BEPHを使った組織病理画像分析の進展
BEPHは革新的な画像解析を通じて、がんの検出と生存予測を向上させるんだ。
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目次
組織病理学的画像分析は、特にがんの診断にとって重要なんだ。従来、病理学者は顕微鏡の下で組織サンプルを調べて、細胞の形やサイズを見てた。この手作業は時間がかかるし、スキルも必要だ。病理学者が経験不足だと、問題を見逃したり、間違いをしたりすることがあって、その結果、治療の決定に影響が出ることもある。
より良い解決策の必要性
医療分野の技術の進歩に伴い、これらの画像を分析するより効率的な方法へのニーズが高まっている。人工知能(AI)や計算病理学は、客観的な診断を可能にすることで、状況を変えている。深層学習というAIの一種は、疾患の分類や生存率の予測を含む病理学のさまざまな分野で素晴らしい可能性を示している。
病理学における深層学習の課題
深層学習の可能性があるにもかかわらず、課題もある。通常、これらのモデルは大規模な画像データセットからの事前学習済みの知識を使用する。しかし、自然画像と組織病理学的画像の違いは、これらのモデルがどれだけうまく機能するかに影響を与えることがある。多くの研究者が、病理学専用にこれらのモデルを適応させようとしているが、データが限られていることや、異なる種類のがんから知識を移転するのが難しいといった問題に直面している。
基礎モデルによる新しいアプローチ
これらの課題に取り組むために、研究者たちは基礎モデルに目を向けている。これらのモデルは、大量の病理画像コレクションで事前学習を行う。様々な組織の構造や関係を学ぶことで、分類や生存予測といったタスクのための強力な知識基盤を構築する。
BEPHの設計
この取り組みの中で、BEPHという新しい自己監視学習モデルを紹介する。このモデルは、さまざまながん検出タスクに対するパフォーマンスを評価するために設計されている。トレーニングデータは、複数のがんの種類をカバーするさまざまなソースから集められている。事前学習に使用されるデータセットは広範で、著名なデータベースから得られた何百万もの画像パッチを含んでいる。
事前学習と適応タスク
BEPHは、自然画像と組織病理学的画像の両方での事前学習から始まる。これにより、特定のタスクに微調整される前に、幅広い特徴を学ぶことができる。パッチレベルの分類、全スライド画像の分類、生存予測といった複数のタスクが検討されている。
パッチレベルの分類タスク
パッチレベルの分類では、良性および悪性の組織の画像を含む、BreakHisという有名なデータセットを使用した。画像のサイズを縮小しても、BEPHは組織の種類を識別する際に素晴らしい精度を示した。そのパフォーマンスは他の人気のある方法を上回り、この分野で強力な競争相手となっている。
全スライド画像分類
個々のパッチを超えて、BEPHは全スライド画像の分類でも優れたパフォーマンスを発揮している。これは、組織の広範な視野を提供し、がんのタイプを理解し、治療方針を導くのに重要なんだ。モデルは複数のインスタンスからのデータを統合し、乳がんや肺がんの組織に見られる様々ながんサブタイプを分類する際に高い精度を提供する。
生存予測
BEPHの能力は、組織病理学的画像に基づいて患者の生存率を予測することにも及ぶ。モデルがハイリスク患者とローレス患者をどれだけうまく分けられるかを評価するために、さまざまな計算が行われる。結果は、BEPHが患者の結果に関連するパターンを成功裏に特定できることを示しており、臨床医にとって貴重なツールになっている。
ラベル効率の重要性
医療画像分析における重要な課題は、ラベル付けされたデータの必要性で、特に希少な疾患に関しては限られていることがある。BEPHは、ラベル付けされたトレーニングデータが減少しても高いパフォーマンスを発揮することで効率性を示している。この特性は、ラベル付けされたデータを得るのが難しい現実のシナリオで特に役立つ。
解釈可能性の向上
モデルがどのようにして決定に至るかを理解することは、臨床環境において不可欠だ。BEPHは、その精度だけでなく、予測を説明する能力についても評価されている。データから学んだ特徴を分析することで、BEPHは予測にとって重要な画像の領域を強調しており、専門の病理学者の評価とも一致している。
将来の方向性と展開
BEPHは重要な進展を示しているが、改善すべき点もまだある。今後の作業では、より多様ながんの種類を網羅するさらに大規模なデータセットを開発することを目指している。トレーニング技術やモデルの革新は、BEPHの能力をさらに向上させ、計算病理学におけるさまざまな応用に適応することを可能にするだろう。
結論
組織病理学的画像分析は、疾患の診断と治療において重要だ。BEPHのような計算方法の進歩に伴い、この分野はより正確で効率的な診断に向かって進んでいる。研究者と臨床医が協力を続けることで、これらの技術はがん治療における患者ケアと結果を向上させることが期待されている。
タイトル: A foundation model for generalizable cancer diagnosis and survival prediction from histopathological images
概要: Computational pathology, utilizing whole slide image (WSI) for pathological diagnosis, has advanced the development of intelligent healthcare. However, the scarcity of annotated data and histological differences hinder the general application of existing methods. Extensive histopathological data and the robustness of self-supervised models in small-scale data demonstrate promising prospects for developing foundation pathology models. Due to the need for deployment, lightweight foundation models also need to be developed. In this work, we propose the BEPH (BEiT-based model Pre-training on Histopathological images), a general lightweight foundation model that leverages self-supervised learning to learn meaningful representations from 11 million unlabeled histopathological images. These representations are then efficiently adapted to various tasks, including 2 cancer patch-level recognition tasks, 3 cancer WSI-level classification tasks, and 6 cancer subtypes survival prediction tasks. Experimental results demonstrate that our model consistently outperforms several comparative models with similar parameters, even with limited training data reduced to 50%. Especially when the downstream structure is the same, the model can improve ResNet and DINO by up to a maximum increase of 8.8% and 7.2% (WSI level classification), and 6.44% and 3.28% on average (survival prediction), respectively. Therefore, BEPH offers a universal solution to enhance model performance, reduce the burden of expert annotations, and enable widespread clinical applications of artificial intelligence. The code and models can be obtained at https://github.com/Zhcyoung/BEPH. And currently, online fine-tuning of WSI classification tasks is available for use on http://yulab-sjtu.natapp1.cc/BEPH.
著者: Zhangsheng Yu, Z. Yang, T. Wei, Y. Liang, X. Yuan, R. Gao, Y. Xia, J. Zhou, Y. Zhang
最終更新: 2024-07-19 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594499
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594499.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://yulab-sjtu.natapp1.cc/BEPH
- https://portal.gdc.cancer.gov
- https://cancerimagingarchive.net/datascope/cptac
- https://web.inf.ufpr.br/vri/databases/breast-cancer-histopathological-database-breakhis/
- https://academictorrents.com/details/7a638ed187a6180fd6e464b3666a6ea0499af4af
- https://zenodo.org/records/1214456
- https://github.com/open-mmlab/mmselfsup
- https://github.com/Zhcyoung/BEPH