Simple Science

La science de pointe expliquée simplement

# Biologie quantitative# Apprentissage automatique# Neurones et cognition

SPLICE : Une nouvelle approche pour analyser des données multi-vues

La méthode SPLICE améliore la compréhension des infos partagées et privées en neurosciences.

― 7 min lire


Méthode SPLICE pourMéthode SPLICE pourl'analyse de donnéesneurosciences.données partagées et privées enNouvelle approche qui sépare les
Table des matières

Récemment, de nombreux domaines utilisent différents types de Données pour étudier des systèmes complexes. Un exemple, c’est la Neuroscience, où les chercheurs regardent plusieurs régions du cerveau en même temps pour comprendre comment elles fonctionnent ensemble. Cette étude examine comment différents types de données sont liés entre eux, surtout quand elles proviennent de sources différentes, comme différentes zones du cerveau.

L’idée est de décomposer l’information en deux catégories : ce qui est partagé entre les points de vue et ce qui est privé à chaque point de vue. Cette séparation peut donner des aperçus sur la façon dont l’information est représentée dans le cerveau. Cependant, de nombreuses méthodes actuelles ont des limites. Elles manquent souvent les relations complexes dans les données, se concentrent uniquement sur les aspects PARTAGÉS ou perdent des détails importants nécessaires à l’interprétation.

Le Besoin de Meilleures Méthodes

Pour relever ces défis, les chercheurs développent de nouvelles méthodes qui peuvent mieux séparer les informations partagées et privées tout en gardant la structure intrinsèque des données intacte. L’objectif est de prendre des échantillons appariés de données de haute dimension et d’identifier des représentations de plus faible dimension qui capturent avec précision à la fois les variables partagées et privées.

Les méthodes existantes échouent parfois parce qu’elles simplifient trop les données ou ne tiennent pas compte de la complexité des relations. Ce qu’il faut, c’est une approche robuste qui peut gérer efficacement cet équilibre délicat.

Comprendre les Informations Partagées et Privées

Quand on travaille avec des données provenant de différents points de vue, ça peut être utile de comprendre quel type d’information est partagé entre elles et quel est unique. Par exemple, en neuroscience, un point de vue pourrait montrer l’activité dans une région du cerveau, tandis qu’un autre montre l’activité dans une région différente. L’information partagée pourrait impliquer des réponses neuronales communes à un stimulus, tandis que l’information privée pourrait représenter des réponses uniques qui ne se chevauchent pas.

En démêlant ces deux types d’informations, on peut obtenir des aperçus plus clairs sur le fonctionnement interne du cerveau. Par exemple, les chercheurs peuvent déterminer quels aspects de l’activité cérébrale réagissent à des stimuli partagés et quels sont spécifiques à des fonctions cérébrales individuelles.

Le Rôle de la Géométrie

Un autre aspect crucial, c’est la géométrie des données. Comprendre comment les points de données sont organisés dans l’espace peut fournir des aperçus précieux. Par exemple, certaines réponses neuronales peuvent former une forme géométrique, révélant comment les neurones dans différentes zones sont liés les uns aux autres.

Caractériser la géométrie des données a généralement été le domaine des méthodes de réduction de dimensionnalité. Ces méthodes aident à visualiser des données de haute dimension en les projetant dans des dimensions plus basses. Cependant, simplement fusionner des données de deux points de vue entraîne souvent une perte d’informations géométriques importantes. Donc, séparer ces points de vue est critique pour une représentation géométrique précise.

Méthode Proposée : SPLICE

Pour aborder ces problèmes, une nouvelle méthode appelée SPLICE a été proposée. SPLICE signifie Partitionnement de sous-variété via l’estimation de canal informée par la variance minimale. Elle se concentre sur deux tâches principales : séparer les informations partagées des informations privées et préserver la géométrie de chaque type de données.

L’Architecture

SPLICE utilise une architecture unique qui implique des encodeurs et des décodeurs. Les encodeurs sont chargés d'identifier les variables latentes partagées et privées à partir des données d’entrée. Les décodeurs reconstruisent ensuite les entrées originales en utilisant ces variables. La clé de SPLICE, c’est que les encodeurs fonctionnent de manière "croisée", assurant que les informations partagées ne fuient pas dans les représentations privées.

Former le Modèle

Pour former le modèle SPLICE, les chercheurs se concentrent d'abord sur le démêlage des représentations partagées et privées. Cela implique de minimiser les erreurs dans la reconstruction, en s’assurant que les latents partagés reflètent précisément les données tout en maintenant l’information privée distincte. Après avoir complété le processus de démêlage, l’étape suivante consiste à préserver la géométrie de ces espaces latents. Cette approche en deux étapes garantit que le modèle apprend à représenter avec précision la structure intrinsèque des données.

Applications en Neuroscience

L’approche de SPLICE est particulièrement significative en neuroscience, où les relations entre différentes régions cérébrales peuvent être complexes et non linéaires. Les chercheurs ont testé SPLICE sur des ensembles de données simulées et réelles pour évaluer son efficacité.

Données Simulées

Dans certaines expériences, SPLICE a été testé sur des données simulées qui imitaient les réponses neuronales à des stimuli visuels. Les données comprenaient à la fois des composants partagés et Privés. Les résultats ont montré que SPLICE pouvait reconstruire avec précision la structure sous-jacente des données, révélant à la fois des représentations partagées et privées.

Données Neuronales Réelles

Dans des scénarios réels, SPLICE a été appliqué à des enregistrements neuronaux du hippocampe et du cortex préfrontal pendant que des souris effectuaient des tâches dans un environnement virtuel. La méthode a réussi à identifier un espace de faible dimension qui encodait la position de l’animal, soulignant comment SPLICE peut résumer des données neuronales complexes.

Comparaison avec les Méthodes Existantes

SPLICE a été comparé à plusieurs méthodes existantes qui visent également à analyser des données multi-vues. Les résultats ont montré que SPLICE surpasse ces méthodes en termes d’isolement des informations partagées et privées et de préservation de la géométrie sous-jacente. Cela est particulièrement important car une reconstruction et une représentation précises mènent à de meilleures interprétations des données.

Limitations de SPLICE

Bien que SPLICE présente de nombreux avantages, il n’est pas sans limitations. Actuellement, il ne gère que deux vues à la fois. Cela signifie que l’analyse de jeux de données avec plus de vues nécessite des exécutions séparées pour chaque paire de vues. De plus, SPLICE ne se concentre pas sur les dynamiques temporelles des données. Les applications futures pourraient bénéficier de la prise en compte des facteurs spatiaux et temporels pour obtenir des aperçus encore plus profonds.

Conclusion

En résumé, SPLICE représente une avancée significative dans l’analyse des données multi-vues, particulièrement en neuroscience. En séparant efficacement les informations partagées et privées tout en préservant la géométrie des structures sous-jacentes, SPLICE offre un outil puissant pour comprendre des systèmes complexes. Les méthodes et résultats associés à SPLICE peuvent aider les chercheurs à découvrir de nouvelles perspectives sur la façon dont l’information est représentée et traitée dans le cerveau.

Avec les avancées continues dans les technologies d’enregistrement et les méthodes d’analyse, SPLICE a le potentiel d'être un outil polyvalent dans diverses applications au-delà de la neuroscience, offrant une vue plus claire sur les relations entre des ensembles de données complexes.

Source originale

Titre: Unsupervised discovery of the shared and private geometry in multi-view data

Résumé: Modern applications often leverage multiple views of a subject of study. Within neuroscience, there is growing interest in large-scale simultaneous recordings across multiple brain regions. Understanding the relationship between views (e.g., the neural activity in each region recorded) can reveal fundamental principles about the characteristics of each representation and about the system. However, existing methods to characterize such relationships either lack the expressivity required to capture complex nonlinearities, describe only sources of variance that are shared between views, or discard geometric information that is crucial to interpreting the data. Here, we develop a nonlinear neural network-based method that, given paired samples of high-dimensional views, disentangles low-dimensional shared and private latent variables underlying these views while preserving intrinsic data geometry. Across multiple simulated and real datasets, we demonstrate that our method outperforms competing methods. Using simulated populations of lateral geniculate nucleus (LGN) and V1 neurons we demonstrate our model's ability to discover interpretable shared and private structure across different noise conditions. On a dataset of unrotated and corresponding but randomly rotated MNIST digits, we recover private latents for the rotated view that encode rotation angle regardless of digit class, and places the angle representation on a 1-d manifold, while shared latents encode digit class but not rotation angle. Applying our method to simultaneous Neuropixels recordings of hippocampus and prefrontal cortex while mice run on a linear track, we discover a low-dimensional shared latent space that encodes the animal's position. We propose our approach as a general-purpose method for finding succinct and interpretable descriptions of paired data sets in terms of disentangled shared and private latent variables.

Auteurs: Sai Koukuntla, Joshua B. Julian, Jesse C. Kaminsky, Manuel Schottdorf, David W. Tank, Carlos D. Brody, Adam S. Charles

Dernière mise à jour: 2024-08-27 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://arxiv.org/abs/2408.12091

Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2408.12091

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

Merci à arxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.

Plus d'auteurs

Articles similaires