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ExBEHRT: Un nuovo modo di analizzare i registri elettronici di salute

ExBEHRT migliora l'analisi dei dati dei pazienti per previsioni sanitarie più accurate.

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Negli ultimi anni, i registri elettronici della salute (EHR) sono diventati super importanti. Aiutano i medici a tenere traccia della storia medica di un paziente, comprese diagnosi, trattamenti, visite e test. Con la grande quantità di Dati contenuti in questi registri, usare l'apprendimento automatico può dare nuove intuizioni sui modelli delle malattie, sulla diagnosi precoce e sui piani di trattamento personalizzati.

Per sfruttare questo potenziale, i ricercatori hanno sviluppato modelli in grado di analizzare le informazioni trovate negli EHR. Uno di questi modelli è ExBEHRT, che si basa su un modello precedente chiamato BEHRT. Mentre BEHRT si concentrava principalmente su diagnosi e età del paziente, ExBEHRT amplia questo ambito per includere vari tipi di dati come demografia, dettagli clinici, segni vitali, storia del fumo, trattamenti, farmaci e risultati di laboratorio.

Perché ExBEHRT è Importante

L'obiettivo di ExBEHRT è fornire una vista più completa delle informazioni del paziente. Includendo più caratteristiche, il modello può fare previsioni migliori su problemi di salute futuri. Per esempio, può aiutare a identificare i fattori di rischio per diverse malattie o suggerire opzioni di trattamento personalizzate per i singoli pazienti.

Una caratteristica chiave di ExBEHRT è la sua capacità di interpretare le previsioni che fa. Capire perché il modello arriva a una certa conclusione è fondamentale per i medici che si affidano a queste previsioni per la cura dei pazienti. Questa caratteristica è realizzata attraverso un metodo che analizza i gradienti attesi, offrendo intuizioni più chiare rispetto ai metodi precedenti che si basavano solo sull'importanza delle caratteristiche.

Come Funziona ExBEHRT

ExBEHRT rappresenta i registri sanitari di un paziente in un modo che tiene traccia di vari eventi medici nel tempo. Il modello tiene conto di come le diverse caratteristiche si relazionano tra loro e delle sequenze di eventi per ciascun paziente. Questo è importante perché la salute di un paziente può cambiare nel tempo e capire questi cambiamenti può portare a decisioni sanitarie migliori.

Il modello evita di creare sequenze di input eccessivamente lunghe raggruppando i concetti medici in sezioni separate. Questo metodo previene l'aumento dei costi di elaborazione man mano che vengono aggiunte più caratteristiche, permettendo aggiornamenti efficienti man mano che nuovi dati diventano disponibili. Il design di ExBEHRT separa i diversi tipi di informazioni, come diagnosi e procedure, che possono avere impatti distinti sui risultati di salute.

L'Importanza dei Dati di Allenamento

Per addestrare ExBEHRT in modo efficace, è necessario un ampio set di registri sanitari diversificato. Una fonte di dati proviene dal database EHR di Optum, che include dati sulla salute di molti fornitori di assistenza sanitaria negli Stati Uniti. Questo ampio dataset contiene una ricchezza di informazioni su demografia, trattamenti medici e risultati per oltre 100 milioni di pazienti.

Prima dell'addestramento, è fondamentale pulire e preparare i dati. Questo processo comporta garantire che vengano inclusi solo registri rilevanti, concentrandosi su pazienti con una storia medica sufficiente per fornire contesto alle previsioni. Selezionando attentamente i punti dati, i ricercatori possono costruire una solida base per l'addestramento del modello.

Allenamento e Ottimizzazione del Modello

ExBEHRT subisce un processo di addestramento in due fasi: pre-addestramento e ottimizzazione. Nella fase di pre-addestramento, il modello impara a prevedere i codici di diagnosi analizzando i modelli nei dati dei pazienti. Questo addestramento aiuta il modello a familiarizzare con i diversi tipi di informazioni che incontrerà.

Una volta completato il pre-addestramento, il modello entra nella fase di ottimizzazione, dove viene regolato per migliorare le sue prestazioni su compiti specifici, come prevedere i risultati dei pazienti. Questi compiti possono includere la previsione della probabilità che un paziente venga rieffuso in ospedale o determinare il loro rischio di mortalità.

Valutare le Prestazioni del Modello

Una volta che ExBEHRT è stato addestrato, è importante valutare le sue prestazioni. Vengono utilizzati diversi metriche chiave per misurare quanto sia efficace il modello nel fare previsioni. Queste metriche aiutano a determinare se ExBEHRT fornisce intuizioni preziose rispetto ad altri modelli o metodi tradizionali.

Le prestazioni del modello possono essere valutate su vari compiti, compresa la previsione della mortalità per i pazienti oncologici o i tassi di riammissione per i pazienti con insufficienza cardiaca. Confrontare i risultati di ExBEHRT con quelli di altri modelli noti aiuta a illustrare i suoi punti di forza e debolezza.

Interpretare le Previsioni del Modello

Un aspetto cruciale dell'uso dell'apprendimento automatico nella sanità è la capacità di capire come e perché i modelli derivano le loro previsioni. ExBEHRT affronta questo visualizzando l'attenzione delle varie caratteristiche. Esaminando come il modello si concentra su diverse parti dei dati di input, i professionisti della salute possono ottenere intuizioni sui fattori che guidano le previsioni.

Un altro metodo per l'interpretazione implica l'analisi dei gradienti attesi. Questa tecnica consente una comprensione più profonda dell'importanza delle singole caratteristiche nella previsione dei risultati. Valutando l'influenza di ciascuna caratteristica, i clinici possono prendere decisioni più informate sulla cura dei pazienti.

Raggruppare i Pazienti per Migliori Intuizioni

Utilizzando ExBEHRT, i ricercatori possono raggruppare i pazienti in base alle loro informazioni mediche. Il clustering aiuta a identificare gruppi di pazienti con caratteristiche o profili di malattia simili. Queste informazioni possono essere usate per riconoscere diversi livelli di rischio tra pazienti oncologici o personalizzare i trattamenti per gruppi specifici.

In un esempio, il modello ha identificato cluster tra pazienti oncologici. Ogni cluster era associato a un tipo specifico di cancro, consentendo lo sviluppo di piani di trattamento che considerano le caratteristiche uniche di ciascun gruppo. Questo processo di clustering sottolinea il potenziale per un'assistenza personalizzata basata sul percorso di ciascun paziente.

Limitazioni da Considerare

Sebbene ExBEHRT mostri promesse nell'analizzare gli EHR, ci sono limitazioni da considerare. Le prestazioni del modello possono essere influenzate dalla qualità dei dati utilizzati per l'addestramento. I dati EHR possono talvolta essere frammentati o incompleti, il che potrebbe influenzare l'accuratezza delle previsioni.

Inoltre, il bias è una preoccupazione nell'apprendimento automatico. È vitale garantire che i dati di addestramento siano rappresentativi della popolazione per evitare disparità nelle previsioni basate su demografia o altri fattori. Il lavoro futuro dovrebbe mirare a risolvere queste limitazioni e aumentare la generalizzabilità del modello a diversi contesti sanitari.

Direzioni Future per ExBEHRT

Man mano che ExBEHRT continua a svilupparsi, ulteriori ricerche possono migliorare le sue capacità e applicazioni. Un'area di focus è la validazione delle previsioni del modello con input da professionisti sanitari. Collaborare con clinici può aiutare a garantire che le intuizioni fornite dal modello siano pertinenti e attuabili.

Inoltre, espandere le funzionalità del modello per includere altre malattie o condizioni può aumentarne l'utilità nella pratica clinica. Applicando ExBEHRT a un'ampia gamma di problemi di salute, i ricercatori possono identificare nuovi modelli e migliorare i risultati dei pazienti.

Conclusione

ExBEHRT rappresenta un avanzamento nell'uso dell'apprendimento automatico per la sanità. Incorporando un'ampia gamma di dati sui pazienti e fornendo previsioni interpretabili, il modello offre intuizioni preziose che possono assistere i clinici nel prendere decisioni informate sulla cura dei pazienti. Man mano che la ricerca in questo campo progredisce, ExBEHRT ha il potenziale di trasformare il modo in cui i fornitori di assistenza sanitaria affrontano la gestione e la pianificazione del trattamento dei pazienti.

Fonte originale

Titolo: ExBEHRT: Extended Transformer for Electronic Health Records to Predict Disease Subtypes & Progressions

Estratto: In this study, we introduce ExBEHRT, an extended version of BEHRT (BERT applied to electronic health records), and apply different algorithms to interpret its results. While BEHRT considers only diagnoses and patient age, we extend the feature space to several multimodal records, namely demographics, clinical characteristics, vital signs, smoking status, diagnoses, procedures, medications, and laboratory tests, by applying a novel method to unify the frequencies and temporal dimensions of the different features. We show that additional features significantly improve model performance for various downstream tasks in different diseases. To ensure robustness, we interpret model predictions using an adaptation of expected gradients, which has not been previously applied to transformers with EHR data and provides more granular interpretations than previous approaches such as feature and token importances. Furthermore, by clustering the model representations of oncology patients, we show that the model has an implicit understanding of the disease and is able to classify patients with the same cancer type into different risk groups. Given the additional features and interpretability, ExBEHRT can help make informed decisions about disease trajectories, diagnoses, and risk factors of various diseases.

Autori: Maurice Rupp, Oriane Peter, Thirupathi Pattipaka

Ultimo aggiornamento: 2023-08-11 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://arxiv.org/abs/2303.12364

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.12364

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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