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LST-AI: Uma Nova Ferramenta para Detecção de Lesões em EM

A LST-AI oferece um jeito confiável de identificar lesões em pacientes com esclerose múltipla.

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Esclerose múltipla (EM) é uma doença duradoura que afeta o sistema nervoso central. Isso significa que pode influenciar como o cérebro e a medula espinhal funcionam. Pessoas com EM costumam ter problemas relacionados aos nervos, que podem se manifestar de várias formas, tipo dificuldade para andar, fraqueza ou dormência. Esses problemas são causados principalmente por danos na cobertura protetora dos nervos no cérebro e na medula, resultando em inflamação.

Um sinal principal de EM é a presença de lesões, que são áreas de dano ou cicatrização na substância branca do cérebro e na medula espinhal. Essas lesões podem ser vistas usando um método de imagem chamado ressonância magnética (RM). Identificar essas lesões é importante para diagnosticar e acompanhar a condição.

A localização dessas lesões também pode ajudar no diagnóstico. Certas áreas do cérebro, como aquelas perto dos ventrículos ou na camada externa do cérebro, são lugares chave onde as lesões são procuradas. Por outro lado, lesões na parte interna do cérebro ajudam principalmente a rastrear como a doença está progredindo ao longo do tempo.

O Método Atual para Identificar Lesões

Atualmente, a forma mais confiável de detectar e analisar essas lesões é através de Segmentação manual feita por especialistas treinados em imagem. No entanto, esse método é bem demorado e pode haver diferenças na interpretação das imagens por diferentes especialistas. Essa inconsistência pode ser um desafio em estudos maiores que buscam aprender mais sobre EM.

Avanços na Segmentação Automatizada de Lesões

Nos últimos anos, diversas ferramentas de software e algoritmos foram criados para automatizar o processo de identificação de lesões. Uma das primeiras ferramentas é conhecida como Lesion Segmentation Toolbox (LST). Muitos pesquisadores utilizaram essa ferramenta em seus estudos. Versões iniciais dos algoritmos de segmentação se baseavam em métodos estatísticos tradicionais e técnicas básicas de aprendizado de máquina. Porém, métodos mais novos utilizam técnicas de aprendizado avançadas, que podem analisar imagens de formas mais sofisticadas.

Com o surgimento da inteligência artificial, surgiram ferramentas automatizadas que usam redes neurais convolucionais (CNN). Essas ferramentas mostraram que conseguem identificar lesões com precisão e igualar ou superar o desempenho dos métodos anteriores. Isso é evidente em diferentes desafios e competições focadas na segmentação de lesões de EM.

Embora os métodos baseados em CNN costumem ter um bom desempenho, eles precisam de muitos dados de treinamento para aprender efetivamente. Às vezes, podem ficar muito ajustados aos dados de treinamento, dificultando o funcionamento bem em novos dados. Testar esses modelos em diferentes conjuntos de dados é crucial para entender como eles generalizam em diferentes protocolos de imagem e centros.

Algumas abordagens foram desenvolvidas para tornar essas ferramentas de IA adaptáveis. Por exemplo, há um método que permite que um modelo seja re-treinado a partir de apenas uma nova imagem, o que pode ajudá-lo a se ajustar a novos dados.

Apresentando uma Nova Ferramenta para Segmentação de Lesões

Esse artigo apresenta uma nova ferramenta chamada LST-AI, que aprimora a anterior Lesion Segmentation Toolbox. As principais características do LST-AI são:

  1. É de código aberto e fácil de usar. Isso significa que qualquer um pode acessá-la e modificá-la se necessário.
  2. A ferramenta foi testada em conjuntos de dados externos para garantir sua confiabilidade.
  3. O desempenho do LST-AI na identificação de lesões é equivalente ou melhor que outros métodos de ponta.

A arquitetura do modelo foi cuidadosamente escolhida para otimizar seu funcionamento com novas imagens de RM. Isso é crucial porque permite que a ferramenta funcione bem, mesmo em dados que ela não viu antes.

Treinamento e Teste da Nova Ferramenta

Os dados de treinamento do LST-AI incluem imagens de um conjunto de dados interno que consiste em imagens 3D FLAIR e ponderadas em T1 pareadas. Essas imagens foram coletadas usando um tipo específico de scanner de RM. A ferramenta foi então avaliada usando vários conjuntos de dados disponíveis publicamente, permitindo uma avaliação robusta de seu desempenho.

Processos padrão foram aplicados para garantir que todas as imagens fossem preparadas da mesma forma antes de serem processadas pela ferramenta. Isso incluiu ajustar as imagens para um tamanho padrão comum e remover partes desnecessárias das imagens, como o crânio.

Como o LST-AI Funciona

O coração do LST-AI é uma rede em conjunto composta por três 3D UNets. Cada UNet analisa as imagens fornecidas para criar um mapa de probabilidade que indica as áreas potenciais de Lesão. Os resultados das três redes são então averiguados para produzir um mapa binário final, mostrando claramente onde as lesões estão localizadas.

Além de identificar lesões, a ferramenta pode classificá-las com base em sua localização no cérebro, como se estão perto dos ventrículos, no córtex ou em outras áreas específicas. Esse recurso permite uma análise mais detalhada das lesões, o que pode ser crítico para entender a EM.

Avaliação de Desempenho

Para avaliar quão bem o LST-AI funciona, ele foi comparado com vários outros métodos existentes. A avaliação focou em vários conjuntos de dados para garantir que os resultados não estivessem tendenciosos por nenhuma única fonte de dados. As métricas de desempenho incluíram tanto a precisão voxel a voxel quanto a sensibilidade a lesões, que ajudam a medir quão precisamente as lesões são identificadas e quantas lesões verdadeiras são detectadas.

Os resultados dessas avaliações mostraram que o LST-AI superou muitos dos métodos de referência na maioria das categorias. Ele foi particularmente eficaz em identificar lesões verdadeiras, mantendo um número menor de detecções falsas.

Analisando a Detecção de Lesões por Localização

Ao examinar como diferentes métodos se saíram em várias regiões do cérebro, o LST-AI consistentemente alcançou maior precisão em todas as áreas. Isso é especialmente importante porque certos tipos de lesões são mais relevantes para a imagem clínica da EM.

Uma descoberta significativa foi a capacidade do LST-AI de identificar eficazmente lesões localizadas juxtacorticalmente, que muitas vezes são mais difíceis de segmentar com precisão utilizando métodos tradicionais. Isso é crucial, já que essas lesões estão intimamente ligadas à incapacidade clínica em pacientes com EM.

Lidando com o Tamanho e a Detecção das Lesões

A capacidade de detectar pequenas lesões desempenha um papel vital no monitoramento clínico da EM. O LST-AI mostrou uma taxa de detecção melhor para lesões menores em comparação a outros métodos. Isso é um aspecto importante, pois as lesões podem variar muito em tamanho, e a detecção eficaz é necessária para um diagnóstico e tratamento precisos.

Embora todos os métodos enfrentassem desafios com lesões muito pequenas, a capacidade de detecção melhorou com lesões maiores. O LST-AI demonstrou um aumento mais forte nas taxas de detecção à medida que o tamanho das lesões aumentava, sugerindo um futuro promissor para o uso de ferramentas automatizadas em ambientes clínicos.

Limitações da Nova Ferramenta

Apesar de suas vantagens, o LST-AI tem limitações. Ele requer tanto imagens ponderadas em T1 quanto FLAIR, que podem não estar sempre disponíveis em todos os ambientes clínicos. Além disso, embora o LST-AI tenha um bom desempenho, ele ainda pode ser menos eficaz com lesões menores.

Há também a necessidade de maior clareza na interpretação de como a ferramenta faz suas previsões em comparação com outros métodos que se baseiam na seleção manual de características. Por fim, as etapas de pré-processamento incluídas na ferramenta podem impactar o desempenho, ressaltando a necessidade de explorar métodos alternativos.

Conclusão

O LST-AI representa um avanço significativo na área de segmentação automatizada de lesões para esclerose múltipla. Com sua arquitetura robusta e desempenho eficaz em vários conjuntos de dados, ele oferece uma solução confiável para pesquisadores e clínicos. A ferramenta permite uma identificação rápida e precisa de lesões sem a necessidade de re-treinamento para novos conjuntos de dados, tornando-a acessível mesmo para centros menores com dados limitados.

Ao fornecer um meio para automatizar o processo de segmentação, o LST-AI promete melhorar a precisão do diagnóstico e monitoramento da EM. Consequentemente, ele pode desempenhar um papel essencial na pesquisa futura e na prática clínica da EM, beneficiando, em última análise, os cuidados com os pacientes.

Fonte original

Título: LST-AI: a Deep Learning Ensemble for Accurate MS Lesion Segmentation

Resumo: AbstractAutomated segmentation of brain white matter lesions is crucial for both clinical assessment and scientific research in multiple sclerosis (MS). Over a decade ago, we introduced an engineered lesion segmentation tool, LST. While recent lesion segmentation approaches have leveraged artificial intelligence (AI), they often remain proprietary and difficult to adopt. As an open-source tool, we present LST-AI, an advanced deep learning-based extension of LST that consists of an ensemble of three 3D-UNets. LST-AI explicitly addresses the imbalance between white matter (WM) lesions and non-lesioned WM. It employs a composite loss function incorporating binary cross-entropy and Tversky loss to improve segmentation of the highly heterogeneous MS lesions. We train the network ensemble on 491 MS pairs of T1w and FLAIR images, collected in-house from a 3T MRI scanner, and expert neuroradiologists manually segmented the utilized lesion maps for training. LST-AI additionally includes a lesion location annotation tool, labeling lesion location according to the 2017 McDonald criteria (periventricular, infratentorial, juxtacortical, subcortical). We conduct evaluations on 103 test cases consisting of publicly available data using the Anima segmentation validation tools and compare LST-AI with several publicly available lesion segmentation models. Our empirical analysis shows that LST-AI achieves superior performance compared to existing methods. Its Dice and F1 scores exceeded 0.62, outperforming LST, SAMSEG (Sequence Adaptive Multimodal SEGmentation), and the popular nnUNet framework, which all scored below 0.56. Notably, LST-AI demonstrated exceptional performance on the MSSEG-1 challenge dataset, an international WM lesion segmentation challenge, with a Dice score of 0.65 and an F1 score of 0.63--surpassing all other competing models at the time of the challenge. With increasing lesion volume, the lesion detection rate rapidly increased with a detection rate of >75% for lesions with a volume between 10mm3 and 100mm3. Given its higher segmentation performance, we recommend that research groups currently using LST transition to LST-AI. To facilitate broad adoption, we are releasing LST-AI as an open-source model, available as a command-line tool, dockerized container, or Python script, enabling diverse applications across multiple platforms.

Autores: Benedikt Wiestler, T. Wiltgen, J. McGinnis, S. Schlaeger, F. Kofler, C. Voon, A. Berthele, D. Bischl, L. Grundl, N. Will, M. Metz, D. Schinz, D. Sepp, P. Prucker, B. Schmitz-Koep, C. Zimmer, B. Menze, D. Rueckert, B. Hemmer, J. Kirschke, M. Muhlau

Última atualização: 2024-03-11 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.23.23298966

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.23.23298966.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao medrxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

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