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Évaluation du risque de cancer du foie chez les patients atteints de NAFLD

Cette étude utilise l'apprentissage profond pour prédire le risque de cancer du foie chez les patients atteints de NAFLD.

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Le cancer du foie, c'est un gros souci de santé, avec le carcinome hépatocellulaire (CHC) qui est le type le plus courant chez les adultes. C'est une des principales causes de décès liés au cancer dans le monde. Les facteurs de risque connus pour le CHC incluent les infections par les hépatites B et C ainsi que la maladie hépatique alcoolique, mais on s'inquiète de plus en plus de la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) comme facteur de risque pour le CHC, surtout aux États-Unis. Des études précédentes ont étudié ce lien mais souvent avec de petits groupes de patients, ce qui rend difficile de tirer des conclusions générales.

Avec de plus en plus de données de santé collectées électroniquement, les chercheurs peuvent maintenant utiliser ces infos pour mieux comprendre les risques de maladies. L'intelligence artificielle, surtout les techniques d'apprentissage profond, montre du potentiel pour identifier quels patients sont à risque de développer un CHC. Certaines études ont déjà appliqué ces techniques à des patients avec des maladies hépatiques liées aux hépatites, mais aucune ne s'est concentrée spécifiquement sur ceux avec NAFLD.

Objectif de l'étude

Cette étude vise à utiliser des méthodes avancées d'apprentissage profond pour analyser les données de santé d'un grand nombre de patients NAFLD afin de déterminer leur risque de développer un CHC. Contrairement aux anciennes méthodes, on veut s'assurer de prendre en compte diverses complexités dans les données, comme les dossiers médicaux incomplets et la lente progression de la maladie.

Source de données

Les données de cette étude proviennent d'une grande base de données de dossiers de santé, qui inclut des infos sur plus de 68 millions de patients aux États-Unis. Les dossiers contiennent une variété d'infos de santé, comme les démographies des patients, les diagnostics, les médocs, les tests de laboratoire, et plus encore. On s'est concentrés spécifiquement sur les patients avec NAFLD et on a créé un groupe de patients en bonne santé pour comparaison.

Groupe de patients NAFLD

Pour faire partie du groupe NAFLD dans cette étude, les patients devaient montrer des signes de problèmes hépatiques via des niveaux d'enzymes anormaux sur une certaine période. On a exclu les patients de moins de 18 ans, ainsi que ceux avec des infections par hépatite ou un passé d'alcool, car ce sont des facteurs de risque connus pour le CHC. Notre objectif était de créer un jeu de données propre pour analyser le risque de développement du CHC parmi les patients NAFLD.

Groupe cas-témoignage

Pour rendre notre étude solide, on a aussi inclus un groupe cas-témoignage. Ce groupe était composé de patients diagnostiqués avec un CHC, ainsi qu'un ensemble de patients sains qui n'avaient pas de NAFLD. En associant des patients sains avec des patients CHC selon l'âge, le sexe et l'historique de santé, on visait à mieux comprendre les différences dans les résultats de santé.

Conception de l'étude

Dans notre recherche, on a utilisé des modèles modernes d'apprentissage profond pour prédire si les patients NAFLD développeraient un CHC dans un certain délai. On a conçu notre étude en prenant en compte le fait que beaucoup de patients pourraient ne pas avoir de données de suivi complètes pour diverses raisons, comme un déménagement ou un changement de médecin.

On a commencé par observer les cas de CHC dans les dix ans suivant un point de départ choisi. Les patients perdus de vue étaient marqués comme n'ayant pas développé le cancer. Ceux qui ont développé un CHC ont été suivis de près pour voir si certains schémas de santé émergeaient chez eux.

Modèles d'apprentissage profond

On s'est concentrés sur deux modèles principaux d'apprentissage profond pour notre analyse : RETAIN et DeepHit. Le modèle RETAIN utilise des données médicales historiques pour prédire l'évolution de la maladie, tandis que DeepHit est adapté pour l'analyse de survie. Les deux modèles ont leurs forces, mais notre hypothèse était que RETAIN donnerait de meilleurs résultats dans ce contexte car il utilise les données de santé changeantes au fil du temps.

Technique de masquage rétrograde

Un défi unique dans notre recherche était le diagnostic tardif du CHC. Souvent, les symptômes sont présents longtemps avant qu'un diagnostic ne soit officiellement posé. Pour résoudre ce problème, on a utilisé une technique appelée masquage rétrograde, où on a intentionnellement masqué ou caché certains dossiers médicaux passés avant la date de diagnostic du CHC. Ça nous a permis de cibler les facteurs de risque plutôt que de s'appuyer sur des signes d'alerte évidents.

Apprentissage par transfert

Étant donné le nombre relativement faible de patients NAFLD qui développent un CHC, on a employé une méthode appelée apprentissage par transfert. Cette approche nous a permis d'utiliser nos modèles, qui avaient été initialement entraînés sur un plus grand groupe de patients, puis de les peaufiner sur les données NAFLD. Cette stratégie a aidé à améliorer les prédictions qu'on pouvait faire sur le risque de CHC chez les patients NAFLD.

Résultats

Nos résultats ont montré qu'en utilisant le modèle RETAIN, qui prenait en compte l'évolution des données des patients au fil du temps, on obtenait des prédictions plus précises du risque de CHC. On a trouvé que l'analyse des données de santé changeantes était cruciale pour des prédictions efficaces. En revanche, DeepHit, qui n'utilise que les données initiales, ne performait pas aussi bien.

De plus, on a découvert que l'apprentissage par transfert avait un effet positif sur nos résultats. En commençant avec un modèle qui avait déjà appris d'un plus grand ensemble de données, nos prédictions pour le plus petit groupe NAFLD se sont améliorées de manière significative.

Biais de genre dans les prédictions

Un point important de notre analyse était d'examiner comment le genre pourrait influencer le risque de maladie pour le CHC. Des découvertes antérieures suggéraient que les hommes et les femmes pourraient connaître des risques et des résultats différents liés au CHC. En analysant nos données, on a confirmé que les modèles performaient différemment en fonction du sexe des patients sur lesquels ils avaient été entraînés. Les modèles uniquement masculins ne prédisaient pas bien les résultats féminins, soulignant le besoin d'approches spécifiques au genre dans les futures analyses.

Importance des facteurs de risque

Enfin, on a identifié plusieurs facteurs de risque clés qui semblaient significatifs dans la prédiction du CHC. Des caractéristiques comme un indice de masse corporelle élevé, des tests hépatiques anormaux et la présence d'autres problèmes de santé se sont révélés de bons prédicteurs. Fait intéressant, certains problèmes de santé spécifiques étaient mis en évidence pour les femmes, comme la polyarthrite rhumatoïde, qui pourraient jouer un rôle dans leur profil de risque pour développer un CHC.

Conclusion

En conclusion, notre étude met en avant l'efficacité des techniques modernes d'apprentissage profond pour prédire le risque de CHC chez les patients NAFLD. En combinant des méthodes d'analyse de données avancées avec un accent sur la gestion précise des données et l'identification des facteurs de risque, on vise à fournir des insights qui peuvent améliorer les soins aux patients. Aborder des problématiques comme les diagnostics tardifs et le biais de genre sera crucial pour progresser dans la compréhension et la prédiction des risques de cancer du foie. Grâce à cela, on peut bâtir de meilleures stratégies pour le suivi et le traitement des patients atteints de maladies hépatiques.

Source originale

Titre: Developing deep learning-based strategies to predict the risk of hepatocellular carcinoma among patients with nonalcoholic fatty liver disease from electronic health records

Résumé: BackgroundDeep learning models showed great success and potential when applied to many biomedical problems. However, the accuracy of deep learning models for many disease prediction problems is affected by time-varying covariates, rare incidence, and covariate imbalance when using structured electronic health records data. The situation is further exasperated when predicting the risk of one disease on condition of another disease, such as the hepatocellular carcinoma risk among patients with nonalcoholic fatty liver disease due to slow, chronic progression, the scarce of data with both disease conditions and the sex bias of the diseases. ObjectiveThe goal of this study is to investigate the extent to which time-varying covariates, rare incidence, and covariate imbalance influence deep learning performance, and then devised strategies to tackle these challenges. These strategies were applied to improve hepatocellular carcinoma risk prediction among patients with nonalcoholic fatty liver disease. MethodsWe evaluated two representative deep learning models in the task of predicting the occurrence of hepatocellular carcinoma in a cohort of patients with nonalcoholic fatty liver disease (n = 220,838) from a national EHR database. The disease prediction task was carefully formulated as a classification problem while taking censorship and the length of follow-up into consideration. ResultsWe developed a novel backward masking scheme to evaluate how the length of longitudinal information after the index date affects disease prediction. We observed that modeling time-varying covariates improved the performance of the algorithms and transfer learning mitigated reduced performance caused by the lack of data. In addition, covariate imbalance, such as sex bias in data impaired performance. Deep learning models trained on one sex and evaluated in the other sex showed reduced performance, indicating the importance of assessing covariate imbalance while preparing data for model training. ConclusionsDevising proper strategies to address challenges from time-varying covariates, lack of data, and covariate imbalance can be key to counteracting data bias and accurately predicting disease occurrence using deep learning models. The novel strategies developed in this work can significantly improve the performance of hepatocellular carcinoma risk prediction among patients with nonalcoholic fatty liver disease. Furthermore, our novel strategies can be generalized to apply to other disease risk predictions using structured electronic health records, especially for disease risks on condition of another disease.

Auteurs: Zhao Li, L. Lan, Y. Zhou, K. D. Chavin, H. Xu, D. J. Shih, W. J. Zheng

Dernière mise à jour: 2023-11-17 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.17.23298691

Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.17.23298691.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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