CRISPR/Cas9: O Futuro da Edição Genética
Descubra como o CRISPR/Cas9 tá mudando a edição de genes e a engenharia microbiana.
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Índice
- Como o CRISPR/Cas9 Funciona
- Importância da Edição de Genes na Engenharia Microbiana
- Desafios ao Usar CRISPR/Cas9
- Usando Aprendizado Profundo Pra Melhorar o Design de sgRNA
- Testando sgRNAs Gerados
- Conseguindo Deleções Grandes no DNA
- Edição de Genes Multiplex
- Ajustando a Expressão Gênica com CRISPRi
- Conclusão
- Fonte original
CRISPR/Cas9 é uma ferramenta que os cientistas usam pra mudar o DNA de organismos vivos. Esse sistema vem de bactérias e ajuda elas a se defenderem contra vírus. Os pesquisadores descobriram que é super útil pra editar genes, facilitando a modificação de características em plantas, animais e até humanos.
Como o CRISPR/Cas9 Funciona
As partes principais do sistema CRISPR/Cas9 incluem a proteína Cas9 e moléculas de RNA chamadas crRNA e tracrRNA. A Cas9 é a parte que corta o DNA, enquanto o RNA guia ela pro lugar certo no DNA. Quando os cientistas querem editar um gene, eles criam um RNA especial que combina com a sequência de DNA alvo. Esse RNA ajuda a Cas9 a encontrar o lugar certo pra fazer o corte no DNA.
Pra simplificar esse processo, os pesquisadores juntaram o crRNA e o tracrRNA em uma única peça chamada RNA guia único (sgRNA). Esse novo sgRNA pode guiar a Cas9 pra cortar o DNA de forma eficiente.
Importância da Edição de Genes na Engenharia Microbiana
Controlar como os genes funcionam é super importante em áreas como a engenharia microbiana. Por exemplo, os cientistas estão tentando criar micróbios que consigam produzir biocombustíveis ou outras substâncias valiosas. Pra isso, eles geralmente precisam editar vários genes de uma vez pra otimizar como os micróbios usam nutrientes.
Usando o CRISPR/Cas9, os pesquisadores conseguiram editar vários genes ao mesmo tempo, melhorando a eficiência dos micróbios em usar diferentes açúcares. Isso resultou em grandes aumentos nas taxas de produção de certos produtos.
Desafios ao Usar CRISPR/Cas9
Um dos principais desafios ao usar o CRISPR/Cas9 é que o sistema pode ser complicado. Criar múltiplos SgRNAs pra atingir genes diferentes pode gerar problemas. Se os sgRNAs são similares, eles podem causar confusões na hora de juntar as peças de DNA. Isso pode causar mutações e deixar o DNA instável.
Além disso, controlar quanto um gene é expresso pode ser difícil. Os pesquisadores querem controlar a atividade do gene com precisão pra equilibrar crescimento e produção nos micróbios.
Alguns estudos focaram em criar sgRNAs que não tenham sequências repetidas. Isso reduz os problemas que vêm com o uso de sequências de DNA similares e aumenta a chance de sucesso na edição de genes.
Usando Aprendizado Profundo Pra Melhorar o Design de sgRNA
Pra fazer sgRNAs melhores, os pesquisadores começaram a usar tecnologia de computador. Eles estão usando aprendizado profundo, um tipo de inteligência artificial, pra desenhar sgRNAs que sejam diversos e eficazes.
Treinando um modelo de computador em uma grande base de dados de sequências de RNA, os cientistas conseguem gerar novos sgRNAs que têm uma alta probabilidade de funcionar bem. O objetivo é criar sgRNAs que sejam únicos e eficientes em atingir genes específicos.
Testando sgRNAs Gerados
Uma vez que os sgRNAs são criados, eles precisam ser testados pra ver se funcionam. Os pesquisadores usam bactérias como hospedeiros pra checar quão bem esses sgRNAs conseguem cortar DNA. Ao mirar em genes específicos, os cientistas podem ver como os sgRNAs desempenham seu papel.
Muitos dos sgRNAs criados através do aprendizado profundo mostraram funcionar bem. Os pesquisadores descobriram que alguns tinham atividade muito alta, enquanto outros tinham eficácia menor.
Conseguindo Deleções Grandes no DNA
Outra aplicação importante do CRISPR/Cas9 é deletar grandes seções de DNA. Os pesquisadores testaram seus sgRNAs em longas peças de DNA e viram que conseguiam derrubar essas seções com boa eficiência.
Essa habilidade de deletar grandes fragmentos pode ajudar os pesquisadores a simplificar genomas microbianos, removendo genes desnecessários que atrapalham as vias de produção.
Edição de Genes Multiplex
A edição de genes multiplex é o processo de mirar em vários genes pra edição ao mesmo tempo. Isso pode acelerar muito o trabalho necessário pra criar uma cepa microbiana com características específicas.
Nos testes, os cientistas conseguiram mirar em vários genes ao mesmo tempo com os sgRNAs desenhados através do aprendizado profundo. Essa habilidade significa que mudanças complexas podem ser feitas em apenas uma rodada de edição, reduzindo o tempo e esforço necessários.
CRISPRi
Ajustando a Expressão Gênica comÀs vezes, os cientistas não querem desligar completamente um gene, mas querem ajustar o nível de atividade dele. É aí que entra um sistema chamado CRISPR interference (CRISPRi). Com o CRISPRi, os pesquisadores podem usar sgRNAs especialmente desenhados pra diminuir a atividade dos genes em vez de cortá-los.
Através de experimentos, os pesquisadores descobriram que podiam conseguir vários níveis de repressão gênica usando diferentes sgRNAs. Esse controle permite mais flexibilidade na engenharia metabólica, ajudando a equilibrar crescimento e produção sem parar o gene completamente.
Conclusão
A tecnologia CRISPR/Cas9 representa um grande avanço na edição de genes. Os cientistas agora conseguem modificar o DNA com alta precisão, e usando aprendizado profundo, podem criar sgRNAs melhores pro seu trabalho.
Esses avanços abriram novas possibilidades em áreas como a engenharia microbiana, onde otimizar a função gênica pode levar a uma produção aumentada de compostos valiosos. A habilidade de editar vários genes de uma vez e ajustar a expressão gênica dá aos pesquisadores ferramentas poderosas pra enfrentar desafios biológicos complexos.
No geral, o futuro da edição de genes parece promissor, com pesquisas em andamento focadas em melhorar técnicas e ampliar suas aplicações em biologia sintética e além.
Título: Design nonrepetitive and diverse activity single-guide RNA by deep learning
Resumo: Multiplex and precise control of the gene expression based on CRISPR/Cas9 is important to metabolic regulation in synthetic biology. However, employing single guide RNAs (sgRNAs) that possess repetitive DNA sequences and exhibit uniform activity could detrimentally affect the editing process, undermining both its stability and regulatory potential. In this study, we developed a deep generative model based on a decoder-only Transformer architecture (sgRNAGen) for the de novo generation of a series of nonrepetitive and diverse sgRNAs with activity. To assess the quality of sgRNAs generated by sgRNAGen, we evaluated their activity by targeting essential genes, with the results indicating that 98% of the generated sgRNAs were active in Bacillus subtilis. The generated sgRNAs were further validated for applications in single-gene editing, large fragment knockouts, and multiplex editing. Notably, the efficiency of knocking out long fragments up to 169.5 kb reached 100%, and targeting multiple sites allowed for the creation of strains with various combinations of mutations in a single editing. Furthermore, we developed a CRISPRi system utilizing the designed sgRNAs to regulate gene expression with desired strength and high precision. SgRNAGen offers a method for devising nonrepetitive and diverse activity sgRNAs, enhancing metabolic control and advancing applications within synthetic biology. TOC O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=112 SRC="FIGDIR/small/596019v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (30K): [email protected]@151f5e2org.highwire.dtl.DTLVardef@1e5cb28org.highwire.dtl.DTLVardef@17cd3f8_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
Autores: Shuyuan Guo, Y. Xia, Z. Liang, X. Du, D. Cao, J. Li, L. Sun, Y.-X. Huo
Última atualização: 2024-05-31 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.30.596019
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.30.596019.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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