Probiotiques conçus pour cibler l'inflammation dans la MII
Une nouvelle approche avec des probiotiques modifiés montre des promesses pour traiter les maladies inflammatoires de l'intestin.
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Table des matières
- Le rôle des Anticorps Monoclonaux
- Une nouvelle approche avec des probiotiques modifiés
- Notre recherche et développement
- À propos de l'oxyde nitrique et son rôle dans l'inflammation
- Qu'est-ce que des nanobodies ?
- Concevoir un système pour produire des nanobodies
- Résultats de nos expériences
- L'importance des systèmes de sécrétion
- Développer un cadre mathématique
- Défis et orientations futures
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Les maladies inflammatoires de l’intestin (MII) sont des conditions durables qui causent de l'inflammation dans le système digestif. Elles touchent des millions de personnes à travers le monde, entraînant un inconfort chronique et divers problèmes de santé. L'inflammation endommage la couche protectrice des intestins, rendant le corps plus vulnérable aux substances nocives et aux microbes. Ça peut déclencher des réponses immunitaires anormales et contribuer à une inflammation continue dans le corps.
Les traitements actuels pour les MII visent à réduire cette inflammation et à soulager les symptômes. Cependant, on a vraiment besoin de nouvelles thérapies plus efficaces et abordables qui peuvent cibler l'inflammation de manière plus précise.
Anticorps Monoclonaux
Le rôle desUn type de traitement utilise des anticorps monoclonaux, conçus pour cibler des protéines spécifiques qui causent l'inflammation, comme le facteur de nécrose tumorale (TNFα). Ces anticorps ont montré une grande efficacité dans le traitement des MII. Malgré leurs avantages, ces traitements peuvent réduire la capacité du système immunitaire à lutter contre les infections, augmentant ainsi le risque de problèmes de santé graves. Ça montre bien qu'il faut d'autres options de traitement plus efficaces et plus sûres.
Une nouvelle approche avec des probiotiques modifiés
Les probiotiques modifiés représentent une solution innovante aux défis posés par les traitements traditionnels. Les probiotiques sont des bactéries bénéfiques qui peuvent améliorer la santé intestinale. Une souche spécifique, Escherichia coli Nissle 1917 (EcN), est déjà présente dans les intestins humains et a été utilisée pour traiter des troubles intestinaux. Cette souche montre des propriétés anti-inflammatoires, ce qui en fait un bon candidat pour développer des thérapies ciblées pour les problèmes liés à l'intestin.
Au cours des dernières années, des chercheurs ont modifié EcN pour l'aider à produire des substances thérapeutiques directement dans les intestins. Cependant, il reste un besoin pour des systèmes plus avancés capables de réguler la production de ces molécules thérapeutiques en fonction de signaux spécifiques présents lors de l'inflammation.
Notre recherche et développement
Pour répondre à ce besoin, on a conçu et modifié un nouveau système génétique dans EcN qui peut agir comme traitement pour l'inflammation intestinale. Ce système peut détecter l'oxyde nitrique (NO), une petite molécule qui augmente lors des inflammations, et réagir en produisant des protéines spécifiques appelées Nanobodies qui peuvent se lier à TNFα et aider à réduire l'inflammation.
Les efforts précédents pour créer de tels systèmes manquaient des contrôles nécessaires pour répondre en fonction de la présence de biomarqueurs spécifiques comme le NO. Notre étude met en avant la nécessité de meilleurs systèmes et présente une approche prometteuse qui se concentre sur l'utilisation du NO comme déclencheur d'action.
À propos de l'oxyde nitrique et son rôle dans l'inflammation
L'oxyde nitrique est une molécule produite dans le corps, surtout dans les cellules intestinales pendant l'inflammation. Ses niveaux augmentent dans les zones enflammées, ce qui en fait un indicateur fiable de l'inflammation. Cette propriété fait du NO une cible excellente pour les approches thérapeutiques.
Le biosenseur de NO modifié que nous avons utilisé dans notre étude repose sur un système qui a été modifié pour réagir aux niveaux de NO en temps réel. Grâce à ce système, on a pu créer un dispositif qui active la production de nanobodies quand le NO est détecté, permettant un traitement localisé de l'inflammation.
Qu'est-ce que des nanobodies ?
Les nanobodies sont de petites protéines qui peuvent se lier à des cibles spécifiques, comme le TNFα. À cause de leur petite taille, ils peuvent pénétrer les tissus plus efficacement et sont aussi plus stables que les anticorps traditionnels. En modifiant ces nanobodies dans EcN, on peut les produire dans l'intestin et les utiliser pour cibler le TNFα, essentiel dans la gestion de l'inflammation liée aux MII.
Des études précédentes ont montré que ces nanobodies peuvent être personnalisés pour minimiser les réactions immunitaires dans le corps, permettant des options de traitement plus sûres.
Concevoir un système pour produire des nanobodies
On a développé une méthode pour produire et sécréter des nanobodies qui ciblent le TNFα en réponse aux niveaux de NO. Notre système se compose de deux parties : une qui détecte le NO et une autre qui permet la sécrétion des nanobodies dans l'intestin.
Pour tester notre système, on a créé plusieurs versions du capteur de NO pour voir lequel était le plus efficace. Ces capteurs peuvent réagir activement aux changements de concentration de NO et déclencher la production de nanobodies quand l'inflammation se produit.
Après de nombreux tests, on a réussi à montrer que notre système pouvait produire une large gamme de nanobodies en réponse au NO. On a aussi confirmé que ces nanobodies pouvaient être efficacement sécrétés dans l'environnement environnant, où ils peuvent interagir avec le TNFα et réduire l'inflammation.
Résultats de nos expériences
À travers une série de tests en laboratoire, on a validé la fonctionnalité de nos nanobodies. On a constaté que ces nanobodies pouvaient efficacement se lier au TNFα dans un cadre de laboratoire, avec des performances comparables aux traitements existants utilisés en clinique.
De plus, quand on a testé l'effet de ces nanobodies sur les cellules immunitaires, on a observé une diminution significative des marqueurs d'inflammation. Ça suggère que nos probiotiques modifiés pourraient potentiellement être une approche thérapeutique pour ceux qui souffrent de MII.
L'importance des systèmes de sécrétion
Pour que nos bactéries EcN livrent efficacement les nanobodies, elles doivent pouvoir les sécréter dans l'intestin. On a utilisé un système de sécrétion spécialisé qui assure que les nanobodies sont relâchés efficacement. Cette approche permet aux probiotiques de produire des composés thérapeutiques directement aux endroits où ils sont le plus nécessaires, sans compromettre leur efficacité.
Nos résultats ont montré que les nanobodies pouvaient être sécrétés avec succès par EcN, en maintenant leur capacité à se lier au TNFα, ce qui est crucial pour leur action thérapeutique.
Développer un cadre mathématique
Pour mieux comprendre notre système modifié et prédire sa performance dans des scénarios réels, on a construit un modèle mathématique. Ce modèle simule les interactions entre nos probiotiques modifiés et l'inflammation dans l'intestin, en se concentrant sur des paramètres critiques comme les concentrations de NO et la dynamique des niveaux de TNFα.
Avec ce modèle, on a pu estimer combien de bactéries seraient nécessaires pour obtenir un traitement efficace de l'inflammation. On a trouvé qu'environ 20 bactéries par millimètre carré pouvaient fournir une couverture suffisante pour combattre l'inflammation sous les niveaux attendus de TNFα. Cependant, à mesure que les concentrations de TNFα augmentent, des densités bactériennes plus élevées seraient nécessaires, suggérant une approche proportionnelle au traitement.
Défis et orientations futures
Malgré des résultats prometteurs, le chemin pour appliquer ces découvertes dans des situations réelles est semé d'embûches. Maintenir l'efficacité des probiotiques modifiés dans l'environnement complexe de l'intestin est crucial. Des facteurs comme l'allocation des ressources au sein des bactéries et les changements évolutifs potentiels peuvent affecter la durabilité de ces traitements.
En outre, des études plus approfondies sont nécessaires pour bien comprendre les interactions entre le système immunitaire et les probiotiques modifiés pour garantir leur sécurité et leur efficacité sur le long terme.
Les efforts pour améliorer la livraison et la stabilité de ces traitements doivent se poursuivre. Les stratégies pourraient inclure l'intégration de circuits génétiques dans le génome des bactéries pour une expression et une fonctionnalité à long terme.
Conclusion
En résumé, notre étude met en avant le potentiel significatif des probiotiques modifiés, en particulier EcN, comme option thérapeutique pour gérer l'inflammation dans les MII. En répondant aux niveaux d'oxyde nitrique, ces systèmes modifiés peuvent produire des nanobodies qui ciblent efficacement le TNFα, offrant un traitement localisé et potentiellement plus sûr pour les patients.
Les résultats de nos expériences, couplés au développement d'un modèle mathématique, pointent vers un avenir prometteur pour l'utilisation de la biologie synthétique dans le traitement des maladies liées à l'intestin. Bien que des défis subsistent, le domaine de l'ingénierie des probiotiques évolue rapidement, avec de nouvelles idées et applications qui émergent constamment. Ce travail contribue à un mouvement plus large vers des thérapies innovantes et efficaces qui peuvent améliorer la qualité de vie de ceux affectés par des conditions inflammatoires chroniques.
Titre: Engineering a novel probiotic toolkit in Escherichia coli Nissle1917 for sensing and mitigating gut inflammatory diseases
Résumé: Inflammatory Bowel Disease (IBD) is characterized by chronic intestinal inflammation with no cure and limited treatment options that often have systemic side effects. In this study, we developed a target-specific system to potentially treat IBD by engineering the probiotic bacterium Escherichia coli Nissle 1917 (EcN). Our modular system comprises three components: a transcription factor-based sensor (NorR) capable of detecting the inflammation biomarker nitric oxide, a type 1 hemolysin secretion system, and a therapeutic cargo consisting of a library of humanized anti-TNF nanobodies. Despite a reduction in sensitivity, our system demonstrated a concentration-dependent response to nitric oxide, successfully secreting functional nanobodies with binding affinities comparable to the commonly used drug Adalimumab, as confirmed by ELISA and in vitro assays. This newly validated nanobody library expands EcN therapeutic capabilities. The adopted secretion system, also characterized for the first time in EcN, can be further adapted as a platform for screening and purifying proteins of interest. Additionally, we provided a mathematical framework to assess critical parameters in engineering probiotic systems, including the production and diffusion of relevant molecules, bacterial colonization rates, and particle interactions. This integrated approach expands the synthetic biology toolbox for EcN-based therapies, providing novel parts, circuits, and a model for tunable responses at inflammatory hotspots. Graphical abstract O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=166 HEIGHT=200 SRC="FIGDIR/small/599326v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (31K): [email protected]@1bb2ae1org.highwire.dtl.DTLVardef@fc1fcborg.highwire.dtl.DTLVardef@8b5f7f_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG Graphical Table of Contents. The engineered probiotic system: Inflamed intestinal cells release the inflammatory regulator TNF (depicted as red squares), which promotes inflammation through a positive feedback loop. Concurrently, these cells produce large amounts of nitric oxide (NO, represented by yellow circles) during inflammation. Our custom-engineered EcN biosensor can detect NO using a NorR-based sensor (in purple) and subsequently trigger the production of nanobodies (in turquoise). These nanobodies are then released into the extracellular environment via a specially engineered secretion system in the bacterial host (shown in dark blue). Once outside the cell, the nanobodies attach to TNF, effectively sequestering them and reducing inflammation. The graph at the bottom of this panel illustrates the general behavior of our system: nanobody production starts upon reaching a certain NO concentration threshold and continues in an NO-dependent fashion. As nanobodies are produced, they capture TNF, leading to a reduction in inflammation and a decrease in NO production. This decrease in NO then halts the nanobody production. SignificanceProbiotics can be engineered to detect and act upon extracellular disease indicators, optimizing therapeutic outcomes. Particularly, self-regulating sense-and-respond genetic circuits have the potential to enhance the accuracy, efficacy, and adaptability of treatment interventions. In this study, we developed and characterized a new integrated and modular toolkit that detects a gut inflammation biomarker, specifically nitric oxide, and responds to it in an inducible manner by secreting humanized nanobodies targeting the pro-inflammatory molecule TNF. We also develop a coarse-grained mathematical framework for modelling engineered probiotic activity in the gut. This novel system contributes to current efforts to develop new engineered probiotic systems and holds promise for inspiring new treatments for gut inflammation associated with various autoimmune diseases.
Auteurs: Cauã Antunes Westmann, N. Weibel, M. Curcio, A. Schreiber, G. Arriaga, M. Mausy, J. Mehdy, L. Brüllmann, A. Meyer, L. Roth, T. Flury, V. Pecina, K. Starlinger, J. Dernic, K. Jungfer, F. Ackle, J. Earp, M. Hausmann, M. Jinek, G. Rogler
Dernière mise à jour: 2024-06-17 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599326
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599326.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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