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Novo método detecta mutações de tuberculose resistente a medicamentos

Uma forma rápida e barata de identificar mutações nas bactérias da tuberculose.

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Mutações são mudanças que acontecem no DNA dos organismos vivos. Elas podem ocorrer por acaso durante o processo de cópia do DNA. Enquanto algumas mutações podem ser prejudiciais, outras têm um papel importante na evolução das espécies ao longo do tempo. Infelizmente, no caso das bactérias, algumas mutações permitem que elas resistam a Antibióticos. Isso é um problema sério porque os antibióticos são cruciais para tratar infecções.

Por muitos anos, os antibióticos foram muito eficazes em matar bactérias nocivas. No entanto, devido ao uso excessivo e inadequado, algumas bactérias desenvolveram resistência. Isso significa que certas cepas de bactérias não respondem mais aos antibióticos comumente usados. Como resultado, a medicina moderna enfrenta desafios para tratar infecções, especialmente aquelas causadas por bactérias resistentes a antibióticos.

Para detectar se as bactérias são resistentes a medicamentos, os cientistas usam vários métodos. Os métodos tradicionais envolvem cultivar bactérias em um laboratório para ver se os antibióticos conseguem matá-las. Recentemente, técnicas mais avançadas, como testes moleculares, foram desenvolvidas. Um método popular é chamado de reação em cadeia da polimerase (PCR). O PCR ajuda a identificar mutações específicas nas bactérias que causam resistência.

Apesar das vantagens do PCR, existem desafios. Por exemplo, o PCR precisa de máquinas especiais, chamadas termocicladores, para funcionar. Essas máquinas podem ser caras e talvez não estejam disponíveis nos lugares onde são mais necessárias. Isso dificulta o diagnóstico rápido de infecções em locais com poucos recursos.

Por causa dessas limitações, os pesquisadores desenvolveram outras técnicas chamadas amplificação isotérmica de ácidos nucleicos. Esses métodos podem funcionar em uma temperatura constante, ou seja, não precisam dessas máquinas avançadas. Eles podem fornecer resultados mais rápidos, especialmente quando os clínicos precisam decidir rapidamente sobre o tratamento para evitar o uso desnecessário de antibióticos. A detecção rápida também pode ajudar a controlar a propagação de infecções resistentes a medicamentos.

No entanto, muitos métodos isotérmicos ainda têm desvantagens. Por exemplo, as enzimas usadas nessas reações podem não ser tão rigorosas ao combinar sequências de DNA. Isso pode causar problemas na detecção precisa de mutações. Embora alguns pesquisadores tenham tentado melhorar esses métodos adicionando ingredientes especiais, eles muitas vezes exigem configurações mais complexas.

Uma doença infecciosa que ilustra esses desafios é a tuberculose (TB). A TB continua sendo um grande problema de saúde global, causando muitas infecções e mortes a cada ano. Em 2020, a pandemia de COVID-19 piorou a situação, levando a um alto número de mortes relacionadas à TB. A TB resistente a medicamentos é particularmente preocupante, pois responde mal ao tratamento padrão.

Rifampicina (RIF) é um medicamento importante usado para tratar a TB. Quando as bactérias da TB se tornam resistentes ao RIF, isso complica o tratamento. Detectar resistência ao RIF rapidamente é essencial para escolher o tratamento certo. A maior parte da resistência ao RIF está ligada a mutações em uma região específica do DNA das bactérias.

Neste estudo, um novo método para detectar mutações foi desenvolvido usando duas sondas. Sondas são pedaços curtos de DNA que podem se ligar a partes específicas do DNA alvo. As duas sondas são projetadas para se anexar a diferentes partes do mesmo segmento de DNA. Uma sonda ajuda a verificar uma sequência conhecida, enquanto a outra indica onde ocorreram mutações.

Esse método de sonda dupla funciona com uma técnica chamada Amplificação Isotérmica Mediadas por Loop (LAMP). O LAMP é um método fácil de usar que amplifica o DNA a uma temperatura constante, semelhante a outros métodos isotérmicos. O design da sonda dupla permite identificar várias mutações de uma só vez, o que é uma grande vantagem.

Os pesquisadores mostraram que seu método de sonda dupla poderia detectar efetivamente mutações em condições de laboratório. Eles usaram amostras geneticamente modificadas contendo diferentes mutações ligadas à resistência ao RIF. Os resultados indicaram que esse método poderia diferenciar entre DNA normal e mutado de forma eficiente.

O método de sonda dupla oferece vários benefícios. Primeiro, é simples e não requer equipamentos caros. Segundo, é projetado para reduzir erros causados por diferenças nas quantidades de materiais iniciais usados nos testes. Essa confiabilidade o torna adequado para áreas com recursos limitados onde essas infecções são mais prevalentes.

Os pesquisadores testaram seu método em várias amostras, incluindo aquelas de um painel de verificação, que contém cepas conhecidas de TB. Os resultados mostraram que o método poderia identificar corretamente as mutações nessas amostras. Isso é crucial, pois detectar com precisão a resistência a medicamentos ajuda os médicos a escolher o tratamento adequado e a conter a propagação de cepas resistentes.

No geral, essa nova abordagem com sondas duplas mostra grande promessa para enfrentar os desafios da detecção de resistência a medicamentos na TB. Seu design permite resultados rápidos e dados confiáveis, o que é essencial na luta contra doenças infecciosas. Tem o potencial de ajudar os profissionais de saúde a fornecer tratamento em tempo hábil, que é vital para gerenciar surtos e melhorar os resultados dos pacientes.

Em conclusão, a tecnologia de sonda dupla para detecção de mutações tem o potencial de ajudar significativamente na identificação de cepas bacterianas resistentes a medicamentos. Ao fornecer um método rápido e acessível, especialmente em locais que carecem de ferramentas avançadas, pode melhorar muito os esforços para combater infecções. Isso é especialmente importante em áreas onde a resistência a antibióticos é uma preocupação crescente, pois ajuda a orientar o tratamento adequado enquanto limita a propagação de cepas resistentes. Embora ainda haja limitações, o método de sonda dupla representa um grande avanço na batalha contínua contra infecções resistentes a medicamentos.

Fonte original

Título: A Novel Dual Probe-based Method for Mutation Detection using Isothermal Amplification

Resumo: Cost efficient and rapid detection tools to detect mutations especially those linked to drug-resistance are important to address concerns of the rising multi-drug resistance infections. Here we integrated dual probes, namely a calibrator probe and an indicator probe, into isothermal amplification detection system. These two probes are designed to bind distinct regions on the same amplicon to determine the presence or absence of mutation. The calibrator probe signal is used as an internal signal calibrator for indicator probe which detects the presence or absence of the mutation. As an illustrative example, we evaluated the applicability of this dual probe method for detecting mutations associated with rifampicin (RIF) drug resistance at codons 516, 526 and 531 of the rpoB gene in Mycobacterium tuberculosis. In this assessment, we examined 127 artificial samples comprising wild type and mutant target sequences with single or multiple mutations. Our results demonstrated 100% accuracy of both wild type and mutant samples for mutations at codons 526 and 531. As regards to mutations at codon 516, the wild type was identified with 100% accuracy, while the mutant type was identified with 95% accuracy. Moreover, when we extended our evaluation using the Zeptometrix MTB Verification panel, our dual probe method correctly differentiated between the wild type and mutant, and identified the RIF-mutant strain which harbors mutations at codon 531 of the rpoB gene. Our isothermal mutation detection system, relying on dual probes exhibits a versatile approach. With the capability to identify mutations without prior knowledge of their specific mutation direction, our dual-probe method shows significant promise for applications in drug resistance nucleic acid testing, particularly in resource-limited settings.

Autores: Zhi-xiang Lu, N. Nandu, M. Miller, Y. Tong

Última atualização: 2024-03-27 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.586979

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.586979.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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