Wiederverwendung vorhandener Medikamente für COVID-19-Behandlungen
Forschung schaut sich an, wie bekannte Medikamente für neue COVID-19-Behandlungsoptionen genutzt werden können.
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Inhaltsverzeichnis
- Die Rolle der Künstlichen Intelligenz
- Der Datensatz und seine Bedeutung
- Warum COVID-19 neue Behandlungen braucht
- Herausforderungen bei der Arzneimittelforschung
- Das Potenzial von KI bei der Wiederverwendung von Medikamenten
- Der Rahmen der Studie
- Wie der Rahmen funktioniert
- Datenverarbeitung und Filterung
- Cluster-Methodologien
- Bewertung der Cluster-Qualität
- Grafische Darstellung der Daten
- Ergebnisse des Clustering-Prozesses
- Top-Arzneimittelkandidaten für COVID-19
- Biologische Eigenschaften der empfohlenen Medikamente
- Implikationen für zukünftige Forschung
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Die Wiederverwendung von Medikamenten ist eine Methode, um neue Anwendungen für bereits zugelassene Medikamente zu finden, die für andere Krankheiten eingesetzt werden. Dieser Ansatz kann Zeit und Geld sparen, da die Sicherheit dieser Medikamente bereits etabliert ist. Mit der COVID-19-Pandemie haben Wissenschaftler nach Möglichkeiten gesucht, diese zugelassenen Medikamente zur Behandlung dieses neuen Virus zu nutzen. Dabei wird untersucht, wie Medikamente mit verschiedenen Zielen im Körper, wie Genen und Proteinen, interagieren, in der Hoffnung, wirksame Behandlungen zu finden.
Die Rolle der Künstlichen Intelligenz
Künstliche Intelligenz (KI), insbesondere maschinelles Lernen und tiefes Lernen, ist zu einem wichtigen Werkzeug geworden, um komplexe Daten im Gesundheitswesen zu analysieren. Forscher haben diese KI-Techniken auf die Bemühungen zur Wiederverwendung von Medikamenten angewandt, auch für COVID-19. Diese Studie führt eine neue Methode ein, die einen Ansatz des maschinellen Lernens nutzt, um ähnliche Medikamente basierend auf verschiedenen Merkmalen zu gruppieren, wobei auf einen vielfältigen Datensatz von Medikamenteninformationen zurückgegriffen wird.
Der Datensatz und seine Bedeutung
Die Studie untersuchte einen Datensatz von 438 Medikamenten, von denen 224 derzeit in klinischen Studien für COVID-19 getestet werden. Die verbleibenden Medikamente wurden sorgfältig ausgewählt, um sicherzustellen, dass sie sicher und wirksam sind. Dieser Datensatz ist entscheidend, da er verschiedene Arten von Informationen über jedes Medikament enthält, einschliesslich der Wirkungsweise, der chemischen Zusammensetzung und der Auswirkungen auf das Virus.
Warum COVID-19 neue Behandlungen braucht
COVID-19 hat erhebliche Gesundheitsprobleme verursacht und die Gesundheitssysteme weltweit stark belastet. Während Impfstoffe dazu beigetragen haben, die Verbreitung und Schwere der Krankheit zu reduzieren, besteht weiterhin der Bedarf an wirksamen Behandlungen, insbesondere angesichts der Entstehung neuer Virusvarianten. Es ist ein wichtiges Ziel, bestehende Medikamente zu finden, die für COVID-19 wiederverwendet werden können.
Herausforderungen bei der Arzneimittelforschung
Die Entwicklung neuer Medikamente ist notorisch schwierig, dauert Jahre und kostet Millionen von Dollar. Viele Medikamente scheitern in den Testphasen, was die Forscher dazu veranlasst, nach Alternativen zu suchen. Die Wiederverwendung von Medikamenten bietet einen schnelleren Weg, mögliche Behandlungen zu finden, da sie sich auf bereits bekannte und auf Sicherheit getestete Medikamente konzentriert.
Das Potenzial von KI bei der Wiederverwendung von Medikamenten
Maschinelles Lernen und tiefes Lernen wurden effektiv zur Analyse riesiger Datenmengen im Zusammenhang mit COVID-19 eingesetzt. Diese Techniken können Muster erkennen, wie Medikamente mit ihren Zielen interagieren, was zu besseren Vorhersagen führt, welche Medikamente gegen das Virus wirksam sein könnten. Frühere Studien haben die Wiederverwendung von Medikamenten als Klassifizierungsaufgabe behandelt, um Wechselwirkungen zwischen Medikamenten vorherzusagen und Redundanzen bei Arzneimittelkandidaten zu reduzieren.
Der Rahmen der Studie
Diese Studie entwickelte einen Rahmen, der unüberwachtes maschinelles Lernen nutzt, um Medikamente zur Wiederverwendung gegen COVID-19 zu empfehlen. Der Rahmen stützt sich auf berichtete Medikamentendaten, einschliesslich pharmakologischer Eigenschaften und der Wechselwirkungen von Medikamenten mit dem Virus. Er gruppiert Medikamente in Cluster ähnlicher Eigenschaften, um vielversprechende Kandidaten für Klinische Studien zu identifizieren.
Wie der Rahmen funktioniert
Der Rahmen arbeitet in mehreren Schritten. Zuerst filtert er den Datensatz, um potenzielle Arzneimittelkandidaten einzugrenzen. Dabei werden verschiedene Kriterien angewendet, um sicherzustellen, dass die ausgewählten Medikamente die besten Erfolgschancen bei der Behandlung von COVID-19 haben. Anschliessend verwendet er Clusteralgorithmen, um Medikamente basierend auf ihren Merkmalen zu gruppieren. Durch die Analyse dieser Cluster kann der Rahmen die vielversprechendsten Medikamente für weitere Untersuchungen hervorheben.
Datenverarbeitung und Filterung
Um den Datensatz von 438 Medikamenten zu verfeinern, wurden mehrere Filter angewendet, um Medikamente zu entfernen, die bestimmte Kriterien nicht erfüllen. Dazu gehörte die Überprüfung der Sicherheit und Wirksamkeit basierend auf etablierten Massstäben. Das Ergebnis ist ein Satz von Medikamenten, die effizient durch den Rahmen analysiert werden können.
Cluster-Methodologien
Die Studie wandte verschiedene Cluster-Algorithmen an, um ähnliche Medikamente zu gruppieren. Clustering ist eine Technik, die es Forschern ermöglicht, Datenpunkte basierend auf Ähnlichkeiten zu kategorisieren. Die drei Hauptmethoden, die verglichen wurden, waren k-Means-Clustering, hierarchisches Clustering und spektrales Clustering. Jede Methode hat ihre Vorteile, und die Studie zielte darauf ab, die beste Passung für den Datensatz zu finden.
K-Means-Clustering
K-Means-Clustering ist eine einfache Methode, bei der Datenpunkte in eine festgelegte Anzahl von Clustern gruppiert werden. Jedes Cluster hat ein Zentrum, und Datenpunkte werden dem nächstgelegenen Zentrum zugeordnet. Diese Methode wird aufgrund ihrer Einfachheit und Effektivität in vielen Situationen häufig verwendet.
Hierarchisches Clustering
Hierarchisches Clustering erstellt eine Hierarchie von Clustern durch eine baumartige Struktur. Diese Methode ermöglicht ein detailliertes Verständnis der Beziehungen zwischen verschiedenen Gruppen von Datenpunkten. Sie ist besonders nützlich zur Visualisierung von Daten und zum Verständnis der Verbindungen innerhalb des Datensatzes.
Spektrales Clustering
Spektrales Clustering nutzt die Eigenschaften der grafischen Darstellung der Daten. Diese Methode konzentriert sich auf die Beziehungen zwischen Datenpunkten, um Cluster zu bilden, was sie für komplexe Datensätze mit komplizierten Beziehungen effektiv macht.
Bewertung der Cluster-Qualität
Um die Effektivität der Cluster-Methoden zu bestimmen, verwendete die Studie Metriken wie den Silhouette-Score. Dieser Score zeigt an, wie gut die Cluster voneinander getrennt sind und wie ähnlich die Datenpunkte innerhalb jedes Clusters zueinander sind. Ein höherer Silhouette-Score weist auf besser definierte Cluster hin.
Grafische Darstellung der Daten
Einer der innovativen Aspekte dieser Studie ist die Verwendung von grafischen Darstellungen zur Analyse der Daten. Ein Graph ermöglicht es, die Beziehungen zwischen Medikamenten und ihren Eigenschaften effektiv zu visualisieren. Durch den Einsatz eines graphbasierten Ansatzes kann der Rahmen die komplexen Wechselwirkungen zwischen verschiedenen Medikamenten und ihren biologischen Zielen besser erfassen.
Ergebnisse des Clustering-Prozesses
Nach der Anwendung der Cluster-Methoden identifizierte die Studie mehrere Cluster von Medikamenten, die potenziell geeignete Kandidaten für die Wiederverwendung gegen COVID-19 sein könnten. Diese Cluster umfassten Medikamente, die bestimmte Filter bestanden haben und bereits Teil klinischer Studien sind. Das Ziel war, Medikamente zu finden, die denen ähnlich sind, die bereits als wirksam erwiesen wurden, um die Chancen auf erfolgreiche Behandlungsergebnisse zu erhöhen.
Top-Arzneimittelkandidaten für COVID-19
Basierend auf den Clustering-Ergebnissen lieferte der Rahmen eine Liste der 15 vielversprechendsten Medikamente für die COVID-19-Behandlung. Diese Medikamente wurden nach ihrer Nähe zu Arzneimitteln, die derzeit klinischen Studien unterzogen werden, eingestuft, was darauf hindeutet, dass sie eine ähnliche Wirksamkeit haben könnten. Die Empfehlung soll die weiteren experimentellen Studien leiten, um ihre Wirksamkeit zu bestätigen.
Biologische Eigenschaften der empfohlenen Medikamente
Die Studie analysierte auch die biologischen Eigenschaften der empfohlenen Medikamente. Dazu gehörte die Untersuchung ihrer Wirkmechanismen, Wege und Ziele. Durch das Verständnis dieser Eigenschaften können Forscher besser vorhersagen, wie die Medikamente gegen COVID-19 wirken und welche am effektivsten sein könnten.
Implikationen für zukünftige Forschung
Die Ergebnisse dieser Studie betonen die Notwendigkeit fortlaufender Forschung zur Wiederverwendung von Medikamenten für COVID-19. Der Rahmen bietet ein wertvolles Werkzeug zur Identifizierung potenzieller Arzneimittelkandidaten, die dann in klinischen Umgebungen bewertet werden können. Es ist jedoch wichtig, umfassende Experimente durchzuführen, um die Empfehlungen des Rahmens zu bestätigen.
Fazit
Während die Welt weiterhin mit den Auswirkungen von COVID-19 zu kämpfen hat, bleibt die Identifizierung wirksamer Behandlungen oberste Priorität. Die Wiederverwendung von Medikamenten bietet einen vielversprechenden Weg, um sichere und wirksame Therapien zu finden. Durch die Nutzung von Fortschritten in der künstlichen Intelligenz und im maschinellen Lernen trägt diese Studie zu den kontinuierlichen Bemühungen bei, die Pandemie zu bekämpfen, indem sie bestehende Medikamente für neue Anwendungen empfiehlt. Der vorgeschlagene Rahmen kann als Grundlage für weitere Erkundungen zur Wiederverwendung von Medikamenten dienen, nicht nur für COVID-19, sondern auch für andere Krankheiten.
Titel: A clustering and graph deep learning-based framework for COVID-19 drug repurposing
Zusammenfassung: Drug repurposing (or repositioning) is the process of finding new therapeutic uses for drugs already approved by drug regulatory authorities (e.g., the Food and Drug Administration (FDA) and Therapeutic Goods Administration (TGA)) for other diseases. This involves analyzing the interactions between different biological entities, such as drug targets (genes/proteins and biological pathways) and drug properties, to discover novel drug-target or drug-disease relations. Artificial intelligence methods such as machine learning and deep learning have successfully analyzed complex heterogeneous data in the biomedical domain and have also been used for drug repurposing. This study presents a novel unsupervised machine learning framework that utilizes a graph-based autoencoder for multi-feature type clustering on heterogeneous drug data. The dataset consists of 438 drugs, of which 224 are under clinical trials for COVID-19 (category A). The rest are systematically filtered to ensure the safety and efficacy of the treatment (category B). The framework solely relies on reported drug data, including its pharmacological properties, chemical/physical properties, interaction with the host, and efficacy in different publicly available COVID-19 assays. Our machine-learning framework reveals three clusters of interest and provides recommendations featuring the top 15 drugs for COVID-19 drug repurposing, which were shortlisted based on the predicted clusters that were dominated by category A drugs. The anti-COVID efficacy of the drugs should be verified by experimental studies. Our framework can be extended to support other datasets and drug repurposing studies, given open-source code and data availability.
Autoren: Chaarvi Bansal, Rohitash Chandra, Vinti Agarwal, P. R. Deepa
Letzte Aktualisierung: 2023-06-24 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2306.13995
Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2306.13995
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
Vielen Dank an arxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.
Referenz Links
- https://www.latex-project.org/lppl.txt
- https://www.fda.gov/
- https://www.tga.gov.au/
- https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
- https://clinicaltrials.gov/
- https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm
- https://www.kegg.jp/kegg/
- https://go.drugbank.com/
- https://www.griffith.edu.au/griffith-sciences/compounds-australia
- https://graphviz.org/
- https://networkx.org/
- https://colab.research.google.com/
- https://github.com/ai-covariants/drug-repurposing-covid19