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ExBEHRT : Une nouvelle approche pour l'analyse des DSE

ExBEHRT améliore l'analyse des données des patients pour de meilleures prévisions de santé.

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Ces dernières années, les dossiers de santé électroniques (DSE) ont pris une grande importance. Ils aident les médecins à suivre l'historique médical d'un patient, y compris les diagnostics, traitements, visites et tests. Avec la quantité énorme de Données contenues dans ces dossiers, l'utilisation de l'apprentissage automatique peut donner de nouvelles perspectives sur les schémas de maladies, la détection précoce des maladies et des plans de traitement personnalisés.

Pour exploiter ce potentiel, des chercheurs ont développé des modèles capables d'analyser les informations trouvées dans les DSE. Un de ces modèles est ExBEHRT, qui s'appuie sur un modèle précédent appelé BEHRT. Alors que BEHRT se concentrait principalement sur les diagnostics et l'âge des patients, ExBEHRT élargit ce champ pour inclure divers types de données comme la démographie, les détails cliniques, les signes vitaux, les antécédents de tabagisme, les traitements, les médicaments et les résultats de laboratoire.

Pourquoi ExBEHRT est important

L'objectif d'ExBEHRT est de fournir une vue plus complète des informations des patients. En incluant plus de caractéristiques, le modèle peut faire de meilleures Prédictions sur les problèmes de santé futurs. Par exemple, il peut aider à identifier des facteurs de risque pour différentes maladies ou suggérer des options de traitement adaptées à chaque patient.

Une caractéristique clé d'ExBEHRT est sa capacité à interpréter les prédictions qu'il fait. Comprendre pourquoi le modèle arrive à une conclusion particulière est crucial pour les médecins qui s'appuient sur ces prédictions pour les soins aux patients. Cette caractéristique est obtenue grâce à une méthode qui analyse les gradients attendus, offrant des aperçus plus clairs que les méthodes précédentes qui se basaient uniquement sur l'importance des caractéristiques.

Comment ExBEHRT fonctionne

ExBEHRT représente les dossiers de santé d'un patient de manière à suivre divers événements médicaux au fil du temps. Le modèle prend en compte comment différentes caractéristiques se relient entre elles et les séquences d'événements pour chaque patient. C'est important, car la santé d'un patient peut évoluer avec le temps, et comprendre ces changements peut mener à de meilleures décisions de soins de santé.

Le modèle évite de créer des séquences d'entrée trop longues en regroupant les concepts médicaux en sections séparées. Cette méthode empêche une augmentation des coûts de traitement à mesure que de nouvelles caractéristiques sont ajoutées, permettant des mises à jour efficaces à mesure que de nouvelles données deviennent disponibles. La conception d'ExBEHRT sépare différents types d'informations, comme les diagnostics et les procédures, qui peuvent avoir des impacts distincts sur les résultats de santé.

L'importance des données d'Entraînement

Pour entraîner ExBEHRT efficacement, un ensemble de dossiers de santé large et varié est nécessaire. Une source de données provient de la base de données DSE d'Optum, qui inclut des données de santé de nombreux prestataires de soins aux États-Unis. Ce vaste ensemble de données contient une mine d'informations sur la démographie, les traitements médicaux et les résultats pour plus de 100 millions de patients.

Avant l'entraînement, il est essentiel de nettoyer et de préparer les données. Ce processus consiste à s'assurer que seuls les dossiers pertinents sont inclus, en se concentrant sur les patients ayant un historique médical suffisant pour fournir un contexte pour les prédictions. En sélectionnant soigneusement les points de données, les chercheurs peuvent construire une base solide pour l'entraînement du modèle.

Entraînement et ajustement du modèle

ExBEHRT subit un processus d'entraînement en deux étapes : pré-entraînement et ajustement. Lors de la phase de pré-entraînement, le modèle apprend à prédire les codes de diagnostic en analysant les tendances dans les données des patients. Cet entraînement aide le modèle à se familiariser avec les différents types d'informations qu'il rencontrera.

Une fois le pré-entraînement terminé, le modèle entre dans la phase d'ajustement, où il est ajusté pour améliorer ses performances sur des tâches spécifiques, comme prédire les résultats des patients. Ces tâches peuvent inclure la prédiction de la probabilité qu'un patient soit réadmis à l'hôpital ou la détermination de son risque de mortalité.

Évaluation des performances du modèle

Une fois ExBEHRT entraîné, il est important d'évaluer ses performances. Plusieurs métriques clés sont utilisées pour mesurer l'efficacité du modèle à faire des prédictions. Ces métriques aident à déterminer si ExBEHRT fournit des aperçus précieux par rapport à d'autres modèles ou méthodes traditionnelles.

Les performances du modèle peuvent être évaluées sur diverses tâches, y compris la prédiction de mortalité pour les patients atteints de cancer ou les taux de réadmission pour les patients souffrant d'insuffisance cardiaque. Comparer les résultats d'ExBEHRT à ceux d'autres modèles bien connus aide à illustrer ses forces et ses faiblesses.

Interprétation des prédictions du modèle

Un aspect crucial de l'utilisation de l'apprentissage automatique dans le domaine de la santé est la capacité de comprendre comment et pourquoi les modèles dérivent leurs prédictions. ExBEHRT aborde cela en visualisant l'attention de diverses caractéristiques. En examinant comment le modèle se concentre sur différentes parties des données d'entrée, les professionnels de la santé peuvent obtenir des aperçus sur les facteurs qui influencent les prédictions.

Une autre méthode d'interprétation implique l'analyse des gradients attendus. Cette technique permet une compréhension plus approfondie de l'importance des caractéristiques individuelles dans la prédiction des résultats. En évaluant l'influence de chaque caractéristique, les cliniciens peuvent prendre des décisions plus éclairées concernant les soins des patients.

Regroupement des patients pour de meilleurs aperçus

Avec ExBEHRT, les chercheurs peuvent regrouper les patients en fonction de leurs informations médicales. Le regroupement aide à identifier des groupes de patients ayant des caractéristiques ou des profils de maladies similaires. Ces informations peuvent être utilisées pour reconnaître différents niveaux de risque parmi les patients atteints de cancer ou adapter les traitements pour des groupes spécifiques.

Dans un exemple, le modèle a identifié des clusters parmi les patients atteints de cancer. Chaque cluster était associé à un type de cancer spécifique, permettant le développement de plans de traitement qui tiennent compte des caractéristiques uniques de chaque groupe. Ce processus de regroupement souligne le potentiel de soins personnalisés en fonction du parcours de chaque patient.

Limitations à considérer

Bien qu'ExBEHRT montre des promesses dans l'analyse des DSE, il y a des limitations à considérer. Les performances du modèle peuvent être influencées par la qualité des données utilisées pour l'entraînement. Les données DSE peuvent parfois être fragmentées ou incomplètes, ce qui peut impacter l'exactitude des prédictions.

De plus, le biais est une préoccupation dans l'apprentissage automatique. Il est essentiel de s'assurer que les données d'entraînement sont représentatives de la population pour éviter des disparités dans les prédictions en fonction de la démographie ou d'autres facteurs. Les travaux futurs devraient viser à aborder ces limitations et à améliorer la généralisabilité du modèle dans différents contextes de soins de santé.

Directions futures pour ExBEHRT

Alors qu'ExBEHRT continue de se développer, des recherches supplémentaires peuvent améliorer ses capacités et applications. Un domaine de concentration est la validation des prédictions du modèle avec l'apport de professionnels de santé. Collaborer avec des cliniciens peut aider à s'assurer que les aperçus fournis par le modèle sont pertinents et exploitables.

De plus, élargir la fonctionnalité du modèle pour inclure d'autres maladies ou conditions peut améliorer son utilité dans la pratique clinique. En appliquant ExBEHRT à un éventail plus large de problèmes de santé, les chercheurs peuvent identifier de nouveaux schémas et améliorer les résultats pour les patients.

Conclusion

ExBEHRT représente une avancée dans l'utilisation de l'apprentissage automatique pour la santé. En intégrant une large gamme de données de patients et en fournissant des prédictions interprétables, le modèle offre des aperçus précieux qui peuvent aider les cliniciens à prendre des décisions éclairées concernant les soins des patients. À mesure que la recherche dans ce domaine progresse, ExBEHRT a le potentiel de transformer la manière dont les prestataires de soins de santé abordent la gestion des patients et la planification des traitements.

Source originale

Titre: ExBEHRT: Extended Transformer for Electronic Health Records to Predict Disease Subtypes & Progressions

Résumé: In this study, we introduce ExBEHRT, an extended version of BEHRT (BERT applied to electronic health records), and apply different algorithms to interpret its results. While BEHRT considers only diagnoses and patient age, we extend the feature space to several multimodal records, namely demographics, clinical characteristics, vital signs, smoking status, diagnoses, procedures, medications, and laboratory tests, by applying a novel method to unify the frequencies and temporal dimensions of the different features. We show that additional features significantly improve model performance for various downstream tasks in different diseases. To ensure robustness, we interpret model predictions using an adaptation of expected gradients, which has not been previously applied to transformers with EHR data and provides more granular interpretations than previous approaches such as feature and token importances. Furthermore, by clustering the model representations of oncology patients, we show that the model has an implicit understanding of the disease and is able to classify patients with the same cancer type into different risk groups. Given the additional features and interpretability, ExBEHRT can help make informed decisions about disease trajectories, diagnoses, and risk factors of various diseases.

Auteurs: Maurice Rupp, Oriane Peter, Thirupathi Pattipaka

Dernière mise à jour: 2023-08-11 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://arxiv.org/abs/2303.12364

Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.12364

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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