Valutare i modelli previsionali del COVID-19: successi e sfide
Un'analisi delle previsioni dei casi di COVID-19 e del loro impatto sulle decisioni di salute pubblica.
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Indice
Predire come si diffondono le malattie, come il COVID-19, è fondamentale per pianificare le risposte agli focolai. Questo compito richiede di raccogliere informazioni da vari tentativi di Previsione per diverse malattie, come l'influenza e l'Ebola. I ricercatori di diversi settori, tra cui accademici e agenzie governative, hanno collaborato per creare strumenti per prevedere i casi e i decessi da COVID-19. Uno di questi strumenti è il COVID-19 Forecast Hub, che ha iniziato a monitorare le previsioni nell'aprile 2020.
L'idea principale dietro queste previsioni è che prevedere il numero di casi di COVID-19 può aiutare a gestire le risorse e informare le decisioni di salute pubblica. Poiché i casi confermati mostrano i segni iniziali di infezione, possono essere più utili per la pianificazione rispetto ai conteggi dei decessi, che richiedono più tempo per essere riportati. Le previsioni raccoglievano informazioni da tutto il paese, comprese contee, stati e livello nazionale.
Raccolta di casi e previsioni
Da luglio 2020 a dicembre 2021, sono state raccolte previsioni sui casi di COVID-19 da più di 67 team in tutto il paese. Questi team hanno inviato oltre 14 milioni di previsioni per diverse aree, comprese contee e stati. L'obiettivo era trovare modelli e migliorare l'Accuratezza di queste previsioni.
I team sono stati valutati in base a quante posizioni hanno fornito previsioni, quanto lontano nel tempo stavano prevedendo e se soddisfacevano determinati criteri per le loro previsioni. I Dati mostrano che il 64,8% delle previsioni inviate è stato incluso nell'analisi.
Importanza dell'accuratezza
L'accuratezza è fondamentale perché previsioni errate possono portare a decisioni sbagliate sulla allocazione delle risorse e sulle politiche. Questo può erodere la fiducia del pubblico nelle istituzioni sanitarie. Pertanto, i ricercatori hanno condotto valutazioni in tempo reale delle previsioni per misurare la loro affidabilità. Una delle metriche utilizzate era la copertura dell'intervallo di previsione, che aiuta a determinare se le previsioni hanno catturato i conteggi reali dei casi con precisione.
Sfortunatamente, molte previsioni non hanno raggiunto l'accuratezza prevista. Ad esempio, l'affidabilità delle previsioni sui casi è scesa significativamente durante alcuni periodi. Poiché la situazione COVID-19 cambiava rapidamente, in particolare durante l'ondata invernale del 2020-2021, le previsioni mostravano un'accuratezza molto inferiore a quella attesa.
Valutazione delle prestazioni delle previsioni
I ricercatori hanno guardato specificamente alle prestazioni delle previsioni sui casi di COVID-19 del COVID-19 Forecast Hub. Volevano vedere quanto bene le previsioni corrispondessero ai casi riportati effettivi. L'analisi ha incluso quasi 10 milioni di previsioni individuali raccolte da varie regioni negli Stati Uniti.
In generale, hanno scoperto che mentre alcuni team fornivano previsioni migliori di altri, molti modelli erano meno accurati rispetto al Modello più semplice usato come baseline. Il modello basale prevedeva semplicemente i casi futuri basandosi sui report dell'ultima settimana. Modelli che includevano algoritmi più complessi spesso avevano prestazioni inferiori a quelle previste, in particolare quando prevedevano su scale geografiche più piccole.
Variabilità nelle prestazioni
Le prestazioni delle previsioni variavano significativamente a seconda dell'area e del periodo di tempo. Ad esempio, le previsioni fatte all'inizio del 2021 erano generalmente più accurate rispetto a quelle fatte più tardi nel corso dell'anno. I ricercatori hanno notato che le previsioni funzionavano meglio durante periodi stabili e peggio durante tempi di cambiamento rapido o di aumenti significativi nei casi.
I team hanno anche affrontato sfide a causa delle variazioni nel modo in cui i casi venivano riportati. Alcuni stati rivedevano frequentemente i loro numeri, rendendo difficile per le previsioni rimanere accurate. Sono state condotte analisi di sensibilità per esaminare come i punti dati anomali influenzassero le prestazioni dei modelli.
Sfide nella previsione
Diverse sfide hanno reso difficile prevedere i casi di COVID-19. Prima di tutto, i casi confermati non sono sempre i migliori indicatori di trasmissione, soprattutto perché spesso c'è un ritardo tra quando una persona è infetta e quando il suo caso viene riportato. Inoltre, i modelli variavano significativamente in abilità attraverso le diverse fasi dell'epidemia.
Le prestazioni delle previsioni dipendevano dalla fase epidemica. In generale, i modelli funzionavano meglio quando i casi erano stabili e meno accuratamente quando i casi aumentavano o diminuivano drasticamente. Questa incoerenza suggerisce che considerare la fase dell'epidemia potrebbe essere vantaggioso.
Eccesso di fiducia nelle previsioni
Molti modelli di previsione mostrano un modello di eccesso di fiducia. Proiettavano un risultato più certo di quanto fosse giustificato, specialmente durante i tempi di cambiamento rapido. Ad esempio, mentre il modello basale prevedeva tendenze stabili, superava molti modelli più complessi che non riuscivano a tenere conto delle fluttuazioni nei conteggi dei casi in modo adeguato.
Alcuni metodi di previsione incorporavano precedentemente un grado maggiore di incertezza, il che potrebbe aiutare a mitigare l'eccesso di fiducia. Tuttavia, molti modelli continuavano a faticare a fornire previsioni accurate, in particolare nelle fasi cruciali iniziali di un focolaio quando i dati in tempo reale sono vitali per la presa di decisioni.
Necessità di previsioni localizzate
Previsioni locali accurate sono più importanti che mai mentre individui e comunità cercano orientamenti. Tuttavia, le previsioni tendevano a funzionare peggio su scale locali rispetto a giurisdizioni più grandi. Tuttavia, avere dati localizzati potrebbe migliorare le risposte. Pertanto, c'è bisogno di modelli che tengano conto delle dinamiche locali.
Migliorare le previsioni locali richiede di comprendere i modelli di trasmissione e i comportamenti specifici delle regioni. Questo potrebbe comportare la raccolta di dati a livelli più granulari, come concentrarsi su contee vicine o centri urbani, per garantire che le decisioni di salute pubblica si basino sulle informazioni più rilevanti.
Conclusione e direzioni future
L'analisi ha rivelato limitazioni significative nelle previsioni dei casi di COVID-19. Anche se alcuni modelli erano piuttosto sofisticati, le loro prestazioni spesso non soddisfacevano le aspettative. I modelli ensemble, che combinano output di più modelli, hanno mostrato potenzialità, con alcuni che superavano previsioni più semplici in determinate condizioni.
Andando avanti, la continua ricerca e collaborazione tra i team è fondamentale per migliorare i modelli di previsione. Sarà essenziale sviluppare metodologie che possano tener conto meglio delle complessità della trasmissione delle malattie e delle dinamiche in cambiamento degli focolai. Migliorando l'accuratezza delle previsioni, i professionisti della salute pubblica possono prendere decisioni più informate, portando a strategie di gestione delle malattie più efficaci.
Gli sforzi dovrebbero concentrarsi sul raffinamento di come vengono create e valutate le previsioni, utilizzando dati storici per analizzare cosa ha funzionato, cosa non ha funzionato e perché. Affrontare queste sfide fornirà intuizioni critiche per futuri focolai e potrebbe essere utile per gestire altre malattie infettive.
In sintesi, le previsioni per il COVID-19 hanno rivelato molto sui punti di forza e di debolezza dei vari modelli. Imparando da queste esperienze, i ricercatori mirano a creare migliori predittori che possano guidare risposte efficaci in salute pubblica.
Titolo: Challenges of COVID-19 Case Forecasting in the US, 2020-2021
Estratto: During the COVID-19 pandemic, forecasting COVID-19 trends to support planning and response was a priority for scientists and decision makers alike. In the United States, COVID-19 forecasting was coordinated by a large group of universities, companies, and government entities led by the Centers for Disease Control and Prevention and the US COVID-19 Forecast Hub (https://covid19forecasthub.org). We evaluated approximately 9.7 million forecasts of weekly state-level COVID-19 cases for predictions 1-4 weeks into the future submitted by 24 teams from August 2020 to December 2021. We assessed coverage of central prediction intervals and weighted interval scores (WIS), adjusting for missing forecasts relative to a baseline forecast, and used a Gaussian generalized estimating equation (GEE) model to evaluate differences in skill across epidemic phases that were defined by the effective reproduction number. Overall, we found high variation in skill across individual models, with ensemble-based forecasts outperforming other approaches. Forecast skill relative to the baseline was generally higher for larger jurisdictions (e.g., states compared to counties). Over time, forecasts generally performed worst in periods of rapid changes in reported cases (either in increasing or decreasing epidemic phases) with 95% prediction interval coverage dropping below 50% during the growth phases of the winter 2020, Delta, and Omicron waves. Ideally, case forecasts could serve as a leading indicator of changes in transmission dynamics. However, while most COVID-19 case forecasts outperformed a naive baseline model, even the most accurate case forecasts were unreliable in key phases. Further research could improve forecasts of leading indicators, like COVID-19 cases, by leveraging additional real-time data, addressing performance across phases, improving the characterization of forecast confidence, and ensuring that forecasts were coherent across spatial scales. In the meantime, it is critical for forecast users to appreciate current limitations and use a broad set of indicators to inform pandemic-related decision making. Author SummaryAs SARS-CoV-2 began to spread throughout the world in early 2020, modelers played a critical role in predicting how the epidemic could take shape. Short-term forecasts of epidemic outcomes (for example, infections, cases, hospitalizations, or deaths) provided useful information to support pandemic planning, resource allocation, and intervention. Yet, infectious disease forecasting is still a nascent science, and the reliability of different types of forecasts is unclear. We retrospectively evaluated COVID-19 case forecasts, which were often unreliable. For example, forecasts did not anticipate the speed of increase in cases in early winter 2020. This analysis provides insights on specific problems that could be addressed in future research to improve forecasts and their use. Identifying the strengths and weaknesses of forecasts is critical to improving forecasting for current and future public health responses.
Autori: Velma Lopez, E. Y. Cramer, R. Pagano, J. M. Drake, E. B. O'Dea, B. P. Linas, T. Ayer, J. Xiao, M. Adee, J. Chhatwal, M. A. Ladd, P. P. Mueller, O. O. Dalgic, J. Bracher, T. Gneiting, A. Mühlemann, J. Niemi, R. L. Evan, M. Zorn, Y. Huang, Y. Wang, A. Gerding, A. Stark, D. Jayawardena, K. Le, N. Wattanachit, A. H. Kanji, A. J. Castro Rivadeneira, S. Pei, J. Shaman, T. K. Yamana, X. Li, G. Wang, L. Gao, Z. Gu, M. Kim, L. Wang, S. Yu, D. J. Wilson, S. R. Tarasewicz, B. Suchoski, S. Stage, H. Gurung, S. Baccam, M. Marshall, L. Gardner, S Jindal
Ultimo aggiornamento: 2023-06-04 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.30.23290732
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.30.23290732.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia medrxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/forecasting/forecasts-cases.html
- https://github.com/reichlab/covid19-forecast-hub/blob/b12f916abc859bf59ea584b64f53afc2982042fd/data-processed/LNQ-ens1/metadata-LNQ-ens1.txt
- https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data
- https://github.com/epiforecasts/epiforecasts.github.io
- https://github.com/reichlab/covid19-forecast-hub
- https://zoltardata.com/project/44
- https://github.com/cdcepi/Evaluation-of-case-forecasts-submitted-to-COVID19-Forecast-Hub