Avances y desafíos en la edición genética CRISPR-Cas9
La tecnología CRISPR-Cas9 ofrece nuevas posibilidades en la edición genética, pero también presenta desafíos importantes.
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En los últimos años, los científicos han descubierto una herramienta poderosa para editar genes llamada CRISPR. Esta tecnología ha facilitado mucho el cambio del ADN de organismos vivos. CRISPR trabaja junto con una proteína especial llamada Cas9, que funciona como unas tijeras moleculares para cortar el ADN en lugares específicos. Este método se ha vuelto rápidamente una opción popular entre los investigadores porque es más eficiente y más simple que los métodos antiguos.
El Desarrollo de CRISPR-Cas9
La tecnología CRISPR se vio primero en bacterias, donde ayuda a defenderse de virus. Los científicos han tomado este sistema natural y lo han ajustado para usarlo en otros organismos. Desde su introducción, el sistema CRISPR-Cas9 ha mejorado y se están descubriendo muchas versiones diferentes de Cas9. Cada versión puede comportarse de manera distinta, lo que da a los investigadores varias opciones según lo que quieran lograr.
Desafíos con CRISPR-Cas9
Aunque CRISPR-Cas9 es una herramienta poderosa, tiene algunas limitaciones. Un problema es que a veces hace cortes inesperados en el ADN, que se llaman ediciones fuera de objetivo. Esto puede llevar a consecuencias no deseadas en el organismo que se está estudiando. Además, la tasa de éxito para hacer cambios específicos puede variar mucho dependiendo de la ubicación del ADN que se está atacando. Algunos lugares son más fáciles de editar que otros, y esta inconsistencia puede ser frustrante para los investigadores.
Para abordar estos problemas, los científicos han estado desarrollando diferentes estrategias. Algunos investigadores modifican el ARN que guía a la proteína Cas9 para que apunte al ADN de manera más precisa. Otros han estado experimentando con diferentes formas de Cas9 que pueden reducir los efectos fuera de objetivo. También se han explorado nuevos métodos para unir el ADN donante al sitio de corte de Cas9 para mejorar la eficiencia de las ediciones.
CRISPR-Cas9 en Levadura de fisión
La levadura de fisión, un tipo simple de hongo, se ha convertido en un organismo modelo popular para estudiar la edición genética con CRISPR-Cas9. En 2014, los investigadores aplicaron con éxito esta tecnología a la levadura de fisión, haciendo posible crear cepas con cambios genéticos específicos de manera rápida y sin marcadores extra, que pueden ralentizar el proceso.
Un gran avance fue el uso de canales de fluoruro como marcadores de selección. Este cambio aceleró significativamente la identificación de ediciones exitosas. Los investigadores también mejoraron sus métodos al desarrollar una forma de crear ARN guía sin necesidad de pasar por complejos procedimientos de clonación. Esto ha reducido el tiempo necesario para preparar los experimentos y ha hecho que todo el proceso sea más eficiente.
Métodos Usados para Editar
En sus estudios, los investigadores utilizaron cepas específicas de levadura de fisión para las pruebas. Usando un medio de cultivo simple, permitieron que las células de levadura prosperaran. Además, emplearon técnicas para preparar y diseñar vectores, que son herramientas necesarias para entregar la proteína Cas9 y su ARN guía en las células de levadura.
Al transformar las células de levadura con estos vectores, los científicos pudieron introducir el sistema CRISPR. La levadura usaría luego este sistema para editar su propio ADN según las instrucciones proporcionadas por el ARN guía.
Observaciones sobre la Eficiencia en la Edición
Durante el proceso de crear proteínas etiquetadas en la levadura de fisión, se hizo evidente que las tasas de éxito variaban ampliamente entre diferentes genes. Algunos genes mostraron altas tasas de edición, mientras que otros eran mucho más difíciles de editar. Esto llevó a los investigadores a cuestionar por qué algunos lugares en el genoma eran más fáciles para Cas9 de atacar y editar que otros.
Para probar esto, realizaron más experimentos donde usaron la misma secuencia de corte pero apuntaron a diferentes ubicaciones en el genoma. Sorprendentemente, encontraron que las tasas de éxito en la edición se mantenían consistentes sin importar la ubicación objetivo. Esto sugirió que pueden haber otros factores en juego a la hora de determinar la eficiencia de la edición genética.
Intentando Mejorar la Búsqueda de Homología
Para abordar los desafíos en hacer ediciones exitosas, los investigadores investigaron maneras de mejorar el proceso de encontrar el ADN correcto para reparar los cortes hechos por Cas9. Crearon cepas de levadura especialmente diseñadas que tenían proteínas unidas al ADN donante. Esta configuración se esperaba que mejorara la conexión entre el sitio de corte y el material de reparación.
Después de probar estas cepas ingenierizadas, los investigadores observaron que, si bien la edición de algunos genes era bastante eficiente, la adición de las proteínas unidas no mejoró significativamente la eficiencia general del proceso de edición. Esto indicó que todavía hay muchos factores desconocidos que influyen en qué tan bien funciona la edición genética.
Conclusión
El desarrollo de CRISPR-Cas9 ha abierto nuevas avenidas en la edición genética, particularmente en organismos como la levadura de fisión. Aunque se ha avanzado mucho, aún hay desafíos que deben abordarse. La variabilidad en la eficiencia de la edición y los efectos fuera de objetivo siguen siendo problemas clave. Los investigadores continuarán refinando sus técnicas y explorando los mecanismos subyacentes para mejorar la precisión y efectividad de esta tecnología innovadora. El camino para entender completamente el potencial de CRISPR-Cas9 y sus aplicaciones está en curso, pero los avances hasta ahora son prometedores y tienen un gran potencial para la investigación genética y la biotecnología.
Título: CRISPR-Cas9 editing efficiency in fission yeast is not limited by homology search and is improved by combining gap-repair with fluoride selection
Resumen: Protocols for CRISPR-Cas9 editing have been implemented in most model organisms, including fission yeast, for which some improvements have also been later described. Here, we report an improvement to the CRISPR-Cas9 protocol in fission yeast, as we combine a cloning free gap-repair method with our previously described fluoride selection marker, which speeds up genome editing. We also report a wide variability of editing efficiencies at different loci along the genome, and we demonstrate that this variability cannot be explained by the location of the edited sequences in the genome. Lastly, our attempt at improving editing efficiency by targeting the donor DNA to the cut site using a HaloTag strategy to link the donor DNA to two proteins of the homologous recombination repair machinery (Rad51 or Rad52) fell short, which shows that editing efficiency in fission yeast is likely not limited by homology search.
Autores: Julien Berro, R. Fernandez
Última actualización: 2024-03-02 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.01.582946
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.01.582946.full.pdf
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