Neuropixels Ultra: 脳研究の進展
新しいプローブ技術で脳の神経活動がさらに理解できるようになったよ。
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最近、科学者たちは脳の働きについてすごい進展を遂げてるよ。特に、脳細胞、つまりニューロンの活動をもっと効果的に追跡するための先進的なツールが開発されたのが大きいんだ。そんなツールの一つがニューロピクセルプローブで、これで多くのニューロンの活動を同時に記録できるんだ。このテクノロジーは、ニューロンがどうコミュニケーションをとるか、どうやって決定を下すか、情報を処理するかの貴重な洞察を提供してくれてる。
でも、まだ課題も残ってるんだ。例えば、プローブの記録場所のサイズや、脳の活動を正確にマッピングする能力なんかがそう。前のニューロピクセルには、特に細かい脳の構造をサンプリングするのが難しいっていう制限があった。それを解決するために、新しいバージョンのニューロピクセルウルトラが開発されたよ。この新しいプローブは、記録サイトがもっと小さくて密集してるから、ニューロン活動についてより詳細な情報をキャッチできるんだ。
ニューロピクセルプローブって?
ニューロピクセルプローブは、脳細胞から電気信号を記録するための特別な装置なんだ。各プローブは、何百、何千のニューロンから同時にデータを集めることができるから、特定の脳のエリアに挿入して、ニューロンの発火によって生じる信号をキャッチするんだ。この信号が脳の情報処理を理解するのにめっちゃ重要なんだよ。
初代のニューロピクセルプローブは、記録サイトが遠く離れてたから、細かいニューロン活動をキャッチするには不十分だったけど、最新のニューロピクセルウルトラはそのデザインを改善したんだ。プローブの記録サイトが小さくて、より近くに配置されてるから、細かい脳の構造からもデータを集めやすくなったんだ。この改善によって、以前は難しかった脳の小さなエリアを研究できるようになったよ。
高密度記録の重要性
ニューロンの活動を高密度で記録することが重要な理由はいくつかあるよ。まず、これによって脳の異なるエリアがどうやってコミュニケーションをとり合うかをより良くマッピングできるんだ。これは、特に意思決定や感覚処理みたいな複雑な行動を理解するのに大事だよ。
次に、高密度な記録は特定の脳エリア内の異なるニューロンタイプの動作を識別するのにも役立つんだ。それぞれのタイプのニューロンが脳機能の中で異なる役割を持ってるから、これを認識することが脳全体の働きの理解につながるんだ。
最後に、記録サイトの高密度化は、個々のニューロンから集めたデータの正確性を向上させるんだ。これにより、近くにいるニューロンが同時に発火してる時の活動を区別しやすくなるんだよ。
以前のプローブの課題
以前のニューロピクセルプローブの成功にもかかわらず、いくつかのチャレンジがあったんだ。まず、空間分解能が課題だったんだよ。以前のバージョンでは記録サイトの距離が比較的大きかったため、細かい構造を十分にサンプリングできなかったんだ。これが、小さなニューロン群の動作を理解するのを不完全にしてしまってた。
また、以前のプローブは小さな電気信号を検出するのが難しかったんだ。ニューロンの電気信号が電極に捕らえられないくらい弱いと、その活動は見逃されちゃうことが多かったんだ。この問題は神経科学の「ダークマター問題」として知られていて、重要な細胞活動が見えなくなってしまうんだよ。
さらに、脳がプローブに対して動いてしまうと、ニューロンの信号が記録サイトの間に漂ってしまう可能性もあったんだ。これが、どのニューロンが発火してるのかを特定するのを難しくして、時間をかけて個々のニューロンの動作を分析するのを厄介にしてしまうんだ。
ニューロピクセルウルトラの進展
新しいニューロピクセルウルトラプローブは、以前のバージョンの多くの課題を解決してるんだ。
デザインの改善
ニューロピクセルウルトラは、記録サイトの配置がもっと密になってるんだ。記録サイトが小さく、近くに配置されているので、デリケートな脳の構造をサンプリングする能力が向上したんだ。これによって、以前は詳しく調査するのが難しかった領域からデータを得ることができるようになったよ。
信号品質の向上
ニューロピクセルウルトラのデザインは、より高いピーク波形振幅を記録できるようになってるんだ。これは、電気活動のサンプリング効率が向上したことと、信号が広がるエリアが小さくなったことによるんだ。その結果、小さな信号を見逃す可能性が減ったんだよ。
さらに、記録サイトが小さいとノイズが増えるかもしれないけど、全体の信号対ノイズ比は記録サイトの密度が増えることで改善されるんだ。これにより、個々のニューロンの活動を特定するのに重要なスパイクソーティングがより正確になるんだ。
ニューロン追跡の向上
ニューロピクセルウルトラの記録サイトの密度が増すことで、特に動いている時にニューロンの追跡がより良くなったんだ。これで、研究者たちは同じニューロンが異なる条件や時間でどう動くかを比較できるようになるから、貴重なデータを失うことなく分析できるんだ。
研究結果と観察
研究者たちは、ニューロピクセルウルトラを使ってさまざまな脳の領域や種で研究を行ってきたんだ。結果はすごく重要で、ニューロンの動作の複雑さに対する洞察を与えてくれてるよ。
小さなフットプリントユニットに関する発見
注目すべき発見の一つが、小さなフットプリントユニットの特定なんだ。これらのユニットは、限られたエリアで検出される電気信号によって特徴付けられるんだ。この特徴のおかげで、以前のプローブではキャッチするのが難しかったんだよ。これらの小さなフットプリントユニットが存在するってことは、見逃されていたもっと多くのアクティブなニューロンが脳に存在する可能性があるってことを示唆してるんだ。
研究者たちは、さまざまな脳の領域でこの小さなフットプリントユニットの重要な集団を見つけてるんだ。これが、ニューロンタイプの多様性やその機能を理解する上での意味があるんだ。見逃されていたニューロンが脳の活動に重要な役割を果たしているかもしれないってことを示してるよ。
種を超えたパターン
ニューロピクセルウルトラの使用は特定の動物だけに限ってないんだ。マウス、サル、爬虫類などさまざまな種で脳活動の研究に効果的なんだ。これらの多様な種で同様の小さなフットプリントユニットを記録できる能力は、一部の神経的特性が進化を超えて保存されているかもしれないってことを示唆してるんだ。
これらの発見は、異なる種が脳の構造に基づいて情報を処理したり環境に反応したりする方法を理解するのに役立つんだ。
細胞タイプの識別
ニューロピクセルウルトラの能力の向上により、研究者たちは異なるタイプのニューロンをより効率的に分類できるようになったんだ。これは、脳機能におけるさまざまなニューロンタイプの役割を理解するのに重要なんだよ。
ユニークな波形特性
研究では、異なるクラスのニューロンが異なる波形特性を示すことが示されてるんだ。例えば、伝統的にパルバルブミンを発現している細胞と考えられている速発性インターニューロンの中に、小さなフットプリントユニットの中でかなりの多様性が見られたんだ。これは、従来の分類を再評価する必要があるかもしれないってことを示してるんだよ。
今後の方向性
ニューロピクセルウルトラの能力は、神経科学の研究に新たな道を開いてくれるんだ。データの質と密度が改善されたことで、これまで挑戦的だったり不可能だったりした質問を探求できるようになったんだ。
脳のダイナミクスの調査
より高い記録 fidelity は、ニューロンの活動のダイナミクスをリアルタイムで研究する機会を提供するよ。これが、脳が時間とともに異なる刺激にどう適応し、反応するかを理解するのを助けるんだ。
複雑な行動の理解
研究者たちが個々のニューロンに関するより複雑なデータを集めることで、複雑な行動、意思決定プロセス、感覚知覚に対する深い洞察が得られるはずだよ。
計算モデルの向上
これらの高度な記録は、脳機能の計算モデルを洗練するのにも役立つんだ。より正確なデータを提供することで、モデルが脳が情報を処理する方法をより良くシミュレートできるようになって、最終的には人工知能やロボティクスの分野にも貢献するんだ。
結論
ニューロピクセルウルトラは、神経科学の分野において大きな飛躍を示してるんだ。その先進的なデザインによって、以前のプローブが直面していた多くの制限を克服でき、神経活動を詳細にキャッチすることができるようになったんだ。
ニューロピクセルウルトラを使った洞察は、基本的な脳機能の理解を深めるだけでなく、神経障害の治療法の開発に影響を与えたり、技術や人工知能のさまざまな応用に貢献したりする可能性があるんだ。これらの新しいツールのおかげで、神経科学の未来は明るいよ。
タイトル: Ultra-high density electrodes improve detection, yield, and cell type identification in neuronal recordings
概要: To understand the neural basis of behavior, it is essential to sensitively and accurately measure neural activity at single neuron and single spike resolution. Extracellular electrophysiology delivers this, but it has biases in the neurons it detects and it imperfectly resolves their action potentials. To minimize these limitations, we developed a silicon probe with much smaller and denser recording sites than previous designs, called Neuropixels Ultra (NP Ultra). This device samples neuronal activity at ultra-high spatial density ([~]10 times higher than previous probes) with low noise levels, while trading off recording span. NP Ultra is effectively an implantable voltage-sensing camera that captures a planar image of a neurons electrical field. We use a spike sorting algorithm optimized for these probes to demonstrate that the yield of visually-responsive neurons in recordings from mouse visual cortex improves up to [~]3-fold. We show that NP Ultra can record from small neuronal structures including axons and dendrites. Recordings across multiple brain regions and four species revealed a subset of extracellular action potentials with unexpectedly small spatial spread and axon-like features. We share a large-scale dataset of these brain-wide recordings in mice as a resource for studies of neuronal biophysics. Finally, using ground-truth identification of three major inhibitory cortical cell types, we found that these cell types were discriminable with approximately 75% success, a significant improvement over lower-resolution recordings. NP Ultra improves spike sorting performance, detection of subcellular compartments, and cell type classification to enable more powerful dissection of neural circuit activity during behavior.
著者: Nicholas A Steinmetz, Z. Ye, A. M. Shelton, J. R. Shaker, J. M. Boussard, J. Colonell, D. Birman, S. Manavi, S. Chen, C. Windolf, C. Hurwitz, T. Namima, F. Pedraja, S. Weiss, B. Raducanu, T. Ness, X. Jia, G. Mastroberardino, L. F. Rossi, M. Carandini, M. Hausser, G. T. Einevoll, G. Laurent, N. B. Sawtell, W. Bair, A. Pasupathy, C. Mora-Lopez, B. Dutta, L. Paninski, J. H. Siegle, C. Koch, S. R. Olsen, T. D. Harris
最終更新: 2024-04-10 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.23.554527
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.23.554527.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://npultra.steinmetzlab.net/
- https://github.com/SainsburyWellcomeCentre/ara_tools
- https://github.com/SainsburyWellcomeCentre/lasagna
- https://billkarsh.github.io/SpikeGLX/
- https://billkarsh.github.io/SpikeGLX/#catgt
- https://github.com/MouseLand/Kilosort2
- https://github.com/cortex-lab/phy
- https://github.com/jenniferColonell/NP_Ultra_downsample
- https://modeldb.science/144526