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Affrontare la ridondanza nei dataset di scienza dei materiali

Ridurre materiali simili migliora le previsioni dell'apprendimento automatico nella scienza dei materiali.

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Affrontare la ridondanzaAffrontare la ridondanzadei materialiriducendo la duplicazione dei campioni.Nuovo metodo migliora le previsioni
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Nel campo della scienza dei materiali, i ricercatori usano spesso grandi database per prevedere le proprietà di diversi materiali. Però, un grosso problema che si presenta è la presenza di molti materiali simili in questi database. Questa somiglianza può portare a previsioni imprecise quando si usano modelli di machine learning. In questo articolo, parleremo delle sfide poste da questi campioni simili e proporremo un nuovo metodo per affrontare questo problema.

Il Problema dei Campioni Ridondanti

Molti database di materiali, come il Materials Project, contengono numerosi materiali che sono molto simili tra loro. Per esempio, nel database del progetto ci sono molti materiali perovskite che somigliano molto. Quando i ricercatori dividono casualmente questi campioni simili per addestrare e testare modelli di machine learning, i risultati possono essere fuorvianti. I modelli tendono a funzionare meglio di quanto farebbero realmente in scenari reali perché spesso si basano su campioni di addestramento simili per fare previsioni.

Questo problema non è nuovo. Situazioni simili sono state osservate in altri campi, come la bioinformatica, dove i campioni ridondanti possono influenzare i risultati delle previsioni sulle funzioni delle proteine. In quel settore, i ricercatori hanno sviluppato strategie per ridurre la ridondanza nei dati, migliorando così la precisione delle previsioni.

La Necessità di Metodi Migliori

L'esistenza di campioni ridondanti è una sfida significativa nella previsione delle Proprietà dei materiali. Quando il dataset di addestramento è composto da molti materiali simili, il modello addestrato potrebbe non generalizzare bene a nuovi materiali o a materiali diversi. Questo è particolarmente importante perché gli scienziati dei materiali sono spesso interessati a scoprire materiali completamente nuovi con proprietà uniche, non solo a comprendere quelli già noti.

Per affrontare questo problema, è fondamentale controllare i campioni ridondanti quando si creano dataset per il machine learning. Facendo così, possiamo valutare meglio come si comporteranno i modelli nelle applicazioni del mondo reale.

Introducendo MD-HIT

Per affrontare il problema della ridondanza nei dataset, proponiamo un nuovo algoritmo chiamato MD-HIT. Questo metodo mira a ridurre il numero di materiali simili nei dataset, consentendo una valutazione più accurata dei modelli di machine learning. L'algoritmo MD-HIT ha due componenti principali: una che si concentra sulle composizioni dei materiali e un'altra che si occupa delle strutture dei materiali.

Riduzione della Ridondanza nella Composizione

La prima parte di MD-HIT semplifica i dataset di composizione identificando e rimuovendo materiali simili. Questo processo inizia con un materiale rappresentativo e ordina gli altri materiali in base alla loro Struttura atomica. Ogni materiale viene valutato per la sua somiglianza con i rappresentanti già selezionati. Se un materiale è troppo simile, viene rimosso dal dataset.

L'algoritmo utilizza vari metriche di distanza per misurare la somiglianza nella composizione. Concentrandosi su composizioni uniche, aiuta a migliorare le performance dei modelli di machine learning addestrati su questi dataset.

Riduzione della Ridondanza nella Struttura

La seconda componente di MD-HIT si concentra sugli aspetti strutturali dei materiali. Simile al metodo di composizione, questa parte identifica strutture ridondanti confrontando caratteristiche delle strutture cristalline. Inizia anche con una struttura seme scelta e valuta altre strutture in base a quanto siano simili a questa seme.

Questa parte dell'algoritmo tiene conto delle diverse caratteristiche delle strutture dei materiali e aiuta a creare un dataset più diversificato.

Valutare le Previsioni delle Proprietà dei Materiali

Per vedere quanto bene funziona l'algoritmo MD-HIT, possiamo testarlo su vari modelli di machine learning che prevedono le proprietà dei materiali, come l'energia di formazione e il gap di banda. Confrontando le performance di questi modelli addestrati con dataset ridondanti e non ridondanti, possiamo capire l'impatto della ridondanza dei campioni sulle loro previsioni.

Risultati della Valutazione

Quando analizziamo le performance dei modelli di machine learning su dataset con ridondanza ridotta, spesso troviamo che l'accuratezza di questi modelli diminuisce. Anche se questo può essere sorprendente, indica che i modelli si affidavano troppo a campioni simili per fare le loro previsioni.

Inoltre, i risultati suggeriscono che molti dei modelli apparentemente ad alte prestazioni potrebbero non generalizzare bene quando si trovano di fronte a materiali completamente nuovi. Questo rafforza la necessità di metodi migliori per la gestione dei dataset che si concentrino sulla riduzione della ridondanza dei campioni.

Implicazioni dei Risultati

I risultati ottenuti utilizzando l'algoritmo MD-HIT mostrano che controllare la ridondanza porta a aspettative più realistiche su quanto bene i modelli di machine learning possano prevedere le proprietà dei materiali. Riducendo il focus sui materiali simili, i ricercatori possono sviluppare modelli che valutano realmente diversi materiali e le loro caratteristiche uniche.

Questo cambiamento di approccio è essenziale per il progresso della scienza dei materiali poiché scoprire nuovi materiali è un obiettivo fondamentale del campo. Riconoscendo le limitazioni imposte dai dataset ridondanti, gli scienziati possono lavorare verso modelli di machine learning più efficaci che possano fornire previsioni più affidabili sui nuovi materiali.

Conclusione

In sintesi, affrontare il problema dei campioni ridondanti nei dataset di materiali è cruciale per previsioni accurate di machine learning. L'algoritmo MD-HIT offre una soluzione promettente riducendo il numero di materiali simili nei dataset. Implementando questo approccio, i ricercatori possono valutare meglio le vere performance dei modelli di machine learning e lavorare per scoprire materiali nuovi e unici. Attraverso il continuo miglioramento dei metodi di gestione dei dati, la comunità della scienza dei materiali può aspettarsi progressi che supportano i loro obiettivi di innovazione e scoperta.

Fonte originale

Titolo: MD-HIT: Machine learning for materials property prediction with dataset redundancy control

Estratto: Materials datasets are usually featured by the existence of many redundant (highly similar) materials due to the tinkering material design practice over the history of materials research. For example, the materials project database has many perovskite cubic structure materials similar to SrTiO$_3$. This sample redundancy within the dataset makes the random splitting of machine learning model evaluation to fail so that the ML models tend to achieve over-estimated predictive performance which is misleading for the materials science community. This issue is well known in the field of bioinformatics for protein function prediction, in which a redundancy reduction procedure (CD-Hit) is always applied to reduce the sample redundancy by ensuring no pair of samples has a sequence similarity greater than a given threshold. This paper surveys the overestimated ML performance in the literature for both composition based and structure based material property prediction. We then propose a material dataset redundancy reduction algorithm called MD-HIT and evaluate it with several composition and structure based distance threshold sfor reducing data set sample redundancy. We show that with this control, the predicted performance tends to better reflect their true prediction capability. Our MD-hit code can be freely accessed at https://github.com/usccolumbia/MD-HIT

Autori: Qin Li, Nihang Fu, Sadman Sadeed Omee, Jianjun Hu

Ultimo aggiornamento: 2023-07-10 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://arxiv.org/abs/2307.04351

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.04351

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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