血小板追跡と血栓形成に関する新しい知見
研究者たちは血小板を追跡して、リアルタイムで血栓形成を研究する方法を開発した。
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過去10年で、科学者たちは血液中の血小板という小さな部分を見て、血液がどのように固まるかを理解する方法を大幅に改善したよ。この血小板は、出血を止めるために固まるからすごく重要なんだ。新しいイメージング技術のおかげで、生きている動物の中や実験室でも血小板の動きを見ることができるようになったんだ。
でも、これらの高度なイメージング手法があっても、血小板がどれだけあるかや、時間とともにどう動くかを正確に把握するのはまだ難しいんだ。以前の技術では、同時に追跡できる血小板の数が限られていて、たくさんの有用な情報が見逃されてしまった。血小板が血液の塊の中でどう動くかを本当に理解するには、多くの血小板を自動で追跡する必要があるんだ。
自動化の必要性
血小板を自動でカウントする初めての試みの一つは、ある研究者たちが差のガウス(DoG)法という従来の画像処理技術を使ったことだ。血小板を数えることで、血液の塊がどう形成されるかを測定するよりも深い洞察が得られることがわかった。でも、DoG法には問題があって、画像が大きく変わると上手く機能しないんだ。
生きた動物を使ったテストでは、従来の方法が条件が変わると失敗することが多かった。そこで、機械学習の方法を使った方が血小板を信頼性高く追跡できるだろうと考えたんだ。
より良い追跡のための深層学習
深層学習は、コンピュータが画像内の物体を特定するのを助ける機械学習の一種だ。この方法は2D画像での血小板の特定に素晴らしい結果を示したけど、3D画像に関してはこれまで試されていなかった。新しい手法は、科学的なイメージングでよくある雑音の多いデータを扱うことができる。血小板が各画像で認識されると、時間を通じて追跡できるようになる。
研究者たちは、血小板の3D画像を分析するための新しいシステムを作った。このシステムは、多くの個々の血小板を自動的に見つけて追跡できるから、異なる条件での凝固形成中の血小板の動きを見るのが楽になるんだ。
実験のやり方
この研究では、生きた動物と制御された実験室での血小板の動きを観察するために特別な技術を使った。すべての動物実験は関連する倫理委員会に承認されていた。生きたテストでは、マウスに少しの割合の血小板をマークする特別な注射をしたよ。
実験室でのテストでは、マウスの血液を迅速に準備して血小板が健康な状態で研究できるように注意して扱ったんだ。人間の血液もボランティアから採取して、すべての倫理基準を守ったんだ。どちらの場合も、血流を模倣し、一般的に血小板がくっつく表面(コラーゲンなど)を移動したときの反応を調べるための特別なチャンバーが使われた。
高品質イメージング
その後、これらの血小板を可視化するための高度なイメージングシステムが使われた。このシステムは急速に画像をキャッチして、研究者たちが血小板がどのように動いて、時間とともにどのように変わるかを観察できるようにしたんだ。研究者たちは異なる深さでいくつかの画像を取り、血管内の血小板の3Dビューを作成した。
深層学習の手法を使う前に、研究者たちはアルゴリズムを訓練するための正確なデータを準備した。画像の初期の間違いを修正して、血小板の正確なラベルを作成したんだ。
深層学習法の検証
新しい深層学習システムがうまく機能することを確認するために、研究者たちはその結果を訓練された科学者が手動で血小板を特定する結果と比較した。新しい方法は、難しい条件でも血小板を正確に認識できることがわかった。このシステムは、従来の方法が苦労した場合でも血小板を明確に分離できたんだ。
研究者たちは、画像が雑音で見えにくくされた状況に対しても深層学習法を試験した。深層学習システムは、従来の方法よりも格段に良い結果を出して、血小板を正確に見つけることができたよ。
時間を通じた血小板の追跡
血小板が特定されたら、専門のソフトウェアを使って、いくつかの時間ポイントで各血小板を追跡した。この追跡ソフトウェアは、研究者が血液の塊形成中の血小板の動きを見ることを可能にする。1つの画像に何千もの血小板があることがあるから、追跡は複雑になるんだ。
追跡の正確性を検証するために、研究者たちは他の人が追跡の質を簡単にチェックできる工具を開発した。一部の追跡された血小板をサンプリングして、誤認識された血小板などのエラーをチェックした。エラー率は非常に低く、ほとんどの追跡が正確だったことがわかったんだ。
異なる条件の比較
この新しいワークフローを使って、研究者たちは生きた条件と制御された実験室環境での血小板の動きを比較できた。生きた動物の血小板は、実験室の血小板に比べて、より速く、より密に血栓を形成することがわかった。そして、生きた動物の血小板は、実験室のものよりももっとダイナミックに動くことが分かった。
実験室条件での血小板を追跡することで、研究者たちは血小板がくっつく表面を強制的に移動させたときの反応についてのデータをもっと集めることができた。血小板の移動速度、血栓の密度、血小板の形の変化を時間とともに測定できたんだ。
発見と影響
研究者たちは、生きた動物の血小板がより速く動くだけでなく、実験室での研究と比べて異なる形を示したことを発見した。これらの違いは、生きたシステムに存在する自然信号が実験室にはないためだと思われる。
開発されたソフトウェアと方法は、血小板がさまざまな状況でどう動くかについての豊富なデータを提供できる。これにより、血液の塊がどのように形成されるか、薬や治療によってどのように影響を受けるかをよりよく理解することができる。チームは、さらにソフトウェアを改善することを目指していて、他の科学者からの貢献を歓迎しているよ。
結論
結論として、血小板を正確に見つけて追跡する新しい方法が確立された。この技術は、血液凝固がどのように起こるかについての明確な洞察を提供できるから、凝固障害に関連する病状の治療法を改善するのに必要なんだ。開発されたソフトウェアは他の人が使えるようになっているから、科学者たちがさまざまな医療の文脈で血小板の役割を探ることができるんだ。この研究は、健康や病気における血栓がどのように機能するかを理解する新しい道を開くよ。
タイトル: Finding and Following: A deep learning-based pipeline for tracking platelets during thrombus formation in vivo and ex vivo
概要: The last decade has seen increasing use of advanced imaging techniques in platelet research. However, there has been a lag in the development of image analysis methods, leaving much of the information trapped in images. Herein, we present a robust analytical pipeline for finding and following individual platelets over time in growing thrombi. Our pipeline covers four steps: detection, tracking, estimation of tracking accuracy, and quantification of platelet metrics. We detect platelets using a deep learning network for image segmentation, which we validated with proofreading by multiple experts. We then track platelets using a standard particle tracking algorithm and validate the tracks with custom image sampling -- essential when following platelets within a dense thrombus. We show that our pipeline is more accurate than previously described methods. To demonstrate the utility of our analytical platform, we use it to show that in vivo thrombus formation is much faster than that ex vivo. Furthermore, platelets in vivo exhibit less passive movement in the direction of blood flow. Our tools are free and open source and written in the popular and user-friendly Python programming language. They empower researchers to accurately find and follow platelets in fluorescence microscopy experiments.x Plain language summaryIn this paper we describe computational tools to find and follow individual platelets in blood clots recorded with fluorescence microscopy. Our tools work in a diverse range of conditions, both in living animals and in artificial flow chamber models of thrombosis. Our work uses deep learning methods to achieve excellent accuracy. We also provide tools for visualising data and estimating error rates, so you dont have to just trust the output. Our workflow measures platelet density, shape, and speed, which we use to demonstrate differences in the kinetics of clotting in living vessels versus a synthetic environment. The tools we wrote are open source, written in the popular Python programming language, and freely available to all. We hope they will be of use to other platelet researchers.
著者: Juan Nunez-Iglesias, A. S. McGovern, P. Larsson, V. Tarlac, N. Setiabakti, L. Shabani Mashcool, J. R. Hamilton, N. Boknäs
最終更新: 2024-02-08 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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