El Aprendizaje Automático Mejora el Análisis de Células RPE
Nuevos métodos mejoran el estudio de las células RPE y sus respuestas a los tratamientos.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- Estructura y Función de las Células del EPR
- Evaluando la Salud del EPR
- Materiales y Métodos para la Investigación del EPR
- Entendiendo los Cambios Morfológicos
- Entrenando el Modelo de Aprendizaje Automático
- Explorando el Impacto de TNFα y TGFβ2 en las Células del EPR
- Validación del Enfoque de Aprendizaje Automático
- Desafíos y Consideraciones en la Investigación
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
El epitelio pigmentado de la retina (EPR) es una capa de células que está en el ojo y es clave para mantener sanas las células sensibles a la luz, conocidas como fotorreceptores. El EPR también apoya la red de vasos sanguíneos que suministran sangre al ojo. Los problemas con estas células del EPR pueden causar varias enfermedades oculares, siendo la degeneración macular relacionada con la edad (DMAE) una de ellas, que afecta a muchos adultos mayores. Cuando las células del EPR pierden sus características normales, su comportamiento puede cambiar, haciendo que se muevan de maneras que no deberían.
Estructura y Función de las Células del EPR
Las células del EPR están muy conectadas entre sí, formando una barrera que ayuda a controlar lo que entra y sale de la capa exterior del ojo. Estas conexiones, llamadas Uniones estrechas, permiten que sustancias pequeñas pasen mientras mantienen a las más grandes fuera. Las células sanas del EPR suelen parecer adoquines y tienen bordes fuertes que ayudan a mantener su estructura. Sin embargo, cuando las células del EPR sufren estrés por inflamación u otros factores, sus uniones estrechas pueden desestabilizarse, lo que puede afectar su funcionamiento.
Evaluando la Salud del EPR
Una forma de evaluar la salud de las células del EPR es midiendo la resistencia de la capa celular, lo que indica cuán bien está funcionando como barrera. Sin embargo, este método puede ser lento y puede perder algunos detalles sobre cómo están las diferentes partes del tejido. Recientemente, los científicos han comenzado a usar técnicas de imagen avanzadas para observar las uniones estrechas en las células del EPR. Estas imágenes pueden ayudar a los investigadores a ver cómo están las células individuales, especialmente cuando varios factores están en juego.
Los investigadores encontraron que al observar las células del EPR en enfermedades como la DMAE, los cambios en su estructura pueden ser muy variados. Cada célula individual puede responder de manera diferente según el tipo y el nivel de estrés que esté sufriendo. Esta variación puede dificultar la evaluación de la salud general de la capa del EPR. Para abordar este problema, los científicos combinaron técnicas informáticas modernas, como el aprendizaje profundo y el aprendizaje automático, para identificar y clasificar mejor los diferentes tipos de células del EPR y sus comportamientos.
Materiales y Métodos para la Investigación del EPR
Cultivo Celular
Para estudiar las células del EPR, los investigadores utilizaron un tipo específico de célula del EPR que se puede cultivar en el laboratorio. Colocaron estas células en pequeños pocillos, les proporcionaron medios ricos en nutrientes y las dejaron crecer. Después de unas semanas, las células maduras estaban listas para los experimentos.
Tratamientos para las Células del EPR
Los investigadores trataron las células del EPR con varias sustancias para ver cómo respondían. Por ejemplo, añadieron un factor que puede causar inflamación (TNFα) en diferentes cantidades para descubrir cómo afecta a las células. También probaron otro factor (TGFβ2) para ver si provocaba cambios similares. Después de los tratamientos, los investigadores fijaron las células para prepararlas para un análisis más profundo.
Técnicas de Tinción
Para visualizar los cambios en las células del EPR, los investigadores utilizaron un método llamado tinción inmunohistoquímica. Esta técnica ayuda a resaltar proteínas específicas dentro de las células. Fijaron las células y luego utilizaron diferentes tintes para marcar las uniones estrechas. Usando microscopios avanzados, capturaron imágenes de las células para estudiar sus estructuras.
Medición de la Función de Barrera
La función de barrera de las células del EPR se midió continuamente controlando cambios en la resistencia transepitelial (TER). Al seguir estos valores, los investigadores pudieron determinar cuán efectivamente estaba funcionando la capa del EPR como barrera. Una buena función de barrera se refleja en los valores de resistencia dentro de un rango específico.
Análisis de Datos
El análisis de imágenes y datos se hizo usando software específico para evaluar características celulares. Esto involucró medir múltiples aspectos de las células y sus uniones estrechas. Los investigadores utilizaron tanto métodos manuales como herramientas automatizadas para recopilar datos sobre cómo se comportaban las células bajo diferentes tratamientos.
Entendiendo los Cambios Morfológicos
Las investigaciones mostraron que los cambios en la morfología del EPR pueden ser muy diversos. Algunas células del EPR pueden mostrar signos claros de estrés mientras que otras pueden no parecer afectadas en absoluto. Esta inconsistencia puede deberse al hecho de que diferentes células pueden responder de manera diferente al mismo tratamiento debido a sus características únicas.
Para manejar esta variabilidad, los investigadores desarrollaron métodos utilizando aprendizaje automático para crear clasificadores que pudieran categorizar efectivamente las células del EPR según su apariencia. Usaron esta tecnología para analizar imágenes de células del EPR después de varios tratamientos, permitiéndoles identificar qué células estaban mostrando estrés y cuáles no.
Entrenando el Modelo de Aprendizaje Automático
En este proceso, los científicos crearon un conjunto de entrenamiento seleccionando imágenes de células del EPR estresadas y no estresadas. Etiquetaron estas imágenes en consecuencia y las utilizaron para enseñar al modelo de aprendizaje automático a diferenciar entre los dos grupos. Se probó y mejoró la precisión del clasificador a lo largo de varias iteraciones, asegurando que pudiera identificar de manera confiable los diferentes tipos de células.
Después del entrenamiento, el modelo pudo analizar nuevas imágenes de células del EPR, contando cuántas fueron clasificadas como estresadas o no. Este enfoque resultó en mejores evaluaciones de la salud general de la capa del EPR.
Explorando el Impacto de TNFα y TGFβ2 en las Células del EPR
Los investigadores realizaron experimentos para ver cómo los tratamientos con TNFα y TGFβ2 afectaban las células del EPR. Ambos tratamientos mostraron estructuras de uniones estrechas alteradas, siendo TNFα el que causó cambios más significativos que TGFβ2. Este hallazgo indica que diferentes estresores pueden llevar a diferentes respuestas celulares.
Además de los cambios morfológicos, estos tratamientos también impactaron la función de barrera de las células del EPR. Al monitorear los valores de resistencia después de diferentes dosis de tratamiento, los investigadores establecieron una conexión clara entre la cantidad de inflamación y el grado de estrés observado en las células.
Validación del Enfoque de Aprendizaje Automático
Para validar que los métodos de aprendizaje automático funcionaron de manera efectiva, los investigadores probaron la capacidad del modelo para identificar y clasificar las células del EPR tratadas con TNFα en comparación con los controles no tratados. Lograron un rendimiento de clasificación similar para ambos tipos de tratamiento, lo que indica la fiabilidad del enfoque.
Usando el clasificador, los investigadores también pudieron evaluar qué tan bien tratamientos específicos, como Etanercept (un bloqueador de TNFα), podrían revertir el daño causado por la inflamación. Midieron cómo el porcentaje de células estresadas cambiaba con diferentes dosis del tratamiento, proporcionando información sobre su efectividad.
Desafíos y Consideraciones en la Investigación
Aunque el uso de aprendizaje automático en esta área tiene un gran potencial, hay desafíos a considerar. La diversidad de respuestas celulares puede dificultar la medición precisa de los cambios generales. Esto es especialmente cierto para las células del EPR, que pueden mostrar una variedad de características diferentes cuando están estresadas.
Es esencial capturar tantas características de las células del EPR como sea posible en el análisis. Los investigadores reconocen que sus métodos deben adaptarse para incluir varias características y asegurar evaluaciones precisas. Además, el entrenamiento del modelo de aprendizaje automático requiere una supervisión cuidadosa para evitar sesgos en el etiquetado de las células.
De cara al futuro, los investigadores son optimistas en que estos métodos automatizados para analizar las células del EPR pueden aplicarse a otros tipos de células que tienen funciones similares, ampliando la posibilidad de estudios útiles en el futuro.
Conclusión
En conclusión, los avances recientes en aprendizaje automático proporcionan una herramienta valiosa para analizar las células del EPR y entender su comportamiento bajo diferentes tratamientos. La capacidad de clasificar células según sus características morfológicas permite mejores evaluaciones de la salud del EPR, lo cual es crucial para abordar enfermedades como la DMAE. Este enfoque también sienta las bases para estudios más grandes centrados en el tratamiento y comprensión de enfermedades retinianas, con el potencial de llevar a nuevas terapias e información sobre la salud ocular.
Título: Use of machine learning for quantification of retinal pigment epithelium tight junctions improves assay sensitivity
Resumen: The retinal pigment epithelium (RPE) is critical for maintaining outer retinal barrier homeostasis. In age-related macular degeneration (AMD), the RPE can undergo a dedifferentiation process that includes tight junction (TJ) loss and displacement of zonula occludens-1 (ZO-1), which may impair structural and functional integrity of the RPE barrier and contribute to disease pathogenesis. Our objective was to develop an automated and sensitive quantification method for TJ aberrations in an RPE immunofluorescence imaging assay, following treatment with TNF or TGF{beta}2. However, quantifying ZO-1 morphological changes in the RPE using standard image analysis methods did not provide a satisfactory assay window. To address this challenge, we developed an imaging assay to quantify ZO-1 changes using a machine learning approach, enabling enhanced phenotypic characterization of the ZO-1 changes in RPE cells and improved assay sensitivity. We were also able to capture and quantify the reversal of these changes using etanercept, an TNF inhibitor, with this imaging assay. Our findings indicated that this machine learning ZO-1 quantification assay could serve as a potential phenotypic readout for RPE dedifferentiation and enabling large-scale mechanistic studies.
Autores: Mark-Anthony Bray, Y. Gao, M. Twarog, Y. Xu, N. Buchanan, Y. Zhang, Q. Medley, M. Saint-Geniez, G. Prasanna, Q. Zhang
Última actualización: 2024-05-30 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.24.595580
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.24.595580.full.pdf
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