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Modelo de IA GEESE Tem Como Objetivo Melhorar os Testes de Segurança de Medicamentos

GEESE usa IA pra prever a toxicidade de medicamentos com base na atividade gênica e danos nos tecidos.

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Descobrir se um novo medicamento pode causar danos antes de ser testado em humanos é um baita desafio para os fabricantes de remédios. Nas fases iniciais do desenvolvimento de medicamentos, os pesquisadores costumam testar essas drogas em animais pra ver quais efeitos podem ter. Eles analisam os tecidos desses animais sob o microscópio pra identificar quaisquer problemas causados pelo remédio. Apesar das melhorias nos testes em laboratório que conseguem detectar toxicidade mais cedo, ainda assim, questões de segurança fazem com que muitos medicamentos sejam descartados antes de chegarem ao mercado.

Pra lidar com esse problema, os cientistas usam uma técnica chamada Toxicogenômica. Esse método observa como os genes se comportam quando um remédio é testado, ajudando os pesquisadores a entender o que acontece em nível molecular quando a droga é aplicada. Conectando mudanças na atividade gênica a danos específicos nos tecidos, eles conseguem ter uma ideia melhor de quão prejudicial um remédio pode ser.

O Desafio dos Testes de Toxicidade de Medicamentos

Durante o teste de candidatos a medicamentos, os pesquisadores prestam atenção especial ao potencial de dano, examinando amostras de tecidos dos testes em animais. Embora patologistas ofereçam informações importantes sobre esses tecidos, os dados podem ser inconsistentes e talvez não reflitam com precisão problemas sutis que a droga poderia causar.

Existem métodos que dependem de aprendizado de máquina e inteligência artificial (IA) pra melhorar a compreensão de como os medicamentos podem ser prejudiciais. Essas novas tecnologias podem ajudar a analisar dados em uma escala maior e de forma mais precisa do que os métodos tradicionais. O objetivo é desenvolver maneiras de prever potenciais problemas com os medicamentos antes que eles falhem em testes mais adiante no desenvolvimento.

O Modelo de IA para Análise de Toxicidade

Apresentando um novo modelo de IA chamado GEESE, o modelo prevê como mudanças nos genes refletem a presença de danos nos tecidos causados por medicamentos. Esse sistema foi treinado usando informações de muitos estudos com animais pra analisar milhares de imagens de tecidos hepáticos e atividade gênica.

Ao examinar os tecidos desses estudos, o modelo consegue identificar padrões e correlacioná-los com danos específicos nos tecidos. Por exemplo, se um remédio causa danos no fígado, o GEESE pode indicar quais genes provavelmente estão envolvidos baseado na quantidade de dano presente. Isso poderia ajudar os cientistas a encontrar sinais de toxicidade mais cedo no processo de desenvolvimento da droga.

A Importância do Conjunto de Dados

A eficácia do GEESE depende muito dos dados do projeto TG-GATEs. Essa coleção inclui mais de 10.000 lâminas de tecidos hepáticos de diversos estudos de Segurança de Medicamentos. Cada lâmina contém uma riqueza de informações, mostrando como os tecidos reagem a diferentes medicamentos em várias doses e tempos. O conjunto de dados foi cuidadosamente organizado, com algumas lâminas usadas pra treinar o modelo de IA e outras separadas pra testar sua precisão.

Como o GEESE Funciona

O GEESE divide as imagens de tecidos hepáticos em seções menores pra analisá-las mais facilmente. Ele observa como cada pequena parte do tecido corresponde a mudanças na Expressão Gênica. Fazendo isso, consegue criar mapas detalhados que mostram quais partes do tecido são afetadas pelo remédio e como.

O modelo de IA funciona usando uma técnica de aprendizado que lhe permite melhorar à medida que processa mais dados. Em vez de precisar de informações detalhadas sobre cada peça de tecido, o GEESE pode aprender com os padrões gerais que detecta, tornando-o escalável para conjuntos de dados maiores.

Resultados do GEESE

Quando o GEESE foi testado, mostrou correlações fortes entre as expressões gênicas previstas e as observações reais. Para muitos genes, o modelo indicou com sucesso se seus níveis estavam altos ou baixos dependendo de quanto dano nos tecidos estava presente.

Por exemplo, certos genes se mostraram consistentemente ligados à inflamação e morte celular, que são áreas críticas a serem monitoradas ao avaliar a segurança do medicamento. Ao coletar essas informações, os pesquisadores podem entender melhor quais genes específicos são afetados quando os tecidos mostram sinais de estresse ou lesão.

Comparando Resultados Entre Estudos

Pra validar ainda mais as previsões do GEESE, os pesquisadores compararam resultados entre diferentes estudos. Eles procuraram genes que mostraram mudanças consistentes quando certos tipos de dano nos tecidos estavam presentes. Isso ajudou a confirmar se os padrões identificados não eram apenas aleatórios, mas refletiam processos biológicos subjacentes.

Essa comparação também permitiu a identificação de genes específicos responsáveis por tipos distintos de danos nos tecidos. Ao compilar essas descobertas em listas conectadas a cada tipo de lesão, os pesquisadores puderam desenvolver uma compreensão mais clara de como diferentes medicamentos podem afetar a saúde do fígado.

Lições Aprendidas com a Análise Morfológica

Os pesquisadores descobriram que as previsões feitas pelo GEESE frequentemente se alinharam com as observações de danos nos tecidos relatados nos estudos. Eles categorizaram diferentes tipos de dano, como aumento da reprodução celular ou necrose, e os ligaram a expressões gênicas específicas.

Esse passo é vital, pois identificar um gene ligado a um tipo específico de lesão pode levar a avaliações de segurança melhores e potencialmente reduzir o número de medicamentos que precisam ser descartados devido a preocupações de segurança.

Expandindo a Pesquisa

Os pesquisadores analisaram as previsões do GEESE em muitos testes, buscando se as descobertas sobre expressões gênicas se mantinham verdadeiras em outros estudos. Fazendo isso, confirmaram que certos genes relacionados a danos nos tecidos poderiam ser reconhecidos consistentemente entre vários medicamentos e estudos.

Esse aspecto da pesquisa destaca o potencial do GEESE não apenas para avaliar compostos individuais, mas também pra funcionar como uma ferramenta que poderia ser aplicada amplamente para avaliar a segurança de medicamentos em geral.

Implicações para Testes em Humanos

Um objetivo vital dessa pesquisa é fechar a lacuna entre testes em animais e aplicações humanas. O estudo visava identificar genes em ratos que poderiam ser relevantes para humanos. Fazendo isso, os pesquisadores buscavam garantir que as descobertas dos modelos animais pudessem ser traduzidas em impactos potenciais na saúde humana.

Junto com a identificação de genes-chave, os pesquisadores também enfatizaram a importância de confirmar que os mecanismos observados em ratos também seriam relevantes em células humanas. Esse passo foi crucial pra garantir que o GEESE pudesse ser usado efetivamente na previsão das respostas humanas a medicamentos baseando-se em dados de animais.

Direções Futuras

As percepções obtidas das previsões do GEESE e o teste minucioso dos resultados trazem várias possibilidades para futuras pesquisas.

  1. Aplicações Mais Amplas: O GEESE poderia potencialmente analisar outros órgãos e tecidos, não apenas o fígado. Explorar diferentes tipos de tecidos poderia fornecer uma visão abrangente de como os medicamentos afetam o corpo.

  2. Incorporando Mais Dados: Usando mais dados de diversos estudos, incluindo ensaios em humanos, os pesquisadores podem melhorar ainda mais as previsões do modelo. Colaborações entre a indústria farmacêutica e instituições acadêmicas podem beneficiar bastante esse esforço.

  3. Utilizando Modelos Avançados: Investigar outras tecnologias, como técnicas de imagem avançadas, poderia complementar as descobertas do GEESE, levando a uma compreensão mais aprofundada de como os medicamentos impactam a saúde.

  4. Melhorando a Translatabilidade Humana: Estudos futuros devem focar em quão bem as descobertas se traduzem entre espécies. Usar métodos in vitro mais detalhados que imitem tecidos humanos poderia ajudar a fechar a lacuna de translação.

  5. Desenvolvendo Padrões para Dados: Estabelecer padrões comuns de como os dados toxicológicos são estruturados poderia facilitar o uso de IA no desenvolvimento de novos medicamentos e avaliações de segurança.

Conclusão

Essa pesquisa apresenta uma maneira inovadora de examinar como os medicamentos podem prejudicar tecidos através do uso de um modelo de IA. O GEESE se destaca como uma ferramenta promissora para a indústria farmacêutica, ajudando os pesquisadores a prever a toxicidade de medicamentos ao observar mudanças moleculares em tecidos hepáticos. Usando um grande conjunto de dados e analisando padrões em múltiplos estudos, a pesquisa oferece insights valiosos que podem aprimorar o processo de desenvolvimento de medicamentos, visando reduzir os riscos associados a novos candidatos a drogas.

À medida que a indústria farmacêutica continua buscando maneiras de agilizar o desenvolvimento de medicamentos e melhorar as avaliações de segurança, métodos como os desenvolvidos com o GEESE podem ser fundamentais para avançar em avaliações mais rápidas e confiáveis da segurança de medicamentos.

Fonte original

Título: AI-driven Discovery of Morphomolecular Signatures in Toxicology

Resumo: Early identification of drug toxicity is essential yet challenging in drug development. At the preclinical stage, toxicity is assessed with histopathological examination of tissue sections from animal models to detect morphological lesions. To complement this analysis, toxicogenomics is increasingly employed to understand the mechanism of action of the compound and ultimately identify lesion-specific safety biomarkers for which in vitro assays can be designed. However, existing works that aim to identify morphological correlates of expression changes rely on qualitative or semi-quantitative morphological characterization and remain limited in scale or morphological diversity. Artificial intelligence (AI) offers a promising approach for quantitatively modeling this relationship at an unprecedented scale. Here, we introduce GEESE, an AI model designed to impute morphomolecular signatures in toxicology data. Our model was trained to predict 1,536 gene targets on a cohort of 8,231 hematoxylin and eosin-stained liver sections from Rattus norvegicus across 127 preclinical toxicity studies. The model, evaluated on 2,002 tissue sections from 29 held-out studies, can yield pseudo-spatially resolved gene expression maps, which we correlate with six key drug-induced liver injuries (DILI). From the resulting 25 million lesion-expression pairs, we established quantitative relations between up and downregulated genes and lesions. Validation of these signatures against toxicogenomic databases, pathway enrichment analyses, and human hepatocyte cell lines asserted their relevance. Overall, our study introduces new methods for characterizing toxicity at an unprecedented scale and granularity, paving the way for AI-driven discovery of toxicity biomarkers. Live demo: https://mahmoodlab.github.io/tox-discovery-ui/

Autores: Faisal Mahmood, G. Jaume, T. Peeters, A. H. Song, R. Pettit, D. F. K. Williamson, L. Oldenburg, A. Vaidya, S. De Brot, R. J. Chen, J.-P. Thiran, L. P. Le, G. Gerber

Última atualização: 2024-07-23 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.19.604355

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.19.604355.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

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