Fortschritte in der Split-HaloTag-Technologie
Neue Verbesserungen im Split-HaloTag verbessern das zelluläre Tracking und die biotechnologische Forschung.
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Inhaltsverzeichnis
Das Studieren, wie Zellen zusammenarbeiten, kann uns helfen, mehr über lebende Systeme zu lernen. Kürzlich haben Wissenschaftler Werkzeuge entwickelt, um zu verfolgen, wie einzelne Zellen im Laufe der Zeit agieren, indem sie ein spezielles Protein namens HaloTag verwenden. Dieses Protein kann die Farbe wechseln, wenn es mit bestimmten Substanzen interagiert. Eine neuere Version dieses Proteins, bekannt als Split-HaloTag, hilft Forschern zu sehen, was in vielen Zellen gleichzeitig passiert und gibt ihnen ein klareres Bild davon, wie biologische Prozesse ablaufen.
Was ist Split-HaloTag?
Das Split-HaloTag ist eine modifizierte Version des ursprünglichen HaloTag-Proteins. Es besteht aus zwei Teilen, die nur unter bestimmten Bedingungen zusammenkommen. Dadurch können Wissenschaftler gezielt bestimmte Zellen markieren, wenn sie aktiv sind. In diesem Setup ist ein Teil des Split-HaloTag mit einem kleinen Peptid namens Hpep verbunden, während der andere Teil mit einem fluoreszierenden Label bindet. Wenn diese beiden Teile zusammenkommen, erzeugen sie ein lebhaftes Signal, das Forscher verfolgen können.
Wie funktioniert es?
Wenn Zellen bestimmte Aktionen ausführen, wie zum Beispiel Calciumwerte zu erhöhen oder einen Rezeptor zu aktivieren, wird das Split-HaloTag-System aktiviert. Das kleine Peptid (Hpep) bindet an den grösseren Proteinpart, wodurch es sich mit dem fluoreszierenden Label verbinden kann. Sobald die Reaktion passiert, können Wissenschaftler die Zellen analysieren, um zu sehen, was sie gemacht haben, als sie markiert wurden. Dieses System hat sich als effektiv erwiesen, um eine Vielzahl von zellulären Aktivitäten zu untersuchen.
Verbesserung des Split-HaloTag-Systems
Forschung hat gezeigt, dass das originale Split-HaloTag länger braucht, um Zellen zu markieren, im Vergleich zum normalen HaloTag. Das bedeutet, dass Wissenschaftler möglicherweise einige Minuten oder sogar Stunden warten müssen, um gute Signale zu bekommen, besonders in lebenden Organismen wie Mäusen oder Fischen. Diese Zeitbeschränkung kann ihre Fähigkeit einschränken, schnell ablaufende Ereignisse in Zellen zu untersuchen.
Um diese Einschränkung zu beheben, haben Wissenschaftler verbesserte Versionen des Split-HaloTag entwickelt, um es schneller und zuverlässiger zu machen. Durch die Verwendung von Computermodellen identifizierten sie Änderungen, die helfen könnten, den grossen Proteinpart zu stabilisieren und besser zu funktionierten. Sie nahmen Änderungen wie das Hinzufügen neuer Verbindungsstücke vor, die die Proteinfragmente sicherer zusammenhalten können. Diese Modifikationen führen zu schnelleren Markierungszeiten und weniger Substanzen, die benötigt werden, um gute Signale zu erhalten.
Änderungen am Protein
Wissenschaftler haben verschiedene Mutationen am grösseren Teil des Split-HaloTag ausprobiert, um zu sehen, welche Änderungen die Leistung verbessern würden. Nach Tests fanden sie mehrere Mutationen, die die Temperaturstabilität erhöhten, was bedeutet, dass es nicht so leicht in warmen Umgebungen wie in lebenden Zellen zerfiel. Einige Mutationen halfen dem Protein, schneller zu arbeiten, was es ihm ermöglichte, schneller Signale zu erzeugen als zuvor.
Eine signifikante Mutation erhöhte die Stabilität des Proteins und erlaubte eine schnellere Reaktion mit dem fluoreszierenden Tag. Das bedeutet, dass das verbesserte System in einer lebenden Zelle klarere und schnellere Ergebnisse liefern kann.
Verwendung neuer Verbindungsstücke
Zusätzlich zu den Änderungen an einzelnen Teilen des Proteins entwarfen die Forscher auch neue Verbindungsstücke, um die beiden Hälften des Split-HaloTag zu verbinden. Die ursprünglichen Verbindungsstücke waren flexibel, was das gesamte System weniger stabil machte. Durch die Schaffung eines strukturierten Verbindungsstücks, das eine strenge Form bildet, konnten die Forscher den beiden Hälften des Split-HaloTag helfen, besser zusammenzupassen.
Nach dem Testen mehrerer Verbindungsstücke stellte sich eines als das beste heraus, das sowohl die Stabilität des Proteins als auch dessen Fähigkeit, sich am fluoreszierenden Tag zu binden, erhöhte. Das bedeutete, dass weniger Zeit und weniger Chemikalien benötigt wurden, um starke Signale von Zellen zu erhalten.
Testen des verbesserten Split-HaloTag
Um zu sehen, wie gut das verbesserte Split-HaloTag funktioniert, führten Wissenschaftler Tests in lebenden Zellen durch. Sie hängten das Split-HaloTag an ein Paar Proteine, von denen bekannt war, dass sie nur bei Anwesenheit einer bestimmten chemischen Substanz interagieren. Dadurch können sie sehen, wie gut das Split-HaloTag Zellen markiert, wenn die erforderlichen Bedingungen erfüllt sind.
Das verbesserte Split-HaloTag zeigte eine viel stärkere Reaktion im Vergleich zur alten Version. Die Wissenschaftler bemerkten, dass die Markierung intensiver war und sie die Reaktionen der Zellen klarer sehen konnten.
Praktische Anwendungen
Die Fortschritte, die am Split-HaloTag-System gemacht wurden, ermöglichen es Forschern, verschiedene biologische Prozesse effektiver zu studieren. Zum Beispiel können sie jetzt verfolgen, wie Nervenzellen im Gehirn in Echtzeit miteinander kommunizieren. Sie können auch sehen, wie verschiedene Teile eines lebenden Organismus auf Veränderungen in ihrer Umgebung reagieren oder auf Behandlungen reagieren.
Mit diesen Tools können Wissenschaftler mehr Daten sammeln und tiefere Einblicke darin gewinnen, wie biologische Systeme funktionieren. Das kann helfen, Krankheiten zu untersuchen, zu verstehen, wie Organismen sich entwickeln, und die Arzneimittelentdeckung zu leiten.
Zukünftige Richtungen
Das verbesserte Split-HaloTag hat das Potenzial, die Möglichkeiten der biologischen Forschung zu erweitern. Die Fähigkeit, schnell mehrere Ereignisse in lebenden Zellen zu kennzeichnen und zu verfolgen, könnte zu neuen Entdeckungen in verschiedenen Bereichen führen. Forscher sind begeistert von den Möglichkeiten, neue Werkzeuge zu entwickeln, die ihre Fähigkeit, das Leben auf zellulärer Ebene zu studieren, weiter verbessern.
Die Methoden, die zur Erstellung dieser Änderungen verwendet wurden, könnten auch als Grundlage für die Verbesserung anderer Arten von Proteinen dienen, die in der Forschung eingesetzt werden. Durch die Anwendung ähnlicher Techniken könnten Wissenschaftler bessere Sensoren und Reporter entwerfen, die helfen, noch mehr darüber zu erfahren, wie Zellen kommunizieren und funktionieren.
Fazit
Die Entwicklung des verbesserten Split-HaloTag stellt einen bedeutenden Schritt in der biologischen Forschung dar. Mit der Fähigkeit, zelluläre Ereignisse schnell und zuverlässig zu kennzeichnen, können Wissenschaftler in kürzeren Zeiträumen wertvollere Informationen sammeln. Dieser Fortschritt könnte zu Durchbrüchen beim Verständnis komplexer biologischer Prozesse führen und den Weg für innovative Werkzeuge in den Lebenswissenschaften ebnen.
Während die Forschung weitergeht, werden die Erkenntnisse aus der Verbesserung des Split-HaloTag-Systems vermutlich weitere Fortschritte in der Proteinengineering leiten, die eine breite Palette von wissenschaftlichen Disziplinen zugutekommen. Indem wir unsere Fähigkeit erweitern, zelluläres Verhalten zu visualisieren und zu analysieren, können wir unser Verständnis des Lebens selbst vertiefen.
Titel: Improving Split-HaloTag through Computational Protein Engineering
Zusammenfassung: Split-HaloTag can be used to transform transient molecular interactions into permanent marks through chemical labeling, thereby enabling the recording of transient physiological events in individual cells. However, applications of split-HaloTag-based recorders can be limited by slow labeling rates. To address this issue, we have engineered an improved version of cpHalo{Delta}, the larger fragment of the split-HaloTag system. Using computational techniques, we identified stabilizing point mutations and designed a structured linker connecting the original N and C termini of the circular permutated protein, thereby significantly improving thermostability and activity of cpHalo{Delta}. These modifications decrease the time and substrate concentrations required for split-HaloTag-based assays and can expand their dynamic range and sensitivity.
Autoren: Kai Johnsson, J. Wilhelm, L. Nickel, Y.-H. Lin, J. Hiblot
Letzte Aktualisierung: 2024-10-13 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.13.617931
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.13.617931.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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