レジオネラにおけるADPリボシル化転移酵素の新しい発見
研究がレジオネラの新しいARTファミリーを発見し、細菌の行動と感染の理解が深まった。
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ADPリボシル転移酵素(ART)は、ADPリボースっていう部分を他の分子に追加して変化させる特別なタンパク質なんだ。このプロセスは生き物のいろんな機能をコントロールするのに役立ってる。ARTはNAD⁺っていう物質を使って、タンパク質や遺伝子材料、そして小さな分子を修飾できるんだ。ARTには大きく分けて2種類あって、単体のADPリボースを追加するモノARTと、たくさんのADPリボースユニットを組み合わせるポリ(ADPリボース)ポリメラーゼ(PARP)がある。
これらの酵素は、バクテリア、植物、動物、さらにはウイルスまで、いろんな生物に見られるよ。構造は似ていて、中心にはベータシートがあって、周りをねじれた部分であるアルファヘリックスが囲んでる。でも、構造が似てるのに、ARTは異なる配列を持ってるから、遺伝子的にはいつも同じに見えるわけじゃない。研究者たちはARTを配列に基づいて4つの主要なグループに分類してるんだ。
バクテリアにおけるARTの役割
モノADPリボシル化は、おそらくバクテリアで最初にウイルスに対抗するために登場したんだ。その後、より複雑な生物においてポリADPリボシル化が発展して、DNA修復や細胞死のコントロールに役立つようになった。
バクテリアが宿主に感染すると、ADPリボシル化を使って宿主の細胞プロセスに干渉できるんだ。これによって宿主細胞の挙動が変わって、免疫反応や細胞の死に方に影響を与えることがある。バクテリアが生産するいくつかの毒素はDNAを攻撃して修飾し、細胞が成長したり複製したりするのを妨げることがあるんだ。たとえば、マイコバクテリアの特定のタンパク質は、ウイルスDNAをターゲットにして、ウイルスの繁殖を止めることができるんだ。
レジオネラの理解
レジオネラは自由に生きたり、バイオフィルムを形成したり、宿主と関わったりすることができるバクテリアの一種なんだ。人間がレジオネラに感染すると、レジオネラ症みたいな深刻な肺感染を引き起こしたり、ポンティアック熱っていう軽い病気を引き起こしたりすることがある。レジオネラには70種類以上があって、その半分くらいが人間に病気を引き起こすんだ。
宿主細胞の中に入ると、レジオネラはレジオネラ含有バキュール(LCV)っていう特別なコンパートメントで保護された環境を作り出すんだ。これによってバクテリアが生き延びて増殖できるんだ。レジオネラには宿主細胞の挙動を変える特別なタンパク質があって、バクテリアの成長や免疫反応からの逃避を助けてるんだ。
新しいARTファミリーの発見
研究者たちは41種のレジオネラの種を調べて、新しいタイプのARTを見つけたんだ。26の新しいARTライクファミリーを発見して、そのうち6つについて詳しく説明したんだ。これによって、これらの酵素とその機能について新しい見方が得られたんだ。
レジオネラのタンパク質におけるARTの発見
この研究では、多くのタンパク質を調べて、既知のARTに似たものを特定したんだ。類似の配列をグループ化して、既知のARTドメインを探すことでデータを絞り込んだんだ。多くの配列を調べた後、研究者たちはすでに知られているものを除外して、ユニークなARTライクファミリーに焦点を当てたんだ。
新しいARTファミリーの特徴
見つかった新しいファミリーの中にはこんなのがあるよ:
DUF2971: このファミリーはDNAの修飾に関与しているみたい。構造や活性部位から、バクテリアがストレスにどう反応するか、どのようにDNAを修復するかに関わってる可能性がある。
Lsan_0116: このファミリーは効果因子タンパク質としての可能性があり、バクテリアが宿主細胞を操作するのに関与しているかもしれない。
DUF4291: このファミリーは多くの生物、特にバクテリアや一部の真菌に広く分布しているのが特徴で、さまざまな生物で共通するプロセスに関与していることを示唆している。
Lsan_2474: このファミリーは細胞機能を変えるタンパク質に関連していて、バクテリアと宿主の相互作用において重要な可能性がある。
Lani_1641: このファミリーはレジオネラ特有のもので、効果因子タンパク質としての可能性があるけど、他のシステムには見られないみたい。
Lmac_3114: 別のファミリーに関連していて、このタンパク質も細胞機能の修飾に関わるかもしれない、特にストレスの状況下で。
病原性への影響
これらの新しいARTライクタンパク質ファミリーが、レジオネラがさまざまな環境、特に宿主生物の中で生き延びて繁栄するのを助けている可能性があることがわかったんだ。それぞれのファミリーは、バクテリアが宿主細胞に侵入したり免疫反応から逃れたりするための特定の役割を持っているかもしれない。
ARTを理解することの重要性
これらの新しいARTファミリーを研究することは、レジオネラのようなバクテリアがどのように環境に適応し、病気を引き起こすのかを理解するのに重要なんだ。これらのタンパク質の機能や分布を調べることで、研究者たちはバクテリアが宿主とどのように相互作用し、将来的にどうやって制御や治療ができるかをよりよく理解できるようになるんだ。
結論
レジオネラにおけるADPリボシル転移酵素の研究は、バクテリアの行動を理解するための新しい扉を開いたんだ。多くの新しいファミリーの特定は、感染のメカニズムや治療法開発の可能性について貴重な洞察を提供してる。研究が続く中で、これらの発見はバクテリア感染症に対処する新しい方法につながるかもしれなくて、病原体の多様なARTタンパク質の役割を理解することが重要だってことを示してるんだ。
タイトル: A survey of ADP-ribosyltransferase families in the pathogenic Legionella
概要: BackgroundADP-ribosyltransferases (ARTs) are a superfamily of enzymes implicated in various cellular processes, including pathogenic mechanisms. The Legionella genus, known for causing Legionnaires disease, possesses diverse ART-like effectors. This study explores the proteomes of 41 Legionella species to bioinformatically identify and characterise novel ART-like families, providing insights into their potential roles in pathogenesis and host interactions. MethodsWe conducted a comprehensive bioinformatic survey of 41 Legionella species to identify proteins with significant sequence or structural similarity to known ARTs. Sensitive sequence searches were performed to detect candidate ART-like families. Subsequent validation, including structure prediction of such families, was achieved using artificial intelligence-driven tools, such as AlphaFold. Comparative analyses were performed to assess sequence and structural similarities between the novel ART-like families and known ARTs. ResultsOur analysis identified 63 proteins with convincing similarity to ARTs, organised into 39 ART-like families, including 26 novel families. Key findings include: O_LIDUF2971 family: exhibits sequence similarity to DarT toxins and other DNA-acting ARTs. C_LIO_LIDUF4291 family: the largest newly identified family shows structural and sequence similarity to the diphtheria toxin, suggesting the ability to modify proteins. C_LI Most members of the novel ART families are predicted effectors. Although experimental validation of the predicted ART effector functions is necessary, the novel ART-like families identified present promising targets for understanding Legionella pathogenicity and developing therapeutic strategies. We publish a complete catalogue of our results in the astARTe database: http://bioinfo.sggw.edu.pl/astarte/.
著者: Malgorzata Dudkiewicz, M. Krysinska, M. Gradowski, B. Baranowski, K. Pawlowski
最終更新: 2024-07-31 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.30.605764
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.30.605764.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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