Les avancées dans les techniques d'anticorps fluorescents
De nouvelles méthodes améliorent les signaux des marqueurs fluorescents et élargissent les capacités d'analyse en biologie.
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Table des matières
- Défis de la cytométrie en flux traditionnelle
- Le besoin de nouvelles méthodes
- Amélioration de l'intensité du signal fluorescent
- Multiplexage réussi avec de nouvelles sondes
- Applications des marqueurs fluorescents améliorés
- L'importance du contrôle des signaux
- L'avenir des sondes MuSIC
- Conclusion
- Source originale
Les anticorps fluorescents sont des outils super importants en biologie et en diagnostic médical. Ils aident les scientifiques à voir et analyser les cellules et les protéines en détail. Une méthode courante avec ces anticorps s’appelle la Cytométrie en flux, qui permet aux chercheurs d’étudier des cellules individuelles dans un échantillon. Cependant, la cytométrie en flux traditionnelle a des limites sur le nombre de marqueurs différents qu'on peut utiliser en même temps, généralement environ 3 à 4. Certaines techniques avancées ont réussi à utiliser jusqu’à 10 à 15 marqueurs, mais ce n’est pas encore assez pour beaucoup d’études.
Défis de la cytométrie en flux traditionnelle
Le principal problème avec l'utilisation de plusieurs marqueurs fluorescents en cytométrie en flux, c'est ce qu'on appelle le Chevauchement spectral. Ça veut dire que les signaux de différents colorants fluorescents peuvent interférer entre eux, ce qui rend difficile de les distinguer. Même avec ces limitations, la cytométrie en flux reste un outil précieux car elle permet d'analyser rapidement un grand nombre de cellules sans les endommager.
Récemment, des avancées ont introduit une nouvelle technique connue sous le nom de cytométrie en flux tout spectre (FSFC). Cette méthode examine l'ensemble du spectre lumineux émis par les colorants fluorescents, créant une empreinte unique pour chaque colorant. Avec la FSFC, il est possible d'utiliser plus de marqueurs en même temps, permettant potentiellement aux chercheurs de détecter jusqu'à 40 marqueurs différents à la fois. Néanmoins, les options de colorants fluorescents qui peuvent être utilisés ensemble limitent combien de marqueurs peuvent vraiment être analysés.
Le besoin de nouvelles méthodes
Les méthodes traditionnelles pour attacher des marqueurs fluorescents aux anticorps utilisent principalement des colorants uniques. Cependant, une nouvelle approche appelée Multiplexage utilisant l'Imagerie Spectrale et les Combinatoires (MuSIC) a été développée. Cette méthode utilise des combinaisons de colorants fluorescents existants pour créer de nouvelles sondes qui peuvent fournir des signaux uniques.
On a créé un nouveau moyen d’attacher ces sondes MuSIC aux anticorps, impliquant de les marquer avec des brins spéciaux d'ADN appelés oligos. Cette méthode a été testée et validée pour s'assurer qu'elle fonctionnait correctement.
Amélioration de l'intensité du signal fluorescent
Quand on a testé notre nouvelle approche avec des cellules sanguines humaines, on a remarqué que le signal fluorescent n'était pas aussi fort qu'on l'attendait par rapport aux méthodes conventionnelles. Cette intensité plus faible pourrait compliquer l'analyse des données. Pour résoudre ce problème, on a décidé de modifier l'agencement des sondes pour voir si ça améliorerait la luminosité des signaux.
On a expérimenté avec des modifications internes aux marqueurs fluorescents au lieu des externes. Ce changement a entraîné une augmentation significative de la force du signal-environ six fois plus qu'avant. On a découvert que beaucoup de cette amélioration était due à la réduction d'un effet de quenching, où le signal fluorescent s'affaiblit selon l'environnement ou la structure qui l'entoure.
Quand on a comparé les nouveaux marqueurs modifiés en interne avec les marqueurs traditionnels, on a trouvé que la nouvelle méthode fournissait des signaux forts sans affecter l’exactitude du comptage de types spécifiques de cellules.
Multiplexage réussi avec de nouvelles sondes
Ensuite, on a exploré si ces nouveaux marqueurs plus brillants pouvaient être utilisés ensemble dans une seule expérience. On a marqué trois anticorps différents, chacun avec un marqueur fluorescent unique, et ensuite on a vérifié si on pouvait analyser efficacement les cellules en utilisant la FSFC. On s'attendait à des défis à cause des différents signaux mais on a trouvé qu malgré quelques difficultés, on pouvait toujours obtenir des résultats fiables.
La nouvelle méthode nous a permis de différencier efficacement les anticorps, suggérant que ces modifications internes peuvent aider dans des expériences complexes où plusieurs marqueurs sont impliqués.
Applications des marqueurs fluorescents améliorés
Les améliorations de l'intensité fluorescente et des capacités de multiplexage rendent ces anticorps étiquetés avec des sondes MuSIC utiles pour une variété d'études biologiques. Par exemple, ils peuvent aider à analyser différents types de cellules dans des échantillons prélevés dans le sang ou des tumeurs. Ça pourrait mener à une meilleure compréhension des réponses immunitaires et de diverses maladies.
De plus, ces sondes peuvent être utilisées en imagerie tissulaire, aidant les chercheurs à visualiser et comprendre les structures tissulaires plus clairement. Ça pourrait être particulièrement bénéfique en recherche sur le cancer, où identifier divers marqueurs tumoraux avec précision peut mener à de meilleurs diagnostics et plans de traitement.
L'importance du contrôle des signaux
Un autre avantage de cette nouvelle approche est la possibilité de contrôler l'intensité des signaux fluorescents. Les chercheurs peuvent ajuster la luminosité des marqueurs pour répondre à leurs besoins spécifiques, ce qui est particulièrement précieux dans des expériences sensibles à certains niveaux lumineux. Cette flexibilité permet une approche plus personnalisée dans divers types d'investigations scientifiques.
L'avenir des sondes MuSIC
En regardant vers l'avenir, il y a beaucoup de potentiel pour élargir l'utilisation des sondes MuSIC. En expérimentant avec différentes combinaisons de marqueurs fluorescents, les chercheurs peuvent créer une plus grande variété de sondes distinctes. Ça pourrait mener à des études encore plus détaillées en analyse cellulaire et d'autres applications biologiques.
L'objectif est de développer une bibliothèque de sondes fluorescentes compatibles qui peuvent être mélangées et assorties pour diverses expériences. Ça aidera les scientifiques à détecter beaucoup plus de marqueurs dans un seul échantillon, améliorant la compréhension des systèmes biologiques complexes.
Conclusion
En résumé, le passage à l'utilisation de sondes basées sur des oligos marqués en interne représente une avancée significative dans le domaine des anticorps fluorescents et de la cytométrie en flux. L'augmentation de la luminosité et de la flexibilité de ces nouveaux marqueurs offrent des possibilités passionnantes pour les chercheurs. Avec un développement supplémentaire, les anticorps étiquetés avec des sondes MuSIC ont le potentiel de révolutionner la façon dont on analyse les cellules, ouvrant la voie à une meilleure compréhension et traitement de diverses maladies. La capacité d'améliorer les signaux et de multiplexage efficacement ouvre de nouvelles portes pour la recherche scientifique et le diagnostic médical, ce qui en fait un domaine prometteur pour les travaux futurs.
Titre: Increasing Signal Intensity of Fluorescent Oligo-Labeled Antibodies to Enable Combination Multiplexing
Résumé: Full-spectrum flow cytometry has increased antibody-based multiplexing, yet further increases remain potentially impactful. We recently proposed how fluorescence Multiplexing using Spectral Imaging and Combinatorics (MuSIC) could do so using tandem dyes and an oligo-based antibody labeling method. In this work, we found that such labeled antibodies had significantly lower signal intensity than conventionally-labeled antibodies in human cell experiments. To improve signal intensity, we tested moving the fluorophores from the original external (ext.) 5 or 3 end-labeled orientation to internal (int.) fluorophore modifications. Cell-free spectrophotometer measurements showed a [~]6-fold signal intensity increase of the new int. configuration compared to the previous ext. configuration. Time-resolved fluorescence and fluorescence correlation spectroscopy showed that [~]3-fold brightness difference is due to static quenching most likely by the oligo or solution in the ext. configuration. Spectral flow cytometry experiments using peripheral blood mononuclear cells show int. MuSIC probe-labeled antibodies (i) retained increased signal intensity while having no significant difference in the estimated % of CD8+ lymphocytes and (ii) labeled with Atto488, Atto647, and Atto488/647 combinations can be demultiplexed in triple-stained samples. The antibody labeling approach is general and can be broadly applied to many biological and diagnostic applications where spectral detection is available.
Auteurs: Marc R Birtwistle, M. E. McCarthy, X. Lu, O. Ogunleye, D. R. Latham, M. Abravanel, D. Pritko, J. R. Huggins, C. V. Haskell, N. D. Patel, Z. A. Pittman, H. Sanabria
Dernière mise à jour: 2024-05-30 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.06.547965
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.06.547965.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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