Rivelare lo sviluppo delle efemere attraverso la ricerca genetica
Nuove scoperte fanno luce sulla regolazione genica delle efimere durante le fasi di sviluppo.
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Indice
- Come si sono evoluti gli insetti
- Progresso nella ricerca genetica
- Focus sulle efemerotteri
- Risultati dagli studi sulle efemerotteri
- Cambiamenti nell'Accessibilità della cromatina
- Monitoraggio delle fasi di sviluppo
- Espressone e regolazione genica
- Conclusione: Importanza dei risultati
- Fonte originale
- Link di riferimento
Gli insetti sono il tipo di animale più numeroso e vario sulla Terra. Li puoi trovare in molti ambienti diversi e hanno una vasta gamma di caratteristiche che li aiutano a sopravvivere. Ci sono più di trenta tipi di insetti, chiamati ordini, sparsi in tutto il mondo. Questa diversità deriva dalla loro capacità di cambiare e adattarsi nel tempo.
Come si sono evoluti gli insetti
Le molte forme e stili di vita degli insetti risultano da cambiamenti nelle reti di geni che controllano la loro crescita e sviluppo. Queste reti aiutano a determinare quando e dove i geni sono attivi durante le fasi cruciali dello sviluppo. Elementi specifici del DNA chiamati elementi regolatori giocano un ruolo importante nel modo in cui i corpi degli insetti cambiano nel tempo. Questi elementi sono importanti anche in altri gruppi di animali.
Non sono solo i cambiamenti in questi elementi regolatori a contare; anche i cambiamenti nelle regioni codificanti di alcuni geni contribuiscono alla gamma di tratti diversi che si vedono negli animali. Entrambi i tipi di cambiamenti sono essenziali per capire perché gli insetti, e gli animali in generale, appaiono e si comportano come fanno.
Progresso nella ricerca genetica
Studi recenti hanno utilizzato nuovi metodi per esaminare questi elementi regolatori. Alcuni metodi permettono agli scienziati di vedere quali parti del DNA sono aperte e attive, facilitando l’identificazione delle regioni importanti che controllano l'attività genica. Di conseguenza, sono stati creati molti dataset nell'ultimo decennio. Tuttavia, gran parte di questo lavoro si è concentrata su un numero ridotto di specie di insetti comuni. Molti altri tipi di insetti rimangono ancora da studiare.
Focus sulle efemerotteri
Un gruppo di insetti che non è stato esplorato molto sono le efemerotteri. Questi insetti appartengono a un gruppo più antico di insetti alati. Sono cruciali per studiare l'evoluzione precoce degli insetti perché sono strettamente correlati ad altri insetti. Studiando le efemerotteri, gli scienziati possono capire meglio come si sono evoluti e sviluppati gli insetti.
Per saperne di più sulle efemerotteri, i ricercatori hanno condotto esperimenti in sei diverse fasi di sviluppo. Queste fasi aiutano gli scienziati a identificare le regioni importanti del DNA che sono attive in questi momenti del ciclo vitale dell'efemerottero. Queste informazioni aiutano a capire cosa succede durante la crescita iniziale di questi insetti.
Risultati dagli studi sulle efemerotteri
I ricercatori hanno trovato molte regioni nel DNA dell'efemerottero che sono attive durante lo sviluppo. Hanno trovato un totale di oltre cinquantamila Regioni Attive nei diversi stadi di crescita. Alcune di queste regioni erano costantemente attive, mentre altre cambiavano la loro attività man mano che l'efemerottero cresceva.
Gli scienziati hanno anche esaminato dove si trovano queste regioni attive rispetto ai geni. Hanno scoperto che la maggior parte delle regioni attive si trovava vicino ai punti di inizio dei geni, il che significa che probabilmente svolgono un grande ruolo nel controllare l'attività genica. Questo modello di distribuzione era simile a quello trovato in altre specie invertebrate, ma abbastanza diverso da alcuni vertebrati.
Accessibilità della cromatina
Cambiamenti nell'I ricercatori hanno notato cambiamenti nell'accessibilità della cromatina, il che significa quanto siano aperte o chiuse aree specifiche del DNA. Questa apertura può influenzare notevolmente come vengono espressi i geni. Hanno osservato che le transizioni tra certe fasi di sviluppo portavano a cambiamenti significativi nell'accessibilità della cromatina, indicando molta attività regolatoria durante queste fasi.
In particolare, è avvenuto un cambiamento importante tra due fasi di crescita specifiche, suggerendo un cambiamento significativo nel modo in cui i geni venivano regolati in quel momento. Questa transizione importante è coincisa anche con lo sviluppo di strutture importanti nell'efemerottero, evidenziando quanto sia connessa la regolazione genica allo sviluppo fisico.
Monitoraggio delle fasi di sviluppo
I ricercatori hanno utilizzato vari metodi per analizzare come funziona la regolazione genica nel tempo. Hanno scoperto che alcune regioni attive erano attive solo durante specifiche fasi di crescita, mentre altre rimanevano attive per periodi più lunghi. Questo ha aiutato i ricercatori a mappare quando diverse regioni del DNA regolavano specifici geni in varie fasi di sviluppo.
I risultati hanno evidenziato due fasi principali di sviluppo: l'embriogenesi precoce e tardiva. Durante lo Sviluppo Iniziale, molti geni associati alla crescita e alla struttura cellulare erano attivi. Nelle fasi successive, i geni coinvolti nello sviluppo degli organi e in altri processi critici diventavano più prominenti.
Espressone e regolazione genica
Gli scienziati hanno anche esaminato come l'accessibilità del DNA si relaziona all'Espressione genica. Hanno misurato quanto specifici geni fossero espressi nelle stesse fasi studiate nell'esperimento ATAC-seq. Curiosamente, hanno trovato un chiaro schema in cui gruppi di geni si raggruppavano secondo se fossero più attivi durante le fasi iniziali o tardive dello sviluppo.
Un gene che si distingue è elav, noto per essere coinvolto nello sviluppo delle strutture del sistema nervoso. I ricercatori hanno notato che l'espressione di questo gene cambiava significativamente tra le diverse fasi di crescita, dimostrando come la regolazione e l'attività genica siano collegate.
Conclusione: Importanza dei risultati
La ricerca condotta sulle efemerotteri fornisce una ricchezza di informazioni su come si sviluppano gli insetti e come funziona la regolazione genica. Le regioni attive identificate offrono un punto di partenza per comprendere anche lo sviluppo di altri insetti. Questo può aiutare i ricercatori a rispondere a domande su come gli insetti si siano evoluti e adattati, e come i loro corpi siano cambiati nel tempo.
Man mano che apprendiamo di più sulla regolazione genica negli insetti, otteniamo intuizioni che si estendono oltre l'entomologia in contesti biologici più ampi, facendo luce sui processi fondamentali della vita in diverse specie. Il dataset generato da questo studio servirà come una risorsa vitale per la comunità scientifica, aprendo possibilità per future ricerche in biologia dello sviluppo ed evolutiva. Questo studio non solo evidenzia la complessità dello sviluppo degli insetti, ma sottolinea anche l'interconnessione tra regolazione genica, sviluppo embrionale ed evoluzione.
Titolo: Gene regulatory dynamics during the development of a paleopteran insect, the mayfly Cloeon dipterum
Estratto: The evolution of insects has been marked by the appearance of key body plan innovations and novel organs that promoted the outstanding ability of this lineage to adapt to new habitats, boosting the most successful radiation in animals. To understand the origin and evolution of these new structures, it is essential to investigate which are the genes and gene regulatory networks participating during the embryonic development of insects. Great efforts have been made to fully understand, from a gene expression and gene regulation point of view, the development of holometabolous insects, in particular Drosophila melanogaster, with the generation of numerous functional genomics resources and databases. Conversely, how hemimetabolous insects develop, and which are the dynamics of gene expression and gene regulation that control their embryogenesis, are still poorly characterized. Therefore, to provide a new platform to study gene regulation in insects, we generated ATAC-seq (Assay for transposase-Accessible Chromatin using sequencing) for the first time during the development of the mayfly Cloeon dipterum. This new available resource will allow to better understand the dynamics of gene regulation during hemimetabolan embryogenesis, since C. dipterum belongs to the paleopteran order of Ephemeroptera, the sister group to all other winged insects. These new datasets include six different time points of its embryonic development and identify accessible chromatin regions corresponding to both general and stage-specific promoters and enhancers. With these comprehensive datasets, we characterised pronounced changes in accessible chromatin between stages 8 and 10 of embryonic development, which correspond to the transition from the last stages of segmentation to organogenesis and appendage differentiation. The application of ATAC-seq in mayflies has contributed to identify the epigenetic mechanisms responsible for embryonic development in hemimetabolous insects and it will provide a fundamental resource to understand the evolution of gene regulation in winged insects.
Autori: Maria Rossello, J. Pallares-Albanell, L. Ortega-Flores, T. Senar-Serra, A. Ruiz, J. F. Abril, I. Almudi
Ultimo aggiornamento: 2024-05-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594094
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594094.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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