Affrontare l'equità nei modelli di imaging medico
Presentiamo FairMedFM per valutare l'equità dei modelli di fondazione nella sanità.
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Indice
- Cos'è FairMedFM?
- Importanza dell'Equità nell'Imaging Medico
- Stato Attuale della Ricerca sull'Equità
- Perché FairMedFM è Necessario
- Panoramica del Framework FairMedFM
- Componenti del Framework
- Dataset Usati in FairMedFM
- Dataset di Classificazione
- Dataset di Segmentazione
- Modelli di Base Spiegati
- Tipi di Modelli di Base
- Equità nell'Imaging Medico
- Cos'è l'Equità?
- Metriche di Equità
- Analisi e Risultati
- Bias Diffuso
- Compromessi Utilità-Equità
- Bias Specifici ai Dataset
- Inefficacia delle Strategie di Mitigazione Attuali
- Direzioni Future
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
L'emergere di modelli avanzati nella sanità ha aperto nuove possibilità per migliorare la diagnosi medica, specialmente in aree come la classificazione e segmentazione delle immagini. Però, questi modelli portano anche seri problemi di Equità, soprattutto quando vengono usati con diversi gruppi di pazienti. Al momento, non ci sono abbastanza risorse o linee guida per controllare quanto siano equi questi modelli in vari scenari di imaging medico. Questo crea difficoltà nel trovare modi per assicurare che tutti ricevano un trattamento equo basato sui risultati di questi modelli. Per affrontare questo problema, proponiamo un nuovo benchmark chiamato FairMedFM che analizza l'equità dei modelli di base nell'imaging medico.
Cos'è FairMedFM?
FairMedFM è progettato per lavorare con 17 noti dataset di imaging medico che includono vari tipi di immagini e caratteristiche sensibili. Esamina 20 diversi modelli di base utilizzati per l'imaging medico, analizzando le loro performance in compiti come classificazione e segmentazione. La nostra analisi considera molteplici modi per misurare l'equità, evidenziando problemi di bias e i compromessi tra utilità ed equità in diversi modelli. L'obiettivo è fornire un framework completo per valutare questi modelli in modo da ottenere risultati equi per gruppi di pazienti diversi.
Importanza dell'Equità nell'Imaging Medico
Man mano che i modelli di base diventano più comuni nella sanità, è fondamentale assicurarsi che funzionino equamente per tutti i pazienti. Il bias nelle performance dei modelli può portare a disuguaglianze nella cura e negli esiti sanitari. Creare benchmark per questi modelli permette valutazioni più coerenti e pratiche standard, che sono vitali in un campo dove la vita delle persone può dipendere da strumenti diagnostici accurati.
Stato Attuale della Ricerca sull'Equità
Sebbene ci sia stata qualche ricerca sull'equità nei modelli tradizionali di machine learning per l'imaging medico, non è stata prestata sufficiente attenzione ai modelli di base. Molti studi esistenti si concentrano solo su una categoria di modelli, il che non fornisce un quadro completo dell'equità in generale. FairMedFM mira a colmare questa lacuna fornendo una pipeline di Valutazione completa che copre una varietà di modelli di base, compiti e dataset.
Perché FairMedFM è Necessario
Mancanza di un Framework Completo: Sebbene esistano alcuni studi, non c'è un modo standard per valutare l'equità tra diversi tipi di modelli di base nell'imaging medico. FairMedFM affronta questo problema fornendo una pipeline ampia che può essere utilizzata per vari modelli e compiti.
Necessità di Maggior Ricerca: La comprensione attuale delle questioni di equità nei modelli di imaging medico è limitata. FairMedFM cerca di fornire approfondimenti attraverso esperimenti estesi per guidare la ricerca futura e applicazioni pratiche.
Codice Versatile: C'è una chiara necessità di un codice che possa adattarsi a diversi compiti e modelli. FairMedFM offre una soluzione flessibile che supporta sviluppi futuri nella ricerca sull'imaging medico.
Panoramica del Framework FairMedFM
Il framework FairMedFM include varie funzionalità per analizzare efficacemente l'equità. Si collega a diversi dataset medici, supporta molteplici usi di modelli di base e copre aspetti chiave di valutazione.
Componenti del Framework
Integrazione dei Dati: FairMedFM integra più dataset per garantire un'analisi ampia che considera varie condizioni e demografie.
Varietà di Modelli: Il framework lavora con una varietà di modelli di base per valutare la loro equità in diversi scenari.
Metriche di Valutazione: FairMedFM utilizza una serie di metriche per misurare oggettivamente l'equità tra categorie sensibili.
Dataset Usati in FairMedFM
FairMedFM utilizza 17 dataset pubblicamente disponibili per la valutazione, ciascuno con variazioni in aspetti come tipo di compito, dimensione, modalità, parte del corpo, numero di classi e attributi sensibili. Questa diversità assicura un'analisi completa dell'equità in diverse condizioni.
Dataset di Classificazione
I dataset di classificazione includono vari tipi di imaging, come radiografie e foto dermatologiche. Coprono una vasta gamma di applicazioni ed sono essenziali per esaminare come i modelli di base performano in diverse situazioni.
Dataset di Segmentazione
I dataset di segmentazione si concentrano sull'identificazione di regioni specifiche all'interno delle immagini mediche, come tumori o organi. Questi dataset sono cruciali per testare quanto bene i modelli di base possano localizzare e differenziare vari aspetti nell'imaging medico.
Modelli di Base Spiegati
I modelli di base sono algoritmi avanzati e complessi progettati per apprendere da dataset estesi, spesso senza la necessità di dati etichettati. Sono particolarmente utili nell'imaging medico grazie all'abbondanza di immagini non etichettate rispetto a quelle etichettate, che richiedono un notevole sforzo da parte degli esperti per essere prodotte.
Tipi di Modelli di Base
Modelli Visivi (VMs): Questi modelli analizzano direttamente le immagini, apprendendo schemi basati su diversi compiti di addestramento.
Modelli Vision-Language (VLMs): Questi modelli combinano input testuali e visivi, permettendo collegamenti più profondi tra dati visivi e testuali.
Equità nell'Imaging Medico
Cos'è l'Equità?
L'equità nell'imaging medico significa che i modelli dovrebbero performare in modo equo tra diversi gruppi demografici. Se un modello è biased, può portare a esiti sanitari disuguali per diverse popolazioni.
Metriche di Equità
In FairMedFM, vengono utilizzate diverse metriche per valutare l'equità. Queste includono misure che valutano le differenze di accuratezza tra i gruppi e garantiscono che le previsioni del modello riflettano realisticamente i risultati effettivi.
Analisi e Risultati
Attraverso il framework FairMedFM, sono emerse diverse osservazioni chiave dai dati:
Bias Diffuso
Il bias è evidente in molti modelli di base utilizzati per compiti di imaging medico. Questo bias rappresenta una sfida significativa, particolarmente nell'equilibrare l'equità con l'utilità complessiva del modello.
Compromessi Utilità-Equità
I modelli mostrano spesso compromessi differenti tra utilità ed equità. Una comprensione completa di questi compromessi è fondamentale per garantire che i fornitori di assistenza sanitaria possano prendere decisioni informate su quali modelli implementare.
Bias Specifici ai Dataset
Ogni dataset può mostrare i propri bias, che possono influenzare come si comportano i diversi modelli. Comprendere questi bias specifici ai dataset è cruciale per i medici che si affidano a questi modelli per la cura dei pazienti.
Inefficacia delle Strategie di Mitigazione Attuali
Sebbene esistano strategie per ridurre il bias, queste non funzionano sempre efficacemente con i modelli di base. È necessaria una ricerca continua e nuovi metodi per affrontare questo gap.
Direzioni Future
Nonostante il significativo progresso fatto da FairMedFM, è necessario continuare a lavorare per migliorare il benchmark:
Espansione dei Dataset: Integrare continuamente nuovi dataset migliorerà la robustezza delle valutazioni.
Esplorazione di Nuovi Modelli: Man mano che nuovi modelli di base vengono sviluppati, FairMedFM si adatterà per includere questi avanzamenti nel framework di valutazione.
Aumento della Consapevolezza: FairMedFM mira a sensibilizzare su questioni di equità nell'imaging medico, incoraggiando pratiche migliori nello sviluppo e applicazione di modelli di machine learning.
Conclusione
FairMedFM si presenta come una risorsa completa per valutare l'equità dei modelli di base nell'imaging medico. Fornendo un'analisi ampia di vari modelli e dataset, mira a garantire risultati equi nella sanità. Man mano che i modelli di base continuano a evolversi, FairMedFM rimarrà uno strumento vitale per garantire che l'equità e l'utilità siano prioritarie tra diverse popolazioni di pazienti.
Titolo: FairMedFM: Fairness Benchmarking for Medical Imaging Foundation Models
Estratto: The advent of foundation models (FMs) in healthcare offers unprecedented opportunities to enhance medical diagnostics through automated classification and segmentation tasks. However, these models also raise significant concerns about their fairness, especially when applied to diverse and underrepresented populations in healthcare applications. Currently, there is a lack of comprehensive benchmarks, standardized pipelines, and easily adaptable libraries to evaluate and understand the fairness performance of FMs in medical imaging, leading to considerable challenges in formulating and implementing solutions that ensure equitable outcomes across diverse patient populations. To fill this gap, we introduce FairMedFM, a fairness benchmark for FM research in medical imaging.FairMedFM integrates with 17 popular medical imaging datasets, encompassing different modalities, dimensionalities, and sensitive attributes. It explores 20 widely used FMs, with various usages such as zero-shot learning, linear probing, parameter-efficient fine-tuning, and prompting in various downstream tasks -- classification and segmentation. Our exhaustive analysis evaluates the fairness performance over different evaluation metrics from multiple perspectives, revealing the existence of bias, varied utility-fairness trade-offs on different FMs, consistent disparities on the same datasets regardless FMs, and limited effectiveness of existing unfairness mitigation methods. Checkout FairMedFM's project page and open-sourced codebase, which supports extendible functionalities and applications as well as inclusive for studies on FMs in medical imaging over the long term.
Autori: Ruinan Jin, Zikang Xu, Yuan Zhong, Qiongsong Yao, Qi Dou, S. Kevin Zhou, Xiaoxiao Li
Ultimo aggiornamento: 2024-12-06 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2407.00983
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2407.00983
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://arxiv.org/pdf/2306.09264
- https://github.com/facebookresearch/dinov2
- https://github.com/duyhominhnguyen/LVM-Med
- https://github.com/lambert-x/medical_mae
- https://github.com/stanfordmlgroup/MoCo-CXR
- https://github.com/funnyzhou/C2L_MICCAI2020
- https://github.com/salesforce/BLIP
- https://github.com/salesforce/LAVIS/tree/main/projects/blip2
- https://github.com/openai/CLIP
- https://github.com/RyanWangZf/MedCLIP
- https://github.com/sarahESL/PubMedCLIP/tree/main/PubMedCLIP
- https://huggingface.co/microsoft/BiomedCLIP-PubMedBERT_256-vit_base_patch16_224
- https://github.com/facebookresearch/segment-anything
- https://github.com/ChaoningZhang/MobileSAM
- https://github.com/xinghaochen/TinySAM
- https://github.com/bowang-lab/MedSAM
- https://github.com/OpenGVLab/SAM-Med2D
- https://drive.google.com/file/d/1J4qQt9MZZYdv1eoxMTJ4FL8Fz65iUFM8/view
- https://github.com/arcadelab/FastSAM3D
- https://github.com/BAAI-DCAI/SegVol
- https://github.com/FairMedFM/FairMedFM
- https://nanboy-ronan.github.io/FairMedFM-page/
- https://www.neurips.cc/Conferences/2023/CallForDatasetsBenchmarks
- https://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/natbib/natnotes.pdf
- https://www.ctan.org/pkg/booktabs
- https://www.emfield.org/icuwb2010/downloads/IEEE-PDF-SpecV32.pdf
- https://mirrors.ctan.org/macros/latex/required/graphics/grfguide.pdf
- https://neurips.cc/Conferences/2023/PaperInformation/FundingDisclosure