オープンタゲットプラットフォームが薬の発見を強化するんだって。
AOTF機能は、薬の開発のためにターゲットと病気のつながりを改善するよ。
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目次
Open Targetsは、研究者と製薬業界のコラボレーションで、新しい薬のターゲットを見つけて優先順位を付けることを目指してるんだ。目的は、安全で効果的な薬を作ること。 このイニシアチブの大事な部分がOpen Targets Platformで、世界中の科学者たちにオープンデータとツールを提供してるよ。
Open Targets Platformって何？
Open Targets Platformは、遺伝子、病気、薬がどう繋がってるかの情報を集めて整理してるんだ。いろんな公的な情報を組み合わせて、アクセスしやすく使いやすくしてる。このプラットフォームがあれば、科学者は新しい薬の開発に重要なターゲットを特定しやすくなるよ。
最新のアップデートでは、プラットフォームには膨大な情報が含まれてる:
- 63,226の遺伝子
- 25,817の病気と関連条件
- 17,111の薬と化合物
- 7,802,260のターゲットと病気の繋がり
つまり、ユーザーは1700万以上の情報を探して新しい治療法のアイデアを考えることができるんだ。
アップデートと改善
プラットフォームは年に4回更新されてて、ユーザーのフィードバックを取り入れたり、新機能を追加してる。最近、データの統合の改善やユーザーとの対話をもっと良くするために、完全に再構築されたんだ。最近のアップデートの重要な機能は「Associations on the Fly」（AOTF）って呼ばれてるよ。
Associations on the Flyって何？
Associations on the Flyは、特定のターゲットと病気を結ぶ詳細な証拠を見えるようにする、Open Targets Platformの大事な部分だ。この機能は、もっとインタラクティブでユーザーフレンドリーになるように再設計されたんだ。
AOTFの主な機能
- インタラクティブな証拠ビュー: メインページには、ターゲットと病気の繋がりに関する情報が表示され、繋がりの強さでランク付けされてる。
- クイックナビゲーション: ユーザーは特定のターゲットに関連するプラットフォームのいろんな部分に簡単に移動できる。
- スコアリングシステム: トラフィックライトシステムで、様々な特徴に基づいてターゲットが薬開発にどれだけ好ましいかを表示する。
- データダウンロード: ユーザーは見える情報をダウンロードしたり、必要に応じてカスタマイズできる。
データ表示の改善
AOTFを使えば、特定のターゲット-病気の繋がりを裏付ける情報源がはっきり見えるようになる。ユーザーは証拠ボタンをクリックして、異なる情報をすぐに比較できる。プラットフォームはユーザーが異なるデータソースの重要性を変えることもできるから、自分のニーズに合わせた結果が得やすくなる。
フィルタリングオプション
AOTFでは、ユーザーは見たいデータのタイプに基づいて情報をフィルタリングできる。お気に入りのターゲットや病気をピン留めして、後で簡単にアクセスできるようにすることもできるよ。
開発におけるユーザーフォーカス
Open Targets Platformのチームは、AOTF機能がユーザーのニーズに合うよう、ユーザーと密に連携してる。インタビューを通じて、ユーザーが何を求めているかを理解して、異なるユーザーの詳しいプロフィールを作成してデザインプロセスをガイドしたんだ。
データ処理とアクセス
プラットフォームはGraphQLというシステムを使ってデータにアクセスしてて、データのリクエストや表示をシンプルにしてる。このおかげで、複雑な処理なしで必要な情報を生産できるんだ。
ツールの開発と統合
開発者たちは、AOTF機能を作るためにいくつかのオープンソースツールやライブラリを使った。既存のプラットフォームにスムーズに統合できるようにすることで、全体的な機能を向上させたんだ。
AOTFツールの制限
AOTFはいろいろな利点があるけど、いくつかの制限もあるよ。例えば:
- このツールはウェブブラウザの外やインターネットがない状態では使えない。
- 現在、デスクトップ専用にデザインされてる。
- データ表示はブラウザがサポートする最大URL長に制限されてて、これは改善に取り組んでるところ。
今後の計画
チームは、新しい機能を追加しながらAOTF機能を引き続き改善していくつもりだ。一つの大きな目標は、ユーザーが自分のターゲットや病気のリストをアップロードできるようにすること。プラットフォームは、アップロードしたリストと既存データとのマッチを提案して、ユーザーがカスタムビューを作りやすくする計画だ。
さらに、ユーザーのリクエストに基づいて、プラットフォームは主要なAOTFビュー内で異なるターゲットがどのように相互作用するかに関する情報を提供することを目指してる。これによって、ユーザーは新しい治療法のためのより複雑なアイデアを構築できるようになるよ。
まとめ
Associations on the Flyは、科学者や研究者がターゲットと病気の繋がりに関する情報に簡単にアクセスして分析できるように設計されてる。プラットフォームを継続的に更新してユーザーフィードバックに耳を傾けることで、Open Targetsは様々な健康課題に対応する新しい治療法の開発をサポートすることを目指してる。
進行中の改善とユーザー中心のアプローチで、プラットフォームは薬の発見や開発に関わる人にとって貴重な資源になることが約束されてるよ。
タイトル: Associations on the Fly, a new feature aiming to facilitate exploration of the Open Targets Platform evidence
概要: MotivationThe Open Targets Platform (https://platform.opentargets.org) is a unique, comprehensive, open-source resource supporting systematic identification and prioritisation of targets for drug discovery. The Platform combines, harmonises and integrates data from >20 diverse sources to provide target-disease associations, covering evidence derived from genetic associations, somatic mutations, known drugs, differential expression, animal models, pathways and systems biology. An in-house target identification scoring framework weighs the evidence from each data source and type, contributing to an overall score for each of the 7.8M target-disease associations. However, the previous infrastructure did not allow user-led dynamic adjustments in the contribution of different evidence types for target prioritisation, a limitation frequently raised by our user community. Furthermore, the previous Platform user interface did not support navigation and exploration of the underlying target-disease evidence on the same page, occasionally making the user journey counterintuitive. ResultsHere, we describe "Associations on the Fly" (AOTF), a new Platform feature - developed as part of a wider product refactoring project - to enable formulation of more flexible and impactful therapeutic hypotheses through dynamic adjustment of the weight of contributing evidence from each source, altering the prioritisation of targets. Availability and implementationAll Open Targets code is available as open source: [https://github.com/opentargets]. This tool was implemented using React v18 and its code is accessible here: [https://github.com/opentargets/ot-ui-apps]. The tools described in the paper are accessible through the Open Targets Platform web interface [https://platform.opentargets.org/] and GraphQL API (https://platform-docs.opentargets.org/data-access/graphql-api). Data is available for download here: [https://platform.opentargets.org/downloads] and from the EMBL-EBI FTP: [https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/opentargets/platform/]. Supplementary informationAdditional information on this tool can be found on the Platform documentation pages [https://platform-docs.opentargets.org/web-interface, https://platform-docs.opentargets.org/web-interface/associations-on-the-fly, https://platform-docs.opentargets.org/target-prioritisation] and training video [https://youtu.be/2A9bksboAag]. ContactAnnalisa Buniello, EMBL-EBI, [email protected]
著者: Annalisa Buniello, C. Cruz-Castillo, L. Fumis, C. Mehta, R. E. Martinez-Osorio, J. M. Roldan-Romero, H. Cornu, P. Uniyal, A. Solano-Roman, M. Carmona, D. Ochoa, E. M. McDonagh
最終更新: 2024-09-14 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.10.612089
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.10.612089.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://www.opentargets.org/
- https://platform.opentargets.org/
- https://platform.opentargets.org/disease/EFO_0005774/associations
- https://platform.opentargets.org/disease/EFO_0005774/associations?table=prioritisations
- https://platform-docs.opentargets.org/target-prioritisation
- https://www.figma.com/prototyping/
- https://graphql.org
- https://react.dev/
- https://tanstack.com/table/latest
- https://nginx.org/
- https://cloud.google.com/
- https://turbo.build/