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# Biologie# Genetik

Fortschritte in der Präimplantationsdiagnostik

Neue Methoden verbessern die Genauigkeit und Zuverlässigkeit von genetischen Tests bei Embryonen.

Alina Samitova, Vera Belova, Iuliia Vasiliadis, Zhanna Repinskaia, Tatiana Gorodnicheva, Evgeny Romanov, Mariam Pogosyan, Emil Gaysin, Tatyana Nazarenko, Denis Rebrikov, Dmitriy Korostin

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Inhaltsverzeichnis

Die Präimplantationsgenetische Untersuchung (PGT) ist ein medizinisches Werkzeug, das genutzt wird, wenn Paare Hilfe wollen, um ein Baby zu bekommen. Bevor ein Embryo in den Bauch der Mutter gesetzt wird, können Ärzte prüfen, ob der Embryo genetische Probleme hat. Man kann sich das wie einen Gesundheitscheck für Embryos vorstellen. Wenn ein Embryo gesund aussieht, bekommt er das grüne Licht; wenn nicht, gibt's einen roten Alarm.

Wie funktioniert das?

Früher hatten Ärzte Probleme, Embryos zu analysieren, die biopsiert wurden, also ein winziges Stück Gewebe genommen wurde, um Tests durchzuführen. Aber dank wissenschaftlicher Fortschritte gibt es jetzt bessere Methoden, um genug DNA-Material aus nur einer Zelle zu bekommen.

Wissenschaftler haben Wege gefunden, die sehr wenig DNA benötigen-etwa 6 bis 7 Pikogramm (das ist wirklich winzig) aus einer einzelnen Zelle. Dieses kleine Stück DNA kann verstärkt werden, ähnlich wie beim Kopieren eines Dokuments mit einem Kopierer, damit genug Material zur Analyse vorhanden ist.

Techniken in der PGT

Jetzt fragst du dich vielleicht, welche Methoden es gibt. Zwei beliebte sind MDA (Multiple Displacement Amplification) und MALBAC (Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles). Beide Techniken helfen dabei, DNA zu amplifizieren, sodass Wissenschaftler nach chromosomalen Problemen suchen können, die zu Problemen wie dem Down-Syndrom führen könnten.

Es gibt aber einen Haken! Ein weiterer gründlicher Test, der Whole Exome Sequencing (WES) genannt wird, kann eine breitere Palette von genetischen Varianten finden. Leider wird dieser Test in der PGT noch nicht häufig eingesetzt, weil die anderen Methoden einige Schwierigkeiten haben. Zum Beispiel kann MDA einige DNA-Abschnitte übersehen, was es etwas unzuverlässig macht.

Der PGT-M Prozess

PGT-M ist eine spezifische Testart, die darauf abzielt, genetische Störungen von einzelnen Genen zu finden. Dafür sammeln Ärzte DNA-Proben von beiden Eltern und eine Kontrollprobe. Diese vergleichen sie dann mit der DNA des Embryos. Es ist ein bisschen wie zu versuchen, eine Familienähnlichkeit in einem Familienfoto zu finden; das Ziel ist es, irgendwelche negativen Eigenschaften zu entdecken, die möglicherweise weitergegeben werden.

Es gibt Methoden wie PCR (Polymerase-Kettenreaktion) in Kombination mit DNA-Sequenzierung, um zu überprüfen, ob der Embryo solche bedenklichen Eigenschaften hat. Eine Erfolgsgeschichte war die Verhinderung des Marfan-Syndroms-eine Erkrankung, die das Bindegewebe betrifft-unter Verwendung eines massgeschneiderten PGT-M-Ansatzes.

Die Vorteile von WES

Whole Exome Sequencing kann spezifischere genetische Informationen finden, die möglicherweise in den Elterndaten nicht auftauchen. Aber es hat auch seine Herausforderungen. Manchmal wird nicht jeder DNA-Abschnitt gelesen, und es kann während des Prozesses zu Fehlern kommen. Diese Inkonsistenz kann dazu führen, dass wichtige genetische Informationen fehlen.

Der PTA-Ansatz

Um einige Probleme mit bestehenden Methoden anzugehen, schauen Wissenschaftler sich eine neuere Technik namens PTA (Primary Template-Directed Amplification) an. Diese Methode ist wie die Bühne für eine grossartige Aufführung vorzubereiten. Sie verbessert, wie gleichmässig die DNA aus winzigen Biopsien amplifiziert wird. Wenn das funktioniert, könnten Ärzte schnell genetische Probleme bei Embryos überprüfen, was den ganzen Prozess reibungsloser macht.

In einer Studie verwendeten Wissenschaftler diese PTA-Methode an bekannten DNA-Proben, um ihre Effektivität zu überprüfen. Sie benutzten auch Embryoproben, die für Forschungszwecke gespendet wurden. So konnten sie besser verstehen, wie PTA die Embryo-Tests verbessern kann.

Probenahme-Abenteuer

Für die Studie entnahmen Wissenschaftler menschliche Fibroblasten-das sind Hautzellen aus einer Referenzprobe-und züchteten sie unter bestimmten Bedingungen, damit sie glücklich und gesund bleiben. Nachdem sie eine gute Anzahl an Zellen hatten, bereiteten sie sie für Tests vor, indem sie sie in Gruppen von 4, 10, 16 und 25 Zellen aufteilten.

Zusätzlich verwendeten sie Kontroll-DNA-Proben, um zu vergleichen und zu sehen, wie ihre Ergebnisse übereinstimmten. Alle Proben wurden sorgfältig behandelt, um sicherzustellen, dass sie in einwandfreiem Zustand für die Analyse waren.

Exom-Sequenzierung leicht gemacht

Die Wissenschaftler arbeiteten hart daran, die DNA-Bibliotheken aus den gesammelten Proben vorzubereiten. Sie verwendeten präzise Geräte, um die DNA vorzubereiten, denn selbst kleine Fehler können zu grossen Problemen bei den Ergebnissen führen.

Nachdem sie die Bibliotheken erstellt hatten, durchlief die DNA einen Prozess namens Sequenzierung, bei dem die Wissenschaftler die DNA lasen. Sie verglichen die DNA-Daten, um zu sehen, wie effektiv PTA bei der Amplifikation der Proben war.

Ergebnisse aus der Sequenzierung

Nach der Sequenzierung erhielten sie Millionen von Reads aus ihren Proben. Es ist ein bisschen so, als würde man tausende Postkarten aus einem Urlaub bekommen; jede gibt ein Stück Information. Sie massen, wie viele dieser Postkarten zielgerichtet waren-das bedeutet, sie gaben nützliche Informationen. Die Ergebnisse waren ermutigend und zeigten, dass sie selbst mit weniger Zellen immer noch nützliche Daten erhielten.

Als sie die DNA aus verschiedenen Gruppen verglichen, bemerkten sie, dass die Grösse der ursprünglichen Probe die Qualität der Ergebnisse nicht stark beeinflusste. Selbst kleinere Proben lieferten anständige Ausgaben, was ein grosser Gewinn ist.

Bewertungsqualität der Abdeckung

Nachdem sie die Ergebnisse genauer betrachtet hatten, erkannten sie, dass PTA eine konsistente Abdeckung bot. Einfach gesagt, die Tests schafften es, die meisten wichtigen Bereiche abzudecken, die nötig sind, um genetische Probleme zu erkennen.

Sie definierten "Abdeckung" als wie gründlich die DNA-Regionen angesehen wurden, und die Ergebnisse waren vielversprechend. Sie zeigten, dass mehr als 95% der Regionen eine angemessene Abdeckung hatten-das ist wie eine gute Sicherheitsdecke, die fast alles Wichtige abdeckt.

Was ist mit den ACMG-Richtlinien?

Sie überprüften auch, wie gut ihre Ergebnisse den Standards des American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) entsprachen. Sie wollten sehen, ob sie problematische Gene genau identifizieren konnten.

Die Studie zeigte, dass die meisten Gene die empfohlene Abdeckung erfüllten, was darauf hindeutet, dass PTA möglicherweise ein Wendepunkt für die Tests von Embryos sein könnte.

PTA vs. MDA

Im Vergleich von PTA mit der älteren Methode MDA wurde klar, dass PTA die Nase vorn hatte. Während die Ergebnisse mit MDA etwas inkonsistent waren, lieferte PTA stärkere und zuverlässigere Ergebnisse. Es ist wie der Vergleich eines konstanten Bäckers mit einem, der manchmal das Zucker vergisst.

Bei der Verwendung von PTA war die durchschnittliche Abdeckung viel höher, und es gab weniger Bereiche ohne Reads. Das bedeutet, dass Wissenschaftler PTA eher vertrauen können, um gute Informationen zu liefern.

Der Weg nach vorne

Obwohl PTA vielversprechend aussieht, gibt es noch Herausforderungen. Die Variabilität der Probenqualität kann die Ergebnisse weiterhin beeinflussen. Weitere Forschungen sind nötig, um zu überprüfen, wie diese Methode langfristig in realen klinischen Umgebungen funktioniert.

Mit weiteren Tests hoffen die Wissenschaftler, PTA in ihre regelmässigen Prozesse zu integrieren, um genetische Tests für Embryos einfacher und zuverlässiger zu machen. Wer weiss? Vielleicht könnte das der neue Standard für Paare sein, die sicherstellen möchten, dass ihre Kleinen gesund ins Leben starten.

Fazit

Zusammenfassend lässt sich sagen, dass sich die Präimplantationsgenetische Untersuchung weiterentwickelt, und neuere Techniken wie PTA könnten verbessern, wie Embryos auf genetische Probleme getestet werden. Mit konsistenten Ergebnissen und höherer Abdeckung zeigt PTA Potenzial, eine bevorzugte Methode in diesem Bereich zu werden.

Die Zukunft sieht vielversprechend aus, und mit mehr Forschung könnten diese Techniken alltäglich werden, um Familien dabei zu helfen, gesunde Babys auf die Welt zu bringen. Und wer möchte das nicht?

Originalquelle

Titel: PRECISE EXOME ANALYSIS OF BLASTOCYST BIOPSY SCALE SAMPLES USING PRIMARY TEMPLATE-DIRECTED AMPLIFICATION

Zusammenfassung: This study evaluates primary template-directed amplification (PTA) for whole exome sequencing (WES) on small fibroblast cell groups, mimicking the limited cell quantities typical of trophectoderm embryo biopsies. PTAs consistent amplification reduces allelic dropout (ADO) and impoves uniform coverage, overcoming challenges associated with conventional methods such as multiple displacement amplification (MDA). Using fibroblast samples alongside well-characterised genomic references (E701, NA12878), we benchmarked PTA-WES, achieving 97.5% target region coverage at 10x, meeting American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) standards. Preliminary results from embryo biopsies sequenced with PTA-WES showed a median coverage of 102x, significantly improving upon the variability and coverage gaps observed in MDA-WES. The findings support PTAs potential to enhance the clinical applicability of WES for preimplantation genetic testing for monogenic disorders (PGT-M), expanding capabilities to detect inherited and de novo mutations in embryos. Further optimisation and variant detection analyses are planned to evaluate PTAs robustness for routine clinical use.

Autoren: Alina Samitova, Vera Belova, Iuliia Vasiliadis, Zhanna Repinskaia, Tatiana Gorodnicheva, Evgeny Romanov, Mariam Pogosyan, Emil Gaysin, Tatyana Nazarenko, Denis Rebrikov, Dmitriy Korostin

Letzte Aktualisierung: 2024-11-03 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.29.620888

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.29.620888.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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