抗生物質発見の新しい戦略
研究者たちは抗生物質耐性に対抗するためにシステイン反応性化合物を探ってる。
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抗生物質は感染症の治療に役立つ大事な薬なんだけど、たくさんのバイ菌がこれらの薬に対して耐性を持つようになっちゃった。これって、いくつかの感染症を治すのが難しくなるってこと。もっと多くのバイ菌が耐性を持つようになってきてるから、新しい戦い方を見つけるのが重要なんだ。
現在の抗生物質のターゲット
ほとんどの抗生物質はバイ菌の特定のターゲットに焦点を当ててる。これらのターゲットには:
- 細胞壁:多くの抗生物質はバイ菌がその保護膜を作るのを妨げる。
- タンパク質:いくつかの抗生物質は、バイ菌が成長して増えるために必要なタンパク質の生産を妨げる。
- 核酸:他の抗生物質は、バイ菌がDNAをコピーするのを止める。
これらのターゲットは効果的だけど、限界がある。抗生物質のターゲットの範囲を広げるために新しい戦略を見つける必要がある。
抗生物質を見つける新しいアプローチ
研究者たちは、バイ菌内の異なるタンパク質をターゲットにした新しい方法で抗生物質を見つけようとしてる。過去の治療法では、ターゲットが不可能だと思われていたタンパク質に焦点を当ててきた。例えば、最近のKRASタンパク質をターゲットにした薬が成功を収めていて、他にも探る価値があるタンパク質があるかもしれない。
一つの有望な方法は、システインという特定のタイプのタンパク質に反応する化合物のライブラリをスクリーニングすること。これにより、現在の治療法では対応できないタンパク質に作用する新しい抗生物質が見つかる可能性がある。
システイン反応性アプローチ
システインは多くのタンパク質に含まれるアミノ酸。研究者たちはシステインに反応する化合物に焦点を当てることで、新しいバイ菌との戦い方を見つけるかもしれない。アイデアは、これらのシステインを含むタンパク質に付着する化合物を作って、その機能を妨げること。
これまでの研究では、全ての可能なターゲットをカバーできないかもしれない小さなシステイン反応性化合物のライブラリを使ってきた。それを克服するために、研究者たちは3,200種類の異なる化合物を含む大きくて多様なライブラリを作成した。この化合物をスクリーニングすることで、新しい抗生物質の候補を発見できることを期待している。
スクリーニングプロセスからの発見
研究者たちがライブラリを使って2種類のバイ菌をスクリーニングしたとき、いくつかの有望な候補を見つけた。これらの化合物の中には、グラム陽性菌と陰性菌の両方に対して良好な抗菌活性を示すものもあった。10-F05と呼ばれる化合物は、広範囲にわたる活性を示した。
特定の技術を使って、研究者たちは10-F05の潜在的なターゲットとしてFabHとMiaAの2つのタンパク質を特定した。特に、MiaAは以前は抗生物質のターゲットとして認識されていなかったので、新しい治療法のチャンスを提供している。
抗生物質の活性の理解
研究者たちはこれらの化合物がどのように機能するかをさらに探っていった。彼らは、化合物10-F05が範囲の広いバイ菌に対して活性があり、一部の耐性株にも効果があることを発見した。重要なことに、他の抗生物質と比べて耐性の発展が遅いことが分かった。
実験を通じて、彼らは10-F05がFabHとMiaAにうまく結合し、その通常の機能を妨げることを発見した。この結合がバイ菌の細胞の成長を抑制するのに役立つ。
耐性発展の調査
10-F05の挙動をさらに理解するために、研究者たちはバイ菌がどれくらい早く耐性を持つようになるかを調べた。彼らはこの速度を、カナマイシンやメチシリンなどの既知の抗生物質に対する耐性の発展と比較した。彼らは、バイ菌が10-F05に対しては非常に遅い速度で耐性を持つようになることを見つけた。
この耐性の遅い発展は、10-F05が複数のタンパク質をターゲットにしているため、バイ菌がすべてのターゲットに対して変異することが難しいためかもしれない。
ターゲットタンパク質の役割
追加のテストを通じて、研究者たちは10-F05にとってFabHとMiaAが関連するターゲットであることをさらに検証した。FabHはバイ菌が脂肪酸を生成するのに重要で、抗生物質開発の良いターゲットとされている。MiaAの活性はあまり理解されていなかったけど、初期の結果ではバイ菌内の特定のRNAの機能に関与していることが示唆された。
バイ菌の機能への影響
10-F05とこれらのタンパク質との相互作用には、より広い意味がある。MiaAを抑制することで、10-F05はバイ菌のストレスへの対処能力や、病気を引き起こす能力(病原性)に影響を及ぼすことができる。
研究者たちがバイ菌を10-F05で処理したとき、翻訳エラーが増え、バイ菌のストレスに対する反応が妨げられることを発見した。これらの変化は、バイ菌の宿主細胞への感染能力を減少させる。
今後の抗生物質開発への影響
大規模な化合物ライブラリのスクリーニングは、新しい抗生物質のリードを発見する可能性を示している。システインをターゲットにして、その役割を様々なタンパク質で探ることで、研究者たちは抗生物質耐性に対抗する新しい戦略を見つけることができる。
10-F05とFabH、MiaAとの相互作用に関する発見は、臨床使用に向けたさらなる研究の道を開く。将来の研究が、耐性を持つ細菌感染症を効果的に治療できる新しい抗生物質の開発につながるかもしれない。
結論
抗生物質耐性の増加する課題には、薬の発見において革新的なアプローチが必要だ。システイン反応性化合物に焦点を当て、潜在的な薬のターゲットのプールを広げることで、研究者たちは新しい抗生物質を探し続けている。10-F05のような化合物に関する進行中の研究や発見は、従来の抗生物質に耐性があるバイ菌に対抗する効果的な戦略の可能性を秘めた未来の治療法を示している。
全体的に、抗生物質研究の旅は続いていて、私たちの時代の最も差し迫った健康上の課題の解決策を見つける希望がある。
タイトル: Phenotypic screening of covalent compound libraries identifies chloromethyl ketone antibiotics and MiaA as a new target
概要: The emerging antibiotic resistance requires the development of new antibiotics working on novel bacterial targets. Here, we reported an antibiotic discovery workflow by combining the cysteine-reactive compound library phenotypic screening with activity-based protein profiling, which enables the rapid identification of lead compounds as well as new druggable targets in pathogens. Compounds featuring chloromethyl ketone scaffolds exhibited a notably high hit rate against both gram-negative and gram-positive bacterial strains, but not the more commonly used warheads such as acrylamide or chloroacetamide. Target identification of the lead compound, 10-F05, revealed that its primary targets in S. flexneri are FabH Cys112 and MiaA Cys273. We validated the target relevance through biochemical and genetic interactions. Mechanistic studies revealed modification of MiaA by 10-F05 impair substrate tRNA binding, leading to decreased bacterial stress resistance and virulence. Our findings underscore chloromethyl ketone as a novel antibacterial warhead in covalent antibiotic design. The study showcases that combining covalent compound library phenotypic screening with chemoproteomics is an efficient way to identify new drug targets as well as lead compounds, with the potential to open new research directions in drug discovery and chemical biology. Graphic Abstract O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=121 SRC="FIGDIR/small/576576v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (21K): [email protected]@a89d44org.highwire.dtl.DTLVardef@1ed0ae2org.highwire.dtl.DTLVardef@1659d3e_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
著者: Hening Lin, Y. Jin, S. Jana, M. Abbasov
最終更新: 2024-01-23 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.22.576576
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.22.576576.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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