Avanços em Pesquisa e Tecnologia de Anticorpos
Novos métodos melhoram a compreensão dos anticorpos e seu papel no sistema imunológico.
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Índice
- Como os Anticorpos Funcionam
- Desafios no Estudo dos Anticorpos
- A Necessidade de Novas Técnicas
- Desenvolvimentos Recentes
- Testando Novas Abordagens
- Importância dos V-gene
- Misturando Técnicas para Melhores Resultados
- Aplicação no Mundo Real: O Anticorpo CR3022
- O Futuro da Pesquisa com Anticorpos
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Nossos corpos têm um sistema de defesa chamado sistema imunológico que nos protege de invasores prejudiciais como vírus e bactérias. Um dos personagens principais desse sistema são os Anticorpos. Eles são proteínas especiais que reconhecem e se ligam a partes específicas desses invasores. Cada pessoa tem um conjunto único de anticorpos que muda com o tempo conforme encontra diferentes ameaças.
Como os Anticorpos Funcionam
Os anticorpos são produzidos por um tipo de glóbulo branco chamado célula B. Quando uma célula B encontra um invasor, ela é ativada, se multiplica e se transforma em uma célula que produz anticorpos. Esses anticorpos então circulam pelo corpo, prontos para atacar qualquer invasor que se encaixe no formato deles.
A interação entre os anticorpos e os invasores acontece em um nível muito detalhado. Os anticorpos se prendem a partes específicas dos invasores chamadas antígenos. Entender como essas interações acontecem é importante para desenvolver tratamentos e vacinas eficazes.
Desafios no Estudo dos Anticorpos
Um dos principais desafios em estudar como os anticorpos funcionam é descobrir as interações específicas entre os aminoácidos nos anticorpos e seus antígenos-alvo. Isso envolve conhecer tanto os anticorpos em si quanto as estruturas dos antígenos aos quais eles se ligam.
Os métodos atuais para estudar anticorpos dependem de classificar células que produzem anticorpos específicos e depois analisar seu código genético. No entanto, essa abordagem tem limitações porque examina apenas uma pequena parte dos anticorpos presentes nos fluidos corporais.
A Necessidade de Novas Técnicas
Os anticorpos são encontrados em vários fluidos corporais, incluindo sangue, e medir sua atividade pode dar uma ideia de como o sistema imunológico está funcionando. Mas ainda há uma lacuna em entender como os anticorpos presentes nesses fluidos se relacionam com as Células B nos tecidos.
Novos métodos estão sendo desenvolvidos que usam tecnologia avançada, como Espectrometria de Massa e Microscopia Eletrônica, para analisar anticorpos diretamente dos fluidos corporais. Essas técnicas ajudam a reunir informações mais completas sobre os tipos de anticorpos presentes e suas funções.
Desenvolvimentos Recentes
Um método recente envolve quebrar os anticorpos em pedaços menores e analisá-los para determinar sua sequência de aminoácidos. Esse processo permite que os pesquisadores reconstruam a sequência completa dos anticorpos, mesmo a partir de misturas complexas encontradas no sangue.
Outra ferramenta empolgante sendo utilizada se chama ModelAngelo. Ela ajuda os pesquisadores a construir modelos de proteínas, incluindo anticorpos, a partir de imagens detalhadas feitas com microscopia eletrônica. Essa ferramenta pode gerar modelos de anticorpos a partir dos dados estruturais sem precisar saber previamente sua sequência.
Testando Novas Abordagens
Para testar a eficácia desses novos métodos, os pesquisadores compilaram um conjunto de dados de vários estudos envolvendo anticorpos e seus alvos. Eles usaram o ModelAngelo para analisar as estruturas de anticorpos que já eram conhecidos por se ligar a alvos específicos. O objetivo era ver se conseguiam determinar com precisão as sequências desses anticorpos com base nas informações estruturais detalhadas.
Usando uma combinação de diferentes técnicas, os pesquisadores conseguiram identificar e juntar sequências de anticorpos com uma precisão impressionante. Eles também exploraram quão bem esses anticorpos se encaixavam em sequências genéticas conhecidas, fornecendo informações sobre as origens dos anticorpos.
Importância dos V-gene
Uma parte significativa para entender os anticorpos envolve examinar os V-gene, que são segmentos de DNA que guiam a formação das proteínas dos anticorpos. Identificar os V-gene específicos usados para criar um certo anticorpo pode dar pistas importantes sobre como esse anticorpo se desenvolveu e evoluiu dentro do sistema imunológico.
Ao inferir com precisão os V-gene a partir dos modelos estruturais criados pelo ModelAngelo, os pesquisadores podem entender melhor a diversidade dos anticorpos dentro do sistema imunológico.
Misturando Técnicas para Melhores Resultados
Os pesquisadores mostraram que usar os dados estruturais do ModelAngelo melhorou a montagem das sequências de anticorpos a partir de misturas complexas. Ao trabalhar com anticorpos de diferentes fontes, ter um modelo confiável para guiar o processo de montagem facilitou muito a identificação das sequências corretas.
Além disso, quando os anticorpos estão misturados, a tarefa se torna desafiadora porque eles podem estar presentes em quantidades variadas. Os novos métodos mostram potencial para ajudar a distinguir os anticorpos-alvo mesmo entre um fundo de outros anticorpos não relacionados.
Aplicação no Mundo Real: O Anticorpo CR3022
Um exemplo específico desse trabalho envolve o anticorpo CR3022, que é conhecido por atacar uma região do vírus SARS-CoV-2. Usando os dados da microscopia eletrônica e da espectrometria de massa, os pesquisadores conseguiram reconstruir com precisão as sequências completas das cadeias pesadas e leves desse anticorpo.
Isso demonstra como combinar dados estruturais detalhados com técnicas de sequenciamento avançadas pode levar a uma melhor compreensão de como anticorpos específicos funcionam, especialmente no contexto de doenças infecciosas.
O Futuro da Pesquisa com Anticorpos
O desenvolvimento contínuo desses novos métodos traz grandes promessas para futuras pesquisas com anticorpos. Eles podem permitir uma análise mais abrangente das respostas dos anticorpos em indivíduos, particularmente no contexto de doenças como a COVID-19.
Ao integrar biologia estrutural com esforços de sequenciamento de anticorpos, os pesquisadores podem esperar obter insights mais profundos sobre como os anticorpos evoluem e interagem com vários patógenos. Isso pode levar a terapias e vacinas mais eficazes no futuro, adaptadas aos perfis imunológicos individuais.
Conclusão
Em resumo, os avanços na tecnologia estão abrindo caminho para uma melhor compreensão dos anticorpos e das respostas imunológicas. A combinação de espectrometria de massa, microscopia eletrônica e novas ferramentas computacionais como o ModelAngelo oferece uma abordagem poderosa para analisar anticorpos em detalhes. Esse progresso é crucial para desenvolver melhores tratamentos para doenças infecciosas e aprimorar nossa compreensão geral do sistema imunológico. À medida que a pesquisa avança, os insights obtidos serão vitais para enfrentar desafios de saúde atuais e futuros.
Título: Simultaneous polyclonal antibody sequencing and epitope mapping by cryo electron microscopy and mass spectrometry - a perspective.
Resumo: Antibodies are a major component of adaptive immunity against invading pathogens. Here we explore possibilities for an analytical approach to characterize the antigen-specific antibody repertoire directly from the secreted proteins in convalescent serum. This approach aims to perform simultaneous antibody sequencing and epitope mapping using a combination of single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) and bottom-up proteomics techniques based on mass spectrometry (LC-MS/MS). We evaluate the performance of the deep-learning tool ModelAngelo in determining de novo antibody sequences directly from reconstructed 3D volumes of antibody-antigen complexes. We demonstrate that while map quality is a critical bottleneck, it is possible to sequence antibody variable domains from cryoEM reconstructions with accuracies of up to 80-90%. While the rate of errors exceeds the typical levels of somatic hypermutation, we show that the ModelAngelo-derived sequences can be used to assign the used V-genes. This provides a functional guide to assemble de novo peptides from LC-MS/MS data more accurately and improves the tolerance to a background of polyclonal antibody sequences. Following this proof-of-principle, we discuss the feasibility and future directions of this approach to characterize antigen-specific antibody repertoires.
Autores: Joost Snijder, D. Schulte, M. Siborova, L. Käll
Última atualização: 2024-06-27 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.21.600107
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.21.600107.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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