Avanços no Diagnóstico de Meningioma Usando CNNs
Um estudo sobre o uso de CNNs para melhorar a classificação e diagnóstico de meningiomas.
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Índice
- Aprendizado Profundo
- Redes Neurais Feed Forward
- Redes Neurais Convolucionais
- Camada Convolucional
- Camada de Pooling
- Camada Totalmente Conectada
- Camadas de Não-Linearidade
- CNNs na Medicina
- Testes Diagnósticos para Meningiomas
- Ressonâncias Magnéticas (MRI)
- Tomografias computadorizadas (CT)
- Angiogramas Cerebrais
- Biópsias
- Complicações dos Meningiomas
- Amostragem de Patches com Aumento de Dados
- Pré-processamento de Imagens
- Registro de Imagens
- Correção de Campo de Viés
- Remoção do Crânio
- Normalização de Imagens
- Design da Arquitetura e Mecanismos de Atenção
- Estratégias de Treinamento
- Detalhes de Implementação
- Estudo de Desempenho Geral
- Análise de Precisão e Perda
- Estudo de Atenção
- Conclusão
- Fonte original
Classificar imagens de tumores cerebrais, especialmente meningiomas, é um desafio para os médicos. Meningiomas podem ser difíceis de detectar nas fases iniciais, o que pode causar complicações. Um tipo de aprendizado de máquina chamado Redes Neurais Convolucionais (CNNs) poderia ajudar os médicos a fazer diagnósticos mais precisos e classificar meningiomas com base em diretrizes da Organização Mundial da Saúde (OMS). Este artigo vai discutir os problemas atuais no diagnóstico de meningiomas, como as CNNs funcionam e seu potencial na medicina.
Aprendizado Profundo
Aprendizado profundo é um conjunto de métodos que consegue encontrar padrões complexos em grandes grupos de dados. Esses métodos às vezes superam humanos em tarefas como processamento de imagem e compreensão de linguagem. Na saúde, o aprendizado profundo pode analisar uma quantidade enorme de dados de históricos de pacientes, registros médicos e imagem, ajudando no diagnóstico, prognóstico e previsões de tratamento.
O aprendizado de máquina usa características dos dados para fazer previsões. No aprendizado profundo, os algoritmos aprendem automaticamente padrões dos dados, melhorando não só a descoberta de características, mas também o desempenho da tarefa durante o mesmo processo de treinamento.
Redes Neurais Feed Forward
As redes neurais feed forward processam dados de entrada através de várias camadas de transformações. A saída de uma camada se torna a entrada da próxima camada. Essas redes usam funções matemáticas, normalmente sigmoid ou ReLU, combinadas com pesos, que são números que ajustam os dados de entrada à medida que passam pela rede. Otimizar a saída envolve usar técnicas como a descida do gradiente para avaliar previsões. Dois conceitos importantes aqui são perda, que mostra quão longe uma previsão está do valor real, e custo, que média a perda em todo o conjunto de dados.
Durante uma etapa chamada retropropagação, os pesos são ajustados para minimizar a perda, enquanto os valores de viés ajudam a afinar a saída.
Redes Neurais Convolucionais
As CNNs são um tipo específico de rede neural feed forward projetada para manter eficientemente as relações espaciais nos dados com mínimas conexões. As CNNs consistem em várias camadas:
Camada Convolucional
Essa camada faz a maior parte da computação. Ela usa um kernel menor para escanear partes dos dados de entrada, criando o que é conhecido como um mapa de ativação. Esse mapa retém informações espaciais importantes da entrada original.
Camada de Pooling
A camada de pooling resume as saídas vizinhas, reduzindo a carga computacional. Existem vários métodos de pooling, como pooling médio e pooling máximo, que identificam a saída máxima em uma vizinhança.
Camada Totalmente Conectada
Nessas camadas, cada neurônio se conecta a todos os neurônios das camadas anteriores e seguintes, fornecendo uma visão completa das relações entre entrada e saída.
Camadas de Não-Linearidade
Essas camadas tratam da natureza não-linear das imagens. Elas geralmente seguem a camada convolucional para permitir que a rede inclua funções não-lineares em suas ativações.
CNNs na Medicina
A aplicação de inteligência artificial e aprendizado de máquina na medicina começou lá em 1972 com o modelo MYCIN, que ajudou a diagnosticar infecções e recomendar tratamentos. Apesar de o MYCIN não ser tão preciso quanto médicos humanos, ele abriu caminho para mais desenvolvimentos.
Meningiomas são tumores do cérebro ou da medula espinhal. Eles são o segundo tipo mais comum de tumor cerebral primário, representando cerca de trinta por cento desses tumores. Meningiomas geralmente começam nas membranas protetoras que cercam o cérebro e a medula espinhal. Embora muitos não sejam cancerígenos, eles ainda podem causar problemas de saúde significativos.
Esses tumores podem levar a complicações como convulsões ou perda sensorial, dependendo de sua localização. Os meningiomas são classificados em três graus pela OMS, dependendo da velocidade de crescimento e da aparência sob um microscópio. Enquanto tumores benignos crescem lentamente, tipos mais agressivos exigem atenção imediata por seu potencial de se tornarem cancerígenos.
Testes Diagnósticos para Meningiomas
Os médicos têm várias formas de diagnosticar meningiomas. Métodos comuns incluem:
Ressonâncias Magnéticas (MRI)
Essas imagens usam campos magnéticos fortes para criar imagens do cérebro. Esse processo utiliza ondas de rádio que interagem com os prótons do corpo para criar imagens detalhadas, ajudando os médicos a procurar tumores ou outras anormalidades.
Tomografias computadorizadas (CT)
As tomografias utilizam raios-X para gerar imagens em seções transversais. Ao passar raios-X ao redor do paciente, essas tomografias podem revelar a forma e o tamanho dos tumores.
Angiogramas Cerebrais
Esse método usa raios-X para visualizar os vasos sanguíneos no cérebro. Um corante especial é injetado para tornar o fluxo sanguíneo visível.
Biópsias
Uma biópsia por agulha envolve retirar uma pequena amostra do tumor para testes laboratoriais. Embora essa seja a única maneira de diagnosticar o meningioma de forma definitiva, ela vem com riscos, como infecção ou sangramento.
Complicações dos Meningiomas
Embora as biópsias sejam eficazes para diagnóstico, elas também têm riscos, o que pode levar os médicos a confiar mais em técnicas de imagem. Testes de imagem podem expor os pacientes à radiação, tornando o aprendizado de máquina uma ferramenta valiosa. As CNNs podem levar a diagnósticos precisos sem precisar de biópsia, usando apenas ressonâncias magnéticas ou tomografias.
O conjunto de dados para a pesquisa incluiu imagens de muitos hospitais e instituições, garantindo diversidade nos dados. Essas informações incluíam várias faixas etárias e ambos os gêneros, focando puramente em imagens pré-operatórias.
Amostragem de Patches com Aumento de Dados
Para melhorar a representação dos dados e evitar overfitting, são usadas técnicas de aumento de dados. Essa abordagem cria variações em imagens existentes através de métodos como espelhamento, escalonamento aleatório e ajuste de brilho ou contraste.
Processando patches de dados aleatoriamente durante o treinamento, a CNN consegue classificar melhor as imagens. Esses patches contêm tanto a classe do primeiro plano (o tumor) quanto a classe de fundo (tecido normal).
Pré-processamento de Imagens
O pré-processamento de imagens é crucial para preparar os dados para a CNN. Vários métodos podem ser aplicados:
Registro de Imagens
Alinhar diferentes modalidades de imagens de CT e MRI em um sistema de coordenadas comum ajuda a alcançar dados consistentes.
Correção de Campo de Viés
Esse método remove irregularidades na intensidade de baixa frequência das imagens de MRI.
Remoção do Crânio
Para evitar incluir tecidos ao redor, esse método remove o crânio das imagens de MRI ou CT, retendo apenas o cérebro.
Normalização de Imagens
Padronizar a intensidade da imagem em uma faixa específica garante que as imagens sejam consistentes em tamanho e escala.
Design da Arquitetura e Mecanismos de Atenção
O modelo EfficientNetB0 serve como a espinha dorsal da CNN. Esse modelo se destaca por sua capacidade de escalar em três dimensões: largura, profundidade e resolução de imagem, proporcionando melhor desempenho que modelos tradicionais.
O modelo usa mecanismos de atenção para identificar áreas de interesse nas imagens. Isso ajuda a focar em características importantes dos dados durante o treinamento.
A camada GlobalAveragePooling2D média os valores em vez de pegar máximos, o que reduz a carga computacional. A camada de dropout evita overfitting ao omitir aleatoriamente alguns neurônios durante o treinamento.
Estratégias de Treinamento
A CNN foi treinada em várias épocas. Duas funções de perda foram usadas para melhorar a precisão. O foco estava em equilibrar falsos positivos e falsos negativos para auxiliar no treinamento eficiente do modelo.
Os tamanhos dos lotes foram cuidadosamente escolhidos para otimizar o uso da memória e melhorar a generalização. Com lotes menores, o modelo ainda conseguia ter um bom desempenho.
Detalhes de Implementação
A pesquisa utilizou um computador desktop potente equipado com uma GPU de alta performance. A implementação usou linguagens de programação e frameworks para facilitar o processo de treinamento.
Estudo de Desempenho Geral
Ao avaliar o modelo, surgiram alguns desafios, especialmente com tamanhos pequenos de tumores impactando o desempenho da classificação. No entanto, o modelo alcançou altas pontuações de precisão e recall, indicando sua confiabilidade.
Análise de Precisão e Perda
As rotinas de treinamento e validação mostraram tendências positivas ao longo de várias épocas, com altas pontuações de precisão. Os modelos demonstraram sua capacidade de classificar corretamente os tumores, com instâncias positivas frequentemente classificadas mais corretamente do que as negativas.
Estudo de Atenção
O estudo de atenção ilustrou como o modelo se concentrou em áreas marcadas por tumores, confirmando sua capacidade de distinguir características relevantes de forma eficaz. Os padrões de atenção variaram com base no deslocamento do tumor, mostrando a adaptabilidade do modelo a diferentes condições.
Conclusão
Este estudo destaca o potencial das CNNs em auxiliar o diagnóstico e a classificação dos meningiomas. Ao analisar imagens de CT e MRI, as CNNs podem ajudar os médicos a avaliar diferentes tipos de tumores com precisão. Embora haja desafios em relação à qualidade dos dados e complexidade do modelo, os resultados indicam uma direção promissora para mais pesquisas.
A arquitetura EfficientNetB0 usada nesta pesquisa se mostrou eficaz, alcançando alta precisão sem ajustes extensivos. Investigações futuras poderiam explorar como lidar com discrepâncias nos tipos de dados e melhorar extrações para melhores resultados do modelo.
No fim das contas, esse trabalho demonstra a capacidade das CNNs de melhorar a saúde, fornecendo ferramentas que apoiam diagnósticos e estratégias de tratamento mais precisas. Com pesquisa e refinamento contínuos, modelos de aprendizado de máquina poderiam levar a melhores resultados de saúde e maior acessibilidade em várias práticas médicas.
Título: Multimodal Convolutional Neural Network Models Allow for the Accurate Classification and Grading of Preoperative Meningioma Brain Tumors
Resumo: Magnetic resonance imaging (MRI) and computed tomography (CT) scans are vital for diagnosing brain tumors, but human error, image subtleties, cyst growth, and nuances in World Health Organization (WHO) grading can impede accuracy. Invasive biopsies remain the only definitive method for meningioma diagnosis. Convolutional Neural Networks (CNNs), machine learning models used in image classification, offer a promising solution. By fine-tuning the pre-trained CNN EfficientNetB0 on various preoperative brain tumors and meningioma subtypes, image-based diagnosis can become more robust and accurate. In this study, two CNN models either classified or graded multimodal CT and MRI images. One dataset included tumor types (meningioma, glioma, pituitary, cysts, or none), while the other had images WHO graded one to three. The data, from accurately annotated and diverse open-source databases, was normalized, augmented, and stripped of excess information. Additionally, class-average and Focal Tversky Loss were included to assess and reduce incorrect outputs. Results were analyzed using accuracy, f1, recall, precision, loss, confusion matrices, Receiver Operating Characteristic (ROC) analysis, and attention studies. Both CNNs achieved over 98% accuracy with high recall and precision scores. ROC area under the curve (AUC) scores above 0.978 indicated strong class discrimination. The attention study indicated focus on tumor mass instead of extraneous variables. Multimodal CNNs, particularly the EfficientNetB0 model, are potential alternatives to invasive biopsies and human evaluation. Their capability to handle complex meningioma cases suggests promising avenues for other tumor types or diagnostic modalities at a cheap cost.
Autores: Mihir Rane
Última atualização: 2024-11-07 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.03.15.23287326
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.03.15.23287326.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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