Simple Science

Ciencia de vanguardia explicada de forma sencilla

# Biología Cuantitativa# Métodos cuantitativos# Aprendizaje automático

Mejorando el diagnóstico del cáncer con nuevas técnicas de aprendizaje automático

Un nuevo método mejora la forma en que los modelos interpretan muestras de tejido en la detección del cáncer.

― 6 minilectura


Herramientas de nuevaHerramientas de nuevageneración para ladetección del cáncercáncer.interpretación de los diagnósticos deNuevos métodos mejoran la
Tabla de contenidos

En los últimos años, los modelos de computadora se han vuelto herramientas importantes en el diagnóstico médico, especialmente en campos como la patología. Los patólogos examinan muestras de Tejido para determinar si una persona tiene cáncer. Se basan en patrones específicos, como la forma y densidad de las células, para hacer sus Diagnósticos. El cáncer de próstata es una de las áreas donde se están probando estos modelos avanzados. Sin embargo, entender cómo estos modelos toman decisiones puede ser complicado.

¿Qué es el Aprendizaje Multi-Instancia?

El aprendizaje multi-instancia (MIL) es un método en machine learning donde el modelo aprende de grupos de ejemplos, en lugar de ejemplos individuales. En el contexto de la patología, un grupo podría representar diferentes secciones de una muestra de tejido. El objetivo es averiguar si hay cáncer presente basándose en la información general del grupo de secciones.

Los modelos que utilizan atención pueden resaltar qué partes de las imágenes son más importantes para hacer predicciones. Esto ayuda a los patólogos a entender dónde el modelo está enfocando su atención. Pero hay una limitación: estos modelos no muestran si las áreas resaltadas están vinculadas a cáncer o tejido sano.

La Necesidad de Mejor Interpretabilidad

Una gran pregunta sigue en el aire. Cuando el modelo resalta ciertas áreas, ¿cómo podemos saber si estas áreas están asociadas con el cáncer? Entender esta relación es crucial ya que podría ayudar a los doctores a tomar mejores decisiones sobre el tratamiento.

Los métodos actuales carecen de una forma de traducir la atención del modelo en información que se alinee con el entendimiento biológico. Aquí es donde entra en juego un nuevo enfoque.

Presentando los Mapas de Predicción-Atenuación-Pesados

Para llenar este vacío, los investigadores han desarrollado un nuevo método llamado mapas de predicción-atención-pesados (PAW). Estos mapas combinan la atención que el modelo da a áreas específicas con sus predicciones. Esencialmente, los mapas PAW nos permiten ver no solo qué áreas el modelo considera importantes, sino también cómo esas áreas se relacionan con el cáncer o la salud.

Por ejemplo, cuando un modelo examina una muestra de tejido, podría dar alta atención a algunas regiones. Con los mapas PAW, podemos dividir estas áreas en secciones que están vinculadas al cáncer o tejido sano. Esto proporciona más claridad en comparación con usar solo la atención.

Relacionando la Atención con Características Biológicas

Además de crear mapas PAW, los investigadores han vinculado estos mapas a características biológicas, como la densidad de los núcleos celulares. Una alta densidad de núcleos generalmente es una señal de que hay un tumor canceroso presente. Al integrar los mapas PAW con información sobre núcleos celulares, el modelo puede ayudar a los patólogos a ver cómo la atención se relaciona con la biología real.

Por ejemplo, si una región muestra alta atención y también alta densidad de núcleos, probablemente indica tejido canceroso. Esto es útil tanto para diagnosticar cáncer como para predecir cuán agresivo puede ser.

Probando el Nuevo Método

Para probar la efectividad de este nuevo enfoque, los investigadores analizaron muestras de pacientes con cáncer de próstata. Estudiaron qué tan bien su método podía indicar la presencia de cáncer y su potencial para predecir resultados después del tratamiento.

El estudio involucró un gran número de muestras de tejido que ya habían sido analizadas por patólogos. Los investigadores querían ver si las regiones identificadas por su modelo podían coincidir con áreas tumorales conocidas o si apuntaban a otros tipos de células que podrían ser importantes para entender los resultados de los pacientes.

Comparando Características Diagnósticas y Pronósticas

En su análisis, los investigadores descubrieron un patrón interesante. Las regiones que predecían la presencia de cáncer a menudo no coincidían con áreas vinculadas a malos resultados en el tratamiento, medidos por recurrencia bioquímica (BCR). Esto significa que entender el comportamiento del cáncer podría requerir examinar no solo las células cancerosas, sino también las células sanas circundantes.

Al separar las regiones en aquellas que indican un diagnóstico de cáncer y aquellas que predicen malos resultados, los investigadores encontraron diferencias importantes. Las áreas tumorales tenían una mayor densidad de núcleos, mientras que las regiones vinculadas a un mal pronóstico tenían menor densidad. Esta información podría ayudar en la personalización de estrategias de tratamiento para los pacientes.

Implicaciones para Futuras Investigaciones

Los hallazgos de esta investigación sugieren que los modelos actuales pueden no contar la historia completa al diagnosticar y predecir resultados en el cáncer de próstata. Se necesita más trabajo para desarrollar modelos que puedan integrar mejor el conocimiento biológico con las ideas de machine learning.

Al centrarse en áreas adyacentes a los tumores, futuros estudios podrían descubrir características importantes que expliquen los resultados del tratamiento. La investigación muestra potencial para mejorar la atención al paciente al refinar cómo los patólogos interpretan las imágenes de tejido.

Conclusión

En resumen, el desarrollo de mapas de predicción-atención-pesados representa un paso significativo para hacer que los modelos de machine learning sean más interpretables en el campo de la patología. Al vincular los resultados de machine learning con características biológicas como la densidad celular, los investigadores pueden proporcionar información valiosa que ayude a los doctores en el diagnóstico y tratamiento del cáncer de próstata.

El camino a seguir incluye más investigaciones que consideren tanto el cáncer como los tipos de células circundantes. Este enfoque tiene el potencial de mejorar la precisión de las predicciones y ofrecer mejores opciones de tratamiento para los pacientes que luchan contra el cáncer.

A medida que más datos estén disponibles y los modelos continúen desarrollándose, podemos esperar mejoras en nuestra capacidad para entender y abordar las complejidades del diagnóstico y pronóstico del cáncer. Explorar la relación entre las predicciones del modelo y las realidades biológicas será clave para mejorar el desempeño y la confiabilidad de estas herramientas sofisticadas en la práctica médica.

Fuente original

Título: Beyond attention: deriving biologically interpretable insights from weakly-supervised multiple-instance learning models

Resumen: Recent advances in attention-based multiple instance learning (MIL) have improved our insights into the tissue regions that models rely on to make predictions in digital pathology. However, the interpretability of these approaches is still limited. In particular, they do not report whether high-attention regions are positively or negatively associated with the class labels or how well these regions correspond to previously established clinical and biological knowledge. We address this by introducing a post-training methodology to analyse MIL models. Firstly, we introduce prediction-attention-weighted (PAW) maps by combining tile-level attention and prediction scores produced by a refined encoder, allowing us to quantify the predictive contribution of high-attention regions. Secondly, we introduce a biological feature instantiation technique by integrating PAW maps with nuclei segmentation masks. This further improves interpretability by providing biologically meaningful features related to the cellular organisation of the tissue and facilitates comparisons with known clinical features. We illustrate the utility of our approach by comparing PAW maps obtained for prostate cancer diagnosis (i.e. samples containing malignant tissue, 381/516 tissue samples) and prognosis (i.e. samples from patients with biochemical recurrence following surgery, 98/663 tissue samples) in a cohort of patients from the international cancer genome consortium (ICGC UK Prostate Group). Our approach reveals that regions that are predictive of adverse prognosis do not tend to co-locate with the tumour regions, indicating that non-cancer cells should also be studied when evaluating prognosis.

Autores: Willem Bonnaffé, CRUK ICGC Prostate Group, Freddie Hamdy, Yang Hu, Ian Mills, Jens Rittscher, Clare Verrill, Dan J. Woodcock

Última actualización: 2023-09-07 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2309.03925

Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2309.03925

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

Gracias a arxiv por el uso de su interoperabilidad de acceso abierto.

Más de autores

Artículos similares