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ExBEHRT: Ein neuer Ansatz zur EHR-Analyse

ExBEHRT verbessert die Analyse von Patientendaten für bessere Gesundheitsprognosen.

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Inhaltsverzeichnis

In den letzten Jahren sind elektronische Gesundheitsakten (EHRs) super wichtig geworden. Sie helfen Ärzten, die medizinische Geschichte eines Patienten nachzuvollziehen, inklusive Diagnosen, Behandlungen, Besuchen und Tests. Mit der riesigen Menge an Daten in diesen Akten kann maschinelles Lernen neue Einblicke in Krankheitsmuster, frühe Krankheits­erkennung und personalisierte Behandlungspläne bieten.

Um dieses Potenzial zu nutzen, haben Forscher Modelle entwickelt, die die Informationen in EHRs analysieren können. Ein solches Modell ist ExBEHRT, das auf einem vorherigen Modell namens BEHRT basiert. Während BEHRT hauptsächlich auf Diagnosen und das Alter der Patienten fokussiert war, erweitert ExBEHRT diesen Rahmen, um verschiedene Datentypen wie Demografie, klinische Details, Vitalzeichen, Raucherhistorie, Behandlungen, Medikamente und Laborergebnisse einzuschliessen.

Warum ExBEHRT wichtig ist

Das Ziel von ExBEHRT ist es, ein umfassenderes Bild der Patientendaten zu liefern. Indem mehr Merkmale einbezogen werden, kann das Modell bessere Vorhersagen über zukünftige Gesundheitsprobleme treffen. Zum Beispiel kann es helfen, Risikofaktoren für verschiedene Krankheiten zu identifizieren oder Behandlungsmöglichkeiten vorzuschlagen, die auf individuelle Patienten zugeschnitten sind.

Ein wichtiges Merkmal von ExBEHRT ist die Fähigkeit, die Vorhersagen zu interpretieren. Zu verstehen, warum das Modell zu einem bestimmten Schluss kommt, ist entscheidend für Ärzte, die auf diese Vorhersagen für die Patientenversorgung angewiesen sind. Diese Funktion wird durch eine Methode erreicht, die erwartete Gradienten analysiert und klarere Einblicke bietet als frühere Methoden, die sich nur auf die Bedeutung von Merkmalen stützten.

Wie ExBEHRT funktioniert

ExBEHRT stellt die Gesundheitsakten eines Patienten so dar, dass verschiedene medizinische Ereignisse über die Zeit hinweg verfolgt werden. Das Modell berücksichtigt, wie verschiedene Merkmale miteinander in Beziehung stehen und die Reihenfolge der Ereignisse für jeden Patienten. Das ist wichtig, weil sich die Gesundheit eines Patienten im Laufe der Zeit ändern kann, und das Verständnis dieser Veränderungen zu besseren Entscheidungen im Gesundheitswesen führen kann.

Das Modell vermeidet es, übermässig lange Eingabesequenzen zu erstellen, indem medizinische Konzepte in separate Abschnitte gruppiert werden. Diese Methode verhindert höhere Verarbeitungskosten, wenn mehr Merkmale hinzugefügt werden, und ermöglicht effiziente Updates, sobald neue Daten verfügbar sind. ExBEHRTs Design trennen verschiedene Arten von Informationen, wie Diagnosen und Verfahren, die unterschiedliche Auswirkungen auf die Gesundheitsergebnisse haben können.

Die Bedeutung von Trainingsdaten

Um ExBEHRT effektiv zu trainieren, benötigt man eine grosse und vielfältige Sammlung von Gesundheitsakten. Eine Datenquelle ist die Optum EHR-Datenbank, die Gesundheitsdaten von vielen Gesundheitsanbietern in den USA umfasst. Dieses umfangreiche Datenset enthält eine Fülle von Informationen über Demografie, medizinische Behandlungen und Ergebnisse für über 100 Millionen Patienten.

Vor dem Training ist es wichtig, die Daten zu bereinigen und vorzubereiten. Dieser Prozess beinhaltet, dass nur relevante Akten eingeschlossen werden, wobei der Fokus auf Patienten mit einer ausreichenden medizinischen Vorgeschichte liegt, um Kontext für die Vorhersagen zu bieten. Durch sorgfältige Auswahl der Datenpunkte können Forscher eine starke Grundlage für das Training des Modells schaffen.

Training und Feinabstimmung des Modells

ExBEHRT durchläuft einen zweistufigen Trainingsprozess: Vortraining und Feinabstimmung. In der Vortrainingsphase lernt das Modell, Diagnosecodes vorherzusagen, indem es Muster in den Patientendaten analysiert. Dieses Training hilft dem Modell, sich mit den verschiedenen Informationsarten vertraut zu machen, die es antreffen wird.

Sobald das Vortraining abgeschlossen ist, geht das Modell in die Feinabstimmungsphase, wo es angepasst wird, um seine Leistung bei spezifischen Aufgaben, wie der Vorhersage von Patientenergebnissen, zu verbessern. Diese Aufgaben können beinhalten, die Wahrscheinlichkeit zu prognostizieren, dass ein Patient wieder ins Krankenhaus eingewiesen wird, oder das Risiko für eine Mortalität zu bestimmen.

Evaluierung der Modellleistung

Sobald ExBEHRT trainiert wurde, ist es wichtig, seine Leistung zu bewerten. Es werden mehrere wichtige Metriken verwendet, um zu messen, wie effektiv das Modell bei der Vorhersage ist. Diese Metriken helfen festzustellen, ob ExBEHRT wertvolle Einblicke im Vergleich zu anderen Modellen oder traditionellen Methoden bietet.

Die Leistung des Modells kann bei verschiedenen Aufgaben evaluiert werden, einschliesslich der Mortalitätsvorhersage für Krebspatienten oder Wiedereinweisungsraten für Patienten mit Herzinsuffizienz. Der Vergleich von ExBEHRTs Ergebnissen mit denen anderer bekannter Modelle hilft, seine Stärken und Schwächen zu verdeutlichen.

Interpretation der Modellvorhersagen

Ein entscheidender Aspekt der Verwendung von maschinellem Lernen im Gesundheitswesen ist die Fähigkeit, zu verstehen, wie und warum Modelle ihre Vorhersagen ableiten. ExBEHRT geht darauf ein, indem es die Aufmerksamkeit verschiedener Merkmale visualisiert. Durch die Untersuchung darauf, wie das Modell sich auf verschiedene Teile der Eingabedaten konzentriert, können medizinische Fachkräfte Einblicke in die Faktoren gewinnen, die Vorhersagen antreiben.

Eine andere Methode zur Interpretation besteht darin, erwartete Gradienten zu analysieren. Diese Technik ermöglicht ein tieferes Verständnis der Bedeutung einzelner Merkmale bei der Vorhersage von Ergebnissen. Indem der Einfluss jedes Merkmals bewertet wird, können Kliniker informiertere Entscheidungen über die Patientenversorgung treffen.

Patientenclustering für bessere Einblicke

Mit ExBEHRT können Forscher Patienten basierend auf ihren medizinischen Informationen clustern. Clustering hilft dabei, Gruppen von Patienten mit ähnlichen Merkmalen oder Krankheitsprofilen zu identifizieren. Diese Informationen können verwendet werden, um verschiedene Risikostufen bei Krebspatienten zu erkennen oder Behandlungen für spezifische Gruppen anzupassen.

In einem Beispiel identifizierte das Modell Cluster unter Krebspatienten. Jedes Cluster war mit einem bestimmten Krebs-Typ assoziiert, wodurch die Entwicklung von Behandlungsplänen ermöglicht wurde, die die einzigartigen Eigenschaften jeder Gruppe berücksichtigen. Dieser Clustering-Prozess betont das Potenzial für personalisierte Pflege basierend auf dem Weg jedes Patienten.

Einschränkungen, die man beachten sollte

Obwohl ExBEHRT vielversprechend für die Analyse von EHRs aussieht, gibt es Einschränkungen, die man beachten sollte. Die Leistung des Modells kann von der Qualität der Trainingsdaten beeinflusst werden. EHR-Daten können manchmal fragmentiert oder unvollständig sein, was die Genauigkeit der Vorhersagen beeinträchtigen kann.

Zudem ist Bias ein Thema im maschinellen Lernen. Es ist wichtig sicherzustellen, dass die Trainingsdaten repräsentativ für die Bevölkerung sind, um Ungleichheiten in den Vorhersagen basierend auf Demografie oder anderen Faktoren zu vermeiden. Zukünftige Arbeiten sollten darauf abzielen, diese Einschränkungen anzugehen und die Allgemeingültigkeit des Modells für verschiedene Gesundheitseinrichtungen zu verbessern.

Zukünftige Richtungen für ExBEHRT

Während sich ExBEHRT weiterentwickelt, kann weitere Forschung seine Fähigkeiten und Anwendungen verbessern. Ein Fokusbereich ist die Validierung von Modellvorhersagen mit Input von medizinischen Fachkräften. Die Zusammenarbeit mit Klinikern kann helfen, sicherzustellen, dass die vom Modell bereitgestellten Einblicke relevant und umsetzbar sind.

Ausserdem kann die Erweiterung der Funktionalität des Modells, um andere Krankheiten oder Zustände einzubeziehen, seine Nützlichkeit in der klinischen Praxis erhöhen. Durch die Anwendung von ExBEHRT auf eine breitere Palette von Gesundheitsproblemen können Forscher neue Muster erkennen und die Patientenergebnisse verbessern.

Fazit

ExBEHRT stellt einen Fortschritt in der Nutzung von maschinellem Lernen im Gesundheitswesen dar. Indem es eine breite Palette von Patientendaten einbezieht und interpretierbare Vorhersagen bietet, liefert das Modell wertvolle Einblicke, die Ärzten helfen können, informierte Entscheidungen über die Patientenversorgung zu treffen. Während die Forschung in diesem Bereich voranschreitet, hat ExBEHRT das Potenzial, die Art und Weise, wie Gesundheitsdienstleister das Patientenmanagement und die Behandlungsplanung angehen, zu transformieren.

Originalquelle

Titel: ExBEHRT: Extended Transformer for Electronic Health Records to Predict Disease Subtypes & Progressions

Zusammenfassung: In this study, we introduce ExBEHRT, an extended version of BEHRT (BERT applied to electronic health records), and apply different algorithms to interpret its results. While BEHRT considers only diagnoses and patient age, we extend the feature space to several multimodal records, namely demographics, clinical characteristics, vital signs, smoking status, diagnoses, procedures, medications, and laboratory tests, by applying a novel method to unify the frequencies and temporal dimensions of the different features. We show that additional features significantly improve model performance for various downstream tasks in different diseases. To ensure robustness, we interpret model predictions using an adaptation of expected gradients, which has not been previously applied to transformers with EHR data and provides more granular interpretations than previous approaches such as feature and token importances. Furthermore, by clustering the model representations of oncology patients, we show that the model has an implicit understanding of the disease and is able to classify patients with the same cancer type into different risk groups. Given the additional features and interpretability, ExBEHRT can help make informed decisions about disease trajectories, diagnoses, and risk factors of various diseases.

Autoren: Maurice Rupp, Oriane Peter, Thirupathi Pattipaka

Letzte Aktualisierung: 2023-08-11 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2303.12364

Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.12364

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

Vielen Dank an arxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.

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