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L'ascesa del computing senza server nella sanità

Il computing serverless migliora lo sviluppo e le simulazioni dei gemelli digitali nel settore sanitario.

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Negli ultimi anni, i Gemelli Digitali sono emersi come strumenti importanti in molti settori, soprattutto nella medicina. Un gemello digitale è una versione virtuale di un oggetto fisico o di un sistema creato per aiutare nell'analisi e nelle simulazioni. Vengono usati sempre di più nella sanità per migliorare la cura e il trattamento dei pazienti.

Tuttavia, lo sviluppo dei gemelli digitali e dei loro modelli corrispondenti richiede test e analisi accurati. Questo comporta processi noti come Verifica, Validazione, Quantificazione dell'incertezza e analisi di sensibilità (VVUQ). Questi processi possono essere molto complessi e richiedere molta potenza di calcolo.

Tradizionalmente, i ricercatori hanno usato il calcolo ad alte prestazioni (HPC) per condurre studi VVUQ. Questo metodo permette di gestire grandi quantità di dati e simulazioni complesse. Tuttavia, l’HPC può essere costoso e non tutti hanno accesso a questa tecnologia.

Un approccio alternativo, chiamato calcolo serverless, ha guadagnato attenzione. Nel calcolo serverless, il fornitore di cloud gestisce l'infrastruttura, permettendo agli utenti di concentrarsi sul codice senza doversi preoccupare dei server. Questo metodo può potenzialmente rendere i processi VVUQ più rapidi ed efficienti per alcuni modelli computazionali.

Cos'è il Calcolo Serverless?

Il calcolo serverless è un modello di servizio cloud in cui il fornitore gestisce le risorse del server. Gli utenti eseguono il loro codice in compiti brevi senza dover gestire server o altra infrastruttura. Questo approccio offre scalabilità automatica, il che significa che le risorse vengono adattate in base alla domanda. Se più utenti accedono al servizio, il fornitore alloca automaticamente più risorse per gestire il carico.

Uno dei principali vantaggi del calcolo serverless è il modello di fatturazione pay-per-use. Gli utenti pagano solo per le risorse che usano effettivamente, il che può essere più conveniente per progetti che richiedono potenza di calcolo intermittente. Tuttavia, questo modello potrebbe non essere ideale per compiti a lungo termine.

Il Ruolo dei Gemelli Digitali nella Sanità

I gemelli digitali vengono adottati nella sanità per migliorare vari aspetti della cura dei pazienti. Permettono ai medici di testare diversi scenari di trattamento senza rischiare la sicurezza del paziente. Ad esempio, un gemello digitale del cuore di un paziente può essere usato per simulare come risponderebbe a vari trattamenti, aiutando i medici a prendere decisioni più informate.

Creare e analizzare questi gemelli digitali implica modelli computazionali complessi che simulano processi biologici. I professionisti medici stanno sempre più utilizzando questi modelli per studiare malattie, valutare l'efficacia dei trattamenti e prevedere gli esiti per i pazienti.

Sfide nella Modellazione Computazionale

La modellazione nella sanità non è semplice. Molti processi fisiologici sono intricati e richiedono rappresentazioni dettagliate. I ricercatori creano modelli matematici per semplificare questi processi. Questi modelli coinvolgono espressioni numeriche che catturano come diversi fattori interagiscono all'interno di un sistema.

Tuttavia, poiché i dati sanitari sono spesso vasti e vari, i modelli possono diventare pesanti. Eseguire simulazioni con questi modelli può richiedere risorse computazionali estensive, specialmente quando si cerca di esplorare tutte le possibili variabili. Così, i ricercatori affrontano sfide significative, soprattutto in termini di tempo e spesa computazionale.

Comprendere l'Analisi di Sensibilità

L'analisi di sensibilità (SA) è un processo usato per determinare come diversi input in un modello influenzano l'output. Aiuta a identificare quali parametri hanno la maggiore influenza sui risultati. Queste informazioni sono cruciali per affinare i modelli e concentrare gli sforzi sui fattori più impattanti.

Ci sono due tipi principali di analisi di sensibilità: locale e globale. L'analisi di sensibilità locale guarda come cambiare un parametro influisce sull'esito mantenendo gli altri costanti. Al contrario, l'analisi di sensibilità globale considera come tutti i parametri interagiscono contemporaneamente, fornendo una visione più completa del comportamento del modello.

Eseguire l'analisi di sensibilità può essere costoso in termini computazionali, in particolare per modelli complessi. Qui il calcolo serverless può offrire un vantaggio significativo.

Usare il Calcolo Serverless per VVUQ nella Sanità

Sfruttando il calcolo serverless per i processi VVUQ, i ricercatori possono beneficiare della possibilità di eseguire molte simulazioni contemporaneamente senza necessitare di risorse locali estese. L'idea principale è suddividere il lavoro in compiti più piccoli e indipendenti che possono essere eseguiti in parallelo nel cloud.

Le infrastrutture serverless come AWS Lambda o Google Cloud Run sono progettate per eseguire programmi piccoli e rapidamente. Questo è particolarmente utile per i compiti VVUQ dove sono necessarie molte simulazioni per comprendere come diversi parametri influenzano l'output del modello.

Vantaggi di CloudVVUQ

CloudVVUQ è una nuova libreria progettata per facilitare i calcoli VVUQ nella sanità utilizzando architetture serverless. Si integra con strumenti e librerie esistenti come EasyVVUQ, rendendo più facile per i ricercatori adottare il cloud computing nei loro flussi di lavoro.

Con CloudVVUQ, gli utenti possono eseguire analisi di sensibilità e quantificazione dell'incertezza in modo efficiente. La libreria consente ai ricercatori di inviare compiti al cloud, dove possono essere eseguiti rapidamente e restituiti con risultati. Questo accelera notevolmente il processo rispetto all'esecuzione di tutto localmente o su HPC tradizionali.

Casi Studio

Per illustrare l'efficacia di CloudVVUQ, si possono esaminare due esempi reali dalla medicina computazionale.

  1. Modello emodinamico degli arti inferiori: Questo modello analizza il flusso sanguigno negli arti inferiori. Esegue rapidamente, rendendolo ideale per testare l'approccio serverless. Il modello richiede 54272 campioni per un'analisi completa. Utilizzando i servizi cloud, i ricercatori hanno ottenuto un notevole acceleramento, completando l'analisi in meno di un minuto. La possibilità di eseguire più simulazioni rapidamente ha consentito iterazioni e intuizioni più veloci.

  2. Modello di Ten Tusscher: Questo modello simula il comportamento del tessuto cardiaco e richiede più tempo per essere calcolato. Utilizzando il calcolo serverless, i ricercatori hanno mantenuto un carico costante sul servizio cloud, risultando in un'elaborazione efficiente e in ritardi minimi. La piattaforma è riuscita a eseguire fino a 1536 compiti concorrenti, dimostrando la scalabilità di questo approccio.

Prestazioni e Risultati

Gli esperimenti con i modelli sopra menzionati hanno dimostrato costantemente i vantaggi dell'utilizzo del calcolo serverless per i compiti VVUQ. Le metriche di prestazione hanno mostrato miglioramenti significativi in termini di velocità ed efficienza rispetto ai metodi HPC tradizionali.

Per il modello degli arti inferiori, il tempo totale di esecuzione è stato notevolmente ridotto, sottolineando la potenza dei calcoli paralleli che le piattaforme serverless offrono. Allo stesso modo, il modello di Ten Tusscher ha beneficiato del cloud computing, raggiungendo un miglioramento di 723 volte nel tempo di elaborazione quando completamente parallelizzato.

Considerazioni e Sfide

Anche se il calcolo serverless presenta molti vantaggi, ci sono anche sfide da considerare. Non tutti i modelli sono adatti per l'esecuzione serverless; alcuni potrebbero richiedere più potenza di calcolo o tempi di esecuzione più lunghi di quanto le piattaforme serverless possano gestire.

Inoltre, i problemi di rete possono influenzare le prestazioni. Gli utenti devono essere cauti riguardo al numero di richieste inviate al cloud per evitare di essere limitati. Una corretta configurazione e gestione delle risorse cloud è essenziale per ottenere prestazioni ottimali.

Sovraccarichi di Comunicazione

I sovraccarichi di comunicazione possono essere un fattore critico nell'efficienza complessiva dei calcoli serverless. In particolare, con l'aumento del numero di compiti, il tempo necessario per stabilire le connessioni al cloud può aggiungere al tempo totale di esecuzione. Tuttavia, simulazioni più lunghe tendono a ridurre l'impatto di questi sovraccarichi, rendendo il calcolo serverless sempre più allettante per compiti più ampi.

Conclusione: Una Promettente Alternativa

L'adozione del calcolo serverless nella sanità per i compiti VVUQ rappresenta uno sviluppo promettente. La possibilità di eseguire rapidamente molti calcoli in parallelo può portare a intuizioni più rapide e strategie di cura dei pazienti migliorate.

Man mano che più ricercatori esplorano il potenziale di strumenti come CloudVVUQ, ci si aspetta che il calcolo serverless diventi una pratica standard nella medicina computazionale. Il futuro promette grandi possibilità, specialmente mentre i servizi cloud continuano a evolversi e offrire più risorse e capacità.

Direzioni Future

Guardando avanti, ci sono diverse aree che meritano ulteriori esplorazioni. Una di queste è la riduzione del sovraccarico sperimentato durante i compiti ottimizzando il modo in cui le richieste vengono inviate al cloud. Un'altra area di interesse è l'uso di soluzioni ibride che sfruttano sia le risorse serverless che quelle HPC tradizionali per la massima efficienza.

La flessibilità del cloud computing apre opportunità per ricercatori e professionisti nella sanità, rendendo i processi di modellazione e simulazione avanzati più accessibili che mai. Abbracciando queste nuove tecnologie, la comunità medica può spingere i confini di ciò che è possibile nella cura dei pazienti e nella ricerca medica.

Fonte originale

Titolo: Serverless Approach to Sensitivity Analysis of Computational Models

Estratto: Digital twins are virtual representations of physical objects or systems used for the purpose of analysis, most often via computer simulations, in many engineering and scientific disciplines. Recently, this approach has been introduced to computational medicine, within the concept of Digital Twin in Healthcare (DTH). Such research requires verification and validation of its models, as well as the corresponding sensitivity analysis and uncertainty quantification (VVUQ). From the computing perspective, VVUQ is a computationally intensive process, as it requires numerous runs with variations of input parameters. Researchers often use high-performance computing (HPC) solutions to run VVUQ studies where the number of parameter combinations can easily reach tens of thousands. However, there is a viable alternative to HPC for a substantial subset of computational models - serverless computing. In this paper we hypothesize that using the serverless computing model can be a practical and efficient approach to selected cases of running VVUQ calculations. We show this on the example of the EasyVVUQ library, which we extend by providing support for many serverless services. The resulting library - CloudVVUQ - is evaluated using two real-world applications from the computational medicine domain adapted for serverless execution. Our experiments demonstrate the scalability of the proposed approach.

Autori: Piotr Kica, Magdalena Otta, Krzysztof Czechowicz, Karol Zając, Piotr Nowakowski, Andrew Narracott, Ian Halliday, Maciej Malawski

Ultimo aggiornamento: 2023-04-17 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://arxiv.org/abs/2304.08190

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2304.08190

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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