Étudier les changements cérébraux dans le trouble du spectre autistique
Des recherches montrent des différences clés des axones dans l'autisme en utilisant des techniques d'apprentissage automatique.
Basilis Zikopoulos, A. Yazdanbakhsh, K. Dang, K. Kuang, T. Lian, X. Liu, S. Xie
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Table des matières
- Découvertes clés sur les changements d’axones
- Le rôle de la Substance blanche
- L'Apprentissage automatique comme solution
- Cibler le cortex cingulaire antérieur
- Collecte et analyse des données
- Préparation des images pour l'apprentissage automatique
- Formation du réseau de neurones profonds
- Évaluation des performances du modèle
- Utilisation de cartes de sensibilité pour des insights
- Images DeepDream pour visualiser les caractéristiques
- Résultats et insights
- Défis et directions futures
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Le trouble du spectre autistique (TSA) affecte comment les connexions et les communications neuronales fonctionnent dans le cerveau. Des études ont montré qu'il y a des changements dans des zones spécifiques du cerveau liés à cette condition. Ces changements incluent des différences dans des structures appelées Axones, qui sont comme des fils transportant des signaux à travers le cerveau.
Découvertes clés sur les changements d’axones
Les recherches montrent que chez les personnes avec un TSA, il y a souvent une augmentation du nombre d’axones fins, tandis que les axones plus épais tendent à être moins denses. Ça peut poser problème pour la transmission des signaux dans le cerveau. D'autres changements signalés incluent une ramification excessive des axones due à des protéines spécifiques, un amincissement de la couche protectrice autour des axones appelée myéline, et des variations dans les trajectoires des axones.
Ces différences peuvent affecter la rapidité des signaux et la force des connexions, impactant les fonctions et communications du cerveau en général. L'emplacement et la taille de ces axones peuvent aussi donner des pistes sur comment ils se connectent à d'autres zones du cerveau.
Substance blanche
Le rôle de laLa substance blanche dans le cerveau est importante pour les connexions. La substance blanche superficielle (SBS) contient principalement des connexions à courte portée, tandis que la substance blanche profonde (SBP) inclut des connexions à longue portée. Les axones dans la SBP tendent à être plus épais que ceux trouvés dans la SBS.
Étudier la substance blanche est essentiel car cela peut nous aider à comprendre les voies cérébrales et comment elles peuvent être perturbées dans l'autisme. Les méthodes traditionnelles pour analyser ces axones sont longues et nécessitent une expertise, rendant difficile leur utilisation pour des études plus larges visant à identifier des problèmes liés au TSA.
Apprentissage automatique comme solution
L'L'apprentissage automatique pourrait offrir une nouvelle façon d'analyser des images détaillées d'axones myélinisés dans la substance blanche. Les réseaux de neurones profonds (DNN) sont un type d'outil d'apprentissage automatique qui s'est montré efficace pour classifier des images. Ils peuvent aider à faire la différence entre des images de personnes neurotypiques et celles avec un TSA.
Pour cette étude, un DNN connu appelé GoogLeNet a été utilisé. Il a proposé un cadre pour personnaliser un modèle capable de différencier des images à haute résolution d’axones dans les cerveaux de personnes avec et sans TSA.
Cibler le cortex cingulaire antérieur
L'accent était mis sur la substance blanche sous le cortex cingulaire antérieur (ACC), une partie du cerveau impliquée dans l'attention, les émotions et les interactions sociales-des zones souvent touchées dans l’autisme. L’ACC montre des différences d'activité notables chez les personnes avec un TSA, ce qui a amené les chercheurs à penser qu'examiner sa substance blanche pourrait révéler des informations importantes sur le trouble.
Collecte et analyse des données
Pour créer le modèle, les chercheurs ont utilisé de grands ensembles de données d'images provenant d'échantillons de cerveau. Ils ont préparé deux types d'images : une utilisant la Microscopie Électronique pour des images structurales détaillées, et une autre avec la microscopie optique. Les échantillons de tissu provenaient de cerveaux post-mortem de personnes neurotypiques et de celles avec autisme.
Les échantillons ont été traités et imagés d'une manière spécifique pour garantir une capture précise des caractéristiques. Le but était de créer un ensemble de données pouvant être utilisé pour entraîner le modèle d'apprentissage automatique efficacement.
Préparation des images pour l'apprentissage automatique
Pour optimiser l'ensemble de données, deux méthodes ont été appliquées. La première consistait à couper les images originales en sections plus petites. De cette façon, le modèle pouvait apprendre à partir de diverses parties de chaque image. La seconde méthode utilisait une fenêtre glissante pour créer des sections qui se chevauchent, augmentant le nombre d'images disponibles pour l'entraînement.
Avant d'être intégrées dans le modèle, les images ont subi un traitement supplémentaire pour améliorer la qualité et assurer la cohérence. Cela a inclus l'ajustement des contrastes et la normalisation des valeurs, rendant l'apprentissage plus facile pour le modèle.
Formation du réseau de neurones profonds
Pour garantir des résultats fiables, les chercheurs ont divisé les images en différents ensembles pour l'entraînement, la validation et le test. Ils ont aussi utilisé des techniques pour équilibrer le nombre d'images de chaque classe afin d'améliorer la capacité d'apprentissage du modèle.
L'apprentissage par transfert a été utilisé, en recourant à un modèle pré-entraîné pour aider avec le nouvel ensemble de données, améliorant l'efficacité et la précision. Différents modèles pré-entraînés ont été testés, et les plus efficaces ont été ajustés pour la tâche spécifique de classification des images d'axones.
Évaluation des performances du modèle
Plusieurs méthodes ont été utilisées pour évaluer comment le modèle performait. Des techniques de validation croisée ont assuré que le modèle apprenait efficacement à partir de différents groupes d'images. Les matrices de confusion ont aidé à visualiser comment le modèle classait différentes classes et à identifier des axes d'amélioration.
L'étude a aussi calculé des métriques de précision et de rappel, fournissant des informations plus profondes sur les performances du modèle. La surface sous la courbe caractéristique de fonctionnement (AUC) était une autre mesure importante pour évaluer l'efficacité globale.
Utilisation de cartes de sensibilité pour des insights
Pour analyser plus en profondeur les résultats, des cartes de sensibilité ont été générées pour mettre en avant quelles parties des images ont influencé les décisions du modèle. Ces cartes ont aidé à identifier des caractéristiques spécifiques qui ont contribué à des classifications correctes et incorrectes, offrant des indices sur les différences structurelles dans le cerveau entre les individus neurotypiques et ceux avec un TSA.
Images DeepDream pour visualiser les caractéristiques
Des images DeepDream ont été créées pour illustrer les caractéristiques apprises par le modèle. Ces images aident à visualiser des motifs et des caractéristiques importantes pour les tâches de classification. En améliorant des détails spécifiques issus des images, les chercheurs pouvaient voir des caractéristiques distinctes qui ont aidé à distinguer entre différentes classes.
Résultats et insights
Les résultats ont montré que le modèle pouvait classifier les images des groupes TSA et neurotypiques avec une grande précision. Cependant, faire la distinction entre les différentes profondeurs de substance blanche était plus difficile. L'analyse a mis en lumière la difficulté à classifier correctement la substance blanche superficielle chez les individus avec un TSA, indiquant une variabilité significative dans ces régions.
Les résultats ont signalé un mélange des zones de substance blanche dans les cerveaux des personnes avec un TSA. Cela suggère que les différences structurelles dans les axones peuvent être plus marquées sous l'ACC, montrant des changements répandus qui impactent comment le cerveau communique.
Défis et directions futures
Bien que le modèle ait bien fonctionné, plusieurs défis demeurent. La taille limitée de l'ensemble de données et la variabilité des images peuvent affecter la capacité du modèle à généraliser à de nouvelles données. Les futures études devraient se concentrer sur l'élargissement des ensembles de données et explorer d'autres régions cérébrales pour identifier plus de motifs et d'insights liés au TSA.
L'approche adoptée dans cette étude montre un potentiel pour comprendre la connectivité cérébrale chez les individus neurotypiques et ceux avec des troubles mentaux. En analysant systématiquement les images des structures cérébrales et en utilisant l'apprentissage automatique, les chercheurs peuvent découvrir des informations vitales qui pourraient guider les futurs diagnostics et interventions pour l’autisme.
Conclusion
L'utilisation de l'apprentissage automatique pour analyser les images cérébrales offre de nouvelles perspectives sur les différences structurelles dans le TSA. Cette étude démontre l'efficacité de la combinaison d'imagerie à haute résolution avec des méthodes analytiques avancées. Les résultats mettent en lumière des caractéristiques axonales spécifiques qui pourraient être ciblées pour des recherches futures, menant potentiellement à une meilleure compréhension et à des options de traitement pour les individus avec autisme.
Titre: Artificial intelligence networks combining histopathology and machine learning can extract axon pathology in autism spectrum disorder
Résumé: Axon features that underlie the structural and functional organization of cortical pathways have distinct patterns in the brains of neurotypical controls (CTR) compared to individuals with Autism Spectrum Disorder (ASD). However, detailed axon study demands labor-intensive surveys and time-consuming analysis of microscopic sections from post-mortem human brain tissue, making it challenging to systematically examine large regions of the brain. To address these challenges, we developed an approach that uses machine learning to automatically classify microscopic sections from ASD and CTR brains, while also considering different white matter regions: superficial white matter (SWM), which contains a majority of axons that connect nearby cortical areas, and deep white matter (DWM), which is comprised exclusively by axons that participate in long-range pathways. The result was a deep neural network that can successfully classify the white matter below the anterior cingulate cortex (ACC) of ASD and CTR groups with 98% accuracy, while also distinguishing between DWM and SWM pathway composition with high average accuracy, up to 80%. Multidimensional scaling analysis and sensitivity maps further underscored the reliability of ASD vs CTR classification, based on the consistency of axon pathology, while highlighting the important role of white matter location that constrains pathway dysfunction, based on several shared anatomical markers. Large datasets that can be used to expand training, validation, and testing of this network have the potential to automate high-resolution microscopic analysis of post-mortem brain tissue, so that it can be used to systematically study white matter across brain regions in health and disease. One Sentence StatementHistopathology-trained AI can identify ASD network disruptions and guide development of diagnostics and targeted therapeutics.
Auteurs: Basilis Zikopoulos, A. Yazdanbakhsh, K. Dang, K. Kuang, T. Lian, X. Liu, S. Xie
Dernière mise à jour: 2024-10-26 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.25.620308
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.25.620308.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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