Migliorare la diagnosi del cancro con nuove tecniche di apprendimento automatico
Un nuovo metodo migliora come i modelli interpretano i campioni di tessuto nella rilevazione del cancro.
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Indice
- Che cos'è l'Apprendimento a Istanza Multipla?
- La Necessità di Maggiore Interpretabilità
- Introduzione delle Mappe Ponderate da Predizione e Attenzione
- Collegare l'Attenzione alle Caratteristiche Biologiche
- Testing del Nuovo Metodo
- Confronto delle Caratteristiche Diagnostiche e Prognostiche
- Implicazioni per la Ricerca Futura
- Conclusione
- Fonte originale
Negli ultimi anni, i modelli computerizzati sono diventati strumenti importanti nella Diagnosi medica, specialmente in campi come la patologia. I patologi esaminano campioni di Tessuto per capire se una persona ha il cancro. Si basano su schemi specifici, come la forma e la densità delle cellule, per fare le loro diagnosi. Il cancro alla prostata è uno dei settori in cui questi modelli avanzati sono in fase di test. Tuttavia, capire come questi modelli prendono decisioni può essere complicato.
Che cos'è l'Apprendimento a Istanza Multipla?
L'apprendimento a istanza multipla (MIL) è un metodo usato nel machine learning dove il modello impara da gruppi di esempi, invece che da singoli esempi. Nel contesto della patologia, un gruppo potrebbe rappresentare diverse sezioni di un campione di tessuto. L'obiettivo è scoprire se c'è presenza di cancro basandosi sulle informazioni generali provenienti dal gruppo di sezioni.
I modelli che usano l'attenzione possono evidenziare quali parti delle immagini sono più importanti per fare previsioni. Questo aiuta i patologi a capire dove il modello sta focalizzando la sua attenzione. Ma c'è un limite: questi modelli non mostrano se le aree messe in evidenza sono collegate al cancro o a tessuti sani.
La Necessità di Maggiore Interpretabilità
Una grande domanda rimane. Quando il modello evidenzia certe aree, come facciamo a sapere se queste aree sono associate al cancro? Comprendere questa relazione è fondamentale poiché potrebbe aiutare i medici a prendere decisioni migliori riguardo al trattamento.
I metodi attuali mancano di un modo per tradurre l'attenzione del modello in intuizioni che si allineano con la comprensione biologica. Qui entra in gioco un nuovo approccio.
Introduzione delle Mappe Ponderate da Predizione e Attenzione
Per colmare questa lacuna, i ricercatori hanno sviluppato un nuovo metodo chiamato mappe ponderate da predizione e attenzione (PAW). Queste mappe combinano l'attenzione che il modello dà a specifiche aree con le sue predizioni. Fondamentalmente, le mappe PAW ci permettono di vedere non solo quali aree il modello considera importanti ma anche come queste aree si relazionano al cancro o alla salute.
Ad esempio, quando un modello esamina un campione di tessuto, potrebbe dare alta attenzione a alcune regioni. Con le mappe PAW, possiamo suddividere queste aree in sezioni collegate al cancro o a tessuto sano. Questo fornisce più chiarezza rispetto all'uso dell'attenzione da sola.
Collegare l'Attenzione alle Caratteristiche Biologiche
Oltre a creare le mappe PAW, i ricercatori hanno collegato queste mappe a caratteristiche biologiche, come la densità dei nuclei cellulari. Una alta densità di nuclei è spesso un segnale che è presente un tumore canceroso. Integrando le mappe PAW con informazioni sui nuclei cellulari, il modello può aiutare i patologi a vedere come l'attenzione si relaziona alla biologia reale.
Ad esempio, se una regione mostra alta attenzione e anche alta densità di nuclei, è probabile che indichi tessuto canceroso. Questo è utile sia per diagnosticare il cancro che per prevedere quanto aggressivo possa essere.
Testing del Nuovo Metodo
Per testare l'efficacia di questo nuovo approccio, i ricercatori hanno esaminato campioni di pazienti con cancro alla prostata. Hanno analizzato quanto bene il loro metodo potesse indicare la presenza di cancro e la sua potenzialità per prevedere gli esiti dopo il trattamento.
Lo studio ha coinvolto un gran numero di campioni di tessuto che erano già stati analizzati da patologi. I ricercatori volevano vedere se le regioni identificate dal loro modello potessero corrispondere a aree tumorali conosciute, o se puntassero ad altri tipi di cellule che potrebbero essere importanti per comprendere gli esiti per i pazienti.
Confronto delle Caratteristiche Diagnostiche e Prognostiche
Nella loro analisi, i ricercatori hanno scoperto un modello interessante. Le regioni che prevedevano la presenza di cancro spesso non sovrapponevano le aree collegate a scarsi esiti di trattamento, come misurato dalla recidiva biochimica (BCR). Questo significa che capire il comportamento del cancro potrebbe richiedere di esaminare non solo le cellule tumorali ma anche le cellule sane circostanti.
Separando le regioni in quelle che indicano una diagnosi di cancro e quelle che prevedono esiti scadenti, i ricercatori hanno trovato differenze importanti. Le aree tumorali avevano una densità nuclei più alta, mentre le regioni collegate a una prognosi negativa avevano densità più bassa. Questa intuizione potrebbe aiutare a personalizzare le strategie di trattamento per i pazienti.
Implicazioni per la Ricerca Futura
I risultati di questa ricerca suggeriscono che i modelli attuali potrebbero non raccontare l'intera storia quando si tratta di diagnosticare e prevedere esiti nel cancro alla prostata. C'è bisogno di ulteriore lavoro per sviluppare modelli che possano integrare meglio la conoscenza biologica con le intuizioni del machine learning.
Focalizzandosi sulle aree adiacenti ai tumori, i futuri studi potrebbero scoprire caratteristiche importanti che spiegano gli esiti del trattamento. La ricerca mostra potenziale per migliorare la cura dei pazienti raffinando il modo in cui i patologi interpretano le immagini del tessuto.
Conclusione
In sintesi, lo sviluppo delle mappe ponderate da predizione e attenzione rappresenta un passo significativo nel rendere i modelli di machine learning più interpretabili nel campo della patologia. Collegando le uscite del machine learning con caratteristiche biologiche come la densità cellulare, i ricercatori possono fornire intuizioni preziose che aiutano i medici a diagnosticare e trattare il cancro alla prostata.
La strada da percorrere include ulteriori indagini che considerino sia le cellule tumorali che i tipi di cellule circostanti. Questo approccio ha il potenziale di migliorare l'accuratezza delle previsioni e portare a migliori opzioni di trattamento per i pazienti che combattono contro il cancro.
Con l'aumentare della disponibilità di dati e lo sviluppo continuo dei modelli, possiamo aspettarci miglioramenti nella nostra capacità di comprendere e affrontare le complessità della diagnosi e prognosi del cancro. Esplorare la relazione tra le predizioni del modello e le realtà biologiche sarà fondamentale per migliorare le performance e l'affidabilità di questi strumenti sofisticati nelle pratiche mediche.
Titolo: Beyond attention: deriving biologically interpretable insights from weakly-supervised multiple-instance learning models
Estratto: Recent advances in attention-based multiple instance learning (MIL) have improved our insights into the tissue regions that models rely on to make predictions in digital pathology. However, the interpretability of these approaches is still limited. In particular, they do not report whether high-attention regions are positively or negatively associated with the class labels or how well these regions correspond to previously established clinical and biological knowledge. We address this by introducing a post-training methodology to analyse MIL models. Firstly, we introduce prediction-attention-weighted (PAW) maps by combining tile-level attention and prediction scores produced by a refined encoder, allowing us to quantify the predictive contribution of high-attention regions. Secondly, we introduce a biological feature instantiation technique by integrating PAW maps with nuclei segmentation masks. This further improves interpretability by providing biologically meaningful features related to the cellular organisation of the tissue and facilitates comparisons with known clinical features. We illustrate the utility of our approach by comparing PAW maps obtained for prostate cancer diagnosis (i.e. samples containing malignant tissue, 381/516 tissue samples) and prognosis (i.e. samples from patients with biochemical recurrence following surgery, 98/663 tissue samples) in a cohort of patients from the international cancer genome consortium (ICGC UK Prostate Group). Our approach reveals that regions that are predictive of adverse prognosis do not tend to co-locate with the tumour regions, indicating that non-cancer cells should also be studied when evaluating prognosis.
Autori: Willem Bonnaffé, CRUK ICGC Prostate Group, Freddie Hamdy, Yang Hu, Ian Mills, Jens Rittscher, Clare Verrill, Dan J. Woodcock
Ultimo aggiornamento: 2023-09-07 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2309.03925
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2309.03925
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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