Tratando a Redundância em Conjuntos de Dados de Ciência dos Materiais
Reduzir materiais similares melhora as previsões de aprendizado de máquina em ciência dos materiais.
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Índice
No campo da ciência dos materiais, os pesquisadores costumam usar grandes bancos de dados pra prever as propriedades de diferentes materiais. Mas um grande problema que aparece é a presença de muitos materiais parecidos nesses bancos. Essa similaridade pode levar a previsões erradas quando se usa modelos de machine learning. Neste artigo, vamos discutir os desafios trazidos por essas amostras similares e propor um novo método pra resolver essa questão.
O Problema das Amostras Redundantes
Muitos bancos de dados de materiais, como o Materials Project, contêm uma porção de materiais que são bem parecidos uns com os outros. Por exemplo, no banco de dados do projeto, tem vários materiais perovskita que se parecem muito. Quando os pesquisadores dividem aleatoriamente essas amostras similares pra treinar e testar modelos de machine learning, os resultados podem ser enganosos. Os modelos costumam se sair melhor do que realmente se sairiam em cenários da vida real porque muitas vezes dependem de amostras de treinamento parecidas pra fazer previsões.
Esse problema não é novo. Questões similares foram observadas em outras áreas, como a bioinformática, onde amostras redundantes podem afetar os resultados das previsões sobre funções de proteínas. Nesse campo, os pesquisadores desenvolveram estratégias pra reduzir a redundância nos dados, ajudando a melhorar a precisão das previsões.
A Necessidade de Melhores Métodos
A existência de amostras redundantes é um desafio significativo na previsão das propriedades dos materiais. Quando o conjunto de dados de treinamento tem muitos materiais similares, o modelo treinado pode não generalizar bem pra materiais novos ou diferentes. Isso é especialmente importante porque os cientistas dos materiais geralmente estão interessados em descobrir materiais totalmente novos com propriedades únicas, e não apenas em entender os que já são conhecidos.
Pra enfrentar esse problema, é essencial controlar as amostras redundantes ao criar conjuntos de dados pra machine learning. Fazendo isso, podemos avaliar melhor como os modelos vão se comportar em aplicações do mundo real.
Apresentando o MD-HIT
Pra resolver o problema da redundância nos conjuntos de dados, propomos um novo algoritmo chamado MD-HIT. Esse método tem como objetivo reduzir o número de materiais similares nos conjuntos de dados, permitindo uma avaliação mais precisa dos modelos de machine learning. O algoritmo MD-HIT tem duas partes principais: uma que foca nas composições dos materiais e outra que lida com as Estruturas dos materiais.
Composição
Redução da Redundância deA primeira parte do MD-HIT simplifica os conjuntos de dados de composição identificando e removendo materiais similares. Esse processo começa com um material representativo e classifica os outros materiais com base na sua estrutura atômica. Cada material é avaliado quanto à sua similaridade com os representantes já selecionados. Se um material for muito parecido, ele é removido do conjunto de dados.
O algoritmo usa várias métricas de distância pra medir a similaridade de composição. Focando em composições únicas, ajuda a melhorar o desempenho dos modelos de machine learning treinados com esses conjuntos de dados.
Redução da Redundância de Estrutura
A segunda parte do MD-HIT foca nos aspectos estruturais dos materiais. Semelhante ao método de composição, essa parte identifica estruturas redundantes comparando características de estruturas cristalinas. Ela também começa com uma estrutura inicial escolhida e avalia outras estruturas com base em quão parecidas elas são com essa inicial.
Essa parte do algoritmo leva em conta as diferentes características das estruturas dos materiais e ajuda a criar um conjunto de dados mais diversificado.
Avaliando as Previsões das Propriedades dos Materiais
Pra ver como o algoritmo MD-HIT funciona, podemos testá-lo em vários modelos de machine learning que prevêem propriedades dos materiais, como energia de formação e band gap. Comparando o desempenho desses modelos treinados com conjuntos de dados redundantes e não redundantes, podemos entender o impacto da redundância das amostras nas previsões deles.
Resultados da Avaliação
Quando analisamos o desempenho dos modelos de machine learning em conjuntos de dados com redundância reduzida, geralmente encontramos que a precisão desses modelos diminui. Embora isso possa ser surpreendente, indica que os modelos estavam antes dependendo demais de amostras similares pra fazer suas previsões.
Além disso, os resultados sugerem que muitos dos modelos que pareciam ter um bom desempenho podem não se generalizar bem quando confrontados com materiais totalmente novos. Isso reforça a necessidade de métodos melhorados para gerenciamento de conjuntos de dados que foquem na redução da redundância das amostras.
Implicações das Descobertas
As descobertas ao usar o algoritmo MD-HIT mostram que controlar a redundância leva a expectativas mais realistas sobre como os modelos de machine learning podem prever as propriedades dos materiais. Ao reduzir o foco em materiais similares, os pesquisadores podem desenvolver modelos que realmente avaliam diferentes materiais e suas características únicas.
Essa mudança de abordagem é essencial para o avanço da ciência dos materiais, já que descobrir novos materiais é um dos principais objetivos da área. Ao reconhecer as limitações impostas por conjuntos de dados redundantes, os cientistas podem trabalhar em direção a modelos de machine learning mais eficazes que possam fornecer previsões mais confiáveis sobre novos materiais.
Conclusão
Resumindo, enfrentar o problema das amostras redundantes em conjuntos de dados de materiais é crucial pra previsões precisas de machine learning. O algoritmo MD-HIT oferece uma solução promissora ao reduzir o número de materiais similares nos conjuntos de dados. Implementando essa abordagem, os pesquisadores podem avaliar melhor o verdadeiro desempenho dos modelos de machine learning e trabalhar na descoberta de novos materiais únicos. Com a contínua melhoria nos métodos de gerenciamento de dados, a comunidade de ciência dos materiais pode esperar avanços que apoiem seus objetivos de inovação e descoberta.
Título: MD-HIT: Machine learning for materials property prediction with dataset redundancy control
Resumo: Materials datasets are usually featured by the existence of many redundant (highly similar) materials due to the tinkering material design practice over the history of materials research. For example, the materials project database has many perovskite cubic structure materials similar to SrTiO$_3$. This sample redundancy within the dataset makes the random splitting of machine learning model evaluation to fail so that the ML models tend to achieve over-estimated predictive performance which is misleading for the materials science community. This issue is well known in the field of bioinformatics for protein function prediction, in which a redundancy reduction procedure (CD-Hit) is always applied to reduce the sample redundancy by ensuring no pair of samples has a sequence similarity greater than a given threshold. This paper surveys the overestimated ML performance in the literature for both composition based and structure based material property prediction. We then propose a material dataset redundancy reduction algorithm called MD-HIT and evaluate it with several composition and structure based distance threshold sfor reducing data set sample redundancy. We show that with this control, the predicted performance tends to better reflect their true prediction capability. Our MD-hit code can be freely accessed at https://github.com/usccolumbia/MD-HIT
Autores: Qin Li, Nihang Fu, Sadman Sadeed Omee, Jianjun Hu
Última atualização: 2023-07-10 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2307.04351
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.04351
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
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