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マイcタンパク質:癌と遺伝子発現の重要な調節因子

Mycタンパク質は遺伝子の活動をコントロールしてて、がんの発生とも関係してるよ。

Richard Bayliss, E. Leen, S. Yeoh, E. Sahak, E. Mitchell, G. Wildsmith, M. Batchelor, A. N. Calabrese, G. Büchel

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目次

Mycファミリーのタンパク質にはc-Myc、N-myc、L-Mycが含まれてる。これらのタンパク質は、細胞内で遺伝子がオンまたはオフになるのを制御するのに重要なんだ。成長や発達などのプロセスに関与してて、過剰に活性化されるとがんにも関わる。

これらのタンパク質はトランスクリプションファクターとして知られていて、遺伝子をオンオフするスイッチみたいなものだ。特定のDNAの部分にくっつくことで機能する。Mycタンパク質は主に柔軟な形を保ってるけど、MAXっていう別のタンパク質とつながるための特定の部分があるんだ。MycとMAXが結合すると、Eボックスと呼ばれる特定のDNA配列に結合する。

Mycタンパク質の役割

Mycタンパク質は、私たちの体が発達し、組織を維持するのに重要な役割を果たしてる。細胞の成長や代謝のプロセスを制御するのを助けるんだけど、適切に調整されてないとがんを引き起こすことがある。研究によると、いろんながんサンプルの約30%がMyc遺伝子のコピーが多すぎるんだ。

Mycタンパク質は細胞が成長して分裂するよう指示する他のシグナルの効果を増幅させる。RNAポリメラーゼの3種類すべてを活性化できるから、DNAからRNAを作るのに重要なんだ。このプロセスは、細胞内でほとんどの作業をするタンパク質を生産するのに欠かせない。

Mycタンパク質の働き

Mycタンパク質が遺伝子を活性化するのに重要だってわかってるけど、その具体的なやり方は完全には理解されてない。Mycタンパク質は細胞内の他の多くのタンパク質と相互作用するみたいで、DNAのパッケージングや遺伝子活性に影響を与える他のタンパク質を助けることで機能するらしい。たとえば、RNAポリメラーゼの特定の化学修飾を増やすことで、この酵素がRNA製造プロセスを始めやすくすることができる。

最近の研究では、Mycタンパク質が遺伝子の活性期間や他のタンパク質がDNAに付着している時間にも影響を与えることがわかってきた。高濃度のN-Mycは、活性な遺伝子使用を示す他の分子と集まることがある。

N-Mycと小児がん

N-Mycは特に神経芽腫、つまり幼い子供に発生するがんにおいて重要だ。神経芽腫細胞で最初に発見されて、N-Mycのコピーが余分にあるのは病気が悪化するサインなんだ。面白いことに、N-Mycはマウスの発生中にc-Mycのいくつかの機能を引き継ぐことができるから、互いにほとんど置き換えることができるって示唆されてる。

これらのタンパク質にはMycボックスと呼ばれる特別な領域があって、それが役割を果たすのを助けてる。最初の3つのMycボックスは遺伝子発現を活性化する部分内にあって、これは遺伝子をオンにするのに重要で、がん関連の活動にも関わってる。

他のタンパク質との相互作用

Mycと相互作用するタンパク質の一つはTFIIICっていうやつだ。このタンパク質はRNAポリメラーゼを活性化する必要のあるDNA領域に連れてくるのを手伝う。TFIIICは特定のDNA配列に結合してRNAポリメラーゼをリクルートする異なる部分から成り立ってる。

最近の発見では、TFIIICとMycタンパク質が密接に相互作用することがわかった。N-Mycとc-MycはどちらもTFIIICの特定の部分と直接結合できることが示されている。この結合は、RNAポリメラーゼが活性化すべき遺伝子にどれだけうまくリクルートされるかに重要みたい。

TFIIICの構造を理解する

TFIIICは異なるサブユニットから成る複合体で、その機能を果たすのを助ける。TFIIICはTFIIIBと呼ばれる別の複合体とも相互作用していて、TFIIIBはRNAポリメラーゼをDNAの正しい場所にリクルートするのを助ける。それぞれのサブユニットには特定の役割があって、異なるDNA領域に結合できる。

TFIIICの構造を理解することは重要な研究領域なんだ。最近の進展により、サブユニットの一つが以前に考えられていたよりも複雑であることが明らかになった。それは他のタンパク質複合体との結合を助け、DNAに結合する部分を含んでる。

Mycタンパク質の準備と研究

これらのタンパク質を研究するために、研究者は実験室で異なるバージョンを作り出す。彼らは細菌でこれらのタンパク質を育てて、相互作用を研究するために純化するんだ。

たとえば、特定の技術を使ってタンパク質を捕まえて、不純物を取り除く。これにより、科学者はMycタンパク質がTFIIICにどのように結合するかを調査し、その相互作用の詳細を理解できる。

相互作用を分析する方法

Mycタンパク質がTFIIICとどのように相互作用するかを分析するために、さまざまな方法が使われる。たとえば、タンパク質の結合部分を変えるときに、結合がどのように変化するかを見る実験ができる。

研究者は、タンパク質が水素原子を交換する様子を測定する技術も使う。これにより、結合がタンパク質の構造にどのような影響を与えるかを理解し、より多くの情報を得ることができる。

タンパク質結合に関する洞察

いろんな技術を使って、研究者はMycの特定の部分がTFIIICとの相互作用にとって重要であることを特定した。Mycの特定の配列はTFIIICに強く結合することが示されていて、これらの領域が相互作用に不可欠であることを示している。

さらに、Mycタンパク質がTFIIICに結合することは、遺伝子がどれだけオンになっているかにも影響を与える。Mycタンパク質とTFIIICの相互作用は、RNAポリメラーゼがDNA上を移動してRNAを生成する全体的な活動にも影響を与える。

N-Mycペプチドとその結合

研究者は、N-Mycの小さな部分を合成して、TFIIICへの結合がどれだけ良いかをテストしている。これらのペプチドの中には強い結合活性を示すものがあり、Mycが相互作用するための重要な領域を特定するのに役立っている。

結果は、N-Mycの中にTFIIICに結合するために重要な特定の配列があることを示唆している。これらの配列には、N-Mycの構造の始まりと終わりの部分が含まれている。

酸性プラグの役割

TFIIICの中には酸性プラグと呼ばれる領域がある。この部分は、N-Mycを含む他のタンパク質が効果的に結合するのを妨げるみたい。研究者は、酸性プラグが存在するとN-Mycの結合が減少することを発見した。

これは、酸性プラグがTFIIICと相互作用できるタンパク質を決定する上で重要な役割を果たしていることを示唆している。酸性プラグがどのように機能するかを理解することで、科学者は細胞内のタンパク質相互作用をより良く制御する手助けができる。

相互作用のモデル化

研究者は、N-MycペプチドがTFIIICにどのようにフィットするかを予測するモデルを作成している。これらのモデルは、3Dで相互作用を視覚化するのに役立ち、これらのタンパク質がどのように組み合わさるかをより明確に理解できる。

しかし、これらのモデルは貴重な洞察を提供してくれるけど、実際の実験データで検証する必要がある。

結論: MycとTFIIICの理解

要するに、Mycタンパク質は遺伝子発現を制御するのに重要で、特定のがんの発展に大きな役割を果たしている。TFIIICとの相互作用は、これらのタンパク質がRNAポリメラーゼの活動や遺伝子調節にどのように影響を与えるかを理解するのに重要なんだ。

今後の研究では、これらの相互作用をさらに探求して、Mycタンパク質がどのように機能するか、がん治療における治療目的へのターゲットになる方法についての詳細を明らかにしていく予定。これらのタンパク質を研究することで得られた知識は、Mycの活動に関連するがんの影響を克服するための戦略を開発するのに重要になるだろう。

オリジナルソース

タイトル: Mechanism of Interaction Between the Transactivation Domain of N-MYC and the DNA-Binding Surface of TFIIIC5

概要: N-myc is a member of the myc family of transcription factors, which are powerful drivers of cellular growth and consequently, important oncoproteins. N-myc interacts with many factors and complexes to affect transcription. One such complex is the RNA Polymerase III assembly factor, TFIIIC, a six-member complex that is essential for the transcription of small, structured RNA. TFIIIC and N-myc mutually restrict each others chromatin association, and their complex contributes to quality control in mRNA transcription. We previously demonstrated that the largely intrinsically disordered transactivation domain of N-myc interacts directly with a sub-complex of TFIIIC, {tau}A. Structural studies by others show that DNA binding of {tau}A is largely mediated by TFIIIC3, which suggests that TFIIIC5 is at most a secondary binding site for DNA. Here we identified the DNA binding domain of TFIIIC5 as a key binding site for N-myc. We used an integrated approach combining NMR, HDX mass spectrometry, pull-downs and biophysical assays to elucidate the molecular basis of the interaction. Two sequences in the transactivation domain of N-myc bind to the DNA binding interface of TFIIIC5. AlphaFold modelling predicts a high-confidence binding mode for the higher affinity N-myc motif that overlaps with the predicted intramolecular binding site of the C-terminal acidic plug of TFIIIC5, removal of which enhances the binding of N-myc. The same two motifs in N-myc also interact with Aurora-A kinase, which competes with N-myc for TFIIIC binding during S-phase. This model elucidates how the N-myc:TFIIIC5 interaction competes with other interactions, providing a basis for their mutual censoring function and regulation. GRAPHICAL ABSTRACT O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=125 SRC="FIGDIR/small/619198v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (33K): [email protected]@[email protected]@37dd2f_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG

著者: Richard Bayliss, E. Leen, S. Yeoh, E. Sahak, E. Mitchell, G. Wildsmith, M. Batchelor, A. N. Calabrese, G. Büchel

最終更新: 2024-10-20 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.19.619198

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.19.619198.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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