Una nuova tecnologia rivoluziona il monitoraggio del comportamento delle scimmie macaco
MacqD usa l'apprendimento automatico per migliorare il tracciamento del comportamento delle scimmie nelle ricerche.
Genevieve Moat, Maxime Gaudet-Trafit, Julian Paul, Jaume Bacardit, Suliann Ben Hamed, Colline Poirier
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Indice
- La Necessità di Monitorare il Comportamento Animale
- Il Ruolo del Machine Learning
- Le Sfide nel Monitorare i Macachi
- Presentiamo MacqD
- Raccolta Dati
- Annotare i Dati
- Come Funziona MacqD
- Esperimenti per Testare MacqD
- Esperimento 1: Rilevamento di un Macaco Singolo
- Esperimento 2: Rilevamento di Macachi in Coppia
- Aggiunta di un Algoritmo di Tracciamento
- Generalizzazione delle Prestazioni di MacqD
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Monitorare come si comportano gli animali è super importante per capire se sono felici e sani. Tradizionalmente, gli scienziati osservavano gli animali di persona o passavano ore a guardare video, il che richiedeva moltissimo tempo e poteva essere influenzato da pregiudizi. Per fortuna, la tecnologia sta intervenendo ad aiutare in questo compito. Il machine learning, un tipo di tecnologia che permette ai computer di imparare e prendere decisioni, sta ora aiutando gli scienziati ad analizzare il comportamento degli animali in modo più veloce e preciso.
I primati, specialmente i macachi, vengono spesso studiati perché sono simili agli esseri umani in vari modi. Però, vedere cosa fanno i macachi può essere complicato, specialmente quando sono in coppia o si nascondono dietro gli oggetti. Per migliorare questa situazione, i ricercatori hanno creato un nuovo modello chiamato MacqD, progettato per identificare i macachi nei video, anche quando sono parzialmente nascosti.
La Necessità di Monitorare il Comportamento Animale
Capire il comportamento degli animali è essenziale per tanti motivi, come garantire il loro benessere e studiare le loro funzioni cerebrali. Quando notiamo come si comportano gli animali, possiamo capire come si sentono. Per esempio, se un macaco sembra stressato o ansioso, può aiutare gli scienziati a fare cambiamenti nel loro ambiente per migliorare il loro benessere.
Ma tenere d'occhio il comportamento degli animali non è una cosa da poco. I metodi tradizionali, sebbene utili, richiedono molto lavoro manuale e possono portare a errori. Con la tecnologia migliorata, i ricercatori sperano di semplificare questo processo per ottenere informazioni accurate senza passare ore su osservazioni noiose.
Il Ruolo del Machine Learning
Il machine learning viene usato sempre più per analizzare il comportamento degli animali. Utilizzando le riprese video degli animali, i ricercatori possono addestrare i computer a riconoscere diverse azioni e movimenti. Questo significa che possono elaborare grandi quantità di dati in una frazione del tempo che ci vorrebbe a un essere umano.
La gente ha usato il machine learning con successo per monitorare animali da laboratorio più piccoli come topi e mosche. Tuttavia, monitorare animali più grandi come i primati non umani presenta sfide aggiuntive. Per farlo, gli scienziati devono assicurarsi di poter trovare e seguire questi animali nei video, anche quando sono vicini tra loro o si nascondono dietro oggetti.
Le Sfide nel Monitorare i Macachi
I macachi, in particolare i macachi rhesus, vengono spesso studiati perché i loro cervelli e comportamenti possono fornire informazioni rilevanti per gli esseri umani. Tuttavia, seguirli non è facile come sembra. Hanno corpi flessibili, tendono a muoversi molto e possono facilmente confondersi l'uno con l'altro, specialmente se condividono schemi di pelo simili.
Negli ultimi tentativi di monitorare i macachi, alcuni metodi si sono concentrati sul riconoscimento dei loro volti o sulla rilevazione dei loro corpi nei video. Anche se alcuni di questi metodi hanno mostrato promesse, spesso fallivano quando le cose si complicavano, come quando due macachi erano vicini o quando uno era parzialmente nascosto.
In breve, mentre ci sono stati progressi, il bisogno di una soluzione migliore rimane.
Presentiamo MacqD
Per affrontare queste sfide, i ricercatori hanno sviluppato MacqD, un modello di machine learning progettato per rilevare e riconoscere i macachi rhesus dai video registrati nel loro ambiente. MacqD utilizza un tipo specifico di tecnologia chiamato Mask R-CNN, che è eccellente per identificare oggetti nelle immagini.
MacqD è stato progettato appositamente per affrontare le complessità dello studio dei macachi nelle loro gabbie, catturando i loro movimenti e interazioni anche in condizioni difficili, come quando sono parzialmente nascosti o quando ci sono riflessi nel vetro.
Raccolta Dati
Per sviluppare e testare MacqD, i ricercatori hanno raccolto video di macachi da una struttura di ricerca. Questi video sono stati registrati con telecamere installate per catturare le loro attività quotidiane. L'impostazione è stata progettata per garantire che i macachi fossero in un ambiente confortevole con spazio sufficiente e cose con cui giocare.
I ricercatori hanno raccolto una varietà di riprese video nel corso di diversi anni, inclusa una grande quantità di fotogrammi per addestrare e testare MacqD in modo efficace. Hanno fatto in modo che le riprese includessero diverse condizioni di illuminazione, angolazioni e scene per simulare accuratamente la vita reale.
Annotare i Dati
Una volta raccolti i video, i ricercatori dovevano segnare le posizioni dei macachi in ogni fotogramma. Hanno fatto questo utilizzando strumenti speciali che consentivano loro di creare contorni attorno agli animali. Queste marcature hanno aiutato il computer a capire dove si trovavano i macachi e come si muovevano.
Avendo annotazioni precise, MacqD poteva imparare meglio e migliorare la sua accuratezza di rilevamento. Le annotazioni sono state fatte con attenzione, assicurandosi di evidenziare i macachi in primo piano e ignorare qualsiasi altro animale sullo sfondo.
Come Funziona MacqD
MacqD funziona analizzando i fotogrammi video per rilevare dove si trovano i macachi. Usa algoritmi avanzati per fornire una casella attorno a ogni macaco, assicurandosi di poterli seguire efficacemente. La tecnica consente di differenziare gli animali individuali, anche quando sono vicini tra loro o uno è parzialmente nascosto.
Il modello opera in due fasi: prima, trova le aree nel video dove potrebbero esserci i macachi, e poi si avvicina per identificare ciascun macaco in modo più preciso. Questo processo in due fasi aiuta MacqD a ottenere accuratezza mentre affronta sfide della vita reale, come ostruzioni o riflessi.
Esperimenti per Testare MacqD
Per vedere quanto bene funzionasse MacqD, i ricercatori hanno condotto una serie di esperimenti. L'hanno testato su diversi video con sia macachi singoli che coppie di macachi.
Esperimento 1: Rilevamento di un Macaco Singolo
Nel primo esperimento, MacqD è stato messo alla prova utilizzando video di macachi singoli che erano stati precedentemente usati per l'addestramento. I ricercatori hanno misurato con quale precisione poteva identificare ciascun macaco rispetto ad altri modelli e metodi esistenti.
Il risultato è stato estremamente positivo, con MacqD che ha mostrato elevati tassi di precisione e richiamo, il che significa che è stato molto efficace nel riconoscere i macachi. Questo esperimento ha aiutato a sottolineare i punti di forza di MacqD nel rilevare con precisione i macachi singoli, anche in condizioni difficili.
Esperimento 2: Rilevamento di Macachi in Coppia
Nel secondo esperimento, l'attenzione si è spostata su coppie di macachi nella stessa gabbia. La sfida era maggiore perché distinguere tra due animali in movimento può essere complicato.
I ricercatori hanno di nuovo testato MacqD contro altri modelli. I risultati hanno dimostrato che MacqD poteva ancora rilevare efficacemente entrambi i macachi in coppia, dimostrando la sua robustezza in situazioni più difficili. Questo successo ha ulteriormente evidenziato l'adattabilità e l'efficacia di MacqD.
Tracciamento
Aggiunta di un Algoritmo diPer vedere se le prestazioni di MacqD potessero essere migliorate ulteriormente, i ricercatori hanno deciso di aggiungere un algoritmo di tracciamento. Questo algoritmo aiuta a tenere traccia di dove si muove un macaco da un fotogramma video all'altro. L'idea era di ridurre le rilevazioni mancate quando i macachi diventavano brevemente nascosti.
Tuttavia, i risultati sono stati misti. In alcuni scenari, il tracciamento ha migliorato il richiamo catturando rilevazioni mancate, mentre in altri casi ha leggermente abbassato la precisione a causa di un aumento dei falsi positivi. Questa variazione ha dimostrato che, mentre aggiungere un sistema di tracciamento potrebbe migliorare i risultati, non è una soluzione universale.
Generalizzazione delle Prestazioni di MacqD
Uno degli aspetti essenziali di MacqD è quanto bene possa adattarsi a nuove situazioni. I ricercatori l'hanno testato non solo sulle riprese della struttura originale, ma anche su video di un diverso centro di ricerca.
MacqD ha continuato a funzionare bene, dimostrando che poteva generalizzare il suo apprendimento a nuovi ambienti e animali che non aveva mai visto prima. Questa capacità è cruciale perché suggerisce che MacqD potrebbe essere utilizzato in diverse situazioni, rendendolo uno strumento prezioso per i ricercatori.
Conclusione
In sintesi, MacqD è una soluzione nuova ed efficace per monitorare il comportamento dei macachi in laboratorio. Utilizzando tecniche avanzate di machine learning, può rilevare e seguire con precisione i macachi in condizioni difficili.
Sebbene alcune sfide rimangano, in particolare riguardo a ostruzioni o quando più macachi sono vicini, MacqD mostra grandi promesse come strumento per i ricercatori interessati a studiare il comportamento animale. La combinazione di alta precisione, adattabilità e facilità d'uso lo rende uno sviluppo entusiasmante nella ricerca sul comportamento animale.
Con MacqD, gli scienziati possono passare meno tempo a guardare video e più tempo a garantire il benessere dei loro soggetti di ricerca pelosi. Ora, se solo potessero insegnare ai macachi a guardare i video da soli!
Titolo: MacqD - A Deep Learning-based Model for Automatic Detection of Socially-housed Laboratory Macaques
Estratto: Despite advancements in video-based behaviour analysis and detection models for various species, existing methods are suboptimal to detect macaques in complex laboratory environments. To address this gap, we present MacqD, a modified Mask R-CNN model incorporating a SWIN transformer backbone for enhanced attention-based feature extraction. MacqD robustly detects macaques in their home-cage under challenging scenarios, including occlusions, glass reflections, and overexposure to light. To evaluate MacqD and compare its performance against pre-existing macaque detection models, we collected and analysed video frames from 20 caged rhesus macaques at Newcastle University, UK. Our results demonstrate MacqDs superiority, achieving a median F1-score of 99% for frames with a single macaque in the focal cage (surpassing the next-best model by 21%) and 90% for frames with two macaques. Generalisation tests on frames from a different set of macaques from the same animal facility yielded median F1-scores of 95% for frames with a single macaque (surpassing the next-best model by 15%) and 81% for frames with two macaques (surpassing the alternative approach by 39%). Finally, MacqD was applied to videos of paired macaques from another facility and resulted in F1-score of 90%, reflecting its strong generalisation capacity. This study highlights MacqDs effectiveness in accurately detecting macaques across diverse settings.
Autori: Genevieve Moat, Maxime Gaudet-Trafit, Julian Paul, Jaume Bacardit, Suliann Ben Hamed, Colline Poirier
Ultimo aggiornamento: Dec 23, 2024
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.629644
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.629644.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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