Testando um Modelo do Comportamento das Células do Coração
Este artigo analisa experimentos sobre um modelo que simula os sinais elétricos das células do coração.
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Índice
- Introdução aos Modelos
- Visão Geral dos Experimentos
- Configuração Computacional
- Taxa de Convergência dos Operadores
- Impacto dos Parâmetros de Discretização
- Dependência da Velocidade de Condução nas Junções Gap
- Efeito da Área de Superfície das Junções Gap
- Dependência da Velocidade de Condução no Tamanho e Forma das Células
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Este artigo fala sobre vários testes que fizemos pra ver como um modelo matemático simula o comportamento das células. A gente se concentrou em quão precisos eram os resultados do modelo, ajustando diferentes configurações e parâmetros.
Introdução aos Modelos
O modelo célula por célula é uma maneira de estudar como os sinais elétricos passam pelo tecido cardíaco, que é importante pra entender como o coração funciona. Usamos um programa de computador escrito em C++ e uma biblioteca chamada Eigen pra ajudar com os cálculos. Também usamos modelos e dados existentes pra configurar nossos testes.
Visão Geral dos Experimentos
Começamos com dois tipos principais de experimentos. O primeiro conjunto focou em medir quão preciso nosso modelo é, verificando seu desempenho com diferentes configurações. O segundo conjunto examinou como mudanças no próprio modelo influenciavam os resultados.
Primeiro Conjunto de Experimentos
No primeiro conjunto, olhamos como diferentes configurações impactavam a precisão do modelo. Por exemplo, testamos o efeito de usar tamanhos de malha e intervalos de tempo variados nos nossos cálculos. Era essencial encontrar a combinação certa de configurações pra garantir que os resultados ficassem dentro de uma margem de erro aceitável.
Segundo Conjunto de Experimentos
No segundo conjunto, queríamos saber mais sobre o modelo em si. Estudamos como diferentes fatores, como a Permeabilidade das Junções Gap (conexões entre as células) e a área de contato entre as células, afetavam a velocidade dos sinais elétricos.
Configuração Computacional
Pra fazer nossos testes, montamos uma série de experimentos usando uma grade de células retangulares. Cada célula é definida pela sua largura e altura. Aplicamos um estímulo nas células pra iniciar um sinal elétrico e medimos quão rápido ele passava pelas células.
Mantivemos algumas variáveis constantes enquanto mudávamos outras pra ver os efeitos na velocidade do sinal, conhecida como Velocidade de Condução (CV). Pros nossos testes, usamos certos valores para os coeficientes do modelo, que determinam como as células se comportam.
Taxa de Convergência dos Operadores
Um dos nossos experimentos focou em quão rápido nosso modelo chegava a uma solução precisa usando diferentes arranjos de células. Analisamos quatro arranjos específicos e registramos os erros nos nossos cálculos.
- Célula Única: Este arranjo tinha uma célula com dimensões específicas.
- Duas Células: Dividimos uma célula em duas criando uma conexão vertical.
- Células Isoladas Não Suaves: Removemos a conexão e deixamos um espaço entre as células.
- Células Isoladas Suaves: Neste caso, suavizamos os cantos das células.
Para os modelos de célula única e duas células, conseguimos encontrar uma solução exata pra comparar nossos resultados, enquanto para as outras configurações, tivemos que confiar em cálculos aproximados.
Impacto dos Parâmetros de Discretização
Aprendemos que os métodos que usamos pra dividir o espaço e o tempo do modelo tiveram um efeito significativo na velocidade de condução. Mudar o tamanho da grade e o tamanho de cada intervalo de tempo levou a resultados diferentes, o que é crítico pra garantir precisão.
Quando usamos grades grandes, descobrimos que a CV estimada era frequentemente maior do que o esperado. Por outro lado, se usássemos intervalos de tempo grandes, a CV estimada era menor do que deveria. Mesmo com grades maiores, nossos resultados ficaram dentro de uma margem de erro razoável.
Dependência da Velocidade de Condução nas Junções Gap
Neste experimento, olhamos como a velocidade do sinal elétrico dependia da permeabilidade das junções gap. Variamos essa permeabilidade mantendo outras configurações constantes. Os resultados mostraram que, à medida que a permeabilidade diminuía, a velocidade de condução também diminuía. Descobrimos que um valor fisiológico de permeabilidade permitia a condução mais rápida.
Também examinamos o efeito da condutividade interna das células. À medida que aumentávamos essa condutividade, a velocidade de condução aumentava, especialmente em células mais curtas.
Efeito da Área de Superfície das Junções Gap
Normalmente, as junções gap que conectam células não são planas; elas podem ser melhor representadas como estruturas em forma de disco. Neste teste, investigamos como a frequência e a amplitude dessas junções influenciavam a velocidade de condução.
Ao modelar essas junções com uma onda senoidal, descobrimos que frequências moderadas aumentavam a velocidade de condução, pois levavam a uma área de contato maior entre as células. No entanto, quando a frequência ficava muito alta, a velocidade de condução diminuía, provavelmente devido ao espaço limitado para o fluxo em junções mais apertadas.
Quando ajustamos a amplitude das junções mantendo a frequência constante, observamos uma tendência semelhante: amplitudes maiores reduziam a velocidade de condução.
Dependência da Velocidade de Condução no Tamanho e Forma das Células
No nosso último experimento, estudamos como o tamanho e a forma das células influenciavam a velocidade de condução. Variamos as dimensões das células pra ver como isso impactava a velocidade do sinal.
- Variação de Comprimento: Mantendo a largura constante e aumentando o comprimento, vimos que a velocidade de condução diminuía.
- Variação de Largura: Quando fixamos o comprimento e variamos a largura, descobrimos que a velocidade de condução aumentava com larguras maiores.
- Variação da Proporção de Aspecto: Por último, variamos tanto o comprimento quanto a largura mantendo uma proporção de aspecto constante e vimos um aumento na velocidade de condução à medida que a área crescia.
Conclusão
Através desses experimentos, ganhamos insights valiosos sobre como diferentes configurações e parâmetros afetam o comportamento do modelo célula por célula. Ajustando o tamanho da malha, os intervalos de tempo, a permeabilidade das junções gap e as dimensões das células, pudemos influenciar significativamente a velocidade dos sinais elétricos passando pelas células. Essas descobertas são essenciais pra entender melhor as complexidades do comportamento do tecido cardíaco e podem ajudar a melhorar os modelos usados em estudos cardíacos.
Título: Boundary Integral Formulation of the Cell-by-Cell Model of Cardiac Electrophysiology
Resumo: We propose a boundary element method for the accurate solution of the cell-by-cell bidomain model of electrophysiology. The cell-by-cell model, also called Extracellular-Membrane-Intracellular (EMI) model, is a system of reaction-diffusion equations describing the evolution of the electric potential within each domain: intra- and extra-cellular space and the cellular membrane. The system is parabolic but degenerate because the time derivative is only in the membrane domain. In this work, we adopt a boundary-integral formulation for removing the degeneracy in the system and recast it to a parabolic equation on the membrane. The formulation is also numerically advantageous since the number of degrees of freedom is sensibly reduced compared to the original model. Specifically, we prove that the boundary-element discretization of the EMI model is equivalent to a system of ordinary differential equations, and we consider a time discretization based on the multirate explicit stabilized Runge-Kutta method. We numerically show that our scheme convergences exponentially in space for the single-cell case. We finally provide several numerical experiments of biological interest.
Autores: Giacomo Rosilho de Souza, Rolf Krause, Simone Pezzuto
Última atualização: 2023-02-10 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2302.05281
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2302.05281
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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