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Avanços na Humanização de Medicamentos com Anticorpos

A Humatch agiliza a humanização de medicamentos com anticorpos pra melhorar a eficácia e segurança.

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O processo de criar medicamentos com Anticorpos pode ser bem complicado. Envolve fazer anticorpos que consigam se ligar a alvos específicos do corpo de forma eficaz, causando poucos efeitos colaterais. Os cientistas geralmente começam usando anticorpos que vêm de animais. Mas, como esses anticorpos de animais podem não funcionar bem em humanos, um passo importante é adaptá-los pra se encaixar melhor na biologia humana.

A Importância da Humanização

Humanização é o processo onde anticorpos de origem animal são modificados pra se parecer mais com os anticorpos humanos. Isso é essencial porque cerca de 60% dos medicamentos baseados em anticorpos não são originalmente humanos. Modificar esses anticorpos ajuda a garantir que eles não desencadeiem respostas imunes indesejadas quando usados em pacientes humanos.

Pra humanizar um anticorpo, os pesquisadores normalmente expõem animais, como camundongos, a um alvo que querem tratar. Os animais então produzem anticorpos contra esse alvo. Os pesquisadores isolam os anticorpos mais eficazes e os modificam pra ficar mais parecidos com os humanos. Porém, esse processo pode resultar em algumas partes do anticorpo que não são totalmente humanas, o que pode causar problemas nos pacientes.

É importante mudar essas partes não-humanas enquanto mantém a parte do anticorpo que se liga ao alvo intacta. Métodos tradicionais de humanização costumam envolver muitas modificações manuais, que podem ser caras e lentas. Por causa disso, tá rolando um uso cada vez maior de ferramentas de computador pra ajudar na humanização.

Ferramentas de Computador para Humanização

Várias ferramentas foram desenvolvidas pra ajudar no processo de humanização. Uma delas é a Hu-mAb. Ela usa técnicas de Aprendizado de Máquina pra prever quão bem diferentes modificações de um anticorpo vão funcionar. A ferramenta avalia várias mudanças nos anticorpos e escolhe as melhores com base nos dados que foram treinados. Mas não é perfeita. O processo ainda pode levar um tempo considerável, e às vezes ela se pega em mudanças menos ideais.

Outra ferramenta, a BioPhi, usa uma abordagem diferente. Ela avalia trechos curtos do anticorpo e os classifica com base em quão prováveis eles são de serem encontrados em anticorpos humanos. Isso permite que ela faça mudanças rápidas, mas tem suas limitações, incluindo não conseguir escolher fundos genéticos específicos para os anticorpos.

AbNatiV é mais uma ferramenta criada pra ajudar a humanizar anticorpos. Ela avalia mutações com base em dados anteriores, mas tem suas próprias dificuldades, como precisar de modelagem estrutural, o que pode aumentar o tempo pra fazer mudanças.

Apresentando o Humatch

Diante dos desafios enfrentados pelas ferramentas existentes, uma nova chamada Humatch foi desenvolvida. O Humatch é projetado pra identificar rápida e precisamente Sequências parecidas com as humanas pra anticorpos. O que diferencia o Humatch é que ele pode humanizar tanto as cadeias pesadas quanto as leves dos anticorpos juntas, ao invés de separadamente, o que pode melhorar a eficácia e estabilidade deles.

O Humatch combina três modelos diferentes de aprendizado de máquina pra avaliar quão de perto sequências de anticorpos se assemelham a sequências humanas. Isso permite que ela mire melhor e faça modificações que resultam em anticorpos eficazes em humanos.

Alta Precisão na Classificação

Os modelos do Humatch para cadeias pesadas e leves foram treinados em uma vasta base de dados de sequências de anticorpos. Esse treinamento permite que ele diferencie eficazmente entre sequências humanas e não-humanas. Os modelos são projetados pra dar previsões sobre se uma sequência se assemelha a um anticorpo humano e quão bem as cadeias pesadas e leves combinam entre si.

A precisão de classificação do Humatch é alta, o que significa que ele pode avaliar de forma confiável se uma sequência é parecida com a humana. Isso é crucial pra garantir que os anticorpos modificados vão funcionar bem em humanos e evitar causar uma resposta imune.

Identificando Problemas Potenciais

O Humatch também ajuda a identificar quais anticorpos podem provocar reações imunológicas fortes nos pacientes. Através da avaliação das sequências, ele pode apontar aquelas que provavelmente vão causar problemas. Ele faz isso olhando pra dados históricos sobre respostas a anticorpos, permitindo que os pesquisadores fiquem cientes de problemas potenciais antes de irem pra Ensaios Clínicos.

Alinhamento Rápido com Resultados Experimentais

Uma das grandes vantagens do Humatch é sua velocidade na humanização de anticorpos. Os processos tradicionais de humanização envolvem muito tentativa e erro e podem demorar pra trazer resultados. Em comparação, o Humatch usa uma abordagem sistemática que pode fornecer sequências de anticorpos humanizados em apenas segundos. Isso muda o jogo pra descoberta de medicamentos, permitindo tempos de desenvolvimento mais rápidos e reduzindo significativamente os custos.

Pra testar a eficácia do Humatch, ele foi usado pra humanizar várias sequências de anticorpos que já tinham resultados experimentais. As sequências humanizadas produzidas pelo Humatch mostraram uma alta taxa de concordância com aquelas que tinham sido otimizadas através de métodos experimentais. Isso indica que o Humatch não só é rápido, mas também produz resultados que estão alinhados com o que os pesquisadores já descobriram que funciona.

O Processo de Humanização

O processo de humanização do Humatch começa avaliando quão similar uma sequência de anticorpo é a sequências humanas conhecidas. Esse passo inicial define um ponto de partida pras modificações. O programa então considera todas as possíveis mudanças de um ponto único que poderiam ser feitas na sequência do anticorpo. Ele classifica essas mudanças usando seus modelos de aprendizado de máquina, que avaliam quão bem cada mudança melhora as características parecidas com as humanas do anticorpo.

Se uma mudança proposta não aproxima a sequência de ser parecida com a humana ou piora, ela não será selecionada. Esse processo iterativo continua até que a sequência atinja os limites alvo pra ser considerada humanizada. Essa abordagem ajuda a evitar mudanças desnecessárias que poderiam atrapalhar a capacidade do anticorpo de se ligar ao seu alvo.

Mantendo o Emparelhamento das Cadeias Pesadas e Leves

O Humatch também prioriza manter as cadeias pesadas e leves dos anticorpos bem ajustadas entre si durante o processo de humanização. Isso é essencial porque cadeias desajustadas podem levar a um desempenho ruim em aplicações terapêuticas. Ao otimizar ambas as cadeias juntas, o Humatch visa melhorar a estabilidade e eficácia geral.

A capacidade de manter esse emparelhamento é apoiada pelo modelo que prevê quão bem as cadeias pesadas e leves vão funcionar juntas. Essa é uma característica única que muitas outras ferramentas não oferecem.

Alta Capacidade de Processamento

Além de sua velocidade, o Humatch é projetado pra aplicações de alto rendimento. Os pesquisadores podem usá-lo pra processar muitas sequências de uma vez, tornando-o adequado pra esforços de descoberta de medicamentos em grande escala. Essa capacidade permite que as equipes avaliem uma gama mais ampla de potenciais anticorpos rapidamente, acelerando o processo geral de desenvolvimento.

O Humatch não só melhora a velocidade; ele também se sai bem em termos de precisão, tornando-se uma ferramenta valiosa pra pesquisadores.

Conclusão

O desenvolvimento de medicamentos com anticorpos é uma área crucial na medicina moderna, especialmente pra tratar várias doenças. O processo de humanização é essencial pra garantir que esses medicamentos sejam eficazes e seguros pra uso humano. Enquanto os métodos tradicionais têm seus próprios desafios, ferramentas como o Humatch oferecem uma alternativa promissora.

O Humatch combina velocidade, precisão e a capacidade de otimizar cadeias pesadas e leves juntas. Isso resulta em designs terapêuticos melhores que têm mais chances de sucesso em aplicações clínicas. Em um campo onde cada dia conta, ter ferramentas eficientes e eficazes como o Humatch pode acelerar significativamente o processo de trazer novas terapias com anticorpos pra pacientes.

Com os avanços em aprendizado de máquina e biologia computacional, o futuro da descoberta de medicamentos com anticorpos parece mais promissor e tem potencial pra transformar como os tratamentos são desenvolvidos e entregues.

Fonte original

Título: Humatch - fast, gene-specific joint humanisation of antibody heavy and light chains

Resumo: 1Antibodies are a popular and powerful class of therapeutic due to their ability to exhibit high affinity and specificity to target proteins. However, the majority of antibody therapeutics are not genetically human, with initial therapeutic designs typically obtained from animal models. Humanisation of these precursors is essential to reduce immunogenic risks when administered to humans. Here, we present Humatch, a computational tool designed to offer experimental-like joint humanisation of heavy and light chains in seconds. Humatch consists of three lightweight Convolutional Neural Networks (CNNs) trained to identify human heavy V-genes, light V-genes, and well-paired antibody sequences with near-perfect accuracy. We show that these CNNs, alongside germline similarity, can be used for fast humanisation that aligns well with known experimental data. Throughout the humanisation process, a sequence is guided towards a specific target gene and away from others via multiclass CNN outputs and gene-specific germline data. This guidance ensures final humanised designs do not sit between genes, a trait that is not naturally observed. Humatchs optimisation towards specific genes and good VH/VL pairing increases the chances that final designs will be stable and express well and reduces the chances of immunogenic epitopes forming between the two chains. Humatchs training data and source code are provided open-source. AvailabilitySource code is freely available at github.com/oxpig/Humatch. Data can be found at doi.org/10.5281/zenodo.13764770 [email protected] Supplementary informationSupplementary data are available at bioRxiv online.

Autores: Charlotte M Deane, L. Chinery, J. R. Jeliazkov

Última atualização: 2024-09-19 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.16.613210

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.16.613210.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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