Estrutura Inovadora para Segmentação de Imagens Médicas
SaLIP combina SAM e CLIP para uma segmentação de imagens médicas eficiente.
― 5 min ler
Índice
Nos últimos anos, teve um aumento significativo no uso de modelos avançados para analisar imagens médicas. Uma abordagem promissora envolve combinar o Segment Anything Model (SAM) e o Contrastive Language-Image Pre-Training (CLIP) para uma Segmentação eficaz de imagens médicas. O SAM é feito pra tarefas de segmentação e manda bem na hora de processar diferentes tipos de imagens. Já o CLIP é especializado em reconhecer imagens sem precisar de um treinamento extenso em conjuntos de dados específicos.
Apesar das capacidades desses modelos, o potencial combinado deles para segmentação de imagens médicas ainda não foi investigado a fundo. A maioria dos métodos existentes pra adaptar o SAM a imagens médicas exige um ajuste fino, que muitas vezes envolve uma quantidade significativa de dados rotulados. Isso é um grande obstáculo, especialmente em contextos médicos onde dados rotulados podem ser escassos.
O nosso framework proposto, SaLIP, integra as capacidades do SAM e do CLIP em um sistema unificado. Esse framework permite a segmentação de órgãos sem precisar de um treinamento extenso ou conhecimento especializado na área médica. O SaLIP funciona inicialmente usando o SAM pra gerar máscaras baseadas em partes, que depois são refinadas com o CLIP pra focar em regiões específicas de interesse. Por fim, o SAM usa essas máscaras refinadas pra gerar segmentações precisas dos órgãos necessários.
Visão Geral do SAM e CLIP
O SAM é um modelo versátil que pode segmentar vários objetos e partes em imagens com base em prompts. Ele usa diferentes tipos de entrada, incluindo caixas e pontos, pra guiar a segmentação. No entanto, aplicar o SAM diretamente a imagens médicas enfrenta desafios devido à natureza variável das tarefas médicas e à dependência de engenharia de prompt, que muitas vezes requer conhecimento especializado.
O CLIP melhora o processo aproveitando seu extenso treinamento em milhões de pares de imagens-texto. Isso permite que ele reconheça imagens com base em prompts descritivos, oferecendo vantagens significativas em cenários onde os dados rotulados são limitados.
Framework SaLIP
O SaLIP combina efetivamente as forças do SAM e do CLIP pra segmentação de órgãos sem precisar de um treinamento prévio. O processo envolve os seguintes passos:
- Segmentação Inicial: O SAM segmenta a imagem inteira usando uma abordagem sistemática.
- Recuperação de Máscaras: As máscaras geradas são filtradas através do CLIP usando prompts descritivos que caracterizam os órgãos de interesse.
- Segmentação Final: A máscara identificada é retornada ao SAM pra uma segmentação precisa do órgão.
Esse método evita a necessidade de um treinamento elaborado ou conhecimento prévio, já que funciona inteiramente no momento do teste. Assim, é adaptável e eficiente, especialmente em ambientes onde os dados são mínimos.
Metodologia
Testamos o desempenho do SaLIP em vários conjuntos de dados de imagens médicas, incluindo imagens de MRI, ultrassom e raio-X. As métricas de avaliação usadas foram os scores DICE e a média da interseção sobre a união (mIoU), que são medidas padrão pra avaliar a qualidade da segmentação.
O processo começa gerando todas as possíveis máscaras de segmentação baseadas em partes das imagens de entrada usando o SAM. Uma vez que essas máscaras são criadas, as imagens correspondentes a essas máscaras são passadas pro CLIP, junto com prompts descritivos pra filtrar e identificar as regiões relevantes de interesse. Por fim, essas máscaras refinadas são usadas pra guiar o SAM a conseguir segmentações precisas dos órgãos.
Resultados
O SaLIP foi comparado com modelos existentes, incluindo U-Net e SAM sem prompts, pra avaliar sua eficácia. Os resultados foram promissores, mostrando melhorias significativas na precisão da segmentação em várias tarefas de imagens médicas. Por exemplo, o score DICE pra segmentação cerebral alcançou uma melhoria notável em comparação com o desempenho do SAM sem prompts.
Limitações e Trabalho Futuro
Embora o SaLIP mostre resultados eficazes, algumas limitações persistem. O SAM às vezes tem dificuldade em gerar máscaras precisas para certos tipos de órgãos, especialmente em imagens de ultrassom. Além disso, o CLIP pode não recuperar sempre a máscara correta com base nas descrições fornecidas, especialmente em casos onde múltiplos órgãos estão envolvidos.
Olhando pra frente, planejamos melhorar o SaLIP integrando mecanismos que podem identificar e mitigar falhas durante o processo de segmentação. Isso vai ajudar a refinar ainda mais a precisão e a robustez.
Conclusão
O nosso estudo apresenta o SaLIP como um framework novo que combina efetivamente o SAM e o CLIP pra segmentação de imagens médicas sem necessidade de treinamento. Ao implementar um método simples e eficiente que funciona no momento do teste, o SaLIP tem o potencial de enfrentar os desafios da análise de imagens médicas sem depender de conjuntos de dados rotulados extensos.
Os resultados promissores destacam a adaptabilidade do framework e sua relevância em imagens médicas, contribuindo pra avanços nesse campo crítico. O futuro trabalho vai se concentrar em refinar esse framework pra melhorar sua aplicação prática em ambientes clínicos.
Título: Test-Time Adaptation with SaLIP: A Cascade of SAM and CLIP for Zero shot Medical Image Segmentation
Resumo: The Segment Anything Model (SAM) and CLIP are remarkable vision foundation models (VFMs). SAM, a prompt driven segmentation model, excels in segmentation tasks across diverse domains, while CLIP is renowned for its zero shot recognition capabilities. However, their unified potential has not yet been explored in medical image segmentation. To adapt SAM to medical imaging, existing methods primarily rely on tuning strategies that require extensive data or prior prompts tailored to the specific task, making it particularly challenging when only a limited number of data samples are available. This work presents an in depth exploration of integrating SAM and CLIP into a unified framework for medical image segmentation. Specifically, we propose a simple unified framework, SaLIP, for organ segmentation. Initially, SAM is used for part based segmentation within the image, followed by CLIP to retrieve the mask corresponding to the region of interest (ROI) from the pool of SAM generated masks. Finally, SAM is prompted by the retrieved ROI to segment a specific organ. Thus, SaLIP is training and fine tuning free and does not rely on domain expertise or labeled data for prompt engineering. Our method shows substantial enhancements in zero shot segmentation, showcasing notable improvements in DICE scores across diverse segmentation tasks like brain (63.46%), lung (50.11%), and fetal head (30.82%), when compared to un prompted SAM. Code and text prompts are available at: https://github.com/aleemsidra/SaLIP.
Autores: Sidra Aleem, Fangyijie Wang, Mayug Maniparambil, Eric Arazo, Julia Dietlmeier, Guenole Silvestre, Kathleen Curran, Noel E. O'Connor, Suzanne Little
Última atualização: 2024-04-30 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2404.06362
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2404.06362
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao arxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://docs.google.com/drawings/d/14Q-srbk2TUh1gMnOvZOB0yfSfjcZURmQJ2EVwCe733I/edit
- https://www.pamitc.org/documents/mermin.pdf
- https://github.com/facebookresearch/segment-anything
- https://support.apple.com/en-ca/guide/preview/prvw11793/mac#:~:text=Delete%20a%20page%20from%20a,or%20choose%20Edit%20%3E%20Delete
- https://www.adobe.com/acrobat/how-to/delete-pages-from-pdf.html#:~:text=Choose%20%E2%80%9CTools%E2%80%9D%20%3E%20%E2%80%9COrganize,or%20pages%20from%20the%20file
- https://superuser.com/questions/517986/is-it-possible-to-delete-some-pages-of-a-pdf-document
- https://github.com/aleemsidra/SaLIP
- https://www.computer.org/about/contact
- https://github.com/cvpr-org/author-kit