ガリシアにおけるCOVID-19の波と変異株の広がり

SARS-CoV-2、つまりCOVID-19を引き起こすウイルスは、2019年12月に中国の武漢で初めて発見された。このウイルスは世界的なパンデミックを引き起こし、世界保健機関（WHO）は2020年1月に公衆衛生の緊急事態を宣言した。2023年6月までに、世界中で約6億9000万人が感染し、680万人以上の死亡が報告された。各国はCOVID-19の拡大を防ぐために、ソーシャルディスタンス、マスク義務、ロックダウン、そしてその後のワクチン接種キャンペーンなど、さまざまな対策を講じた。

スペインでは、ウイルスが1380万人以上に影響を及ぼし、約12万人が亡くなった。スペインの地域ごとに異なる戦略が採用され、特に自治が強い地域ではそれが顕著だった。

この記事では、スペイン北西部のガリシア地方におけるSARS-CoV-2の広がりに焦点を当てている。ガリシアには独自の医療システムがあり、医療サービスは主要な7つの地区に分かれていて、各地区には大きな病院がある。最大の都市はア・コルーニャとビゴで、サンティアゴ・デ・コンポステーラは首都であり人気の巡礼地だ。人口の大部分は小さな町や田舎に住んでいる。

2022年3月までに、ガリシアではパンデミックが始まって以来、6回のCOVID-19の波があった。最初の波は2020年3月に始まり、全国的なロックダウンなど厳しい対策が特徴だった。2回目の波は2020年の夏に訪れ、制限が緩和されるとともに感染者が増加した。3回目の波では、クリスマスシーズンの社交が影響してアルファ株がガリシアに広がった。

#ガリシアにおけるCOVID-19波の進展

2020年2月から2022年3月までの間、ガリシアのCOVID-19のケース数は各波で変動した。感染パターンは、保健当局によるサンプル採取と診断を通じて記録された。棒グラフはウイルスの異なる変異株を示し、ラインは診断された総ケース数を示している。

4回目の波ではアルファ株が主流となり、ワクチン接種が始まってさらに制限が課され、感染者数は減少した。2021年夏にデルタ株が現れ、5回目の波を引き起こし、感染者が急増した。6回目の波は2021年10月に始まり、オミクロン株が広がり、制限が緩和されている時期に前例のない数のケースが発生した。

ガリシアでのCOVID-19の進行を研究するために、コンソーシアムが作られた。この協力には、3つの大学のラボとガリシアの医療システム内の主要な病院の微生物学部門が含まれていた。2020年3月から2022年6月の間に、このグループは4,199のSARS-CoV-2サンプルを配列解析し、アルファ株、デルタ株、オミクロン株に焦点を当てた。

#サンプルの収集と分析

ガリシアの病院でCOVID-19の疑いのある患者からサンプルが収集された。合計4,199の残余サンプルが調査された。可能な限り、性別、年齢、場所などのメタデータも収集された。

これらのサンプルからRNAを抽出し、ウイルス量を測定するために分析された。一定の品質を満たすサンプルだけがさらに研究された。特定のプロトコルに従い、RNAはcDNAに変換され、一連のテストが行われてSARS-CoV-2ゲノムの数百のセグメントが生成された。

各サンプルは品質チェックを受け、存在する変異株を特定するためにコンセンサス配列が作成された。より多くの文脈を提供するために、ガリシアからの追加の配列がデータベースから調達された。

#ガリシアへの変異株の導入

分析の結果、アルファ株のガリシアへの導入が多く見つかったが、ほとんどがスペインの他の地域からで、特にマドリードが主なソースとなっていた。フランスからの重要な導入も確認された。

デルタ株に関しては、ガリシアへの導入が100回以上あったことがわかり、そのいくつかはポルトガルやアメリカから来ていた。夏季の旅行のピークが、この株の拡散に寄与したと考えられる。

オミクロン株については、導入は39回のみで、前の変異株に比べかなり少なかった。これらの導入の多くは国際的で、特にフランスやポルトガルからだった。

#伝播クラスター

データをクラスター化することで、研究者たちはガリシア内の特定の感染拡大を特定した。アルファ株では5つのクラスター、デルタ株では2つ、オミクロン株では1つが見つかった。これらのクラスターは、ウイルスの地域での広がりに関する貴重な洞察を提供した。

アルファ株では、クラスターが主に大都市から周辺地域へと広がっていることが示された。デルタ株のクラスターも主要な都市から始まったが、一つのクラスターはビゴによりローカライズされていた。オミクロン株のクラスターは主にビゴ内にとどまり、他の場所との接続は少なかった。

#拡散に影響を与えた要因

ガリシアでのウイルスの導入と拡散は、さまざまな地理的および社会的要因に影響されていた。この地域は大西洋とポルトガルに接しているため、人々の移動に影響を与えていた。旅行制限や地域の健康対策も、ウイルスの流れを決定づけた。

アルファ波の際には、他のスペインの地域からの旅行が主に行われ、マドリードが大きな貢献をしていた。フランスもこの変異株の導入に関与したが、ポルトガルはその時期の国境制限のため、アルファの導入にはあまり寄与していなかった。

デルタ株は、制限が緩和された夏に現れ、旅行が増加し、拡散の率が高まった。ポルトガルはこの株の重要な供給元となり、アルファの時期のより制限された動きとは対照的だった。

オミクロン波では、ホリデーシーズンにより厳しい制御が再導入された。これらの措置にもかかわらず、導入の数は以前の変異株と比べて比較的少なかった。

#結論

全体的に分析から、ガリシアでSARS-CoV-2の変異株が多く導入されたものの、その多くのケースは後続の感染をほとんど引き起こさなかったことが示されている。これは外部からの導入が地域のパンデミックの進行に大きな影響を与えなかったことを示唆している。沿岸の都市は、地元の感染と小さな町へのウイルスの移動の両方の重要なポイントとして機能していた。

ウイルスの拡散の動的な性質は、措置のタイミング、社会的相互作用、地理的なつながりなど、さまざまな要因によって形作られた。これらのパターンを理解することで、今後の類似の健康危機への対応計画にも役立つだろう。