Síndrome de Lynch: Riscos Genéticos e Esforços de Classificação
Um olhar sobre a síndrome de Lynch, sua base genética e melhorias na classificação.
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Índice
- Como a Síndrome de Lynch Funciona
- Encontrando Portadores da Síndrome de Lynch
- Bancos de Dados de Variantes
- Classificação de Variantes Genéticas
- Formação de Painéis de Revisão de Variantes
- Atualizando os Critérios de Classificação
- Entendendo os Riscos da Síndrome de Lynch
- Papel das Características do Tumor
- Testes Funcionais para Variantes Genéticas
- Predições In Silico
- Teste Piloto dos Critérios de Classificação
- Selecionando os Modelos Certos para Testes
- Entendendo a Frequência das Variantes
- Especificidades dos Tipos de Variante
- Análise de Co-Segregação
- Avaliando o Impacto de Variantes De Novo
- Co-ocorrência com Variantes Conhecidas
- Ensaios Funcionais na Classificação de Variantes
- Dados Clínicos e Evidência Tumoral
- Recomendações para Classificação Consistente
- Desafios Potenciais na Classificação de Variantes
- Importância da Colaboração
- Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
A Síndrome de Lynch, que antes era conhecida como câncer colorretal hereditário não polipose, é uma condição genética que aumenta o risco de certos tipos de câncer, principalmente câncer colorretal e endometrial. Essa condição surge de mudanças em genes específicos que são responsáveis por consertar erros no DNA. Os principais genes envolvidos são MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2. Às vezes, a síndrome de Lynch pode também acontecer por problemas em um gene chamado EPCAM, que afeta o gene MSH2.
Como a Síndrome de Lynch Funciona
Em pessoas com síndrome de Lynch, a capacidade do corpo de consertar erros no DNA fica prejudicada. Isso leva ao acúmulo de erros genéticos, o que pode resultar em tumores que têm um alto nível de instabilidade de microssatélites (MSI). Isso significa que esses tumores têm um número anormal de sequências repetidas em seu DNA. Embora muitos tipos de tumores possam estar associados à síndrome de Lynch, os cânceres colorretal e endometrial são os mais comuns.
Encontrando Portadores da Síndrome de Lynch
Para identificar indivíduos que podem carregar genes que levam à síndrome de Lynch, existem várias abordagens. Esses métodos incluem olhar para o histórico familiar, testar pessoas com certos cânceres em busca de falhas genéticas, e fazer testes genéticos em pessoas com câncer colorretal ou endometrial.
Bancos de Dados de Variantes
Existem bancos de dados mantidos por organizações que rastreiam as variações genéticas associadas à síndrome de Lynch e outros cânceres gastrointestinais. Esses bancos fornecem informações que ajudam profissionais de saúde a determinar se mudanças específicas em genes são prejudiciais ou não. Ao longo dos anos, o número de mudanças genéticas registradas cresceu significativamente devido aos avanços na tecnologia. Em 2023, existem milhares de variantes identificadas em bancos de dados públicos.
Classificação de Variantes Genéticas
Em 2014, diretrizes foram criadas para ajudar a classificar mudanças em genes de reparo de incompatibilidade (MMR). Essas diretrizes desde então foram reconhecidas por grandes organizações genéticas e são usadas para avaliar o impacto potencial de variantes genéticas na saúde. Essas classificações consideram vários tipos de evidência, incluindo histórico familiar, testes laboratoriais e a presença de certos tumores.
Formação de Painéis de Revisão de Variantes
Em colaboração com organizações genéticas, um novo painel foi formado para avaliar variantes genéticas relacionadas ao câncer colorretal hereditário e outros cânceres gastrointestinais. Esse painel inclui especialistas de várias áreas, incluindo genética, oncologia e diagnóstico clínico. O objetivo desse painel é avaliar e categorizar variantes genéticas relacionadas a esses cânceres usando critérios estabelecidos.
Atualizando os Critérios de Classificação
Os critérios para classificar variantes genéticas foram atualizados para garantir que reflitam o entendimento e métodos atuais. Os novos critérios reúnem vários tipos de evidência, como histórico familiar, características do tumor e testes funcionais, em uma única estrutura. Isso permite classificações mais precisas de variantes genéticas e ajuda a tomar decisões mais informadas em relação ao atendimento ao paciente.
Entendendo os Riscos da Síndrome de Lynch
Os novos critérios de classificação se aplicam a indivíduos com tumores ligados à síndrome de Lynch. Pesquisas mostraram que algumas mudanças genéticas estão associadas a um risco maior de desenvolver câncer, enquanto outras têm um risco menor. Por exemplo, mudanças no gene PMS2 costumam resultar em um risco menor de câncer em comparação com outros genes MMR.
Papel das Características do Tumor
Tumores associados à síndrome de Lynch costumam mostrar sinais de instabilidade de microssatélites e mudanças em proteínas específicas. No entanto, é importante notar que indivíduos com síndrome de Lynch podem ocasionalmente desenvolver tumores que não apresentam esses marcadores comuns. Portanto, a presença dessas características é utilizada na avaliação do impacto das variantes genéticas.
Testes Funcionais para Variantes Genéticas
Para entender como mudanças genéticas específicas afetam a capacidade do corpo de reparar o DNA, os pesquisadores desenvolveram testes funcionais. Esses testes avaliam se uma variante em um gene resulta em perda de função, significando que o gene não funciona corretamente. A força da evidência desses testes pode ajudar a classificar variantes como patogênicas (prejudiciais) ou benignas (seguras).
Predições In Silico
Os pesquisadores usam ferramentas baseadas em computador para prever como mudanças genéticas podem afetar a função do gene. Essas ferramentas analisam a estrutura e o comportamento das proteínas produzidas pelos genes para determinar se uma variante pode causar dano ou não. As diferentes ferramentas podem fornecer resultados variados, mas certas combinações mostraram melhorar a precisão das predições.
Teste Piloto dos Critérios de Classificação
Para garantir que os novos critérios de classificação funcionem efetivamente, um estudo piloto foi realizado. Isso envolveu avaliar um conjunto de variantes genéticas em pacientes e determinar se os novos critérios poderiam mudar suas classificações - de incertas para provavelmente prejudiciais ou provavelmente seguras. Especialistas revisaram essas variantes de forma independente e discutiram suas descobertas, levando a classificações consensuais.
Selecionando os Modelos Certos para Testes
Para uma classificação precisa das variantes, modelos de genes preferidos são usados para descrever mudanças em genes específicos. Esses modelos fornecem uma maneira padronizada de comunicar como uma variante afeta a função do gene. O processo de classificação também segue diretrizes estabelecidas para garantir a consistência.
Entendendo a Frequência das Variantes
A frequência de uma variante genética na população geral pode fornecer insights sobre seu risco potencial. Se uma variante é comum, é improvável que seja prejudicial, enquanto variantes raras podem ser de maior preocupação. Existem ferramentas disponíveis que permitem aos pesquisadores calcular a frequência das variantes na população, ajudando na classificação.
Especificidades dos Tipos de Variante
Algumas variantes são classificadas com base em sua localização e tipo. Por exemplo, se uma variante leva à terminação prematura de uma proteína, pode ser categorizada como prejudicial. Outras categorias incluem aquelas que afetam o splicing do material genético, o que pode alterar como as proteínas são formadas.
Análise de Co-Segregação
Em famílias com condições hereditárias, os pesquisadores olham como variantes genéticas co-segregam com a doença. Se uma variante é encontrada em membros afetados da família, mas não em não afetados, isso pode fornecer evidências fortes de que a variante é patogênica. Existem ferramentas disponíveis para calcular as chances de co-segregação, ajudando nessa avaliação.
Avaliando o Impacto de Variantes De Novo
Algumas variantes surgem espontaneamente e não são herdadas dos pais. Critérios foram estabelecidos para avaliar essas variantes de novo com base nas características do tumor. Esses critérios ajudam a determinar se uma nova mutação é provavelmente contribuidora para a doença.
Co-ocorrência com Variantes Conhecidas
Ao avaliar uma variante em um paciente que tem outra variante conhecida como prejudicial, os pesquisadores avaliam se essas duas variantes estão ligadas. A evidência pode sugerir se uma nova variante é provavelmente patogênica ou benigna com base em sua presença ao lado de outras mudanças genéticas.
Ensaios Funcionais na Classificação de Variantes
Testes laboratoriais que medem a função da proteína fornecem dados importantes para classificar variantes. Esses testes podem confirmar se uma variante leva a uma perda de função ou não. Uma abordagem sistemática é usada para analisar resultados de testes funcionais passados e atuais, auxiliando o processo de classificação.
Dados Clínicos e Evidência Tumoral
Dados de tumores, incluindo a presença de marcadores específicos, podem ajudar a determinar o impacto das variantes genéticas. Por exemplo, identificar certos tipos ou características de tumor pode fornecer pistas sobre a probabilidade de uma variante ser prejudicial.
Recomendações para Classificação Consistente
A abordagem adotada por especialistas genéticos visa criar uma classificação consistente de variantes. Ao combinar evidências de várias fontes, o objetivo é garantir interpretações precisas que orientarão eventualmente o atendimento ao paciente.
Desafios Potenciais na Classificação de Variantes
Embora os novos critérios de classificação forneçam uma estrutura abrangente, podem surgir desafios em sua aplicação. As variantes podem não se encaixar perfeitamente nas categorias estabelecidas, levando a incertezas. Atualizações contínuas e refinamentos dos critérios são essenciais à medida que mais conhecimentos são adquiridos.
Importância da Colaboração
A colaboração entre especialistas em genética, atendimento clínico e pesquisa é vital para melhorar o processo de classificação. Compartilhando conhecimento e expertise, diferentes pontos de vista podem levar a uma melhor compreensão e classificações mais precisas.
Direções Futuras
À medida que a pesquisa sobre síndrome de Lynch e outros síndromes de câncer hereditários avança, os critérios de classificação podem evoluir ainda mais. Estudos contínuos contribuirão para nossa compreensão de como variantes genéticas impactam a saúde. Atualizações contínuas nas diretrizes manterão sua relevância na prática clínica.
Conclusão
A síndrome de Lynch é uma condição genética importante associada a um risco aumentado de certos cânceres. Esforços contínuos para classificar variantes genéticas com precisão vão melhorar o manejo e o atendimento ao paciente. A combinação de insights de especialistas, tecnologias avançadas e abordagens colaborativas vai abrir caminho para um uso mais eficaz dos testes genéticos no futuro. Ao aprimorar nossa compreensão dessas mudanças genéticas, podemos apoiar melhor indivíduos e famílias afetadas pela síndrome de Lynch e condições semelhantes.
Título: Mismatch repair gene specifications to the ACMG/AMP classification criteria: Consensus recommendations from the InSiGHT ClinGen Hereditary Colorectal Cancer / Polyposis Variant Curation Expert Panel
Resumo: BackgroundIt is known that gene- and disease-specific evidence domains can potentially improve the capability of the ACMG/AMP classification criteria to categorize pathogenicity for variants. We aimed to include gene-disease-specific clinical, predictive, and functional domain specifications to the ACMG/AMP criteria with respect to MMR genes. MethodsStarting with the original criteria (InSiGHT criteria) developed by the InSiGHT Variant Interpretation Committee, we systematically addressed specifications to the ACMG/AMP criteria to enable more comprehensive pathogenicity assessment within the ClinGen VCEP framework, resulting in an MMR gene-specific ACMG/AMP criteria. ResultsA total of 19 criteria were specified, 9 were considered not applicable and there were 35 variations of strength of the evidence. A pilot set of 48 variants was tested using the new MMR gene-specific ACMG/AMP criteria. Most variants remained unaltered, as compared to the previous InSiGHT criteria; however, an additional four variants of uncertain significance were reclassified to P/LP or LB by the MMR gene-specific ACMG/AMP criteria framework. ConclusionThe MMR gene-specific ACMG/AMP criteria have proven feasible for implementation, are consistent with the original InSiGHT criteria, and enable additional combinations of evidence for variant classification. This study provides a strong foundation for implementing gene-disease-specific knowledge and experience, and could also hold immense potential in a clinical setting.
Autores: John Paul Plazzer, F. Macrae, X. Yin, B. A. Thompson, S. M. Farrington, L. Currie, K. Lagerstedt-Robinson, J. H. Frederiksen, T. van Overeem Hansen, L. Graversen, I. M. Frayling, K. Akagi, G. Yamamoto, F. Al-Mulla, M. J. Ferber, A. Martins, M. Genuardi, M. Kohonen-Corish, S. Baert-Desurmont, A. B. Spurdle, G. Capella, M. Pineda, M. O. Woods, L. J. Rasmussen, C. D. Heinen, R. J. Scott, C. M. Tops, M. S. Greenblatt, M. Dominguez-Valentin, E. Ognedal, E. Borras, S. Y. Leung, K. Mahmood, E. Holinski-Feder, A. Laner
Última atualização: 2024-05-14 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.13.24307108
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.13.24307108.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
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Ligações de referência
- https://clinicalgenome.org/affiliation/50099/
- https://www.insight-group.org/criteria/
- https://cspec.genome.network
- https://fengbj-laboratory.org/cool2/manual.html
- https://hci-priors.hci.utah.edu/PRIORS/
- https://hci-lovd.hci.utah.edu/variants.php?select_db=PMS2_priors
- https://varnomen.hgvs.org/
- https://clinicalgenome.org/working-groups/sequence-variant-interpretation/
- https://www.insight-group.org/content/uploads/2018/08/2018-06_InSiGHT_VIC_v2.4.pdf