細胞が分裂中にアイデンティティを保つ方法
研究者たちが細胞分裂中のタンパク質の挙動におけるPBKの役割を明らかにした。
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私たちの体の細胞は分裂して新しい細胞を作ることができる。このプロセスは成長や治癒、その他の多くの機能に欠かせない。でも、細胞が分裂するとき、アイデンティティを保たなきゃなんない。簡単に言うと、血液細胞は分裂後も血液細胞のままでいなきゃいけない。研究者たちは、細胞が分裂中にどのようにアイデンティティを維持するか、そして分子レベルで何が起こるのかを調べているんだ。
細胞分裂の複雑さ
細胞が分裂の準備をすると、いくつかの段階を経て、染色体と呼ばれる特殊な構造が見えるようになる。これらの染色体はDNAを含んでいて、細胞の指示が詰まってる。分裂中、通常は染色体にくっついているタンパク質のいくつかが離れちゃうこともある。どのタンパク質が残ってて、どれが離れるのかを理解することは、細胞がどのように変わったり変わらなかったりするかを知る手助けになる。
でも、こうした変化を調べるのはちょっと難しい。サンプルを観察用に固定すると、染色体からタンパク質が取れちゃって、誤解を招く結論に繋がることがある。さらに、分裂中にリン酸化という化学変化でタンパク質が染色体から押し出されることも知られている。このプロセスでどれだけのタンパク質が取り除かれ、どの酵素が関わっているのか、もっと研究が必要なんだ。
イカロスタンパク質
血液細胞の発達に関わる重要なタンパク質の一つがイカロスなんだ。イカロスは転写因子で、遺伝子の活動をコントロールする手助けをする。免疫細胞、特にB細胞やT細胞の正しい発達には必須なんだよ。研究者たちは、イカロスが細胞分裂中にどんなふうに振る舞うのかを調べてきた。
イカロスが細胞分裂中に不活性だとわかったとき、研究者たちは驚いたんだ。これは予想外で、イカロスは特定の遺伝子を永久的にオフに保つのに関わっているからね。他の研究では、細胞周期中に遺伝子をオフにするのに必要な多くのタンパク質はまだ染色体にくっついていることが示されていた。このことから、イカロスの振る舞いが他のタンパク質とどう違うのかの疑問が生まれた。
分裂中のイカロスの振る舞いを調べる
イカロスが細胞分裂中に染色体から離れることを確認するために、研究者たちはライブイメージング技術を使った。彼らは、細胞が分裂する様子をリアルタイムで観察できる特別な細胞を作ったんだ。その細胞には異なる阻害剤を使って、イカロスの振る舞いにどんな影響があるかを調べた。
観察を通じて、PBK(TOPKとも知られている)という特定の酵素が、分裂中にイカロスを染色体から押し出すのに重要であることがわかった。PBKを細胞から遺伝子的に取り除くと、イカロスは染色体に残っていて、イカロスの移動における役割が確認されたんだ。
ライブイメージングからの重要な発見
実験の中で、研究者たちは面白いことに気づいた。イカロスが染色体から取り除かれるとき、科学者たちがPBKの活動をブロックするとすぐに戻ってきたんだ。これにより、イカロスの除去が単純なプロセスではなく、厳密に制御されていて、すぐに起こることがわかった。
研究者たちは、PBKがなかったとき、イカロスに似た他のタンパク質も染色体に残っていることを発見した。これにより、細胞分裂中に似たような振る舞いをするタンパク質のグループがいるかもしれないことが示唆された。
キナーゼとホスファターゼの役割
PBKとリン酸基を除去する酵素であるホスファターゼのバランスは、イカロスや他のタンパク質の振る舞いに重要な役割を果たす。PBKが活性化していると、イカロスのようなタンパク質にリン酸基を追加して染色体から離れるように促す。一方、ホスファターゼが活性化すると、リン酸基を除去してタンパク質が再びくっつけることができる。
研究者たちはPBK阻害剤を使って細胞を処理し、イカロスのパターンを観察した。PBKをブロックすると、イカロスが染色体にくっついていることが確認され、これはこのキナーゼの存在や不在が分裂中にどのタンパク質が染色体に関連するかに大きな影響を与えることを示している。
タンパク質構成と染色体構造の変化
研究者たちは次にPBKがないとき、染色体に何が起こるかを調べた。PBKがない細胞の染色体は大きくてコンパクトさが減少していることがわかった。これは、PBKが適切な染色体構造に重要であることを示唆している。さまざまな方法を使って、PBKがない細胞と普通の細胞の間で染色体の物理的特性を調べることで、これがさらに確認された。
また、PBKがないときに染色体に関連するタンパク質の種類や量の変化が観察された。特定の転写因子が染色体に結合していることが増えていて、PBKがないときは他のタンパク質が同じようには追い出されないかもしれない。
PBKの喪失がクロマチンのアクセシビリティに与える影響
クロマチンは染色体を構成する素材なんだ。タンパク質がクロマチンとどのように相互作用するかを理解することは、遺伝子の発現を知るために重要なんだ。ATAC-seqという技術を使って、PBKがない細胞のクロマチンのアクセシビリティを調べたところ、PBKがないときの方がDNAの領域が多くアクセス可能であることがわかった。このアクセシビリティは、遺伝子発現の調整を可能にし、細胞の機能やアイデンティティに広い影響を持つ。
CTCFとクロマチン構造におけるその役割
CTCFは、DNAが核内でどう配置されるかに関与するもう一つの重要なタンパク質なんだ。CTCFはクロマチンの構造を保ち、異なるDNA領域の間にループを形成することで遺伝子発現に影響を与えることができる。
PBKがない細胞では、分裂中にCTCFが染色体により多く結びついていることがわかった。これは、PBKが存在しない時にCTCFが通常よりも長くDNAに留まることができることを示唆している。CTCFの存在が増えることで、娘細胞での遺伝子発現の変化が起こり、分裂後にその細胞が通常通りに機能し始めるときに影響を与えるかもしれない。
これらの発見の重要性を理解する
これらの発見は、イカロスのような特定のタンパク質の振る舞いだけでなく、細胞分裂中の全体のクロマチンの風景を調整する上でPBKの重要性を強調している。PBKが特定のタンパク質を染色体から取り除ける能力は、タンパク質が適切にコンパクトになり、プロセス全体を通じて構造的な完全性を保つことを保証する。
細胞分裂中のタンパク質相互作用の動的な性質は、PBKやホスファターゼのような要因によって影響を受け、細胞の調整の複雑さを反映している。この理解は、研究者たちがこれらのシステムが間違っているとき、たとえば癌の場合に何が起こるかを解明するために重要なんだ。
結論
細胞が分裂中にアイデンティティを維持する方法の研究は、とても複雑だ。タンパク質のバランスとDNAとの相互作用は厳密に調整されていて、細胞の振る舞いに大きな影響を与える可能性がある。PBKのような重要なプレーヤーは、分裂中に染色体上のタンパク質の存在を管理することでこのプロセスをコントロールする手助けをしている。
科学者たちはこれらの経路を探求し続け、細胞がアイデンティティを維持する方法や、そのアイデンティティがどのように崩れるのかをもっと明らかにしようとしている。各発見は、分子レベルでの生命の複雑さを解き明かす細胞生物学のパズルのひとつのピースを加えるものなんだ。
タイトル: PBK/TOPK mediates Ikaros, Aiolos and CTCF displacement from mitotic chromosomes and alters chromatin accessibility at selected C2H2-zinc finger protein binding sites
概要: PBK/TOPK is a mitotic kinase implicated in haematological and non-haematological cancers. Here we show that the key haemopoietic regulators Ikaros and Aiolos require PBK-mediated phosphorylation to dissociate from chromosomes in mitosis. Eviction of Ikaros is rapidly reversed by addition of the PBK-inhibitor OTS514, revealing dynamic regulation by kinase and phosphatase activities. To identify more PBK targets, we analysed loss of mitotic phosphorylation events in Pbk-/-preB cells and performed proteomic comparisons on isolated mitotic chromosomes. Among a large pool of C2H2-zinc finger targets, PBK is essential for evicting the CCCTC-binding protein CTCF and zinc finger proteins encoded by Ikzf1, Ikzf3, Znf131 and Zbtb11. PBK-deficient cells were able to divide but showed altered chromatin accessibility and nucleosome positioning consistent with CTCF retention. Our studies reveal that PBK controls the dissociation of selected factors from condensing mitotic chromosomes and contributes to their compaction.
著者: Amanda G. Fisher, A. Dimond, D. H. Gim, E. Ing-Simmons, C. Whilding, H. Kramer, D. Djeghloul, A. Montoya, B. Patel, S. Cheriyamkunnel, K. Brown, P. Shliaha, J. M. Vaquerizas, M. Merkenschlager
最終更新: 2024-04-23 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.23.590758
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.23.590758.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://genome.ucsc.edu/
- https://www.primer3plus.com/
- https://nebuilder.neb.com
- https://www.informatics.jax.org/function.shtml
- https://www.pantherdb.org/
- https://www.uniprot.org/
- https://bioconductor.org/packages/motifmatchr
- https://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/mm10/crisprAll/crispr.bb
- https://jaspar.elixir.no/downloads/
- https://annotations.perseus-framework.org