Migliorare i modelli di crescita dei tumori tramite una migliore stima dei parametri
Un'attenzione nel perfezionare la stima dei parametri migliora l'accuratezza del modello di crescita tumorale.
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Indice
- Modelli di Crescita Tumorale
- Identificabilità dei Parametri
- La Sfida dei Dati Limitati
- Il Miglior Scenario per la Stima dei Parametri
- Sensibilità dei Parametri
- Gestione dei Dati Mancanti
- Impatto dell'Uso di Dati Censurati
- Scegliere i Parametri Giusti
- Inferenza Bayesiana e Stima dei Parametri
- Riportare Efficacemente le Stime dei Parametri
- Conclusioni e Raccomandazioni
- Fonte originale
I modelli matematici sono strumenti che ci aiutano a capire come crescono i tumori. Permettono ai ricercatori di prevedere come si comportano i tumori in diverse condizioni. Questo articolo parlerà di come questi modelli possono essere migliorati prestando attenzione a come stimiamo i Parametri che aiutano a descrivere la crescita tumorale. Daremo anche un'occhiata a come affrontare i casi in cui i Dati sono mancanti o limitati.
Modelli di Crescita Tumorale
I modelli di crescita tumorale ci aiutano a esaminare i dati biologici per capire cosa succede nel corpo quando si forma un tumore. Usando questi modelli, i ricercatori possono testare varie idee su come si sviluppa il cancro e come può essere trattato. Un Modello fa certe assunzioni e cerca di collegare i dati in input con i risultati osservati.
Quando si crea un modello, i ricercatori definiscono parametri chiave che influenzano le previsioni. Questi parametri vengono solitamente stimati usando dati raccolti da esperimenti. Tuttavia, stimare questi parametri non è semplice. I dati della vita reale sono spesso rumorosi, il che significa che contengono errori casuali che possono complicare l'interpretazione.
Ci sono diversi modi in cui un modello può essere usato. Ad esempio, può prevedere una risposta media usando valori tipici dei parametri da tutti i dati, oppure può concentrarsi su singoli casi per mostrare come un singolo paziente potrebbe rispondere al trattamento in base ai propri dati specifici.
Identificabilità dei Parametri
Un modello è identificabile quando i suoi parametri possono essere determinati in modo univoco in base ai dati. In parole semplici, se due set diversi di parametri possono produrre lo stesso risultato, il modello non è identificabile. Questa situazione può verificarsi quando i dati disponibili non sono sufficienti per stimare tutti i parametri, oppure quando i parametri sono interconnessi in modo tale da rendere impossibile separare i loro effetti.
Per ottenere previsioni accurate, un modello deve essere identificabile. I ricercatori possono migliorare l'identificabilità usando più dati o riducendo il numero di parametri. Tuttavia, in alcuni casi, specialmente con modelli complessi, potrebbero non essere disponibili dati sufficienti.
La Sfida dei Dati Limitati
Spesso nelle impostazioni cliniche, i dati disponibili non sono sufficienti per stimare correttamente tutti i parametri. Quando i dati sono limitati, i ricercatori possono trovarsi con molti set di parametri che si adattano ai dati quasi ugualmente bene. Questo può essere un problema perché può portare a previsioni molto diverse dalle stesse condizioni iniziali.
D'altra parte, avere più set di parametri può anche essere utile. Permette ai ricercatori di vedere la variabilità in come diversi pazienti potrebbero rispondere al trattamento.
Fattori biologici, come quanto il tumore è sensibile ai segnali della fornitura di sangue, possono cambiare le previsioni del modello. Catturare queste variazioni è cruciale per capire come si comportano i tumori. Tuttavia, questi fattori sono difficili da misurare direttamente dai dati.
Il Miglior Scenario per la Stima dei Parametri
Il miglior scenario per usare un modello è quando i ricercatori hanno dati completi da tutte le misurazioni nel tempo. In questo modo, il modello può essere completamente validato prima di essere usato per fare previsioni su nuove situazioni. Se i ricercatori cercano di confrontare diverse ipotesi sulla crescita tumorale e sul trattamento, i parametri devono essere ben definiti in base ai dati raccolti.
Quando un modello è identificabile con i suoi dati, le previsioni risultanti saranno affidabili. Tuttavia, man mano che i modelli diventano più complessi, richiedono più parametri, il che può renderli meno identificabili senza dati adeguati.
Sensibilità dei Parametri
I ricercatori devono considerare quanto siano sensibili diverse misurazioni ai cambiamenti nei parametri del modello. Analizzando come cambiano le previsioni quando i parametri vengono variati, i ricercatori possono avere un'idea di quali punti dati forniscano le informazioni più utili su ciascun parametro.
Gestione dei Dati Mancanti
I dati che non possono essere misurati vengono spesso scartati. Questo crea due problemi. Prima di tutto, spreca informazioni preziose, dato che i dati che sono troppo piccoli o troppo grandi per essere misurati dicono comunque ai ricercatori qualcosa sul comportamento del tumore. In secondo luogo, ignorare queste informazioni può portare a risultati distorti, a favore di certe previsioni su altre.
Per migliorare l'accuratezza delle stime, i ricercatori possono rivedere le loro funzioni di verosimiglianza per includere questi punti dati non misurabili. Questo processo li aiuta a capire meglio cosa stanno dicendo i dati sui parametri.
Impatto dell'Uso di Dati Censurati
Incorporare dati censurati-cioè dati con limiti superiori e inferiori-nel modello può influenzare significativamente i parametri stimati. I modelli precedenti che ignoravano queste informazioni spesso portavano a bias, con valori iniziali di volume e capacità portante rappresentati in modo errato.
Quando i ricercatori includono tutti i punti dati, compresi quelli che non sono misurabili, si rendono conto che le loro stime cambiano. Spesso, le stime del volume iniziale del tumore diventano più accurate, riflettendo i modelli di crescita attesi. Includere questi dati garantisce che le previsioni delle curve di crescita si estendano oltre i punti temporali misurati, fornendo un quadro più chiaro della crescita tumorale.
Scegliere i Parametri Giusti
I ricercatori possono semplificare i loro modelli fissando determinati parametri basati su assunzioni logiche o dati di studi simili. Tuttavia, fissare i parametri può introdurre un bias verso modelli specifici.
In questa ricerca, evitare la fissazione dei parametri ha permesso un'esplorazione più equilibrata di diversi modelli. Questo approccio rivela come le curve di crescita possano differire in base a varie assunzioni e consente una comprensione più sfumata di come si comportano i tumori.
Inferenza Bayesiana e Stima dei Parametri
L'inferenza bayesiana è un metodo statistico che utilizza il teorema di Bayes per aggiornare la probabilità di un'ipotesi man mano che emergono ulteriori prove o informazioni. Questo approccio è utile per stimare i parametri nei modelli di crescita tumorale perché consente ai ricercatori di incorporare variabilità e incertezze nelle loro stime.
I ricercatori hanno confrontato diverse assunzioni sui modelli e come influenzano le stime dei parametri. Hanno usato varie distribuzioni prior, che sono le credenze iniziali sui parametri prima di osservare i dati. Diverse distribuzioni prior portano a distribuzioni posteriori diverse-essenzialmente le credenze aggiornate dopo aver considerato i dati.
La scelta del prior è particolarmente importante quando i dati sono limitati. Un prior debole fornisce meno bias e permette ai dati di informare le stime dei parametri in modo più efficace.
Riportare Efficacemente le Stime dei Parametri
Quando si presentano le stime dei parametri, è fondamentale comunicare i risultati chiaramente senza semplificare eccessivamente cosa significano i dati. Usare valori medi, mediana o di massima verosimiglianza nella reportistica può a volte essere fuorviante, specialmente quando le distribuzioni sottostanti sono complesse.
Ad esempio, un parametro potrebbe mostrare una distribuzione multimodale, indicando diversi valori potenziali basati sui dati. In tali casi, riportare l'intervallo di valori e gli intervalli credibili può trasmettere informazioni più significative.
La scelta di come rappresentare i dati influisce anche sull'interpretazione dei risultati. Una presentazione ben scelta può mettere in evidenza i risultati chiave evitando malintesi dovuti alle complessità dei modelli e dei dati sottostanti.
Conclusioni e Raccomandazioni
Questo lavoro ha messo in evidenza diversi modelli matematici di crescita tumorale e sottolineato l'importanza di una stima accurata dei parametri. Lo studio ha mostrato che includere tutti i dati disponibili, anche quei punti che non sono misurabili, può migliorare significativamente le previsioni del modello.
Incorporando questi risultati, i ricercatori dovrebbero considerare di utilizzare prior log-uniformi quando stimano i parametri nei modelli di crescita tumorale. Questo approccio è particolarmente utile nei casi in cui i dati sono limitati e rumorosi.
Seguendo il quadro delineato in questo lavoro, altri ricercatori possono analizzare efficacemente i loro dati ed evitare bias che potrebbero sorgere da assunzioni eccessivamente semplificate. Andando avanti, questo quadro può essere adattato ad altre aree nella ricerca sul cancro e oltre, aiutando gli sforzi per comprendere meglio e prevedere il comportamento del tumore e la risposta al trattamento.
Titolo: A closer look at parameter identifiability, model selection and handling of censored data with Bayesian Inference in mathematical models of tumour growth
Estratto: Mathematical models (MMs) are a powerful tool to help us understand and predict the dynamics of tumour growth under various conditions. In this work, we use 5 MMs with an increasing number of parameters to explore how certain (often overlooked) decisions in estimating parameters from data of experimental tumour growth affect the outcome of the analysis. In particular, we propose a framework for including tumour volume measurements that fall outside the upper and lower limits of detection, which are normally discarded. We demonstrate how excluding censored data results in an overestimation of the initial tumour volume and the MM-predicted tumour volumes prior to the first measurements, and an underestimation of the carrying capacity and the MM-predicted tumour volumes beyond the latest measurable time points. We show in which way the choice of prior for the MM parameters can impact the posterior distributions, and illustrate that reporting the highest-likelihood parameters and their 95% credible interval can lead to confusing or misleading interpretations. We hope this work will encourage others to carefully consider choices made in parameter estimation and to adopt the approaches we put forward herein.
Autori: Jamie Porthiyas, Daniel Nussey, Catherine A. A. Beauchemin, Donald C. Warren, Christian Quirouette, Kathleen P. Wilkie
Ultimo aggiornamento: 2023-09-23 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2309.13319
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2309.13319
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
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