A Importância dos Princípios FAIR na Pesquisa
Os princípios FAIR melhoram a gestão de dados e a colaboração na pesquisa científica.
Yojana Gadiya, T. Abbassi-Daloii, V. Ioannidis, N. Juty, C. Stie Kallesoe, M. Attwood, M. Kohler, P. Gribbon, G. Witt
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Índice
- A Situação Atual da Conscientização sobre FAIR
- Os Desafios da Implementação dos Princípios FAIR
- Iniciativas para Apoiar Práticas de Dados FAIR
- A Importância dos Dados FAIR na Descoberta de Medicamentos
- Resistência Antimicrobiana e Gerenciamento de Dados FAIR
- O Projeto FAIRplus e Suas Contribuições
- Desenvolvimento de Modelos de Dados de Laboratório para Práticas FAIR
- Melhorando Padrões de Dados através da Colaboração
- Gráficos de Conhecimento para Integração de Dados Aprimorada
- A Importância da Sustentabilidade no Gerenciamento de Dados
- O Papel dos Gerentes de Dados e Cientistas
- O Caminho a Seguir para a Implementação de Dados FAIR
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Dados desempenham um papel essencial na pesquisa científica. No entanto, pode ser difícil encontrar, acessar e usar esses dados de forma eficaz. É aí que entram os princípios FAIR. FAIR significa Encontrável, Acessível, Interoperável e Reutilizável. Esses princípios ajudam a tornar os dados mais úteis, garantindo que os pesquisadores consigam encontrá-los e usá-los facilmente.
Os princípios FAIR são importantes porque melhoram a forma como os dados são gerenciados e compartilhados entre pesquisadores e organizações. Seguindo essas diretrizes, os pesquisadores podem trabalhar juntos de maneira mais eficiente, acelerar descobertas científicas e garantir que seu trabalho seja transparente e reproduzível. Embora a importância dos dados FAIR tenha sido reconhecida em muitas áreas de pesquisa, ainda falta conscientização e entendimento sobre esses princípios.
A Situação Atual da Conscientização sobre FAIR
Um estudo recente revelou que cerca de 30% dos pesquisadores já ouviram falar dos princípios FAIR, mas muitos não entenderam completamente o que eles significam. Além disso, quase 40% dos pesquisadores nunca tinham encontrado esses princípios. Essa lacuna no conhecimento destaca a necessidade de mais conscientização e educação sobre práticas de dados FAIR.
Uma barreira significativa para entender os princípios FAIR é a falta de orientação prática sobre como implementá-los. Embora os pesquisadores compreendam as ideias básicas por trás do FAIR, muitas vezes têm dificuldade em aplicá-las ao seu trabalho. Há uma forte necessidade de estudos de caso que demonstrem os benefícios dos dados FAIR em diferentes áreas de pesquisa, além de passos claros para ajudar os pesquisadores a colocar esses princípios em prática.
Os Desafios da Implementação dos Princípios FAIR
Para tornar os dados encontráveis, acessíveis, interoperáveis e reutilizáveis, os pesquisadores devem tomar ações específicas, como publicar dados em repositórios estabelecidos, usar licenças de acesso aberto e adotar formatos padrão. No entanto, a implementação desses princípios pode variar entre diferentes comunidades de pesquisa e disciplinas. O que funciona bem em uma área pode não ser adequado para outra, então flexibilidade é fundamental.
Outro desafio é a falta de apoio e monitoramento na adoção dos princípios FAIR. Implementar essas diretrizes pode ser demorado e complicado, muitas vezes exigindo colaboração entre várias partes interessadas e especialistas na área.
Iniciativas para Apoiar Práticas de Dados FAIR
Para lidar com esses desafios e promover práticas de dados FAIR, várias iniciativas surgiram. Por exemplo, o RDMKit oferece recursos de gerenciamento de dados em escala global, enquanto o FAIRSharing.org trabalha para identificar campeões das práticas de dados FAIR. Outras organizações, como a Pistoia Alliance, incentivam a adoção dos princípios FAIR em ambientes industriais. Essas iniciativas visam ajudar os pesquisadores a entender e implementar o gerenciamento de dados FAIR.
Agências de fomento estão cada vez mais exigindo a adoção dos princípios FAIR em projetos de pesquisa, destacando a crescente importância dessas diretrizes.
A Importância dos Dados FAIR na Descoberta de Medicamentos
Nas ciências da vida, especialmente na descoberta de medicamentos, a relevância dos dados FAIR não pode ser subestimada. O processo de descoberta de medicamentos gera uma enorme quantidade de dados, tornando essencial gerenciar e utilizar esses dados de forma eficaz. Ao seguir os princípios FAIR, os pesquisadores podem reduzir redundâncias, economizar tempo e aproveitar melhor seus recursos.
Por exemplo, empresas como Roche e AstraZeneca iniciaram programas internos para padronizar dados clínicos de acordo com os princípios FAIR. Isso as ajuda a desenvolver modelos preditivos para a descoberta de medicamentos de forma mais eficiente. Da mesma forma, projetos como a Federação de Dados de Imagem para Ciências da Vida (FIDL) focam em tornar os dados de imagem biomédica compatíveis com FAIR.
Resistência Antimicrobiana e Gerenciamento de Dados FAIR
A resistência antimicrobiana (RAM) é um problema de saúde global que demanda um gerenciamento eficaz de dados. Micro-organismos estão evoluindo para resistir ao tratamento com medicamentos antimicrobianos, representando ameaças significativas à saúde pública. Para enfrentar essa questão, iniciativas como a Iniciativa de Medicamentos Inovadores (IMI) lançaram projetos voltados ao desenvolvimento de novos medicamentos antimicrobianos.
Desenvolver novos medicamentos é um processo complicado e demorado. Como resultado, há uma necessidade crescente de adotar formatos de dados FAIR para agilizar a pesquisa e acelerar o desenvolvimento de novos tratamentos. Padrões estabelecidos, como o Modelo Comum de Dados de Resultados Médicos Observacionais e Recursos de Interoperabilidade Rápida em Saúde, estão sendo adotados na análise de dados clínicos.
No entanto, muitos estudos de pesquisa em estágio inicial ainda dependem de formatos específicos de pesquisadores individuais, o que limita a usabilidade dos dados. Projetos como o GNA NOW focam em melhorar a acessibilidade e padronização dos dados de pesquisa relacionados à RAM, levando, em última instância, ao desenvolvimento mais rápido de novos tratamentos.
O Projeto FAIRplus e Suas Contribuições
O projeto FAIRplus foi lançado para melhorar as práticas de gerenciamento e compartilhamento de dados na pesquisa em ciências da vida. Ao longo de três anos, o projeto focou no desenvolvimento de ferramentas e recursos que ajudem os pesquisadores a aplicar os princípios FAIR de forma eficaz. Alguns dos recursos-chave criados durante este projeto incluem o livro de receitas FAIR, uma coleção de orientações práticas para tornar os dados FAIR, e o modelo de Maturidade do Conjunto de Dados FAIR, que ajuda a avaliar o quão bem os conjuntos de dados aderem aos princípios FAIR.
O framework de FAIRificação desenvolvido neste projeto fornece passos práticos para os pesquisadores seguirem ao implementar os princípios FAIR. O framework consiste em quatro fases: definição de objetivos, exame do projeto, FAIRificação iterativa e revisão pós-FAIRificação.
Na fase de definição de objetivos, os pesquisadores identificam os resultados desejados de seus esforços de FAIRificação. Durante a fase de exame do projeto, os pesquisadores avaliam suas práticas atuais e identificam áreas para melhoria. O ciclo de FAIRificação iterativa envolve a avaliação dos dados atuais, o planejamento das mudanças necessárias e a implementação delas. Por fim, a revisão pós-FAIRificação avalia o sucesso dos esforços.
Desenvolvimento de Modelos de Dados de Laboratório para Práticas FAIR
Para ajudar os pesquisadores a implementarem os princípios FAIR, o projeto GNA NOW desenvolveu Modelos de Dados de Laboratório, que são formatos padronizados para coletar dados experimentais. Esses modelos foram projetados para garantir uma entrada de dados consistente e facilitar melhor colaboração entre os parceiros do projeto.
Dois Modelos de Dados de Laboratório separados foram criados: um para estudos in-vitro e outro para estudos in-vivo. Esses modelos ajudam os pesquisadores a coletar e organizar dados de uma forma que esteja alinhada com os princípios FAIR, tornando mais fácil compartilhar e utilizar esses dados.
Melhorando Padrões de Dados através da Colaboração
O projeto GNA NOW reconhece que a colaboração entre pesquisadores, gerentes de dados e cientistas de dados é crucial para um gerenciamento eficaz dos dados. Trabalhando juntos, essas partes interessadas podem coletar informações detalhadas sobre procedimentos experimentais e estabelecer práticas FAIR personalizadas.
Padronizar a terminologia dos dados é uma parte essencial desse processo. Ao mapear termos nos Modelos de Dados de Laboratório para ontologias biomédicas existentes, os pesquisadores podem garantir que seus dados sejam consistentes e facilmente compartilháveis entre diferentes plataformas.
Para facilitar essa padronização, o projeto desenvolveu um dicionário de dados que incorpora tanto termos específicos do projeto quanto ontologias estabelecidas. Essa abordagem aumenta a interoperabilidade e usabilidade dos dados coletados de várias fontes.
Gráficos de Conhecimento para Integração de Dados Aprimorada
O projeto GNA NOW também implementou um gráfico de conhecimento para conectar e integrar dados de diferentes fontes. O gráfico de conhecimento serve como uma plataforma centralizada que permite aos pesquisadores navegar e recuperar dados de forma mais eficiente.
Ao combinar informações de estudos in-vitro e in-vivo, o gráfico de conhecimento permite que os pesquisadores rastreiem compostos e analisem as relações entre diferentes resultados experimentais. Essa visão abrangente dos dados permite uma tomada de decisão melhor e um processo de pesquisa mais eficaz.
A Importância da Sustentabilidade no Gerenciamento de Dados
Garantir a sustentabilidade a longo prazo dos dados é crucial para os esforços de pesquisa contínuos. No contexto do projeto GNA NOW, identificar repositórios adequados para armazenamento de dados ajuda a manter o valor dos dados além da vida útil do projeto. Usando plataformas confiáveis, os pesquisadores podem garantir que seus dados permaneçam acessíveis e utilizáveis para estudos futuros.
O Papel dos Gerentes de Dados e Cientistas
Gerentes de dados e cientistas desempenham um papel vital no sucesso das práticas de dados FAIR. Sua experiência garante que os dados sejam coletados, organizados e compartilhados de uma forma que esteja alinhada com os princípios FAIR. Ao estabelecer uma forte colaboração entre essas partes interessadas, as organizações podem promover uma cultura de gerenciamento de dados mais eficaz.
A participação dos gerentes de dados no projeto GNA NOW foi fundamental para o desenvolvimento dos Modelos de Dados de Laboratório e o mapeamento de termos para ontologias. Essa colaboração ajudou a agilizar o processo de gerenciamento de dados e garantiu que os pesquisadores pudessem se concentrar em seus experimentos sem se perderem em detalhes técnicos.
O Caminho a Seguir para a Implementação de Dados FAIR
A jornada em direção à implementação efetiva dos princípios FAIR requer um compromisso e esforço contínuos. Os pesquisadores precisam continuar aprimorando suas práticas de gerenciamento de dados e se adaptando a novos desafios à medida que surgem. Ao abraçar uma cultura de colaboração e compartilhamento, a comunidade científica pode avançar significativamente em direção a práticas de dados aprimoradas.
Os esforços para melhorar a conscientização sobre os princípios FAIR devem continuar. Compartilhar estudos de caso bem-sucedidos e promover recursos de treinamento ajudará os pesquisadores a entender melhor a importância dos dados FAIR e a equipá-los com as ferramentas para implementar esses princípios de forma eficaz.
Conclusão
Os princípios FAIR são essenciais para melhorar o gerenciamento de dados e a colaboração na pesquisa científica. Ao tornar os dados mais encontráveis, acessíveis, interoperáveis e reutilizáveis, os pesquisadores podem trabalhar juntos de forma mais eficiente, acelerar descobertas e garantir transparência em seu trabalho.
O projeto GNA NOW e a iniciativa FAIRplus demonstram como a adoção desses princípios pode criar um impacto duradouro em áreas de pesquisa como descoberta de medicamentos e resistência antimicrobiana. À medida que os cientistas continuam a abraçar práticas de dados FAIR, eles abrem caminho para uma abordagem mais sustentável e eficaz no tratamento de dados de pesquisa daqui pra frente.
Título: From spreadsheet lab data templates to knowledge graphs: A FAIR data journey in the domain of AMR research
Resumo: While awareness of FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) principles has expanded across diverse domains, there remains a notable absence of impactful narratives regarding the practical application of FAIR data. This gap is particularly evident in the context of in-vitro and in-vivo experimental studies associated with the drug discovery and development process. Despite the structured nature of these data, reliance on classic methods such as spreadsheet-based visualization and analysis has limited the long-term reuse opportunities for such datasets. In response to this challenge, our work presents a representative journey towards FAIR data, characterized by structured, conventional spreadsheet-based lab data templates and the adoption of a knowledge graph framework for breaking data silos in the field of early antimicrobial resistance research. Here, we illustrate a tailored application of a "FAIRification framework" facilitating the practical implementation of FAIR principles. By showcasing the feasibility and benefits of transitioning to FAIR data practices, our work aims to encourage broader adoption and integration of FAIR principles within a research lab setting.
Autores: Yojana Gadiya, T. Abbassi-Daloii, V. Ioannidis, N. Juty, C. Stie Kallesoe, M. Attwood, M. Kohler, P. Gribbon, G. Witt
Última atualização: 2024-10-29 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.18.604030
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.18.604030.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://rdmkit.elixir-europe.org/
- https://fairsharing.org/
- https://www.pistoiaalliance.org/
- https://www.combacte.com/about/about-combacte-net-detail/
- https://www.imi.europa.eu/projects-results/project-factsheets/nd4bb
- https://amr-accelerator.eu/project/gna-now/
- https://amr-accelerator.eu/project/tric-tb/
- https://www.ehden.eu/
- https://fairplus-project.eu/
- https://faircookbook.elixir-europe.org/content/home.html
- https://fairplus.github.io/Data-Maturity/
- https://w3id.org/faircookbook/FCB079
- https://www.3ds.com/products/biovia/notebook
- https://grit42.com/
- https://fair-impact.eu/fair-implementation-framework
- https://agilemanifesto.org/
- https://fairassist.org/
- https://fairplus.github.io/Data-Maturity/docs/Levels
- https://fairplus.github.io/Data-Maturity/docs/Indicators/#dsm-1-h3
- https://www.co-add.org/
- https://bacdive.dsmz.de/
- https://www.ebi.ac.uk/ols4
- https://bioportal.bioontology.org/
- https://elixir-europe.org/platforms/interoperability
- https://amr-accelerator.eu/
- https://amr-accelerator.eu/project/combine/
- https://zenodo.org/records/7501964
- https://fairdsm.biospeak.solutions/
- https://www.sigmaaldrich.com/
- https://www.atcc.org/
- https://neo4j.com/
- https://pypi.org/project/py2neo/
- https://doi.org/10.5281/zenodo.12720580
- https://github.com/IMI-COMBINE/GNA-NOW