Mikrobielle Zellfabriken: Ein neuer Weg nach vorne
Wissenschaftler entwickeln Mikroben, die Methanol für die nachhaltige chemische Produktion nutzen.
Miguel Paredes-Barrada, Annemieke S. Mathissen, Roland A. van der Molen, Pablo J. Jiménez-Huesa, Machiel Eduardo Polano, Stefano Donati, Miriam Abele, Christina Ludwig, Richard van Kranenburg, Nico J. Claassens
― 7 min Lesedauer
Inhaltsverzeichnis
- Die Suche nach nachhaltigen Rohstoffen
- Die Magie des Methanols
- Die thermophilen Freunde treten ein
- Veränderungen bei den Mikroben vornehmen
- Das Abenteuer beginnt
- Nachweis des Konzepts mit 13C-Markierung
- Tiefer in die Genome eintauchen
- Die Rolle von AdhT und Freunden
- Verständnis der Formaldehyd-Entgiftung
- Der Weg nach vorn
- Fazit
- Originalquelle
Mikrobielle Zellfabriken sind wie winzige Fabriken, die Mikroorganismen nutzen, um Sachen zu produzieren, die wir brauchen, genau wie eine Bäckerei, die Teig für Brot benutzt. Sie können verschiedene Chemikalien herstellen, wie Ethanol, das in deinen Lieblingsgetränken ist, und Laktat, das in Lebensmitteln verwendet wird. Dieser Prozess wird immer beliebter, weil er umweltfreundlicher ist.
Die Suche nach nachhaltigen Rohstoffen
Meistens nutzen diese mikrobielle Fabriken Zucker aus Pflanzen als Hauptzutat. Es gibt jedoch einen Trend, verschiedene Arten von Zutaten zu verwenden, die nicht so stark auf Landwirtschaft angewiesen sind. Man will die Bäume und Tiere ja glücklich halten, oder? Daher wollen Wissenschaftler neue Zutaten finden, die aus erneuerbaren Quellen stammen – wie Abfälle von Pflanzen oder sogar Kohlenstoffdioxid.
Unter den Alternativen sind Ein-Kohlenstoff-Rohstoffe spannend. Das sind einfache Verbindungen wie Ameisensäure, Kohlenmonoxid und natürlich Methanol. Methanol ist besonders interessant, weil man es aus Abfällen, CO2, Wasser und erneuerbarer Energie gewinnen kann. Das macht es zu einem Star-Kandidaten für die Herstellung der Chemikalien, die wir dringend brauchen, ohne unseren Planeten zu schädigen.
Methanols
Die Magie desMethanol kann von bestimmten Mikroorganismen genutzt werden, die spezielle Wege haben, um darauf zu wachsen und zu gedeihen. Denk an diese Wege wie an einzigartige Autobahnen für die Mikroben, die ihnen erlauben, direkt auf das Wachstum zuzufahren, das sie wollen, während sie Methanol als Treibstoff benutzen. Einer der effizientesten Wege ist der RuMP-Zyklus. Ist wie eine Überholspur!
Zuerst wandeln die Mikroben Methanol mit einem Enzym namens Methanol-Dehydrogenase (Mdh) in Formaldehyd um. Dann können sie durch eine Reihe von Reaktionen nützliche Produkte daraus machen. Aber der erste Schritt, Methanol in Formaldehyd zu verwandeln, kann für diese kleinen Arbeiter etwas knifflig sein, fast wie Steil einen Hügel mit dem Fahrrad hochzufahren.
Die thermophilen Freunde treten ein
Hier kommen die thermophilen Organismen ins Spiel. Das sind Mikroben, die in heissen Umgebungen gedeihen. Sie können schneller arbeiten, weil sie eine besondere Fähigkeit haben, ihre Reaktionen anzukurbeln – sogar die schwierigen! Ein bekannter thermophiler Mikrobe, Bacillus methanolicus, kann gut auf Methanol wachsen. Aber hier ist der Haken: Es ist nicht so einfach, sie im Labor zu züchten.
Wissenschaftler wollen neue Thermophile schaffen, die leicht kultiviert werden können und auch Chemikalien aus Methanol produzieren. Ein vielversprechender Kandidat ist Parageobacillus thermoglucosidasius. Ein bisschen kompliziert, aber dieser Mikrobe hat das Potenzial, der Superheld zu sein, den wir brauchen.
Veränderungen bei den Mikroben vornehmen
In der Vergangenheit haben Wissenschaftler versucht, nicht-Methanol-fressende Mikroben ein paar neue Tricks beizubringen, oft indem sie Fähigkeiten von Methanol-Liebhabern übernehmen. Sie hatten einige Erfolge mit Bakterien wie E. coli und Hefe, aber diese Änderungen in Thermophilen vorzunehmen, war eine Herausforderung.
Was machen die Wissenschaftler also? Sie verwenden gemischte Ansätze, eine Kombination aus sorgfältig geplanten Änderungen und der Natur erlaubt, ihre Magie zu wirken. Das ist wie zu versuchen, deinem Hund einen neuen Trick beizubringen und ihm gleichzeitig zu erlauben, selbst ein bisschen rumzuprobieren.
Das Abenteuer beginnt
In einem aktuellen Experiment haben Wissenschaftler versucht, einen Stamm von P. thermoglucosidasius zu schaffen, der auf Methanol wachsen kann. Sie haben damit begonnen, bestimmte Gene auszuschalten, was die Mikroben dazu brachte, auf Methanol zum Wachsen angewiesen zu sein. Denk daran, als ob man einem Kind, das das Laufen lernt, die Gehhilfe wegnimmt.
Als sie diesen neuen Stamm hatten, haben sie ihn getestet. Sie haben ihn mit einer Mischung aus Ribose (einem Zucker) und Methanol gezüchtet. Nach einer Weile (und etwas Geduld) fanden sie heraus, dass der neue Stamm tatsächlich wachsen konnte! Es war, als würden sie einem Wunder direkt vor ihren Augen zusehen.
Nachweis des Konzepts mit 13C-Markierung
Um sicherzustellen, dass ihre neue Methode funktionierte, gingen die Forscher einen Schritt weiter. Sie führten eine besondere Version von Methanol ein, die mit Kohlenstoff-13 markiert war, einer schwereren Version von Kohlenstoff. Das erlaubte ihnen, es zu verfolgen, während die Mikroben es in ihre Körper einbauten. Sie fanden heraus, dass ein grosser Teil der neuen Aminosäuren, die in den Mikroben produziert wurden, Kohlenstoff-13 enthielt. Das war ein starkes Indiz dafür, dass die Mikroben tatsächlich Methanol zum Wachsen verwendeten!
Tiefer in die Genome eintauchen
Aufgeregt über ihre Ergebnisse sequenzierten die Wissenschaftler die Genome ihrer neuen Stämme. Das half ihnen, die genetischen Veränderungen zu entschlüsseln, die während ihres kleinen Experiments stattfanden. Sie entdeckten Mutationen in wichtigen Genen, die den Mikroben wahrscheinlich halfen, sich an ihre neue Methanol-Diät anzupassen.
Einige Gene waren aktiver als zuvor, was bedeutete, dass die Enzyme, die im ganzen Prozess helfen, reichlicher vorhanden waren. Eines dieser Enzyme, AdhT, war ein möglicher neuer Spieler im Methanol-Oxidationsspiel. Es schien ein vielversprechender Kandidat zu sein, um dem Mikrobi helfen, Methanol in die nützlichen Verbindungen zu verwandeln, die sie brauchen.
Die Rolle von AdhT und Freunden
Nach vielen Tests und Analysen bestätigten die Wissenschaftler, dass AdhT tatsächlich Methanol oxidieren konnte. Das war wichtig, denn ein zuverlässiges Enzym für diesen Schritt bedeutet, dass der ganze Prozess der Umwandlung von Methanol in nützliche Produkte effizienter sein könnte.
Ausserdem fanden sie heraus, dass auch andere Enzyme wie HxlA und HxlB in dem modifizierten Stamm hochreguliert waren. Diese Enzyme arbeiten im RuMP-Zyklus zusammen und helfen den Mikroben, die verfügbaren Ressourcen optimal zu nutzen. Es war, als hätte die mikrobielle Fabrik plötzlich einen Weg gefunden, in der Überholspur zu fahren.
Verständnis der Formaldehyd-Entgiftung
Auf ihrer Entdeckungsreise mussten sich die Forscher auch mit Formaldehyd auseinandersetzen, einem giftigen Nebenprodukt der Methanol-Oxidation. Es war, als würden sie entdecken, dass das Eis, das sie lieben, eine super gruselige Zutat hatte, die es ungeniessbar machte!
Die meisten Organismen haben Wege, um mit Formaldehyd umzugehen, und P. thermoglucosidasius schien mehrere Methoden dafür zu haben. Die Forscher untersuchten verschiedene Systeme und Proteine, die an der Entgiftung dieser kniffligen Verbindung beteiligt sind. Sie fanden heraus, dass die Bakterien, während sie modifiziert wurden, besser darin wurden, Formaldehyd zu bewältigen und es für das Wachstum zu nutzen.
Der Weg nach vorn
Also, was steht als Nächstes für diesen robusten kleinen Mikrobi? Das Ziel ist es, ihn weiter zu treiben, damit er Methanol als seine Hauptkohlenstoffquelle nutzen kann. Sie werden weiterhin mit seinem Genom experimentieren, um seine Fähigkeiten zu verfeinern, in der Hoffnung, dass er eines Tages Methanol zum Frühstück, Mittag- und Abendessen fressen kann, während er nützliche Chemikalien für uns produziert.
In der Welt der mikrobiellen Fabriken ist das erst der Anfang. Die Forscher sind begeistert von den möglichen Anwendungen, von erneuerbaren Brennstoffen bis hin zu nachhaltigen Chemikalien. Das ist ein grosser Sieg für die Wissenschaft und unseren Planeten, und wer würde diese kleinen Helden nicht anfeuern wollen?
Fazit
Wenn wir weiter voranschreiten, wird klar, dass mikrobielle Zellfabriken eine grosse Rolle dabei spielen können, nachhaltige Optionen für die Chemikalien, die wir brauchen, bereitzustellen. Mit fleissigen Organismen wie P. thermoglucosidasius und innovativer Forschung öffnen wir Türen zu einer grüneren Zukunft, ohne stark auf traditionelle Landwirtschaft angewiesen zu sein.
Also, hier ist ein Hoch auf Mikroben: die unbeachteten Helden der Nachhaltigkeit, bereit, chemische Köstlichkeiten aus ansonsten unscheinbaren Zutaten zu zaubern.
Originalquelle
Titel: Awakening of the RuMP cycle for partial methylotrophy in the thermophile Parageobacillus thermoglucosidasius
Zusammenfassung: Given sustainability and scalability concerns of using sugar feedstocks for microbial bioproduction of bulk chemicals, widening the feedstock range for microbial cell factories is of high interest. Methanol is a one-carbon alcohol that stands out as an alternative feedstock for the bioproduction of chemicals, as it is electron-rich, water-miscible and can be produced from several renewable resources. Bioconversion of methanol into products under thermophilic conditions (>50C) could be highly advantageous for industrial biotechnology. Although progress is being made with natural, thermophilic methylotrophic microorganisms, they are not yet optimal for bioproduction and establishing alternative thermophilic methylotrophic bioproduction platforms can widen possibilities. Hence, we set out to implement synthetic methanol assimilation in the emerging thermophilic model organism Parageobacillus thermoglucosidasius. We engineered P. thermoglucosidasius to be strictly dependent for its growth on methanol assimilation via the core of the highly efficient ribulose monophosphate (RuMP) cycle, while co-assimilating ribose. Surprisingly, this did not require heterologous expression of RuMP enzymes. Instead, by laboratory evolution we awakened latent, native enzyme activities to form the core of the RuMP cycle. We obtained fast methylotrophic growth in which ~17% of biomass was strictly obtained from methanol. This work lays the foundation for developing a versatile thermophilic bioproduction platform based on renewable methanol.
Autoren: Miguel Paredes-Barrada, Annemieke S. Mathissen, Roland A. van der Molen, Pablo J. Jiménez-Huesa, Machiel Eduardo Polano, Stefano Donati, Miriam Abele, Christina Ludwig, Richard van Kranenburg, Nico J. Claassens
Letzte Aktualisierung: 2025-01-02 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.31.621308
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.31.621308.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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