efficacemente i sistemi CAC.
Presentiamo MDace: il Dataset di Evidenze per i Codici
MDace è un nuovo dataset sviluppato per rispondere all'esigenza di evidenze per i codici nella codifica medica. È specificamente progettato per un compito di classificazione multi-etichetta estrema, dove un lungo documento medico può portare all'assegnazione di più codici da un'ampia lista di codici possibili. Costruito da un sottoinsieme di record clinici noti come MIMIC-III, MDace contiene evidenze sui codici annotate da codificatori medici professionisti. Il dataset include cartelle cliniche per pazienti ricoverati e cartelle per onorari professionali, offrendo una risorsa completa per ricercatori e professionisti.
Struttura del Dataset MDace
MDace si compone di due parti principali: cartelle per pazienti ricoverati (IP) e cartelle per onorari professionali. Il dataset include migliaia di intervalli di evidenze legati a vari codici diagnostici e di procedura. Ogni intervallo contiene il codice pertinente e i segmenti di testo corrispondenti nelle note cliniche. Queste annotazioni consentono un legame diretto tra i codici e le loro evidenze a supporto, fondamentale per valutare i sistemi CAC.
Importanza dei metodi di estrazione delle evidenze
Con MDace, i ricercatori possono utilizzare vari metodi per estrarre evidenze dai testi medici. Questi metodi sono implementati tramite modelli di rete neurale che aiutano a identificare e mettere in evidenza i segmenti di testo rilevanti che giustificano i codici assegnati. Questa capacità di estrazione delle evidenze è vitale per migliorare sia l'accuratezza che l'interpretabilità delle tecnologie CAC.
Le sfide della classificazione multi-etichetta nella codifica medica
La codifica medica è spesso un problema di classificazione multi-etichetta estrema. Ciò significa che un singolo documento medico può contenere numerosi codici da una lista molto ampia di codici potenziali. La sfida non consiste solo nel selezionare i codici corretti, ma anche nell'identificare le evidenze appropriate per ciascun codice. I documenti in formato lungo nel settore sanitario presentano ulteriori difficoltà, poiché contengono informazioni estese e richiedono lettura e analisi attenta.
Analisi dei dataset MIMIC-III e MIMIC-IV
Il dataset MIMIC-III è una risorsa ricca di record clinici provenienti da un centro medico, offrendo spunti sulla cura dei pazienti, diagnosi e procedure. Tuttavia, mentre MIMIC-III contiene codici, non ha l'associazione esplicita tra i codici e le note cliniche che forniscono le evidenze per il loro uso. Al contrario, il recentemente rilasciato dataset MIMIC-IV migliora questo aspetto includendo i codici ICD-10 ma non fornisce comunque un dataset di riferimento per le evidenze.
Il processo di annotazione per MDace
La creazione di MDace ha comportato un rigoroso processo di annotazione in cui codificatori professionisti hanno esaminato meticolosamente le note cliniche, evidenziando gli intervalli di testo pertinenti e assegnando i codici appropriati in base alla loro formazione ed esperienza. Questo processo è stato fondamentale per garantire che le evidenze fornite nel dataset siano solide e riflettano accuratamente le pratiche di codifica utilizzate in contesti reali.
Accordo tra annotatori e controllo qualità
Data la complessità della codifica medica, non è raro che diversi codificatori abbiano interpretazioni diverse delle evidenze. Per affrontare questo problema, il processo di annotazione ha incluso valutazioni dell'accordo tra annotatori, garantendo coerenza e affidabilità delle annotazioni delle evidenze. Queste misure aiutano a mantenere standard di alta qualità per il dataset.
Esplorando le statistiche di MDace
MDace presenta ampie statistiche riguardanti le cartelle annotate, i codici e gli intervalli di evidenza, fornendo preziosi spunti sulla struttura del dataset. Il dataset include un numero sostanziale di codici unici e intervalli di evidenza che ne rafforzano l'applicabilità per la ricerca e lo sviluppo nelle tecnologie di codifica medica.
I benefici di MDace per la ricerca sulla codifica medica
L'introduzione di MDace segna un significativo avanzamento nel campo della ricerca sulla codifica medica. Fornendo un dataset accessibile pubblicamente contenente evidenze annotate, consente ai ricercatori di valutare e migliorare i sistemi CAC in modo più efficace. L'accesso a evidenze di codici del mondo reale è vitale per sviluppare algoritmi che possano estrarre e giustificare accuratamente la codifica medica in base alla documentazione clinica.
Metodi di estrazione delle evidenze in pratica
Il dataset MDace supporta vari metodi di estrazione delle evidenze che sfruttano tecnologie di deep learning. Questi metodi possono migliorare le performance dei sistemi CAC consentendo loro di identificare gli intervalli di testo rilevanti che corrispondono ai codici assegnati. Stabilendo metriche di performance di base utilizzando questi metodi, i ricercatori possono valutare l'efficacia di diverse approcci nell'estrazione delle evidenze.
Direzioni future per MDace
Con MDace ora disponibile, i ricercatori possono esplorarne l'uso insieme ad altri dataset, come MIMIC-IV, per approfondire ulteriormente la comprensione della codifica medica. I lavori futuri potrebbero includere l'espansione del dataset, il perfezionamento delle tecniche di estrazione delle evidenze e l'integrazione dei risultati in applicazioni pratiche nel settore sanitario.
Conclusione
MDace offre una nuova e preziosa risorsa per la comunità della codifica medica. Affrontando le sfide dell'estrazione delle evidenze e fornendo un dataset completo per la ricerca, apre la strada a progressi nella codifica assistita da computer, portando a pratiche di codifica medica più accurate ed efficienti. Con l'evoluzione di questo campo, le intuizioni ottenute da MDace e dataset simili giocheranno un ruolo critico nella formazione del futuro delle tecnologie di codifica medica.
Titolo: MDACE: MIMIC Documents Annotated with Code Evidence
Estratto: We introduce a dataset for evidence/rationale extraction on an extreme multi-label classification task over long medical documents. One such task is Computer-Assisted Coding (CAC) which has improved significantly in recent years, thanks to advances in machine learning technologies. Yet simply predicting a set of final codes for a patient encounter is insufficient as CAC systems are required to provide supporting textual evidence to justify the billing codes. A model able to produce accurate and reliable supporting evidence for each code would be a tremendous benefit. However, a human annotated code evidence corpus is extremely difficult to create because it requires specialized knowledge. In this paper, we introduce MDACE, the first publicly available code evidence dataset, which is built on a subset of the MIMIC-III clinical records. The dataset -- annotated by professional medical coders -- consists of 302 Inpatient charts with 3,934 evidence spans and 52 Profee charts with 5,563 evidence spans. We implemented several evidence extraction methods based on the EffectiveCAN model (Liu et al., 2021) to establish baseline performance on this dataset. MDACE can be used to evaluate code evidence extraction methods for CAC systems, as well as the accuracy and interpretability of deep learning models for multi-label classification. We believe that the release of MDACE will greatly improve the understanding and application of deep learning technologies for medical coding and document classification.
Autori: Hua Cheng, Rana Jafari, April Russell, Russell Klopfer, Edmond Lu, Benjamin Striner, Matthew R. Gormley
Ultimo aggiornamento: 2023-07-07 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2307.03859
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.03859
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://www.latex-project.org/help/documentation/encguide.pdf
- https://github.com/3mcloud/MDACE/
- https://aclanthology.org/N07-1033.pdf
- https://aclanthology.org/D19-1565/
- https://we.mmm.com/wiki/display/HIS/MIMIC-III+Evidence+Annotation
- https://us-east-1.console.aws.amazon.com/elasticmapreduce/home?region=us-east-1#cluster-details:j-2V9358DW9JJIA
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/256710f877054d8f8f89dad8ed8e402c
- https://localhost:8080/#/compare-runs?runs=
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/81879007a5da4ec7ac0d022c54725097
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/e14fa1ef974c409bb0033d3431564b1c
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/19fa89dc410e4e4eb80a236b4eccbebe
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/4498ca80b2ee4d31b3a39536efbc7ff2
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/de7412872cf34e56a8e46fe38bbb22cd
- https://localhost:8080/#/experiments/135/runs/79439c8073854bf5a1cda10ed496ba29
- https://green-algorithms.org/
- https://inception-project.github.io/
- https://java.com/en/download/help/download
- https://inception-project.github.io/downloads/